SARS-CoV-2 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
Atommodel af SARS-CoV-2 coronavirus. | ||||||
videnskabelig klassifikation | ||||||
Gruppe:Virus [1]Rige:RiboviriaKongerige:OrthornaviraeType:PisuviricotaKlasse:PisoniviricetesBestille:NidoviralesUnderrækkefølge:CornidovirineaeFamilie:CoronavirusserUnderfamilie:CoronavirusserSlægt:betacoronavirusUnderslægt:SarbecovirusUdsigt:Svært akut respiratorisk syndrom-relateret coronavirusIngen rang:SARS-CoV-2 | ||||||
Internationalt videnskabeligt navn | ||||||
SARS-CoV-2 | ||||||
Synonymer | ||||||
|
||||||
Baltimore-gruppen | ||||||
IV: (+)ssRNA-vira | ||||||
|
SARS-CoV-2 ( Severe acute respiratory syndrome-relateret coronavirus 2 [2] , tidligere 2019-nCoV [3] [4] ) er et indkapslet enkeltstrenget (+)RNA-virus [5] [6] tilhørende underslægten Sarbecovirus [7] af slægten Betacoronavirus [6] [8] .
SARS-CoV-2 blev først identificeret i december 2019 og forårsager den farlige infektionssygdom COVID-19 [6] .
I januar 2020 erklærede Verdenssundhedsorganisationen SARS-CoV-2-udbruddet for en folkesundhedsnødsituation af international bekymring [9] , og den 11. marts 2020 beskrev den den verdensomspændende spredning af sygdommen som en pandemi [10] [11 ] .
SARS-CoV-2- virussen blev første gang påvist i december 2019 som et resultat af nukleinsyreanalyse hos en patient med lungebetændelse [12] . Den 31. december 2019 blev Verdenssundhedsorganisationen advaret om flere tilfælde af viral lungebetændelse forårsaget af et ukendt patogen . Den 7. januar 2020 blev oplysninger om den nye virus bekræftet, og selve virussen blev klassificeret som en coronavirus [13] . Det kinesiske sundhedsvæsen var de første til fuldstændig at dechifrere virusgenomet [14] , og det blev gjort offentligt tilgængeligt den 10. januar [15] . Indtil 12. januar var 5 genomer registreret i GenBank-databasen [16] [17] , inden den 26. januar steg deres antal til 28 [18] . Med undtagelse af det tidligste genom er genomer embargo af GISAID . Fylogenetisk analyse er tilgængelig gennem Nextrain [19] . Den 20. januar 2020 blev menneske-til-menneske overførsel af virussen bekræftet i den kinesiske provins Guangdong [20] .
Coronavirusser, som inkluderer SARS-CoV-2, forårsager normalt SARS , men farlige vira SARS-CoV og MERS-CoV , som forårsager henholdsvis alvorligt akut respiratorisk syndrom og Mellemøsten respiratorisk syndrom , tilhører samme familie [13] . Coronavirus-infektion er zooantroponotisk , det vil sige, at overførsel fra dyr til mennesker er mulig. Det blev fundet, at kilden til SARS-CoV var civets , og MERS-CoV var enpuklede kameler [21] . Det er muligt, at i tilfælde af SARS-CoV-2 er dyr kilden til infektion - genetisk analyse af virussen afslørede ligheder med coronavirus, der er almindelige blandt hesteskoflagermus , men det vides stadig ikke med sikkerhed, om de er den oprindelige kilde til infektion. Nu er den vigtigste måde, hvorpå virussen spredes, person-til-person transmission [22] .
Forskere fra forskellige lande har analyseret virussens genom og bekræfter det faktum, at virussen med stor sandsynlighed er af naturlig oprindelse. Forskellige konspirationsteorier skaber en atmosfære af frygt, rygter og fordomme, sådanne teorier fordømmes af det videnskabelige samfund. Sammen med WHO's generaldirektør opfordrer videnskabsmænd til at fremme videnskabelig evidens i stedet for desinformation [23] .
Den maksimale inkubationstid er op til 14 dage [24] . På stadiet af inkubationsperioden er identifikation af patienter med termiske kameraer ineffektiv, da kropstemperaturen kan være inden for det normale område eller være let forhøjet [25] .
