Finnlakeviridae

Finnlakeviridae

Elektronmikrofotografi af Flavobacterium virus FLiP virioner
videnskabelig klassifikation
Gruppe:Virus [1]Rige:VaridnaviriaFamilie:Finnlakeviridae
Internationalt videnskabeligt navn
Finnlakeviridae
Baltimore-gruppen
II: ssDNA-vira

Finnlakeviridae  (lat.) er en familie af DNA-holdige bakteriofager med uklar taksonomisk position. Fra 2022 inkluderer familien en enkelt slægt Finnlakevirus , repræsenteret af en enkelt art Flavobacterium-fag FLiP . Denne virus blev beskrevet i 2010 og er den første kendte virus medet enkeltstrenget DNA (ssDNA) genom , der har en indre membran . Længden af ​​Finnlakevirus- genomet er omkring 9,2 tusinde nukleotider . Med hensyn til genomisk sekvens viser Finnlakevirus ikke ligheder med andre beskrevne vira [2] .

Beskrivelse

Capsid

Flavobacterium-fagen FLiP virion består af et icosahedral proteinkapsid og en indre kappe. Virionet indeholder et genom repræsenteret ved cirkulært ssDNA. Viriondiameteren er omkring 59 nm . Pentameriske pigge, omkring 12 nm lange , strækker sig fra de hjørner, hvor de fem planer konvergerer. Den indre overflade af proteinkapsidet er dækket med et lipiddobbeltlag på ca. 5 nm tykt. Capsidet består af molekyler af hoved [3] capsidproteinet ( major capsidprotein, MCP ) . Den generelle organisation af capsidet ligner den for Pseudoalteromonas-fagen PM2 phage , hvis genom er repræsenteret af dobbeltstrenget DNA. MCP'en består af to β-cylindre , hvis topologi ligner en gelérulle , derefter kombineres de til trimere , der danner pseudohexamere komplekser . En lignende organisation af MCP er blevet beskrevet i nogle repræsentanter for kongeriget Bamfordvirae , såsom fagen Enterobacteria-fagen PRD1 fra familien Tectiviridae [2] .  

Virioner er følsomme over for chloroform , har en flydende densitet på 1,21 g/l i cæsiumchloridopløsning og 1,18 g/l i saccharoseopløsning [4] . Blandt lipiderne i virionet dominerer ceramider . Lipidsammensætningen af ​​virionets indre membran adskiller sig fra værtsbakteriecellens, derfor sker der under samlingen af ​​virion selektiv optagelse af lipider fra bakteriecellen [2] .

Genom

Flavobacterium fag FLiP virioner indeholder en enkelt kopi af 9174 nukleotid genomet. Genomet er repræsenteret af cirkulært ssDNA og har en GC-sammensætning på 34%. Genomsekvensen af ​​Flavobacterium-fagen FLiP er langt fra alle andre i øjeblikket kendte vira. I genomet forudsiges 16 kodende sekvenser ( engelsk  kodende sekvenser, CDS ), placeret i samme orientering. Fem CDS'er, nemlig CDS7-9, 11 og 14, koder for strukturelle proteiner. Sekvensen af ​​CDS14-proteinproduktet ligner nogle lytiske transglycosylaser , og CDS15-proteinet er tæt på proteiner involveret i rullende ringreplikation [2] .

Livscyklus

Flavobacterium fag FLiP er en lytisk fag og udløser lysis af værtscellen , som frigiver afkomsvirioner. CDS14 koder sandsynligvis for et virion-associeret lytisk protein, der er involveret i spaltningen af ​​peptidoglycan -cellevæggen af ​​den inficerede bakterie. Flavobacterium-fagen FLiP koder ikke for sine egne DNA- og RNA-polymeraser . Ligheden mellem CDS15-proteinproduktet og proteiner involveret i rullende ringreplikation antyder, at Flavobacterium-fagen FLiP- genomet duplikerer ved denne mekanisme, som bruges af mange andre ssDNA-holdige vira. Fraværet af FLiP- gener i Flavobacterium-faggenomet, der koder for den formodede ATPase , der er involveret i pakningen af ​​genomet i capsidet, indikerer, at ladningen af ​​genomet i virioner sker ved en anden mekanisme [2] .

Studiehistorie

Flavobacterium-fagen FLiP blev isoleret i 2010 sammen med dens vært, den gramnegative bakterie Flavobacterium (mere præcist, Flavobacterium sp. stamme B330.), fra det kystnære ferskvand i Jyväsjärvi -søen ( fin. Jyväsjärvi ) i Finland [2] . Allokeringen af ​​virussen til en separat familie , Finnlakeviridae , blev foreslået af International Committee on Taxonomy of Viruses i 2019 [2] . Efterfølgende blev det inkluderet i riget Varidnaviria , hvor det er den eneste familie, hvis repræsentanter har genomer i form af ssDNA [5] .

Noter

  1. ↑ Taxonomy of Viruses  på webstedet International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) .
  2. ↑ 1 2 3 4 5 6 7 Mäntynen S. , Laanto E. , Sundberg LR , Poranen MM , Oksanen HM , Report Consortium I. ICTV Virus Taksonomy Profile: Finnlakeviridae .  (engelsk)  // The Journal Of General Virology. - 2020. - September ( bind 101 , nr. 9 ). - S. 894-895 . - doi : 10.1099/jgv.0.001488 . — PMID 32840474 .
  3. ↑ Bogomolova Elena Grigoryevna. Oprettelse og karakterisering af et immunogen baseret på VP6- og VP8-proteiner fra gruppe A rotavirus  : afhandling. - Sankt Petersborg. , 2019. Arkiveret fra originalen den 22. juni 2021.
  4. ↑ Laanto E. , Mäntynen S. , De Colibus L. , Marjakangas J. , Gillum A. , Stuart DI , Ravantti JJ , Huiskonen JT , Sundberg L.-R. Virus fundet i en boreal sø forbinder ssDNA- og dsDNA-vira  //  Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2017. - 17. juli ( bd. 114 , nr. 31 ). - P. 8378-8383 . — ISSN 0027-8424 . - doi : 10.1073/pnas.1703834114 .
  5. ↑ Koonin EV, Dolja VV, Krupovic M., Varsani A., Wolf YI, Yutin N., Zerbini M., Kuhn JH Skab en megataksonomisk ramme, der udfylder alle vigtigste taksonomiske rækker, for DNA-vira, der koder for vertikal jelly roll-type hovedkapsid proteiner  (engelsk) (docx). International Committee on Taxonomy of Viruses (18. oktober 2019). Hentet 10. juni 2020. Arkiveret fra originalen 4. januar 2022.