RNA-interferens

RNA-interferens ( eng.  RNA-interferens, RNAi ) er processen med at undertrykke genekspression på stadiet med transkription , translation , deadenylering eller nedbrydning af mRNA ved hjælp af små RNA-molekyler.

RNA-interferensprocesser er blevet fundet i cellerne i mange eukaryoter : hos dyr , planter og svampe . RNA-interferenssystemet spiller en vigtig rolle i at beskytte celler mod vira , parasitiske gener  ( transposoner ) og ved at regulere udviklingen , differentieringen og ekspressionen af ​​en organismes gener .

Processen med RNA-interferens begynder med virkningen af ​​enzymet Dicer , som skærer lange dobbeltstrengede RNA-molekyler (dsRNA) i korte fragmenter af størrelsesordenen 21-25 nukleotider kaldet siRNA . En af de to strenge af hvert fragment kaldes en "guide", dette enkeltstrengede RNA er yderligere inkluderet i RNA-proteinkomplekset RISC . Som et resultat af RISC-aktivitet binder et enkeltstrenget RNA-fragment til en komplementær sekvens af mRNA-molekylet og får Argonaute -proteinet til at skære mRNA'et eller inhibere translation og/eller mRNA-deadenylering. Disse hændelser fører til undertrykkelse af ekspressionen (silencing) af det tilsvarende gen, hvis effektivitet er begrænset af koncentrationerne af små RNA-molekyler - siRNA og mikroRNA .

Den selektive effekt af RNA-interferens på genekspression gør RNAi til et nyttigt værktøj til undersøgelser af cellekulturer og levende organismer, da syntetiske dobbeltstrengede RNA'er introduceret i celler forårsager undertrykkelse af specifikke gener. RNAi bruges til storstilet forskning inden for molekylærbiologi , biokemi , bioteknologi og medicin . For eksempel bruges RNA-interferens til systematisk at "slukke" gener i celler og etablere geners funktioner i studiet af celledeling .

Historisk har RNA-interferens været kendt som post-transkriptionel gendæmpning . Det var ikke før disse angiveligt urelaterede processer blev undersøgt, at det blev klart, at de alle beskrev manifestationer af RNAi. I 2006 modtog de amerikanske videnskabsmænd Andrew Fire og Craig Mello Nobelprisen i fysiologi eller medicin for deres arbejde med studiet af RNA-interferens i nematoden Caenorhabditis elegans [1] , offentliggjort i 1998 [2] .

Historie

Før opdagelsen af ​​RNA-interferens i planter blev transkriptionshæmning af antisense RNA'er beskrevet [4] . I 1990, for at ændre farven på petunia ( Petunia hybrida ) blomster, blev yderligere kopier af genet for chalcone synthase, et enzym nødvendigt for syntesen af ​​pink og lilla pigmenter, indført i planter. Øget ekspression af syntasegenet resulterede dog ikke i en mørkere farve af perianth , tværtimod blev blomsterne lysere og endda delvist hvide. De opnåede resultater indikerede, at aktiviteten af ​​enzymet ikke steg, men faldt. Chalcone syntasegenerne blev udtrykt på et lavere niveau end før introduktionen af ​​transgenet . [5] [6] Nogen tid senere blev "gen-silencing" beskrevet i svampen Neurospora crassa , men denne proces er ikke blevet korreleret med processer beskrevet for planter [7] . Yderligere undersøgelser har vist, at mRNA-nedbrydning i planter fører til et fald i genaktivitet gennem mekanismen for post-transkriptionel hæmning [8] . Dette fænomen blev kaldt "cosuppression af genekspression", men mekanismen for denne proces var ikke kendt [9] .

En lignende uventet effekt er blevet beskrevet i et forsøg på at øge planters resistens over for vira . Det var kendt, at planter, der udtrykker virale proteiner, har øget resistens over for viral infektion, men yderligere undersøgelser har vist, at resistens mod infektion med andre vira kun tilvejebringes af korte strækninger af ikke-kodende viral RNA. Forskere mente også, at transgene virale RNA'er også kunne hæmme viral replikation [10] . Et omvendt eksperiment, hvor korte sekvenser af plantegener blev introduceret i virusgenomet , viste, at målgener blev undertrykt i inficerede planter. Dette fænomen er blevet kaldt " virus-induceret gen-silencing, VIGS ", og kombinationen af ​​sådanne fænomener er blevet kaldt post-transcriptional gen silencing ( eng  . post transcriptional gene silencing ) [11] .  

Efter observationer lavet på planter har mange laboratorier rundt om i verden forsøgt at opdage et lignende fænomen i andre organismer [12] [13] . Craig Mello og Andrew Fire beskrev i et Nature - papir fra 1998 effekten af ​​gendæmpning, efter at dobbeltstrenget RNA blev introduceret i kroppen af ​​rundormen Caenorhabditis elegans [2] . I undersøgelser af reguleringen af ​​muskelproteinsyntese viste Mello og Fire, at administration af mRNA eller antisense RNA'er ikke påvirkede proteinsyntesen , mens administration af dobbeltstrengede RNA'er med succes reducerede målgenekspression. Resultatet af disse værker var fremkomsten af ​​udtrykket RNA-interferens . Undersøgelserne af Fire og Mello er bemærkelsesværdige ved, at i løbet af deres arbejde blev det aktive princip i systemet med post-transkriptionel gendæmpning afsløret. I 2006 modtog Fire og Mello Nobelprisen i fysiologi eller medicin for deres forskning inden for RNA-interferens [1] .

Komponenter

Ribonukleinkomponenten i RNA-interferenssystemet kan repræsenteres af endogene og eksogene korte dobbeltstrengede oligonukleotider af to typer - mikroRNA og lille interfererende RNA ( siRNA ) . 

Små interfererende RNA'er

Små interfererende RNA'er er dobbeltstrengede RNA'er på 21-25 nukleotider lange med to uparrede overhængende nukleotider i 3'-enderne. Hver kæde af nukleotider har en fosfatgruppe i 5'-enden og en hydroxylgruppe i 3'-enden. Denne siRNA-struktur er dannet af aktiviteten af ​​Dicer -enzymet , hvis substrat er lange dobbeltstrengede RNA'er eller korte hårnåle-holdige RNA'er . [14] Duplekserne af små interfererende RNA'er går derefter ind i det katalytiske RISC - kompleks , hvor dupleksen, med deltagelse af Argonaute-proteinet, ikke snoes, og der dannes et komplementært kompleks af kort antisense-RNA med en specifik sekvens i den mRNA-kodende region, hvilket fører til yderligere nedbrydning af sidstnævnte. I modsætning til miRNA'er parrer små interfererende RNA'er som regel nøjagtigt med målet og fører til endonukleolytisk spaltning af et enkelt specifikt mRNA [15]

mikroRNA

MicroRNA'er ( eng.  MicroRNA, miRNA ) er ikke-kodende RNA'er 21-22 nukleotider lange, involveret i reguleringen af ​​genekspression . MikroRNA'er binder til specifikke mRNA -sekvenser i den 3'-utranslaterede region og forårsager enten translationel inhibering eller poly(A) -haledeletion . MikroRNA-molekyler udtrykkes som primære transkripter af lange gener, der koder for mikroRNA-precursorer ( pri  -miRNA, primordial miRNA ), og efter behandling i cellekernen er de præ-miRNA-stilk-loop-strukturer omkring 70 nukleotider lange . Pri-miRNA til præ-miRNA-behandlingskomplekset indeholder et RNase III -enzym kaldet Drosha og et dobbeltstrenget RNA-bindende protein Pasha . Den dobbeltstrengede del af præ-miRNA'et binder og skæres af Dicer-proteinet (i Drosophila melanogaster behandles miRNA'er og små interfererende RNA'er af forskellige isoformer af Dicer -enzymet [16] ); i dette tilfælde dannes et modent mikroRNA-molekyle, som derefter kan komme ind i RISC [17] [18] [19] . Der er også en vej for miRNA-dannelse uafhængig af Dicer. Behandling af mikroRNA-precursoren i dette tilfælde udføres af Argonaute 2-proteinet [20] [21] .

Hos dyr matcher miRNA'er typisk mål-mRNA'et og kan hæmme translationen af ​​mange mRNA'er med lignende sekvenser. Hos planter kan parringen i mange tilfælde være fuldstændig.

RISC

Den katalytiske del af RISC ( RNA- induceret silencing complex ) er endonukleaseproteiner fra Argonaute - familien , som skærer mRNA komplementært til associeret lille interfererende RNA [1] . Da de fragmenter, der dannes efter skæring med Dicer -proteinet , er dobbeltstrengede, kan hver af strengene potentielt være et lille interfererende RNA ( eng. siRNA ). Imidlertid binder kun en af ​​de to strenge, kaldet guidestrengen , til Argonaute-proteinet og undertrykker genekspression . En anden streng, kaldet passagerstrengen , anti-guidestreng , gennemgår nedbrydning under RISC-aktivering [22] . Selvom man tidligere har troet, at kæderne er adskilt af en ATP - afhængig helicase [23] , er det nu blevet vist, at denne proces er ATP-uafhængig og udføres direkte af de proteiner, der udgør RISC [24] [25 ] ] . Valget af guidestreng er uafhængigt af den retning, hvori Dicer skærer det dobbeltstrengede RNA, før det kommer ind i RISC [26] [27] . R2D2-proteinet kan være en faktor, der adskiller den mere stabile 5'-ende af ledsagekæden under binding [28] .     

Bindingen af ​​RNA-molekyler til det RNA-bindende domæne af et protein fra Argonaute-familien blev undersøgt ved anvendelse af røntgendiffraktionsanalyse . I dette tilfælde kommer den phosphorylerede 5'-ende af det enkeltstrengede RNA ind i proteinets konservative lomme, hvor det 5'-terminale fosfat tilbageholdes af koordinationsbindinger med deltagelse af Mg 2+ ionen og adeninresten indgår i stablingsinteraktioner med den konservative tyrosinrest . Denne region af proteinet stimulerer tilsyneladende bindingen af ​​små interfererende RNA'er til mål-mRNA'et [29] .

Til dato er den mekanisme, hvorved RISC finder komplementært mRNA inde i cellen, ikke godt forstået. Det er blevet vist, at translation ikke er påkrævet for vellykket mRNA-nedbrydning af siRISC-komplekset [30] . Desuden er det blevet vist, at RNA-interferensvejen kan være mere effektiv mod mål-mRNA'er, der ikke i øjeblikket er oversat [31] . Proteiner fra Argonaute-familien er den katalytiske komponent af RISC og findes i specifikke områder af cytoplasmaet kendt som P -legemer [32 ] ; Det er blevet vist, at aktiviteten af ​​små interfererende RNA'er og mRNA-nedbrydning er maksimal præcist i P-legemer [33] . P-legemer er en vigtig del af RNA-interferenssystemet. Deres ødelæggelse fører til et fald i effektiviteten af ​​denne proces. [34] .  

