BioRxiv

bioRxiv (udtales "bio(a)rhiv") er et gratis elektronisk arkiv af videnskabelige artikler og fortryk om biologi, oprettet i 2013 af Cold Spring Harbor Laboratory -medarbejderne Richard Sever og John Inglis, svarende til det allerede populære arXiv.org .

Forfattere poster tidligere uanmeldte artikler om bioRxiv for at modtage feedback fra andre portalmedlemmer eller for at hævde opdagelsens forrang. Manuskripter gennemgås ikke før publicering, men de bliver i første omgang kontrolleret af moderatorer for plagiat. Omkring 30 % af forfatterne poster efterfølgende redigerede versioner baseret på de modtagne kommentarer på portalen. De fleste af de manuskripter, der indsendes til bioRxiv, udgives som følge heraf i peer-reviewede tidsskrifter.

Fra november 2021 er mere end 140.000 værker blevet lagt ud på portalen.

Historie

BioRxiv blev lanceret i kølvandet på populariteten af ​​online preprint repositories , hvoraf det første blev skabt af Los Alamos National Laboratory fysiker Paul Ginsparg i 1991, portalen ArXiv.org (udtales [arkiv]). På det tidspunkt, hvor arXiv blev oprettet, var praksis med at dele fortryk inden for fysik ret almindelig - forskere sendte med succes hinanden deres upublicerede rapporter om eksperimenter eller udkast til udgaver af papirer før publicering i tidsskriftet. En sådan udveksling gjorde det muligt ikke kun at modtage kommentarer og kritik fra kolleger før gennemgang, men også at forhindre duplikering af data eller at konsolidere opdagelsens forrang [2] [3] . Snart vandt arXiv stor popularitet, og i juli 2021 blev omkring 1,9 millioner værker lagt på webstedet [4] .

Oprindeligt accepterede arXiv.org udelukkende artikler inden for fysik, men med en stigning i efterspørgslen efter andre grene af videnskaben, indledte Ginsparg i 2003 oprettelsen af ​​en separat sektion til download af fortryk inden for kvantitativ biologi, herunder biologisk statistik , bioinformatik , befolkning biologi . Samtidig blev en separat sektion for biologi-fortryk åbnet af open access -tidsskriftet PeerJ . Men på trods af den voksende popularitet af disse sektioner i repositories (biologipapirerne, der blev hostet i arXiv blev efterfølgende offentliggjort i Nature og PLOS Biology ), søgte portalerne ikke yderligere at udvide mulighederne for at udgive værker på dette område [5] [6] .

I 2013 lancerede molekylærbiolog Richard Sever fra Cold Spring Harbor Laboratory (CSHL) sammen med kollegaen John Inglis en lignende arXiv-portal kaldet bioRxiv hostet af HighWire [ [7] [5] . BioRxiv var formelt tilknyttet CSHL [8] og dets hovedmål var at fremskynde formidlingen af ​​viden og give mulighed for kritiske kommentarer og feedback på endnu ikke offentliggjort arbejde inden for biologi [9] . Først i det første driftsår blev 800 fortryk [10] uploadet til portalen , og i alt for perioden fra 2013 til 2016 omkring 3.000 værker [11] . I 2019 var deres antal steget til 40.000 [12] . Fra november 2021 indeholder portalen data om mere end 140.000 fortryk [13] .

I 2016 underskrev bioRxiv en aftale med Biophysical Journal , ELife , The EMBO Journal , EMBO Molecular Medicine , EMBO Reports , G3: Genes, Genomes, Genetics , Molecular Systems Biology , hvorefter forfattere af fortryk offentliggjort på portalen kan indsende deres artikler til gennemgang direkte gennem bioRxiv uden at skulle genuploade filer og genindsætte information på tidsskriftets hjemmeside [11] .

bioRxivs advisory board omfatter blandt andre arXiv-skaberen Paul Ginsparg og Google Academy -medstifteren Anurag Acharya [9] .