Ifølge US Centers for Disease Control and Prevention antages det, at overførsel af infektion sker ved dråbe , ved at berøre de inficerede områder af kroppen til slimhinderne, også gennem berøring[ hvordan? ] til fødevarer. De kliniske anbefalinger fra Sundhedsministeriet i Den Russiske Føderation har allerede udtalt, at mekanismen for overførsel af virus er aerosol (luftbåren, luftbåren) og kontakt [26] .
Ifølge de seneste data er SARS-CoV-2 (ligesom SARS-CoV-1) i stand til at forblive levedygtig uden for kroppen fra 3 timer til 4 dage, afhængigt af objektets overflade [27] . Virussen forbliver mest stabil på rustfrit stål (2 dage) og plastik (3 dage). I løbet af denne periode falder dens koncentration med mere end 3 størrelsesordener. Afhængigt af forholdene falder koncentrationen af virussen med 2 gange på rustfrit stål i de første 3-7 timer og på plastik - i de første 5,5-9 timer. I luften falder koncentrationen af virussen med en størrelsesorden på 3 timer under laboratorieforhold, mens på stål - om 18-19 timer, og på plastik - på 20 timer og i sjældne undtagelser på 22 timer. Der er ingen smitterisiko ved modtagelse af pakker eller breve [28] .
Reproduktionsindekset , ifølge det kinesiske center for sygdomsbekæmpelse og forebyggelse, er estimeret mellem 2 og 3 , hvilket per definition af indekset svarer til antallet af mennesker, der bliver smittet fra én inficeret person, en undersøgelse estimerede den gennemsnitlige værdi fra 22. januar 2020 ved 2,2 (en anden tidligere undersøgelse viste et interval på 3,3-5,47 [29] ). Generelt betyder værdier på dette tal større end 1, at epidemien vil sprede sig, og tiltag til at modvirke smittespredning er med til at reducere antallet [30] .
De første tilfælde af COVID-19 blev rapporteret i december 2019 i den kinesiske by Wuhan . De fleste af sagerne var forbundet med det lokale Huanan Seafood Wholesale Market , som solgte levende dyr [31] . I de tidlige stadier fordobledes antallet af inficerede personer cirka hver 7,5 dag [32] ; i midten af januar 2020 havde virussen spredt sig til andre provinser i Kina, hjulpet af Wuhans status som et vigtigt transportknudepunkt og øgede rejser på grund af det kommende kinesiske nytår [33] . I vinteren 2019-2020 var størstedelen af nye tilfælde og dødsfald i Hubei , en provins i Kina centreret om Wuhan; dog allerede den 26. februar oversteg antallet af nye tilfælde af COVID-19 uden for Kina antallet af infektioner i dette land [34] . I slutningen af januar 2020 tildelte Verdenssundhedsorganisationen status som en "nødsituation af international bekymring" [9] til spredningen af sygdommen , og i marts beskrev den den som en pandemi [10] .
Infektion kan forekomme både i form af en mild akut respiratorisk virusinfektion [35] og i en alvorlig form [36] . Hos de fleste mennesker ender sygdommen i bedring, og der kræves ingen specifikke terapeutiske foranstaltninger [37] . Komplikationer af alvorlige tilfælde kan omfatte lungebetændelse eller respirationssvigt med risiko for død [38] [39] .
SARS-CoV-2 i taksonomien for coronavirus [40] [40] | |||||
---|---|---|---|---|---|
Coronaviridae | Orthocoronavirinae | Alfacoronavirus | |||
Betacoronavirus | Sarbecovirus | SARS-CoV | SARS-CoV- 1 | ||
SARS-CoV-2 | |||||
... | |||||
Merbecovirus | MERS-CoV | ||||
... | |||||
Embecovirus | HCoV-HKU1 | ||||
Betacoronavirus 1 | HCoV-OC43 | ||||
... | |||||
Gammacoronavirus | |||||
Deltacoronavirus | |||||
Letovirinae |
Betacoronavirus sekvenser viser ligheder med betacoronavirus fundet i flagermus fra Kina. Virussen er imidlertid genetisk adskilt fra andre coronavirus, der forårsager [41] :
SARS-CoV-2 er ligesom SARS-CoV et medlem af Beta-CoV B-linjen [41] .