Mekanisme

RNA-interferens er en RNA-afhængig gendæmpningsproces , der styres af RISC. RISC aktiveres i cellecytoplasmaet , hvor korte dobbeltstrengede RNA-molekyler interagerer med den katalytiske komponent af RISC, Argonaute -proteinet [1] . I det tilfælde, hvor dobbeltstrenget RNA er eksogent (opstår som et resultat af laboratoriemanipulationer eller infektion med en RNA-holdig virus), er RNA'et direkte i cytoplasmaet, hvor det skæres i korte fragmenter (siRNA) af Dicer -proteinet , og det resulterende siRNA-holdige funktionelle kompleks kaldes siRISC. I tilfælde af premiRNA'er udtrykt fra ikke -kodende RNA- gener , udløses RNAi af endogent dobbeltstrenget RNA. De primære transkripter af sådanne gener behandles først i kernen for at danne pre - miRNA'er , der indeholder specifikke stamløkkestrukturer. PræmiRNA'erne eksporteres derefter til cytoplasmaet og spaltes af Dicer-proteinet for at danne miRNA'er, som er inkorporeret i et mikroRNA-holdigt kompleks kaldet miRISC . RISC er således stedet, hvor to RNA-interferensveje induceret af eksogene og endogene dobbeltstrengede RNA'er krydser [36] .

Skæring af dobbeltstrenget RNA

Eksogent dobbeltstrenget RNA udløser RNA-interferenssystemet ved at aktivere enzymet ribonuclease Dicer [ 14] , som binder og skærer RNA-duplekser, hvilket resulterer i dannelsen af ​​dobbeltstrengede siRNA-fragmenter 21-25 bp lange, med flere uparrede baser i hver ende [38] [39] [40] [41] . Bioinformatisk analyse af genomerne af mange organismer tyder på, at en sådan længde af siRNA øger deres specificitet for målgenet og reducerer sandsynligheden for uspecifik binding [42] . Yderligere er siRNA'er opdelt i separate kæder og involveret i RISC (siRISC). Når de er integreret i RISC, binder siRNA'er komplementært til mål-mRNA'et og forårsager, at mRNA'et skæres , hvilket forhindrer dets translation [43] .

Eksogent dobbeltstrenget RNA genkendes og bindes af specielle effektorproteiner (for eksempel RDE-4 i Caenorhabditis elegans og R2D2 i Drosophila ), der øger aktiviteten af ​​Dicer-proteinet [44] . Disse effektorproteiner binder kun til lange dobbeltstrengede RNA'er, men affinitetsmekanismen for sådanne substrater er ukendt [44] . Sådanne RNA-bindende proteiner letter overførslen af ​​skåret siRNA'er til RISC -komplekset [45] .

I Caenorhabditis elegans kan RNA-interferensinitieringsvejen i cellen forbedres som et resultat af syntesen af ​​"sekundære" siRNA'er på skabelonen af ​​"primære" små interfererende RNA'er [46] . "Sekundære" siRNA'er adskiller sig i struktur fra dem, der dannes som et resultat af aktiviteten af ​​Dicer-proteinet, og syntetiseres tilsyneladende af RNA-afhængig RNA-polymerase ( RNA -  afhængig RNA-polymerase, RdRP ) [47] [48] .

Transskriptionsdæmpning

Mange eukaryoter bruger RNA-interferenssystemet til at opretholde genomstrukturen . Kemisk modifikation af histoner og overgangen af ​​de tilsvarende sektioner af kromosomer til tilstanden af ​​heterochromatin fører til et fald i transskriptionen af ​​de tilsvarende gener [49] ; denne proces refererer til RNA- induceret transkriptionel silencing (RITS ) og udføres af et komplekst sæt af proteiner .  I fissionsgær indeholder dette kompleks Argonaute , et protein med Chp1-chromodomænet, og et protein kaldet Tas3 med en ukendt funktion [ 50] . Som en konsekvens kræver induktion og udvidelse af heterochromatin - regioner tilstedeværelsen af ​​Argonaute-proteiner og RNA-afhængig RNA-polymerase [51] . Faktisk forringer deletion af disse gener i fissionsgæren Schizosaccharomyces pombe histonmethylering og centromerdannelse [52] og får anafase til at bremse eller stoppe under celledeling [53] . I nogle tilfælde er sådanne processer forbundet med histonmodifikation og har vist sig at øge transkriptionen af ​​de tilsvarende gener [54] .

Mekanismen, hvorved RITS-komplekset inducerer dannelsen af ​​heterochromatin , er ikke fuldt ud forstået. En væsentlig del af forskningen er rettet mod at studere den region af gærgenomet , der regulerer den parringstype  -region , men denne region er muligvis ikke repræsentativ i tilfælde af genomerne fra andre organismer. For at bevare eksisterende regioner af heterochromatin danner RITS komplekser med små interfererende RNA'er komplementære til de tilsvarende gener og binder stærkt til methylerede histoner. RITS virker derefter på tidspunktet for transkription for at nedbryde eventuelle præ-mRNA'er syntetiseret af RNA-polymerase. Dannelsen af ​​sådanne heterochromatinregioner kræver Dicer-enzymet, som syntetiserer primære komplementære siRNA'er involveret i transkriptnedbrydning [55] . Opretholdelse af kromosomregioner i en heterochromatin-tilstand synes at være et eksempel på positiv feedback , da små interfererende RNA'er, der er en del af RITS, dannes ud fra tilfældige transkripter syntetiseret af RNA-afhængig RNA-polymerase [56] . Data opnået i undersøgelsen af ​​de centromere regioner af gærkromosomer kan sandsynligvis ikke udvides til pattedyr , da opretholdelsen af ​​heterochromatin-regioner i sidstnævnte ikke altid afhænger af RNA-interferenssystemet [57] .

Link til RNA-redigering

Den mest almindelige form for RNA-redigering i højere eukaryoter er omdannelsen af ​​adenosin til inosin i dobbeltstrenget RNA , som udføres af enzymet adenosindeaminase [58] . I 2000 blev det foreslået, at RNA-interferensvejen og A→I RNA-redigeringsvejen kunne konkurrere om et fælles dobbeltstrenget RNA-substrat [59] . Faktisk kan nogle små interfererende RNA-precursorer udsættes for A→I-redigering [60] [61] , og denne mekanisme kan regulere behandlingen og ekspressionen af ​​modne små interfererende RNA-molekyler [ 61] [62] . Undersøgelser af linjer af rundormen Caenorhabditis elegans , der mangler A→I RNA-redigeringsenzymet, har vist, at RNA-redigering kan forhindre dæmpning af endogene gener og transgener via RNA-interferensvejen [63] .

Forskelle mellem organismer

Organismer adskiller sig i deres evne til at opfatte fremmed dobbeltstrenget RNA og bruge dem i processen med RNA-interferens. Virkningerne af RNAi i planter og Caenorhabditis elegans (men ikke i Drosophila og pattedyr ) kan være nedarvet eller kan være systemisk. I planter kan RNA-interferenssystemet udbrede små interfererende RNA'er langs plasmodesmata (kanaler i cellevægge, der udfører kommunikation og transport) [23] . Arv sikres ved methylering af promotorer , det ændrede methyleringsmønster overføres som følge af deling til datterceller [65] . Betydelige forskelle i målene for små interfererende RNA'er mellem planter og dyr skyldes, at i planter er mikroRNA'er i høj grad komplementære til ribonukleine mål og forårsager mRNA-nedbrydning i RISC, mens små interfererende RNA'er hos dyr adskiller sig stærkt i nukleotidsekvens og forårsager undertrykkelse af oversættelse [64] . MikroRNA'er kan påvirke translationsinitiering ved at interagere med translationsinitieringsfaktorer og med mRNA - poly(A) -kanalen [66] .

Nogle protozoer, såsom Leishmania major og Trypanosoma cruzi , har ingen komponenter i RNA-interferensvejen [67] [68] . De fleste af komponenterne i RNA-interferenssystemet er også fraværende i nogle svampe, for eksempel i modelorganismen Saccharomyces cerevisiae [69] . Tilstedeværelsen af ​​komponenter i RNA-interferenssystemet i andre fissionsgær, såsom Saccharomyces castellii og Candida albicans , er blevet vist . Induktion af to proteiner i RNA-interferenssystemet fra Saccharomyces castellii letter denne proces i Saccharomyces cerevisiae [70] . Det faktum, at nogle ascomyceter og basidiomyceter ikke har en RNA-interferensvej indikerer, at generne, der koder for de proteiner, der kræves til denne proces, uafhængigt er gået tabt i mange svampeafstamninger, sandsynligvis på grund af udviklingen af ​​en ny pathway med lignende funktioner, eller pga. tabet af adaptive fordele i disse økologiske nicher [71] .

RNAi-analoger i prokaryoter

Genekspression i prokaryoter reguleres af et RNA-baseret system, der i nogle henseender ligner RNA-interferenssystemet. I prokaryoter er gener blevet beskrevet, der koder for specielle RNA'er, der styrer spredningen og translationen af ​​mRNA ved at parre med komplementære sekvenser. Disse regulatoriske RNA'er er dog ikke komplette analoger af små interfererende RNA'er , da Dicer -enzymet ikke er involveret i denne proces [72] . Det er blevet vist, at systemet med korte palindromiske gentagelser, der regelmæssigt er arrangeret i grupper ( CRISPR ) hos prokaryoter, ligner systemet med RNA-interferens i eukaryoter, selvom homologe eukaryote proteiner ikke er kendt for nogen af ​​komponenterne i det prokaryote system [73] .

Biologiske funktioner

Immunitet

RNA-interferenssystemet er en vigtig del af immunresponset på vira og andet fremmed genetisk materiale. I planter forhindrer RNA-interferenssystemet spredning af transposoner [74] . Planter har flere homologer af Dicer -proteinet , der er rettet mod forskellige typer vira [75] . Det har vist sig, at induceret gendæmpning i planter kan overføres fra grundstammen til den podede plante [76] . Denne egenskab ved planters adaptive immunsystem tillader, efter den indledende lokale indtrængning af virussen, at reagere på gentagne penetrationer af virussen i hele kroppen [77] . Som svar udviklede mange vira sig til at erhverve mekanismer, der undertrykker RNA-interferenssystemet i planteceller [78] . Virale proteiner er blevet beskrevet, som binder korte dobbeltstrengede RNA-fragmenter med enkeltstrengede fremspring, der er et resultat af aktiviteten af ​​Dicer-proteinet [79] . Nogle planter udtrykker endogene små interfererende RNA'er som reaktion på infektion med visse bakterier [80] . Disse effekter kan være en del af en generel reaktion på patogener , hvor mange metaboliske processer i værten reduceres som reaktion på infektion [81] .

Selvom dyreceller har en tendens til at udtrykke færre varianter af Dicer -enzymet end planter, har RNA-interferenssystemet i dyr været impliceret i det antivirale respons i nogle tilfælde. RNA-interferens i juvenil og voksen Drosophila spiller en vigtig rolle i medfødt antiviral immunitet og er involveret i forsvar mod patogener såsom Drosophila X-virus[82] [83] . RNA-interferenssystemet i Caenorhabditis elegans spiller en lignende rolle i immunitet : ekspressionen af ​​Argonaute - proteinerøges under virusinfektion, mens orme, hvor ekspressionen af ​​RNA-interferensvejgener øges, bliver resistente over for virusinfektion [84] [85] .