Sådan virker det

Kun manuskripter, der ikke tidligere har været publiceret i videnskabelige tidsskrifter og ikke har gennemgået peer review, er tilladt til placering på bioRxiv. Når de udgiver en artikel, kan forfattere karakterisere deres arbejde som nyt, bekræfte eller afkræfte eksisterende videnskabelig forskning, og desuden vælge en af ​​26 tematiske kategorier. Efter at en artikel er indsendt, tjekker moderatorerne den for stødende eller uvidenskabeligt indhold, men redigerer eller gennemgår ikke selve teksten. Typisk bliver artikler offentlige inden for et par timer efter at de er blevet uploadet [14] . Efterfølgende kan forskere enten publicere reviderede versioner af værket eller tilføje links til tidsskriftspublikationer af fortrykket [9] .

Hvert fortryk er tildelt en DOI , som sammen med andre altmetriske og PDF-downloadtællerdata er tilgængelig for alle brugere. Når et fortryk publiceres som en artikel i et videnskabeligt tidsskrift, opdaterer bioRxiv den gamle version med et link til publikationen. Artikler om bioRxiv er indekseret af Googles søgemaskine og Google Scholar, men er ikke inkluderet i PubMed -systemet , som kun gemmer peer-reviewede materialer [14] .

Fra 2016 var de fleste af artiklerne offentliggjort på bioRxiv inden for evolutionær biologi , genetik og genomik [14] .

BioRxiv accepterer preprint-artikler, der dækker alle aspekter af biologiforskning. Når forfatteren poster en artikel, henviser forfatteren den til en af ​​følgende kategorier [15] :

• Dyrenes etologi og intelligens
• Biokemi
• Bioteknik
• bioinformatik
• Biofysik
• Biologi af ondartede tumorer
• Cytologi
• Klinisk undersøgelse
• udviklingsbiologi
• Økologi
• Epidemiologi
• evolutionær biologi
• Genetik
• Genomik
• Immunologi
• Mikrobiologi
• Molekylær Biologi
• Neurovidenskab
• Palæontologi
• Patologi
• Farmakologi
• Toksikologi
• Fysiologi
• Botanik
• Videnskabelig kommunikation og uddannelse
• syntetisk biologi
• Systembiologi
• Zoologi

Indflydelse

I 2019 analyserede forskere 7.087 papirer indsendt til bioRxiv og sammenlignede altmetriske målinger med ikke-deponerede papirer. Resultaterne viste, at fortryk offentliggjort i bioRxiv i gennemsnit blev citeret 36 % oftere og havde 49 % højere altmetriske værdier [16] . De opnåede data indikerer en langsigtet positiv indvirkning af udgivelsen af ​​fortryk på antallet af citater og ikke kun på antallet af deres fremkomst, som tidligere bevist i analysen af ​​papirer udgivet på arXiv.org [16] [17] [16] .

Omkring 30 % af fortryk offentliggjort på bioRxiv forbliver upublicerede i tidsskrifter - lignende data blev opnået ved analyse af publiceringsaktivitet på arXiv. Samtidig optræder næsten halvdelen af ​​de efterfølgende publicerede fortryk af bioRxiv i tidsskrifterne Elsevier , Nature , Public Library of Science og Oxford University Press [12] . BioRxiv er mest populær blandt amerikanske og britiske forskere , med meget mindre popularitet i Kina , Rusland og Tyrkiet [18] .