Fra 29. marts 2020 er 2058 genomer af SARS-CoV-2-virussen blevet isoleret, hvor evolutionære tendenser allerede er mærkbare. Mindst 7 mutationer tilhører den samme forfader [42] .
SARS - CoV-2 RNA - sekvensen er omkring 30.000 nukleotider lang .
Wuhan-Hu-1 variant RNA [16] (GenBank nummer MN908947, RefCeq NC_045512 [18] ) af SARS-CoV-2 indeholder 29.903 nukleotider med utranslaterede områder 281 og 325 nukleotider lange . De formodede kodende regioner er fordelt over 10 proteiner.
Genetisk er virussen 80 % identisk med SARS-CoV .
Størrelsen af virion er omkring 50-200 nanometer . Proteinmodellering baseret på det afkodede virusgenom viste, at det receptorbindende glykoprotein fra coronavirus-spidsen kan have en tilstrækkelig høj affinitet til det humane angiotensin-konverterende enzym 2 (ACE2) protein og bruge det som indgangspunkt i cellen [43] . I slutningen af januar 2020 viste to grupper i Kina og USA uafhængigt eksperimentelt, at ACE2 er receptoren for SARS-CoV-2-viruset [44] [45] [46] såvel som for SARS-CoV-viruset [ 47] . I marts 2020 blev det i artiklens fortryk foreslået, at virussen bruger SP-proteinet til at trænge ind i humane celler, hvorigennem det interagerer med basigin -proteinet (CD147) fra den inficerede humane celle [48] [49] .
Fra starten af udbruddet i Kina og frem til marts 2020 blev der fundet mindst 149 ændringer baseret på analyse af 103 offentligt tilgængelige SARS-CoV-2-genomer. . Som undersøgelsen viste[ hvad? ] , blev coronavirus opdelt i to undertyper: den mest almindelige L (70 %) og S (30 %). L-undertypen var mere almindelig i de tidlige stadier af udbruddet i Wuhan, men i begyndelsen af januar 2020 var hyppigheden faldet. Menneskelig indgriben har lagt et stærkt selektivt pres på denne undertype, som kan være mere aggressiv og sprede sig hurtigere. På den anden side er den relative overflod af S-subtypen, som evolutionært er ældre og mindre aggressiv, sandsynligvis steget på grund af et svagere selektivt tryk [50] [51] .
En analyse af 160 prøver af SARS-CoV-2-genomet isoleret fra syge mennesker viste, at varianter af coronavirus A og C er almindelige hos europæere og amerikanere, og sort B er mest almindelig i Østasien [52] [53] .
VirusmutationerHundredvis af SARS-CoV-2-mutationer er blevet opdaget. Forskere arbejder på at fastslå, hvordan dette påvirker virussens smitsomhed og dødelighed. Forskere ved Los Alamos National Laboratory i New Mexico analyserer variationer i virussens spids, der giver den dens karakteristiske form. Ifølge Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID) analyserede forskere oplysninger fra Storbritannien for coronavirus-tilfælde i Sheffield .
Ifølge testresultaterne blev mere COVID-19 med denne mutation af virussen påvist hos mennesker. Forskere har dog ikke fundet beviser for, at disse mennesker havde en alvorlig coronavirus-infektion eller brugt mere tid på hospitalet. .
Forskere ved University College London var i stand til at identificere 198 tilbagevendende mutationer af virussen. François Balloux sagde: "Mutationer i sig selv er ikke en dårlig ting, og indtil videre er der ingen data, der tyder på, at SARS-CoV-2 muterer hurtigere eller langsommere end forventet." .
WHO-repræsentanter rapporterede, at D614G-mutationen blev identificeret i februar, og omkring 50 viruskæder er kendt.
Molekylærbiologer fra New York Genome Center og New York University sagde:
Den udbredte D614G-mutation accelererer markant transmissionen af virussen mellem en lang række humane celletyper, herunder celler fra lunger, lever og tarme. En årsag til den øgede infektivitet af virussen kan være, at denne mutation gør SARS-CoV-2 mere modstandsdygtig over for humane enzymer.