Rollen af ​​RNA-interferenssystemet i pattedyrs medfødte immunitet er ikke fuldt ud forstået. Men det faktum, at nogle vira indeholder gener, der reducerer responsen af ​​RNAi-systemet i pattedyrsceller, indikerer tilstedeværelsen af ​​et immunrespons forårsaget af RNAi-systemet [86] [87] . Hypotesen om immunitet medieret af RNA-interferenssystemet hos pattedyr er imidlertid utilstrækkeligt underbygget [88] . Selvom Maillard et al. [89] og Lee et al. [90] præsenterede nye beviser for eksistensen af ​​en funktionel antiviral RNA-interferensvej i pattedyrsceller. Små interfererende RNA'er udtrykt af herpesvirus kan forårsage dannelsen af ​​heterochromatin og føre til overgangen af ​​virussen til en latent tilstand [91] .

Det blev vist, at deletion af én kopi af Dicer1-genet i mus førte til fremkomsten af ​​flere tumorer end i kontrolgruppen, samt nedsatte miRNA-niveauer og overlevelse. Fuldstændig deletion af Dicer1-genet blokerede tumordannelse, sandsynligvis også fordi en vis grad af ekspression af Dicer1-genproduktet er påkrævet for cellevækst. [92]

Arbejder i 2013 viste, at pattedyrsceller har et RNA-interferenssystem, der udviser antiviral aktivitet. [93] [94] Andre funktioner af pattedyrs RNAi-systemet er mikroRNA'er af herpes simplex-virus, som fungerer som organisatorer af heterochromatin og fører til latens af virussen. [95]

Genekspression

Når translation er undertrykt [64] , på nogle stadier af udviklingen af ​​levende organismer, især på stadiet af morfogenese og opretholdelse af celler i en udifferentieret tilstand (f.eks. i tilfælde af stamceller ), endogent udtrykte miRNA'er , som er produkter af intron- og intergenregioner er af stor betydning [96] . Rollen af ​​sådanne endogent udtrykte mikroRNA'er i undertrykkelsen af ​​genekspression blev først beskrevet i nematoden Caenorhabditis elegans i 1993 [97] . I planter blev en sådan miRNA -funktion først beskrevet i modelplanten Arabidopsis thaliana , for hvilken indflydelsen af ​​"JAW miRNA" på reguleringen af ​​flere gener, der kontrollerer udseendet, blev vist [98] . I planter er mikroRNA-regulerede gener normalt transkriptionsfaktorer [99] , så mikroRNA'er regulerer hele gennetværk ved at ændre ekspressionen af ​​nøglegener (inklusive transkriptionsfaktorer og F-boksproteiner ) under embryonal udvikling [100] . I mange organismer, herunder mennesker, er mikroRNA'er involveret i tumordannelse og cellecyklus dysregulering . I dette tilfælde kan miRNA'er være både onkogener og tumorsuppressorer [101] .

Sekvenserne af små interfererende RNA'er og miRNA'er er komplementære til nukleotidsekvenserne i promotorregionerne. Binding af siRNA og miRNA til disse regioner kan føre til en stigning i gentranskription og RNA-aktivering . En stigning i ekspressionen af ​​disse gener sker med deltagelse af Dicer- og Argonaute -proteiner, og histon-demethylering forekommer også [102] [103] .

Evolution

Metoder til beregningsmæssig fylogenetisk analyse indikerer, at den seneste fælles forfader af alle eukaryoter havde RNA-interferens, mens fraværet af et RNA-interferenssystem i nogle eukaryoter er et erhvervet træk [104] . En evolutionært gammel RNA-interferensvej ser ud til at have indeholdt enzymer, der ligner Dicer , Argonaute , PIWI , såvel som RNA-afhængig RNA-polymerase. Sandsynligvis, sammen med RNA-interferens, spillede disse enzymer også andre roller i cellen. Storstilede undersøgelser inden for komparativ genomik indikerer, at en lille gruppe, der blev stamfader til alle eukaryoter, også havde komponenter tæt relateret til DNA-nedbrydningssystemer, for eksempel, der ligner exosomale komplekser [105] . Argonaute-proteinfamilien, der er fælles for mange eukaryoter såvel som archaea og nogle bakterier (f.eks . Aquifex aeolicus ), er homologt og evolutionært afledt af komponenter i translationsinitieringssystemet [ 105] .

Den ældste funktion af RNA-interferenssystemet kaldes som regel beskyttelse mod eksogene genetiske elementer - genomerne af vira og transposoner [104] [106] . Nogle relaterede funktioner, såsom histonmodifikation , kan have været til stede i forfædrene til moderne eukaryoter, mens andre, såsom regulering af udvikling af miRNA'er, ser ud til at være dukket op senere [104] .

Gener af RNA-interferenssystemet i mange eukaryoter er komponenter i det medfødte immunsystem, der modstår vira. Nogle plantevirus har erhvervet mekanismer til at undertrykke responsen fra værtscellens RNA-interferenssystem [78] . Ændringshastigheden i gener i RNA-interferensvejen i Drosophila styres af positiv selektion . Generne af RNA-interferenssystemet udvikler sig med en meget høj hastighed sammenlignet med andre gener i Drosophila-genomet [107] .

Ansøgning

Deaktivering af gener

RNA-interferenssystemet bruges ofte i eksperimentel biologi til at studere funktionen af ​​gener i cellekulturer og i modelorganismer in vivo [1] . Syntetisk dobbeltstrenget RNA, der er komplementært til et givet gen, indføres i en celle eller organisme, hvor et fremmed RNA-molekyle udløser et RNA-interferenssystem. Denne metode gør det muligt for forskere at reducere niveauet af ekspression af det tilsvarende gen betydeligt. At studere konsekvenserne af et fald i ekspressionen af ​​et gen af ​​interesse gør det muligt at belyse den fysiologiske rolle af produktet af dette målgen. Da RNA-interferenssystemet ikke helt kan slå genekspression fra, kaldes denne metode " gen knockdown " - i modsætning til fuldstændig fjernelse af genet, " gen knockout " [108] .

Betydelige fremskridt inden for beregningsbiologi muliggør udviklingen af ​​dobbeltstrengede RNA'er, der giver maksimal reduktion i målgenekspression og har minimale bivirkninger. Bivirkninger kan opstå, når det injicerede RNA-molekyle har en sekvens, der er komplementær til flere gener på samme tid, hvilket fører til et utilstrækkeligt fald i ekspressionen af ​​flere gener. Lignende vanskeligheder opstår ofte, når dobbeltstrenget RNA indeholder gentagne sekvenser. Undersøgelser af genomerne af Homo sapiens , Caenorhabditis elegans og Schizosaccharomyces pombe har vist, at omkring 10% af små interfererende RNA-molekyler vil føre til signifikante bivirkninger [ 42 ] inklusive dem, der er specifikke for pattedyr [111] og vira [112] . Foreslåede siRNA-sekvenser kontrolleres automatisk for krydsaktivitet.

Afhængigt af organismen og det eksperimentelle system kan eksogene RNA'er designes til at være lange og være målet for Dicer-proteinet eller korte og være substrater for små interfererende RNA'er. For de fleste pattedyrsceller foretrækkes kortere RNA'er, fordi lange dobbeltstrengede RNA'er hos pattedyr fremkalder et interferonrespons , en form for medfødt immunitet , en ikke-specifik respons på fremmed genetisk materiale [113] . For museoocytter , såvel som for celler fra museembryoner i de tidlige udviklingsstadier, er interferonresponset på eksogent dobbeltstrenget RNA ikke karakteristisk, derfor er disse celler et bekvemt system til at studere genknockdown hos pattedyr [114] . For at bruge RNA-interferenssystemet i laboratoriet er der udviklet specielle metoder, som ikke kræver direkte introduktion af små interfererende RNA'er i cellen, for eksempel plasmidtransfektionssystemer , der koder for transskriberede siRNA-sekvenser [115] , lentivirale vektorer , der tillader induktion eller inaktivering transskription, også kaldet engelsk .  betinget RNAi [116] [117] .

En alternativ strategi for kunstig genregulering til RNA-interferens er tilvejebragt af CRISPRi- metoden, som fungerer på niveauet for transkription til/fra [118]

Funktionel genomik

Funktionelle genomiske metoder, der anvender RNAi-systemet, bruges normalt på Caenorhabditis elegans [120] og Drosophila melanogaster [121] , da disse dyr er de mest almindeligt anvendte modeller, og RNAi-systemet fungerer mest effektivt i disse organismer. Caenorhabditis elegans er et bekvemt mål for RNA-interferensundersøgelser af to årsager - for det første er virkningerne af gendæmpning i nematoden nedarvet, og for det andet fordi leveringen af ​​dobbeltstrenget DNA til nematoden er ekstremt simpel. Nematoder kan fodres med bakterieceller, såsom Escherichia coli , indeholdende det ønskede dobbeltstrengede RNA, som derefter absorberes gennem tarmene. Denne metode til at levere RNA med mad er effektiv med hensyn til effektiviteten af ​​gendæmpning og er samtidig meget billigere, enklere og hurtigere end at dyppe orme i en opløsning, der indeholder dobbeltstrenget RNA eller indføre dobbeltstrenget RNA i kønskirtlerne [ 122] . I de fleste andre organismer ser dobbeltstrenget RNA-levering ud til at være meget mere besværlig, men storskala-genomundersøgelser i pattedyrcellekulturer forsøges [123] .

Tilgange til oprettelse af RNA-interferensbiblioteker for hele genomer er meget mere komplicerede end i tilfælde af et specifikt sæt af små interfererende RNA'er til et givet eksperiment. Kunstige neurale netværk bruges ofte til at skabe siRNA-biblioteker, såvel som til at forudsige deres effektivitet for gen-knockdown [124] [125] . Massegenomscreeninger er lovende teknikker til genomannotering , hvilket har ført til udviklingen af ​​high-throughput screeningmetoder baseret på DNA-mikroarray-teknologi [126] [127] . Muligheden for at bruge disse metoder til at studere andre organismer, såsom parasitære rundorme, er stadig tvivlsom [128] [129] .

Funktionel genomforskning ved hjælp af RNA-interferensteknikker er attraktiv til genomkortlægning og genannotering i planter, da mange planter er polyploider , hvilket gør det vanskeligt at studere ved hjælp af traditionelle genteknologiske metoder . For eksempel er RNA-interferens med succes blevet brugt i funktionel genomik til at studere Triticum aestivum (hexaploid) [130] såvel som i tilfælde af andre modelplanter, Arabidopsis thaliana og majs [131] .

Medicin

Det er muligt at anvende RNA-interferensmetoder i terapi , især i RNA-terapi . Selvom introduktionen af ​​lange dobbeltstrengede RNA'er i pattedyrsceller er vanskelig på grund af interferonresponset, er molekyler som små interfererende RNA'er blevet brugt med succes [132] . Kliniske forsøg med retinal nedbrydningsterapi og behandling af respiratorisk syncytialvirus ved hjælp af RNA-interferens [133] er blevet udført , og effektiviteten af ​​RNAi-systemet til behandling af leverskader i laboratoriemus er også blevet vist [134] .