Noter

1. ↑ WorldCat  (pl.) - 1971.
2. ↑ Pinfield, 2001 .
3. ↑ Vivienne Bachelet. Hvad er fortryk? . Medwave (2017). Hentet 1. maj 2021. Arkiveret fra originalen 11. maj 2021. (ubestemt)
4. ↑ Månedlige indsendelser . Cornell University. Dato for adgang: 2021-04-37. Arkiveret 7. maj 2021. (ubestemt)
5. ↑ 1 2 Ewen Callaway. Fortryk kommer til live . Natur (12. november 2013). Hentet 2. juli 2021. Arkiveret fra originalen 15. december 2021. (ubestemt)
6. ↑ Ewen Callaway. Genetikere ser på potentialet ved arXiv . Natur (31. juli 2012). Hentet 29. juni 2021. Arkiveret fra originalen 11. august 2021. (ubestemt)
7. ↑ HighWire på 25: Richard Sever (bioRxiv) ser tilbage . High Wire (12. august 2020). Hentet 5. juli 2021. Arkiveret fra originalen 9. juli 2021. (ubestemt)
8. ↑ Preprint-serveren til biologi . CSHL (12. november 2013). Hentet 3. juli 2021. Arkiveret fra originalen 9. juli 2021. (ubestemt)
9. ↑ 1 2 3 Jocelyn Kaiser. Ny Preprint-server har til formål at være biologers svar på fysikeres arXiv . Videnskab (12. november 2013). Hentet 28. juni 2021. Arkiveret fra originalen 9. juli 2021. (ubestemt)
10. ↑ Jocelyn Kaiser. BioRxiv på 1 år: En lovende start . Videnskab (11. november 2014). Hentet 29. juni 2021. Arkiveret fra originalen 28. juli 2021. (ubestemt)
11. ↑ 1 2 bioRxiv fortryk kan nu indsendes direkte til førende forskningstidsskrifter . Fysik org (15. januar 2016). Hentet 29. juni 2021. Arkiveret fra originalen 18. marts 2018. (ubestemt)
12. ↑ 12 Anderson , 2019 .
13. ↑ Alle artikler . BioRxiv. Hentet 22. november 2021. Arkiveret fra originalen 21. november 2021. (ubestemt)
14. ↑ 1 2 3 John Sever. bioRxiv: en statusrapport . ASAPbio. Hentet 29. juni 2021. Arkiveret fra originalen 9. juli 2021. (ubestemt)
15. ↑ Om bioRxiv . bioRxiv. Hentet 3. juli 2021. Arkiveret fra originalen 1. december 2018. (ubestemt)
16. ↑ 1 2 3 Fraser, 2020 , s. 618-636.
17. ↑ Gemma Conroy. Fortryk øger artiklens citater og omtaler . Naturindeks (9. juli 2019). Hentet 3. juli 2021. Arkiveret fra originalen 9. juli 2021. (ubestemt)
18. ↑ Abdill, 2020 .

Litteratur

• Abdill R., Adamowicz E., Blekhman R. Meta-Research: Internationalt forfatterskab og samarbejde på tværs af bioRxiv-fortryk  // eLife. – 2020. }
• Fraser N., Momeni F., Mayr P., Peters I. Forholdet mellem bioRxiv-fortryk, citater og altmetrics. - 2020. - Vol. 1 , udgave. 2 . - S. 618-638 . - doi : 10.1162/qss_a_00043 .
• Kent R. Anderson. bioRxiv: Tendenser og analyse af fem års fortryk // Foreningen af ​​lærde og professionelle samfundsforlag. - 2019. - S. 1-6 . - doi : 10.1002/leap.1265 .
• Nicolalde B., Anazco D., Mushtaq M., Espinosa I., Gimenez J., Teran E. Citater og udgivelseshastighed af fortryk om farmakologiske indgreb til COVID-19: Det gode, det dårlige og det grimme.  // Forskningsplads. – 2020.
• Pinfield S. Hvordan bruger fysikere et e-print-arkiv?  (engelsk)  // D-lib magazine. - 2001. - Bd. 7 , iss. 12 . — ISSN 1082-9873 .

Links

• Officiel side
• Rxivist bioRxiv Preprint Ranking

I sociale netværk	Twitter
Tematiske steder	OCLC