— [54]Utvetydige og indiskutable data om varigheden af immunitet mod SARS-CoV-2-virussen til dato[ hvad? ] nej. For eksempel antyder Vinith D. Menaheri, en virolog ved University of Texas i Galveston, at immunitet mod den nye coronavirus kan vare ved i mennesker i et til to år. Samtidig udtrykker Florian Krammer, mikrobiolog fra Icahn Medical School i New York, den opfattelse, at hos dem, der har været syge med coronavirus, over tid, vil kroppen, selvom den holder op med at producere antistoffer til at bekæmpe SARS-CoV- 2 vil immunresponset dog forblive stærkt nok og vil gøre det muligt at overføre ny sygdom uden større besvær [62] .
Samtidig udtalte forskere fra Beijing Medical College, som udførte eksperimenter på makakaber, at geninfektion med coronavirus hos disse dyr er umulig [63] .
Ifølge forskning fra Kirov Military Medical Academy for Forsvarsministeriet i Den Russiske Føderation [64] , ophobes data om varigheden og intensiteten af immuniteten mod SARS-CoV-2, men hos raske mennesker før infektion med COVID-19 coronavirus-infektion, efter en sygdom med et tydeligt klinisk billede, er en stærk immunitet over for virussen. udviklede sig. Immunitet over for andre medlemmer af coronavirus -familien dannes ikke efter COVID-19.
Der er også evidens for, at omkring 6 måneder efter den første infektion var beskyttelsen mod geninfektion ca. 80 %, uden nogen signifikant forskel i reinfektionsraten mellem mænd og kvinder. Men for dem på 65 år og derover falder beskyttelsen til 47 %. I en anden undersøgelse blev mere end 9.500 mennesker fra cirka 3.500 tilfældigt udvalgte husstande i Wuhan testet over 9 måneder, og omkring 40 % af de inficerede udviklede neutraliserende antistoffer, som kunne påvises i hele undersøgelsesperioden [65] .
Den 22. januar 2020 offentliggjorde det medicinske tidsskrift " Journal of Medical Virology " en undersøgelse foretaget af kinesiske videnskabsmænd, hvor fem genomer af SARS-CoV-2-virussen blev sammenlignet med 276 kendte genomiske sekvenser af coronavirus, der påvirker mennesker og forskellige dyr . Ifølge videnskabsmænd viser det konstruerede fylogenetiske træ af coronavirus, at nye vira dukkede op for cirka to år siden fra en fælles forfader ved homolog rekombination mellem flagermus -coronavirus og muligvis coronavirus af kinesiske slanger - det sydkinesiske flerstribede krait eller kinesisk kobra (begge varianter af slanger blev solgt på markedet i Wuhan som mad ) [66] [67]
Imidlertid bestrider en række forskere i en artikel publiceret i tidsskriftet Nature denne konklusion fra kinesiske videnskabsmænd [68] [69] og hævder, at det fra deres synspunkt er usandsynligt, at slanger kan fungere som en smittekilde, hvor de mest sandsynlige kandidater til denne rolle er pattedyr og fugle . Ifølge Paulo Eduardo Brandao, en virolog ved University of São Paulo , har kinesiske videnskabsmænd ikke fremlagt beviser for, at slanger kan blive inficeret med en ny coronavirus og tjene som bærer for den, herunder fordi der ikke er pålidelige beviser for coronavirus hos andre bærere. end pattedyr og fugle. Cui Jie, en virolog ved Shanghai Pasteur Institute , som var en del af et team, der identificerede SARS-associerede vira hos flagermus i 2017, siger, at feltarbejde efter SARS-udbruddet i 2002-2003 kun fandt sådanne vira hos pattedyr. .
En anden gruppe kinesiske forskere foreslog [70] , at flagermus er kilden til SARS-CoV-2-virussen , da RNA'et i SARS-CoV-2-prøverne faldt 96% sammen med RNA'et fra virussen, som tidligere blev fundet i asiatiske hestesko flagermus ( lat. Rhinolophus affinis ). Derudover ligner SARS-CoV-2-coronaviruset 79,5% SARS-virussen, hvis epidemi begyndte i Kina i 2002 [71] . Forskere fra South China Agricultural University i Guangzhou og University of Quebec i Montreal mener, at pangoliner kan have været kilden til den nye coronavirus [72] [73] .