En anden mulig klinisk anvendelse af RNA-interferens er behandlingen af ​​herpes simplex virus type 2 (for eksempel ved Harvard University Medical School ) og hæmning af viral genekspression i tumorceller [135] , knockdown af værts - HIV -receptorer og co-receptorer [136 ] , dæmpning af hepatitis A -gener [137] og hepatitis B [138] , influenzavirus -gendæmpning [139] , hæmning af mæslingevirusreplikation [ 140] . Det er også muligt at behandle neurodegenerative sygdomme, såsom Huntingtons sygdom [141] . RNA-interferens anses også ofte for at være en lovende måde at behandle tumorer på ved at lukke ned for gener, der er overudtrykt i tumorceller eller gener involveret i celledeling [142] [143] . Et vigtigt forskningsområde inden for RNA-interferens til kliniske anvendelser er udviklingen af ​​metoder til sikker levering af små RNA'er, for eksempel udvælgelse af vektorsystemer til genterapi [144] [145] .

På trods af, at der er nye undersøgelser af cellekulturer, der bekræfter den potentielle mulighed for lægemiddelbehandling baseret på komponenterne i RNA-interferenssystemet, er der stadig spørgsmål vedrørende sikkerheden af ​​sådanne behandlinger, herunder konsekvenserne af bivirkninger af undertrykkelse af gener med lignende nukleotid sekvenser [146] . Computational genomics-metoder viser, at sådanne fejlkoblingsbivirkninger er op til 10% [42] . Et af de store studier af leversygdomme hos mus viste en højere dødelighed blandt forsøgsdyr, hvilket af forskerne blev forklaret som "overbelastning" med dobbeltstrengede RNA'er ( miRNA , shRNA ) [147] , da små RNA'er indeholdende en hårnål er behandlet i kernen og eksporteret til cytoplasmaet ved den aktive transportmekanisme . Alle ovenstående fakta undersøges stadig, hvilket begrænser de potentielle anvendelser af RNA-interferensmetoder til terapi.

Derudover er en væsentlig hindring i udviklingen af ​​RNA-interferensterapier, at leveringen af ​​små interfererende RNA'er (siRNA'er) stadig er ekstremt ineffektiv, og ekstremt høje doser af lægemidlet er nødvendige for at opnå selv minimalt signifikant knockdown af målgenet. Men de teknologier, der er udviklet for nylig, giver os mulighed for at håbe, at denne terapimetode snart vil komme ind i klinisk praksis. For eksempel blev det fundet, at den samtidige injektion af kolesterol-associeret siRNA (chol-siRNA) og endosomolytisk polymer ARC-520 gjorde det muligt at opnå mere end en 500-fold stigning i effektivitet og opnå et 90 % fald i målgenekspression i mus in vivo. [148] .

Metoder er ved at blive udviklet til at bruge RNA-interferens til at behandle vedvarende type 1 HIV-infektion. Vira som HIV-1 udgør et vanskeligt mål for RNAi-systemet, da de kræver en kombination af flere RNAi-veje. Mulige måder at antiviral terapi på ved hjælp af RNAi-systemet virker lovende, men det er også ekstremt vigtigt at opstille mange kontroleksperimenter i prækliniske forsøg for entydigt at vise den sekvensspecifikke virkning af RNAi-systemet [149] .

Bioteknologi

RNA-interferens bruges i bioteknologi , især til at skabe planter, der syntetiserer naturlige giftige stoffer i mindre mængder. Metoder er blevet udviklet til at skabe planter, der stabilt udtrykker komponenterne i RNA-interferenssystemet, for eksempel er bomuldsfrø normalt rige på protein, der er egnet til konsum, men indeholder det giftige terpenoid gossypol .  Metoder, der anvender fænomenet RNA-interferens, gør det muligt at skabe bomuldslinjer med et reduceret niveau af nøgleenzymet for gossypolsyntese, (+)-δ-cadinensyntase. Samtidig udtrykker andre dele af planten dette enzym på det sædvanlige niveau, da gossypol er en vigtig forbindelse, der beskytter planter mod skadedyr [150] . Lignende forsøg bliver gjort for at reducere cyanidniveauerne i naturproduktet linamarin , afledt af kassava ( Manihot esculenta ) [151] .

Der er udviklet metoder til at reducere allergenniveauer i tomatplanter [ 152 ] og metoder til at reducere kræftfremkaldende prækursorer i tobaksplanter [153 ] . Andre eksempler på gensplejsede ændringer i planter er skabelsen af ​​opiumsvalmue med reducerede niveauer af narkotiske stoffer [154] , stigningen i planteresistens over for vira [155] og tilsætning af antioxidanter til tomatfrugter [156] . Tidligere kommercielle gensplejsede planter, tomat og papaya , blev udviklet ved hjælp af antisense RNA'er, der tilsyneladende fungerede ved RNA-interferens [157] [158] . Ved hjælp af RNA-interferens undertrykte forskere fra Usbekistan funktionen af ​​phytochrom A-genet i bomuld. Som et resultat blev der opnået bomuldslinjer, hvor flere vigtige egenskaber blev forbedret samtidigt: fiberlængde og kvalitet, udbytte, modningstid, modstandsdygtighed over for vandmangel og saltstress. Baseret på de opnåede bomuldslinjer blev der skabt nye højkvalitets bomuldsvarianter af Porlock-serien, som i øjeblikket sås i markerne i Usbekistan. Fibrene i disse sorter sælges til en højere pris end almindelig bomuld, da de med hensyn til kvalitetsegenskaber er overlegne i forhold til fibrene i almindelig bomuld [159] .

Noter

  1. ↑ 1 2 3 4 5 Daneholt, Bertil Avanceret information: RNA-interferens . Nobelprisen i fysiologi eller medicin 2006 . Hentet 25. januar 2007. Arkiveret fra originalen 25. august 2011.
  2. ↑ 1 2 Fire A., Xu S., Montgomery M., Kostas S., Driver S., Mello C. Potent og specifik genetisk interferens af dobbeltstrenget RNA i Caenorhabditis elegans  (engelsk)  // Nature : journal. - 1998. - Bd. 391 , nr. 6669 . - S. 806-811 . - doi : 10.1038/35888 . — PMID 9486653 .
  3. ↑ Matzke MA, Matzke AJM. Planting the Seeds of a New Paradigm  (engelsk)  // PLoS Biol  : journal. - 2004. - Bd. 2 , nr. 5 . —P.e133 . _ - doi : 10.1371/journal.pbio.0020133 . — PMID 15138502 .
  4. ↑ Ecker JR, Davis RW Inhibering af genekspression i planteceller ved ekspression af antisense RNA  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal  . - 1986. - Bd. 83 , nr. 15 . - P. 5372-5376 . - doi : 10.1073/pnas.83.15.5372 . — PMID 16593734 .
  5. ↑ Napoli C., Lemieux C., Jorgensen R. Introduktion af et kimært Chalcone Synthase-gen i Petunia resulterer i reversibel Co-suppression af homologe gener i trans  // Plantecelle  : tidsskrift  . - 1990. - Bd. 2 , nr. 4 . - S. 279-289 . - doi : 10.1105/tpc.2.4.279 . — PMID 12354959 .
  6. ↑ {{{title}}} .
  7. ↑ Romano N., Macino G.  Quelling : forbigående inaktivering af genekspression i Neurospora crassa ved transformation med homologe sekvenser  // Mikrobiologi : journal. — Mikrobiologisk Selskab, 1992. - Vol. 6 , nr. 22 . - s. 3343-3353 . - doi : 10.1111/j.1365-2958.1992.tb02202.x . — PMID 1484489 .
  8. ↑ Van Blokland R., Van der Geest N., Mol JNM, Kooter JM syntaseekspression i Petunia hybrida skyldes en stigning i RNA-omsætning]  //  Plant J : journal. - 1994. - Bd. 6 . - s. 861-877 . - doi : 10.1046/j.1365-313X.1994.6060861.x/abs/ .  (utilgængeligt link)
  9. ↑ Mol JNM, van der Krol AR Antisense-nukleinsyrer og -proteiner: grundlæggende principper og anvendelser  (neopr.) . — M. Dekker, 1991. - S.  4 , 136. - ISBN 0824785169 .
  10. ↑ Covey S., Al-Kaff N., Lángara A., Turner D. Planter bekæmper infektion ved gendæmpning   // Nature . - 1997. - Bd. 385 . - s. 781-782 . - doi : 10.1038/385781a0 .
  11. ↑ Ratcliff F., Harrison B., Baulcombe D. A Similarity Between Viral Defense and Gene Silencing in Plants  //  Science : journal. - 1997. - Bd. 276 . - S. 1558-1560 . - doi : 10.1126/science.276.5318.1558 .
  12. ↑ Guo S., Kemphues K. par-1, et gen, der kræves til at etablere polaritet i C. elegans embryoner, koder for en formodet Ser/Thr kinase, der er asymmetrisk fordelt  (engelsk)  // Cell  : journal. - Cell Press , 1995. - Vol. 81 , nr. 4 . - s. 611-620 . - doi : 10.1016/0092-8674(95)90082-9 . — PMID 7758115 .
  13. ↑ Pal-Bhadra M., Bhadra U., Birchler J. Cosuppression in Drosophila: gendæmpning af alkoholdehydrogenase af hvid-Adh-transgener er Polycomb-afhængig  // Celle  :  journal. - Cell Press , 1997. - Vol. 90 , nr. 3 . - S. 479-490 . - doi : 10.1016/S0092-8674(00)80508-5 . — PMID 9267028 .
  14. ↑ 1 2 Bernstein E., Caudy A., Hammond S., Hannon G. Rolle for en bidentat ribonuklease i initieringstrinnet af RNA-interferens  //  Natur: journal. - 2001. - Bd. 409 , nr. 6818 . - S. 363-366 . - doi : 10.1038/35053110 . — PMID 11201747 .
  15. ↑ Pillai RS, Bhattacharyya SN, Filipowicz W. Undertrykkelse af proteinsyntese af miRNA'er: hvor mange mekanismer? (eng.)  // Trends Cell Biol : journal. — PMID 17197185 .
  16. ↑ Lee Y., Nakahara K., Pham J., Kim K., He Z., Sontheimer E., Carthew R. Distinkte roller for Drosophila Dicer-1 og Dicer-2 i siRNA / miRNA silencing pathways   // Celle  : tidsskrift. - Cell Press , 2004. - Vol. 117 , nr. 1 . - S. 69-81 . - doi : 10.1016/S0092-8674(04)00261-2 . — PMID 15066283 .
  17. ↑ Gregory R., Chendrimada T., Shiekhattar R.  MikroRNA - biogenese: isolering og karakterisering af mikroprocessorkomplekset  // Metoder Mol Biol : journal. - 2006. - Bd. 342 . - S. 33-47 . — PMID 16957365 .
  18. ↑ Wang QL, Li ZH  Funktionerne af mikroRNA'er i planter  // Frontiers in Bioscience : journal. — Grænser i biovidenskab, 2007. - Vol. 12 . - S. 3975-3982 . — PMID 17485351 .
  19. ↑ Zhao Y., Srivastava D. Et udviklingssyn på mikroRNA-funktion  // Trends Biochem  . sci. : journal. - 2007. - Bd. 32 , nr. 4 . - S. 189-197 . - doi : 10.1016/j.tibs.2007.02.006 . — PMID 17350266 .
  20. ↑ Cifuentes D, Xue H, Taylor DW, Patnode H, Mishima Y, Cheloufi S, Ma E, Mane S, Hannon GJ, Lawson N, Wolfe S, Giraldez AJ. (2010) "En ny miRNA-behandlingsvej uafhængig af Dicer kræver Argonaute2-katalytisk aktivitet." Science (publiceret online 6. maj 2010) doi:10.1126/science.1190809
  21. ↑ Cheloufi S, Dos Santos CO, Chong MM, Hannon GJ. En dicer-uafhængig miRNA-biogenese-vej, der kræver Ago-katalyse   // Nature . - 2010. - Iss. doi:10.1038/nature09092 . — P. Udgivet online 27. april 2010 .
  22. ↑ Gregory R., Chendrimada T., Cooch N., Shiekhattar R. Human RISC kobler mikroRNA-biogenese og posttranskriptionel gendæmpning  // Cell  :  journal. - Cell Press , 2005. - Vol. 123 , nr. 4 . - S. 631-640 . - doi : 10.1016/j.cell.2005.10.022 . — PMID 16271387 .
  23. ↑ 1 2 Lodish H., Berk A., Matsudaira P., Kaiser CA, Krieger M., Scott MP, Zipurksy SL, Darnell J. Molecular Cell Biology  (uspecificeret) . — 5. — W. H. Freeman: New York, NY, 2004. — ISBN 978-0716743668 .
  24. ↑ Matranga C., Tomari Y., Shin C., Bartel D., Zamore P. Passenger-streng spaltning letter samling af siRNA til Ago2-holdige RNAi enzymkomplekser  // Celle  :  journal. - Cell Press , 2005. - Vol. 123 , nr. 4 . - S. 607-620 . - doi : 10.1016/j.cell.2005.08.044 . — PMID 16271386 .
  25. ↑ Leuschner P., Ameres S., Kueng S., Martinez J. Spaltning af siRNA-passagerstrengen under RISC-samling i humane celler  //  EMBO Rep : journal. - 2006. - Bd. 7 , nr. 3 . - S. 314-320 . - doi : 10.1038/sj.embor.7400637 . — PMID 16439995 .
  26. ↑ Schwarz DS, Hutvágner G., Du T., Xu Z., Aronin N., Zamore PD Asymmetry in the assembly of the RNAi enzyme complex  // Cell  :  journal. - Cell Press , 2003. - Vol. 115 , nr. 2 . - S. 199-208 . - doi : 10.1016/S0092-8674(03)00759-1 . — PMID 14567917 .
  27. ↑ Preall J., He Z., Gorra J., Sontheimer E. Kort interfererende RNA-strengselektion er uafhængig af dsRNA-bearbejdningspolaritet under RNAi i Drosophila  // Curr Biol  : journal  . - 2006. - Bd. 16 , nr. 5 . - S. 530-535 . - doi : 10.1016/j.cub.2006.01.061 . — PMID 16527750 .
  28. ↑ Tomari Y., Matranga C., Haley B., Martinez N., Zamore P. En proteinsensor til siRNA-asymmetri   // Science . - 2004. - Bd. 306 , nr. 5700 . - S. 1377-1380 . - doi : 10.1126/science.1102755 . — PMID 15550672 .
  29. ↑ Ma J., Yuan Y., Meister G., Pei Y., Tuschl T., Patel D. Strukturelt grundlag for 5'-endespecifik genkendelse af guide-RNA af A. fulgidus  Piwi //-proteinet - 2005. - Bd. 434 , nr. 7033 . - S. 666-670 . - doi : 10.1038/nature03514 . — PMID 15800629 .
  30. ↑ Sen G., Wehrman T., Blau H. mRNA-translation er ikke en forudsætning for lille interfererende RNA-medieret mRNA-spaltning  //  Differentiering : journal. - 2005. - Bd. 73 , nr. 6 . - S. 287-293 . - doi : 10.1111/j.1432-0436.2005.00029.x . — PMID 16138829 .
  31. ↑ Gu S., Rossi J. Afkobling af RNAi fra aktiv translation i pattedyrsceller  //  RNA : journal. - 2005. - Bd. 11 , nr. 1 . - S. 38-44 . - doi : 10.1261/rna.7158605 . — PMID 15574516 .
  32. ↑ Sen G., Blau H. Argonaute 2/RISC findes på steder med mammal mRNA-henfald kendt som cytoplasmatiske legemer  // Nature Cell Biology  : journal  . - 2005. - Bd. 7 , nr. 6 . - s. 633-636 . - doi : 10.1038/ncb1265 . — PMID 15908945 .
  33. ↑ Lian S., Jakymiw A., Eystathioy T., Hamel J., Fritzler M., Chan E. GW bodies, microRNAs and the cell   cycle // Cellecyklus : journal. - 2006. - Bd. 5 , nr. 3 . - S. 242-245 . — PMID 16418578 .
  34. ↑ Jakymiw A., Lian S., Eystathioy T., Li S., Satoh M., Hamel J., Fritzler M., Chan E. Disruption  of  :Nature Cell Biology//P-bodies impairs mammalia RNA interference - 2005. - Bd. 7 , nr. 12 . - S. 1267-1274 . - doi : 10.1038/ncb1334 . — PMID 16284622 .
  35. ↑ Hammond S., Bernstein E., Beach D., Hannon G. En RNA-dirigeret nuklease medierer post-transkriptionel gendæmpning i Drosophila-celler  // Nature  :  journal. - 2000. - Vol. 404 , nr. 6775 . - S. 293-296 . - doi : 10.1038/35005107 . — PMID 10749213 .
  36. ↑ Bagasra O., Prilliman KR RNA-interferens: det molekylære immunsystem  (neopr.)  // J. Mol. Histol.. - 2004. - T. 35 , nr. 6 . - S. 545-553 . - doi : 10.1007/s10735-004-2192-8 . — PMID 15614608 .
  37. ↑ Macrae I., Zhou K., Li F., Repic A., Brooks A., Cande W., Adams P., Doudna J. Strukturelt grundlag for dobbeltstrenget RNA-behandling af dicer   // Science : journal. - 2006. - Bd. 311 , nr. 5758 . - S. 195-198 . - doi : 10.1126/science.1121638 . — PMID 16410517 .
  38. ↑ Siomi, Haruhiko; Siomi, Mikiko C. På vej til at læse RNA-interferenskoden  (engelsk)  // Nature  : journal. - 2009. - 22. januar ( bd. 457 , nr. 7228 ). - S. 396-404 . - doi : 10.1038/nature07754 . — PMID 19158785 .