Forfatterne til et papir offentliggjort i Nature Microbiology fastslog, at SARS-CoV-2 og RaTG13 flagermusvirus isoleret fra Rhinolophus affinis flagermus delte sig for 40 til 70 år siden. Den maksimale sandsynlighed for denne begivenhed, beregnet ved hjælp af tre forskellige bioinformatiske tilgange, faldt i 1948, 1969 eller 1982 [74] [75] . Ændringer i virussens vært er normalt forbundet med nye tilpasninger for at udnytte cellerne fra den nye værtsart optimalt, SARS-CoV-2 ser ud til at have krævet lidt eller ingen signifikant menneskelig tilpasning siden starten af pandemien. Den tætteste flagermusvirus til SARS-CoV-2, RmYN02 (fælles forfader omkring 1976), har klare beviser for samtidig infektion og udvikling hos flagermus uden involvering af andre arter. SARS-CoV-2-stamfaderen er i stand til effektiv menneske-til-menneske-transmission som et resultat af sin adaptive evolutionære historie i flagermus i stedet for mennesker [76] .
SARS-CoV-2 er en indkapslet virus. Konvolut -lipid-dobbeltlaget af sådanne vira er ret følsomt over for udtørring, forhøjede temperaturer og desinfektionsmidler, så sådanne vira steriliseres lettere end uovertrukne vira, overlever mindre godt uden for værtscellen og overføres sædvanligvis fra vært til vært.
Til dato (marts 2020) er der ingen tilstrækkeligt fuldstændige og pålidelige skøn over levedygtigheden og persistensen af virusaktivitet uden for kroppen på grund af det store antal påvirkningsfaktorer, den relativt korte observationstid og den lille mængde data, der opnås.
Følgende estimater er kendt i overensstemmelse med analysen udført af specialister fra Sun Yat-sen University (Zhongshan): de optimale betingelser for overførsel af coronavirus er lufttemperatur fra 5 til 8 ° C og luftfugtighed 35-50% [77 ] . Disse resultater blev opnået under analysen af den højeste forekomst fra 20. januar til 4. februar 2020 i Kina og 26 andre lande, baseret på i alt 24.139 bekræftede tilfælde af sygdommen, hvoraf 68,01 % af patienterne var fra Hubei-provinsen. Samtidig blev der taget højde for inkubationsperioden samt karantæneforanstaltninger, som gradvist blev indført i forskellige byer. Undersøgelsen viste, at Covid-19-aktiviteten faldt, når temperaturen oversteg 8,72 °C. Ved 30 °C blev dens infektionsrate nul.
I løbet af forskningen har forskere ved University of Hong Kong identificeret [78][79] at coronavirus forbliver meget stabilt i lang tid ved en temperatur på omkring fire grader, og i mangel af desinfektion vil dens aktivitet først begynde at falde efter 14 dage. Samtidig tåler virussen ikke høje temperaturer og deaktiveres ved 70 grader inden for fem minutter. Ifølge dem blev virussen ikke påvist på papir efter tre timer, på tøj og behandlet træ varede virussen op til to dage, på glas op til fire dage og på plastik op til syv dage. På den ydre overflade af medicinske masker holder det op til syv dage, hvilket indikerer behovet for deres grundige desinfektion.
Ifølge resultaterne af undersøgelser fra flere forskningscentre i USA kan virussen forblive levedygtig i luften efter tre timer, på en kobberoverflade - op til fire timer, på pap - 24 timer, på plastik og rustfrit stål - op til to til tre dage [80] .
Covid-19-pandemi | |
---|---|
Infektion |
|
Stammer |
|
Vacciner mod COVID-19 | |
Medicinske og forskningsinstitutioner |
|
Konsekvenserne af pandemien |
|
Personligheder |
![]() | |
---|---|
Taksonomi | |
I bibliografiske kataloger |