  39. ↑ Zamore P., Tuschl T., Sharp P., Bartel D. RNAi: dobbeltstrenget RNA styrer den ATP-afhængige spaltning af mRNA med 21 til 23 nukleotidintervaller  // Celle  :  journal. - Cell Press , 2000. - Vol. 101 , nr. 1 . - S. 25-33 . - doi : 10.1016/S0092-8674(00)80620-0 . — PMID 10778853 .
  40. ↑ Vermeulen A., Behlen L., Reynolds A., Wolfson A., Marshall W., Karpilow J., Khvorova A. DsRNA- strukturens bidrag til dicer-specificitet og effektivitet  //  RNA : journal. - 2005. - Bd. 11 , nr. 5 . - s. 674-682 . - doi : 10.1261/rna.7272305 . — PMID 15811921 .
  41. ↑ Castanotto, Daniela; Rossi, John J. Løfterne og faldgruberne ved RNA-interferens-baserede terapier  // Nature  :  journal. - 2009. - 22. januar ( bd. 457 , nr. 7228 ). - S. 426-433 . - doi : 10.1038/nature07758 . — PMID 19158789 .
  42. ↑ 1 2 3 Qiu S., Adema C., Lane T. En beregningsundersøgelse af effekter uden for målet af RNA-interferens  //  Nucleic Acids Res : journal. - 2005. - Bd. 33 , nr. 6 . - S. 1834-1847 . doi : 10.1093 / nar/gki324 . — PMID 15800213 .
  43. ↑ Ahlquist P. RNA-afhængige RNA-polymeraser, vira og RNA-dæmpning   // Videnskab . - 2002. - Bd. 296 , nr. 5571 . - S. 1270-1273 . - doi : 10.1126/science.1069132 . — PMID 12016304 .
  44. ↑ 1 2 Parker G., Eckert D., Bass B. RDE-4 binder fortrinsvis langt dsRNA, og dets dimerisering er nødvendig for spaltning af dsRNA til siRNA  //  RNA : journal. - 2006. - Bd. 12 , nr. 5 . - S. 807-818 . - doi : 10.1261/rna.2338706 . — PMID 16603715 .
  45. ↑ Liu Q., Rand T., Kalidas S., Du F., Kim H., Smith D., Wang X. R2D2, en bro mellem initierings- og effektortrinene af Drosophila RNAi-vejen  //  Science : journal. - 2003. - Bd. 301 , nr. 5641 . - S. 1921-1925 . - doi : 10.1126/science.1088710 . — PMID 14512631 .
  46. ↑ Baulcombe D. Molekylær biologi. Amplified silencing  (engelsk)  // Science. - 2007. - Bd. 315 , nr. 5809 . - S. 199-200 . - doi : 10.1126/science.1138030 . — PMID 17218517 .
  47. ↑ Pak J., Fire A. Distinkte populationer af primære og sekundære effektorer under RNAi i C. elegans  //  Science : journal. - 2007. - Bd. 315 , nr. 5809 . - S. 241-244 . - doi : 10.1126/science.1132839 . — PMID 17124291 .
  48. ↑ Sijen T., Steiner F., Thijssen K., Plasterk R. Sekundære siRNA'er er resultatet af uprimet RNA-syntese og danner en særskilt klasse  //  Science : journal. - 2007. - Bd. 315 , nr. 5809 . - S. 244-247 . - doi : 10.1126/science.1136699 . — PMID 17158288 .
  49. ↑ Holmquist G., Ashley T. Kromosomorganisation og kromatinmodifikation: indflydelse på genomfunktion og evolution  //  Cytogenetic and Genome Research : journal. — Karger Forlag, 2006. - Vol. 114 , nr. 2 . - S. 96-125 . - doi : 10.1159/000093326 . — PMID 16825762 .
  50. ↑ Verdel A., Jia S., Gerber S., Sugiyama T., Gygi S., Grewal S., Moazed D. RNAi-medieret målretning af heterochromatin af RITS-komplekset  //  Science : journal. - 2004. - Bd. 303 , nr. 5658 . - s. 672-676 . - doi : 10.1126/science.1093686 . — PMID 14704433 .
  51. ↑ Irvine D., Zaratiegui M., Tolia N., Goto D., Chitwood D., Vaughn M., Joshua-Tor L., Martienssen R. Argonaute udskæring er påkrævet for heterokromatisk lyddæmpning og spredning  //  Science : journal. - 2006. - Bd. 313 , nr. 5790 . - S. 1134-1137 . - doi : 10.1126/science.1128813 . — PMID 16931764 .
  52. ↑ Volpe T., Kidner C., Hall I., Teng G., Grewal S., Martienssen R. Regulation of heterochromatic silencing and histon H3 lysine-9 methylation by RNAi  //  Science : journal. - 2002. - Bd. 297 , nr. 5588 . - S. 1833-1837 . - doi : 10.1126/science.1074973 . — PMID 12193640 .
  53. ↑ Volpe T., Schramke V., Hamilton G., White S., Teng G., Martienssen R., Allshire R. RNA-interferens er nødvendig for normal centromerfunktion i fissionsgær  //  Chromosome Res : journal. - 2003. - Bd. 11 , nr. 2 . - S. 137-146 . - doi : 10.1023/A:1022815931524 . — PMID 12733640 .
  54. ↑ Li LC, Okino ST, Zhao H, Pookot D, Place RF, Urakami S, Enokida H, Dahiya R. (2006). Små dsRNA'er inducerer transkriptionel aktivering i humane celler. Proc Natl Acad Sci USA 103(46):17337–42. PMID 17085592
  55. ↑ Noma K., Sugiyama T., Cam H., Verdel A., Zofall M., Jia S., Moazed D., Grewal S. RITS virker in cis for at fremme RNA-interferens-medieret transkriptionel og post-transkriptionel  silencing.)  // Nature Genetics  : tidsskrift. - 2004. - Bd. 36 , nr. 11 . - S. 1174-1180 . - doi : 10.1038/ng1452 . — PMID 15475954 .
  56. ↑ Sugiyama T., Cam H., Verdel A., Moazed D., Grewal S. RNA-afhængig RNA-polymerase er en væsentlig bestanddel af en selvforstærkende loop, der kobler heterochromatin-samling til siRNA-produktion   // Proceedings of the National Academy of Sciences af Amerikas Forenede Stater  : tidsskrift. - 2005. - Bd. 102 , nr. 1 . - S. 152-157 . - doi : 10.1073/pnas.0407641102 . — PMID 15615848 .
  57. ↑ Wang F., Koyama N., Nishida H., Haraguchi T., Reith W., Tsukamoto T.  Samlingen og vedligeholdelsen af ​​heterochromatin initieret af transgene gentagelser er uafhængig af RNA-interferensvejen i pattedyrsceller  // Mol Cell Biol : journal. - 2006. - Bd. 26 , nr. 11 . - S. 4028-4040 . - doi : 10.1128/MCB.02189-05 . — PMID 16705157 .
  58. ↑ Bass B. RNA-redigering af adenosindeaminaser, der virker på RNA  //  Annu Rev Biochem : journal. - 2002. - Bd. 71 . - s. 817-846 . - doi : 10.1146/annurev.biochem.71.110601.135501 . — PMID 12045112 .
  59. ↑ Bass B. Dobbeltstrenget RNA som skabelon til gendæmpning  // Celle  :  journal. - Cell Press , 2000. - Vol. 101 , nr. 3 . - S. 235-238 . - doi : 10.1016/S0092-8674(02)71133-1 . — PMID 10847677 .
  60. ↑ Luciano D., Mirsky H., Vendetti N., Maas S. RNA-redigering af en miRNA-precursor  (neopr.)  // RNA. - 2004. - T. 10 , nr. 8 . - S. 1174-1177 . - doi : 10.1261/rna.7350304 . — PMID 15272117 .
  61. ↑ 1 2 Yang W., Chendrimada T., Wang Q., Higuchi M., Seeburg P., Shiekhattar R., Nishikura K. Modulation af mikroRNA-behandling og -ekspression gennem RNA-redigering af ADAR-deaminaser   // Nature Structural & Molecular Biology  : tidsskrift. - 2006. - Bd. 13 , nr. 1 . - S. 13-21 . doi : 10.1038 / nsmb1041 . — PMID 16369484 .
  62. ↑ Yang W., Wang Q., Howell K., Lee J., Cho D., Murray J., Nishikura K. ADAR1 RNA-deaminase begrænser kort interfererende RNA-effektivitet i pattedyrsceller  // J Biol Chem  :  journal . - 2005. - Bd. 280 , nr. 5 . - P. 3946-3953 . - doi : 10.1074/jbc.M407876200 . — PMID 15556947 .
  63. ↑ Nishikura K. Redaktør møder lyddæmper: krydstale mellem RNA-redigering og RNA-interferens  // Nature Reviews Molecular Cell Biology  : journal  . - 2006. - Bd. 7 , nr. 12 . - P. 919-931 . - doi : 10.1038/nrm2061 . — PMID 17139332 .
  64. ↑ 1 2 3 Saumet A., Lecellier CH Anti-viral RNA-dæmpning: ligner vi planter? (engelsk)  // BioMed Central. - 2006. - Bd. 3 , nr. 3 . — S. 3 . - doi : 10.1186/1742-4690-3-3 . — PMID 16409629 .
  65. ↑ Jones L., Ratcliff F., Baulcombe DC RNA-dirigeret transkriptionel gendæmpning i planter kan nedarves uafhængigt af RNA-triggeren og kræver Met1 til vedligeholdelse  // Current Biology  : journal  . - Cell Press , 2001. - Vol. 11 , nr. 10 . - s. 747-757 . - doi : 10.1016/S0960-9822(01)00226-3 .
  66. ↑ Humphreys DT, Westman BJ, Martin DI, Preiss T. MicroRNAs kontrollerer translationsinitiering ved at hæmme eukaryotisk initieringsfaktor 4E/cap og poly(A) halefunktion  //  Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal. - 2005. - Bd. 102 . - P. 16961-16966 . - doi : 10.1073/pnas.0506482102 . — PMID 16287976 .
  67. ↑ DaRocha W., Otsu K., Teixeira S., Donelson J. Test af cytoplasmatisk RNA-interferens (RNAi) og konstruktion af et tetracyclin-inducerbart T7-promotorsystem i Trypanosoma cruzi  //  Mol Biochem Parasitol : journal. - 2004. - Bd. 133 , nr. 2 . - S. 175-186 . - doi : 10.1016/j.molbiopara.2003.10.005 . — PMID 14698430 .
  68. ↑ Robinson K., Beverley S. Forbedringer i transfektionseffektivitet og test af RNA-interferens (RNAi) tilgange i protozoparasitten Leishmania  //  Mol Biochem Parasitol : journal. - 2003. - Bd. 128 , nr. 2 . - S. 217-228 . - doi : 10.1016/S0166-6851(03)00079-3 . — PMID 12742588 .
  69. ↑ L. Aravind, Hidemi Watanabe, David J. Lipman og Eugene V. Koonin. Slægtsspecifikt tab og divergens af funktionelt forbundne gener i eukaryoter  (engelsk)  // Proceedings of the National Academy of Sciences  : tidsskrift. - 2000. - Vol. 97 , nr. 21 . - P. 11319-11324 . - doi : 10.1073/pnas.200346997 . — PMID 11016957 .
  70. ↑ Drinnenberg IA, Weinberg DE, Xie KT, Nower JP, Wolfe KH, Fink GR, Bartel DP RNAi in Budding Yeast   // Science . - 2009. - doi : 10.1126/science.1176945 . — PMID 19745116 .
  71. ↑  Nakayashiki H., Kadotani N., Mayama S. Evolution og diversificering af RNA-dæmpende proteiner i svampe  // J Mol Evol : journal. - 2006. - Bd. 63 , nr. 1 . - S. 127-135 . - doi : 10.1007/s00239-005-0257-2 . — PMID 16786437 .
  72. ↑ Morita T., Mochizuki Y., Aiba H. Translationel undertrykkelse er tilstrækkelig til gendæmpning af små bakterielle ikke-kodende RNA'er i fravær af mRNA-destruktion  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of  America  : - 2006. - Bd. 103 , nr. 13 . - P. 4858-4863 . - doi : 10.1073/pnas.0509638103 . — PMID 16549791 .
  73. ↑ Makarova K., Grishin N., Shabalina S., Wolf Y., Koonin E. Et formodet RNA-interferens-baseret immunsystem i prokaryoter: beregningsmæssig analyse af det forudsagte enzymatiske maskineri, funktionelle analogier med eukaryotisk RNAi og hypotetiske mekanismer for handling  //  Biol Direct : journal. - 2006. - Bd. 1 . — S. 7 . - doi : 10.1186/1745-6150-1-7 . — PMID 16545108 .
  74. ↑ Stram Y., Kuzntzova L. Inhibering af vira ved RNA-interferens  (udefineret)  // Virusgener. - 2006. - T. 32 , nr. 3 . - S. 299-306 . - doi : 10.1007/s11262-005-6914-0 . — PMID 16732482 .
  75. ↑ Blevins T., Rajeswaran R., Shivaprasad P., Beknazariants D., Si-Ammour A., ​​​​Park H., Vazquez F., Robertson D., Meins F., Hohn T., Pooggin M. Four plant Dicers medierer viral lille RNA-biogenese og DNA-virus-induceret silencing  //  Nucleic Acids Res : journal. - 2006. - Bd. 34 , nr. 21 . - P. 6233-6246 . - doi : 10.1093/nar/gkl886 . — PMID 17090584 .
  76. ↑ Palauqui J., Elmayan T., Pollien J., Vaucheret H. Systemisk erhvervet dæmpning: transgenspecifik post-transkriptionel dæmpning overføres ved podning fra tavsde stammer til ikke-dæmpede scions   // EMBO J : journal. - 1997. - Bd. 16 , nr. 15 . - P. 4738-4745 . - doi : 10.1093/emboj/16.15.4738 . — PMID 9303318 .
  77. ↑ Voinnet O. RNA-dæmpning som et planteimmunsystem mod vira  (fr.)  // Trends Genet :magasin. - 2001. - Bd. 17 , nr . 8 . - S. 449-459 . - doi : 10.1016/S0168-9525(01)02367-8 . — PMID 11485817 .
  78. ↑ 1 2 Lucy A., Guo H., Li W., Ding S. Undertrykkelse af post-transkriptionel gendæmpning af et plantevirusprotein lokaliseret i kernen  //  EMBO J : journal. - 2000. - Vol. 19 , nr. 7 . - S. 1672-1680 . - doi : 10.1093/emboj/19.7.1672 . — PMID 10747034 .
  79. ↑ Mérai Z., Kerényi Z., Kertész S., Magna M., Lakatos L., Silhavy D. Dobbeltstrenget RNA-binding kan være en generel plante-RNA-virusstrategi til at undertrykke RNA-dæmpning  // J  Virol : journal. - 2006. - Bd. 80 , nr. 12 . - P. 5747-5756 . - doi : 10.1128/JVI.01963-05 . — PMID 16731914 .
  80. ↑ Katiyar-Agarwal S., Morgan R., Dahlbeck D., Borsani O., Villegas A., Zhu J., Staskawicz B., Jin H.  En patogen-inducerbar endogen siRNA i  planteimmunitet // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : tidsskrift. - 2006. - Bd. 103 , nr. 47 . - S. 18002-18007 . - doi : 10.1073/pnas.0608258103 . — PMID 17071740 .
  81. ↑ Fritz J., Girardin S., Philpott D. Medfødt immunforsvar gennem RNA-interferens  // Sci  STKE : journal. - 2006. - Bd. 2006 , nr. 339 . — P. pe27 . - doi : 10.1126/stke.3392006pe27 . — PMID 16772641 .
  82. ↑ Zambon R., Vakharia V., Wu L. RNAi er et antiviralt immunrespons mod et dsRNA-virus i Drosophila melanogaster  (neopr.)  // Cell Microbiol. - 2006. - T. 8 , nr. 5 . - S. 880-889 . - doi : 10.1111/j.1462-5822.2006.00688.x . — PMID 16611236 .
  83. ↑ Wang X., Aliyari R., Li W., Li H., Kim K., Carthew R., Atkinson P., Ding S. RNA-interferens styrer medfødt immunitet mod vira i voksen Drosophila  //  Science : journal. - 2006. - Bd. 312 , nr. 5772 . - S. 452-454 . - doi : 10.1126/science.1125694 . — PMID 16556799 .
  84. ↑ Lu R., Maduro M., Li F., Li H., Broitman-Maduro G., Li W., Ding S. Animal virus repplication and RNAi-medieret antiviral silencing in Caenorhabditis elegans  //  Nature: journal. - 2005. - Bd. 436 , nr. 7053 . - S. 1040-1043 . - doi : 10.1038/nature03870 . — PMID 16107851 .
  85. ↑ Wilkins C., Dishongh R., Moore S., Whitt M., Chow M., Machaca K. RNA-interferens er en antiviral forsvarsmekanisme i Caenorhabditis elegans  //  Nature: journal. - 2005. - Bd. 436 , nr. 7053 . - S. 1044-1047 . - doi : 10.1038/nature03957 . — PMID 16107852 .
  86. ↑ Berkhout B., Haasnoot J. Samspillet mellem virusinfektion og det cellulære RNA-interferensmaskineri  //  FEBS Lett : journal. - 2006. - Bd. 580 , nr. 12 . - P. 2896-2902 . - doi : 10.1016/j.febslet.2006.02.070 . — PMID 16563388 .
  87. ↑ Schütz S., Sarnow P. Interaktion mellem virus og pattedyrs RNA-interferensvej  (engelsk)  // Virology : journal. - 2006. - Bd. 344 , nr. 1 . - S. 151-157 . - doi : 10.1016/j.virol.2005.09.034 . — PMID 16364746 .
  88. ↑ Cullen B. Er RNA-interferens involveret i iboende antiviral immunitet hos pattedyr? (engelsk)  // Nature Immunology  : tidsskrift. - 2006. - Bd. 7 , nr. 6 . - S. 563-567 . - doi : 10.1038/ni1352 . — PMID 16715068 .
  89. ↑ PV Maillard, C. Ciaudo, A. Marchais, Y. Li, F. Jay, SW Ding og Olivier Voinnet (2013) Antiviral RNA Interference in Mammalian Cells. Science,342(6155), 235-238 DOI: 10.1126/science.1241930
  90. ↑ Yang Li, Jinfeng Lu, Yanhong Han, Xiaoxu Fan og Shou-Wei Ding (2013) RNA-interferensfunktioner som en antiviral immunitetsmekanisme hos pattedyr. Science, 342(6155), 231-234 DOI: 10.1126/science.1241911
  91. ↑ Li H., Ding S. Antiviral lyddæmpning hos dyr  //  FEBS Lett : journal. - 2005. - Bd. 579 , nr. 26 . - P. 5965-5973 . - doi : 10.1016/j.febslet.2005.08.034 . — PMID 16154568 .
  92. ↑ Madhu S. Kumar, Ryan E. Pester, Cindy Y. Chen, Keara Lane, Christine Chin, Jun Lu, David G. Kirsch, Todd R. Golub, Tyler Jacks. Dicer1 fungerer som en haploinsufficient tumor suppressor  // Genes & Dev. - 2009. - T. 23 . - S. 2700-2704 .
  93. ↑ PV Maillard, C. Ciaudo, A. Marchais, Y. Li, F. Jay, SW Ding og Olivier Voinnet (2013) Antiviral RNA Interference in Mammalian Cells. Science , 342(6155), 235-238 doi : 10.1126/science.1241930
  94. ↑ Yang Li, Jinfeng Lu, Yanhong Han, Xiaoxu Fan og Shou-Wei Ding (2013) RNA Interference Functions as an Antiviral Immunity Mechanism in Mammals" Science 342(6155), 231-234 doi : 10.1126/science.12419.12419
  95. ↑ Li H., Ding S. Antiviral lyddæmpning hos dyr  //  FEBS Lett : journal. - 2005. - Bd. 579 , nr. 26 . - P. 5965-5973 . - doi : 10.1016/j.febslet.2005.08.034 . — PMID 16154568 .
  96. ↑ Carrington J., Ambros V. MikroRNAs rolle i plante- og dyreudvikling   // Videnskab . - 2003. - Bd. 301 , nr. 5631 . - s. 336-338 . - doi : 10.1126/science.1085242 . — PMID 12869753 .
  97. ↑ Lee R., Feinbaum R., Ambros V. C. elegans heterokroniske gen lin-4 koder for små RNA'er med antisense komplementaritet til lin-14  // Cell  :  journal. - Cell Press , 1993. - Vol. 75 , nr. 5 . - S. 843-854 . - doi : 10.1016/0092-8674(93)90529-Y . — PMID 8252621 .
  98. ↑ Palatnik J., Allen E., Wu X., Schommer C., Schwab R., Carrington J., Weigel D. Kontrol af bladmorfogenese ved hjælp af mikroRNA'er   // Nature . - 2003. - Bd. 425 , nr. 6955 . - S. 257-263 . - doi : 10.1038/nature01958 . — PMID 12931144 .
  99. ↑ Zhang B., Pan X., Cobb G., Anderson T. Plante-mikroRNA: et lille regulatorisk molekyle med stor indflydelse  //  Dev Biol : journal. - 2006. - Bd. 289 , nr. 1 . - S. 3-16 . - doi : 10.1016/j.ydbio.2005.10.036 . — PMID 16325172 .
  100. ↑ Jones-Rhoades M., Bartel D., Bartel B. MicroRNAS og deres regulerende roller i planter  // Annu Rev Plant Biol  : journal  . - 2006. - Bd. 57 . - S. 19-53 . - doi : 10.1146/annurev.arplant.57.032905.105218 . — PMID 16669754 .
  101. ↑ Zhang B., Pan X., Cobb G., Anderson T. mikroRNA'er som onkogener og tumorundertrykkere  //  Dev Biol : journal. - 2007. - Bd. 302 , nr. 1 . - S. 1-12 . - doi : 10.1016/j.ydbio.2006.08.028 . — PMID 16989803 .
  102. ↑ Tjek E. RNA-interferens: tryk på tænd-knappen   // Nature . - 2007. - Bd. 448 , nr. 7156 . - S. 855-858 . - doi : 10.1038/448855a . — PMID 17713502 .
  103. ↑ Li LC, Okino ST, Zhao H., et al. Små dsRNA'er inducerer transkriptionel aktivering i humane celler  (engelsk)  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal. - 2006. - Bd. 103 , nr. 46 . - P. 17337-17342 . - doi : 10.1073/pnas.0607015103 . — PMID 17085592 .
  104. ↑ 1 2 3 Cerutti H., Casas-Mollano J. Om oprindelsen og funktionerne af RNA-medieret silencing: fra protister til mennesker  //  Curr Genet: journal. - 2006. - Bd. 50 , nej. 2 . - S. 81-99 . - doi : 10.1007/s00294-006-0078-x . — PMID 16691418 .
  105. ↑ 1 2 Anantharaman V., Koonin E., Aravind L. Komparativ genomik og evolution af proteiner involveret i RNA-metabolisme  //  Nucleic Acids Res : journal. - 2002. - Bd. 30 , nej. 7 . - S. 1427-1464 . doi : 10.1093 / nar/30.7.1427 . — PMID 11917006 .
  106. ↑ Buchon N., Vaury C. RNAi: a defensive RNA-silencing mod viruses and transposable elementer  (fr.)  // Heredity: magazine. - 2006. - Bd. 96 , nr . 2 . - S. 195-202 . - doi : 10.1038/sj.hdy.6800789 . — PMID 16369574 .
  107. ↑ Obbard D., Jiggins F., Halligan D., Little T. Naturlig selektion driver ekstrem hurtig udvikling i antivirale RNAi-gener  // Curr Biol  : journal  . - 2006. - Bd. 16 , nr. 6 . - S. 580-585 . - doi : 10.1016/j.cub.2006.01.065 . — PMID 16546082 .
  108. ↑ Voorhoeve PM, Agami R. Knockdown står op  // Trends Biotechnol  . : journal. - 2003. - Bd. 21 , nr. 1 . - S. 2-4 . - doi : 10.1016/S0167-7799(02)00002-1 . — PMID 12480342 .
  109. ↑ Naito Y., Yamada T., Matsumiya T., Ui-Tei K., Saigo K., Morishita S.  dsCheck : meget følsom off-target søgesoftware til dobbeltstrenget RNA-medieret RNA-interferens  // Nucleic Acids Res : journal. - 2005. - Bd. 33 , nr. Webserver problem . —P.W589-91 . _ doi : 10.1093 / nar/gki419 . — PMID 15980542 .
  110. ↑ Henschel A., Buchholz F., Habermann B. DEQOR: et webbaseret værktøj til design og kvalitetskontrol af siRNA'er   // Nucleic Acids Res : journal. - 2004. - Bd. 32 , nr. Webserver problem . —P.W113—20 . _ doi : 10.1093 / nar/gkh408 . — PMID 15215362 .
  111. ↑ Naito Y., Yamada T., Ui-Tei K., Morishita S., Saigo K. siDirect: yderst effektiv, målspecifik siRNA-designsoftware til pattedyr-RNA-interferens  //  Nucleic Acids Res : journal. - 2004. - Bd. 32 , nr. Webserver problem . —P.W124—9 . _ doi : 10.1093 / nar/gkh442 . — PMID 15215364 .
  112. ↑ Naito Y., Ui-Tei K., Nishikawa T., Takebe Y., Saigo K. siVirus: webbaseret antiviral siRNA-designsoftware til stærkt divergerende virale sekvenser  //  Nucleic Acids Res : journal. - 2006. - Bd. 34 , nr. Webserver problem . —P.W448-50 . _ doi : 10.1093 / nar/gkl214 . — PMID 16845046 .
  113. ↑ Reynolds A., Anderson E., Vermeulen A., Fedorov Y., Robinson K., Leake D., Karpilow J., Marshall W., Khvorova A. Induktion af interferonresponset af siRNA er celletype- og duplekslængde -afhængig  (engelsk)  // RNA : tidsskrift. - 2006. - Bd. 12 , nr. 6 . - s. 988-993 . - doi : 10.1261/rna.2340906 . — PMID 16611941 .
  114. ↑ Stein P., Zeng F., Pan H., Schultz R. Fravær af ikke-specifikke effekter af RNA-interferens udløst af langt dobbeltstrenget RNA i museoocytter  //  Dev Biol : journal. - 2005. - Bd. 286 , nr. 2 . - S. 464-471 . - doi : 10.1016/j.ydbio.2005.08.015 . — PMID 16154556 .
  115. ↑ Brummelkamp T., Bernards R., Agami R. Et system til stabil ekspression af korte interfererende RNA'er i pattedyrsceller  //  Science : journal. - 2002. - Bd. 296 , nr. 5567 . - S. 550-553 . - doi : 10.1126/science.1068999 . — PMID 11910072 .
  116. ↑ Tiscornia G., Tergaonkar V., Galimi F., Verma I. CRE-rekombinase-inducerbar RNA-interferens medieret af  lentivirale vektorer  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal. - 2004. - Bd. 101 , nr. 19 . - P. 7347-7351 . - doi : 10.1073/pnas.0402107101 . — PMID 15123829 .
  117. ↑ Ventura A., Meissner A., ​​​​Dillon C., McManus M., Sharp P., Van Parijs L., Jaenisch R , Jacks T. Cre-lox-reguleret betinget RNA-interferens fra transgener  //  Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : tidsskrift. - 2004. - Bd. 101 , nr. 28 . - S. 10380-10385 . - doi : 10.1073/pnas.0403954101 . — PMID 15240889 .
  118. ↑ Gilbert, LA, Larson, MH, Morsut, L., et al. & Qi, LS (2013) CRISPR-medieret modulær RNA-guidet regulering af transkription i eukaryoter . Cell, 154(2), 442-451 doi: 10.1016/j.cell.2013.06.044
  119. ↑ Brock T., Browse J., Watts J. Genetisk regulering af umættet fedtsyresammensætning i C. elegans  //  PLoS Genet : journal. - 2006. - Bd. 2 , nr. 7 . — P.e108 . - doi : 10.1371/journal.pgen.0020108 . — PMID 16839188 . Arkiveret fra originalen den 22. februar 2008.
  120. ↑ Kamath R., Ahringer J. Genome-wide RNAi screening in Caenorhabditis elegans  (neopr.)  // Methods. - 2003. - T. 30 , nr. 4 . - S. 313-321 . - doi : 10.1016/S1046-2023(03)00050-1 . — PMID 12828945 .
  121. ↑ Boutros M., Kiger A., ​​​​Armknecht S., Kerr K., Hild M., Koch B., Haas S., Paro R., Perrimon N. Genomomfattende RNAi-analyse af vækst og levedygtighed i Drosophila-celler  .)  // Videnskab: tidsskrift. - 2004. - Bd. 303 , nr. 5659 . - S. 832-835 . - doi : 10.1126/science.1091266 . — PMID 14764878 .
  122. ↑ Fortunato A., Fraser A. Afdække genetiske interaktioner i Caenorhabditis elegans ved RNA-interferens  //  Biosci Rep : journal. - 2005. - Bd. 25 , nr. 5-6 . - S. 299-307 . - doi : 10.1007/s10540-005-2892-7 . — PMID 16307378 .
  123. ↑ Cullen L., Arndt G. Genom-dækkende screening for genfunktion ved hjælp af RNAi i pattedyrsceller  //  Immunol Cell Biol : journal. - 2005. - Bd. 83 , nr. 3 . - S. 217-223 . - doi : 10.1111/j.1440-1711.2005.01332.x . — PMID 15877598 .
  124. ↑ Huesken D., Lange J., Mickanin C., Weiler J., Asselbergs F., Warner J., Meloon B., Engel S., Rosenberg A., Cohen D., Labow M., Reinhardt M., Natt F., Hall J. Design af et genomomfattende siRNA-bibliotek ved hjælp af et kunstigt neuralt netværk  // Nature Biotechnology  : journal  . - Nature Publishing Group , 2005. - Vol. 23 , nr. 8 . - S. 995-1001 . - doi : 10.1038/nbt1118 . — PMID 16025102 .
  125. ↑ Ge G., Wong G., Luo B. Forudsigelse af siRNA knockdown-effektivitet ved brug af kunstige neurale netværksmodeller  // Biochem  Biophys Res Commun : journal. - 2005. - Bd. 336 , nr. 2 . - s. 723-728 . - doi : 10.1016/j.bbrc.2005.08.147 . — PMID 16153609 .
  126. ↑ Janitz M., Vanhecke D., Lehrach H. High-throughput RNA-interferens i funktionel genomik  //  Handb Exp Pharmacol : journal. - 2006. - Bd. 173 . - S. 97-104 . - doi : 10.1007/3-540-27262-3_5 . — PMID 16594612 .
  127. ↑ Vanhecke D., Janitz M. Funktionel genomik ved hjælp af high-throughput RNA-interferens  // Drug Discov  Today : journal. - 2005. - Bd. 10 , nej. 3 . - S. 205-212 . - doi : 10.1016/S1359-6446(04)03352-5 . — PMID 15708535 .
  128. ↑ Geldhof P., Murray L., Couthier A., ​​​​Gilleard J., McLauchlan G., Knox D., Britton C. Test af effektiviteten af ​​RNA-interferens i Haemonchus contortus  // International  Journal for Parasitology : journal. - Elsevier , 2006. - Vol. 36 , nr. 7 . - S. 801-810 . - doi : 10.1016/j.ijpara.2005.12.004 . — PMID 16469321 .
  129. ↑ Geldhof P., Visser A., ​​​​Clark D., Saunders G., Britton C., Gilleard J., Berriman M., Knox D. RNA-interferens i parasitiske helminths: nuværende situation , potentielle faldgruber og fremtidsudsigter   // Parasitologi: tidsskrift. - 2007. - Bd. 134 . - S. 1-11 . - doi : 10.1017/S0031182006002071 . — PMID 17201997 .
  130. ↑ Travella S., Klimm T., Keller B. RNA-interferens-baseret gendæmpning som et effektivt værktøj til funktionel genomik i hexaploid brødhvede  // Plant Physiology  : journal  . - American Society of Plant Biologists , 2006. - Vol. 142 , nr. 1 . - S. 6-20 . - doi : 10.1104/pp.106.084517 . — PMID 16861570 .
  131. ↑ McGinnis K., Chandler V., Cone K., Kaeppler H., Kaeppler S., Kerschen A., Pikaard C., Richards E., Sidorenko L., Smith T., Springer N., Wulan T. Transgene- induceret RNA-interferens som et værktøj til plantefunktionel genomik  // Methods Enzymol  :  journal. - 2005. - Bd. 392 . - S. 1-24 . - doi : 10.1016/S0076-6879(04)92001-0 . — PMID 15644172 .
  132. ↑ Paddison P., Caudy A., Hannon G. Stabil undertrykkelse af genekspression af RNAi i pattedyrsceller  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal  . - 2002. - Bd. 99 , nr. 3 . - S. 1443-1448 . - doi : 10.1073/pnas.032652399 . — PMID 11818553 .
  133. ↑ Sah D. Terapeutisk potentiale af RNA-interferens for neurologiske lidelser  // Life  Sci : journal. - 2006. - Bd. 79 , nr. 19 . - S. 1773-1780 . - doi : 10.1016/j.lfs.2006.06.011 . — PMID 16815477 .
  134. ↑ Zender L., Hutker S., Liedtke C., Tillmann H., Zender S., Mundt B., Waltemathe M., Gosling T., Flemming P., Malek N., Trautwein C., Manns M., Kuhnel F., Kubicka S. Caspase 8 lille interfererende RNA forhindrer akut leversvigt hos mus  (engelsk)  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal. - 2003. - Bd. 100 , nej. 13 . - P. 7797-7802 . - doi : 10.1073/pnas.1330920100 . — PMID 12810955 .
  135. ↑ Jiang M., Milner J. Selektiv dæmpning af viral genekspression i HPV-positive humane cervikale carcinomceller behandlet med siRNA, en primer af RNA-  interferens //  Onkogen : journal. - 2002. - Bd. 21 , nr. 39 . - P. 6041-6048 . - doi : 10.1038/sj.onc.1205878 . — PMID 12203116 .
  136. ↑ Crowe S. Undertrykkelse af kemokinreceptorekspression ved RNA-interferens muliggør inhibering af HIV-1-replikation, af Martínez et al .  //  AIDS : journal. - 2003. - Bd. 17 Supplerende 4 . - P.S103-5 . — PMID 15080188 .
  137. ↑ Kusov Y., Kanda T., Palmenberg A., Sgro J., Gauss-Müller V. Silencing of hepatitis A-virusinfektion ved små interfererende RNA'er  // J  Virol : journal. - 2006. - Bd. 80 , nr. 11 . - P. 5599-5610 . - doi : 10.1128/JVI.01773-05 . — PMID 16699041 .
  138. ↑ Jia F., Zhang Y., Liu C. Et retrovirus-baseret system til stabilt at dæmpe hepatitis B-virusgener ved RNA-interferens  // Biotechnol  Lett : journal. - 2006. - Bd. 28 , nr. 20 . - S. 1679-1685 . - doi : 10.1007/s10529-006-9138-z . — PMID 16900331 .
  139. ↑ Li Y., Kong L., Cheng B., Li K. Konstruktion af influenzavirus siRNA ekspressionsvektorer og deres hæmmende virkninger på multiplikation af influenzavirus  //  Avian Dis : journal. - 2005. - Bd. 49 , nr. 4 . - s. 562-573 . - doi : 10.1637/7365-041205R2.1 . — PMID 16405000 .
  140. ↑ Hu L., Wang Z., Hu C., Liu X., Yao L., Li W., Qi Y. Inhibering af mæslingevirusformering i cellekultur ved RNA-interferens  //  Acta Virol : journal. - 2005. - Bd. 49 , nr. 4 . - S. 227-234 . — PMID 16402679 .
  141. ↑ Raoul C., Barker S., Aebischer P. Viral-baseret modellering og korrektion af neurodegenerative sygdomme ved RNA-interferens  //  Gene Ther : journal. - 2006. - Bd. 13 , nr. 6 . - S. 487-495 . - doi : 10.1038/sj.gt.3302690 . — PMID 16319945 .
  142. ↑ Putral L., Gu W., McMillan N. RNA-interferens til behandling af cancer  (neopr.)  // Drug News Perspect. - 2006. - T. 19 , nr. 6 . - S. 317-324 . - doi : 10.1358/dnp.2006.19.6.985937 . — PMID 16971967 .
  143. ↑ Izquierdo M. Short interfering RNAs as a tool for cancer gentherapy  //  Cancer Gene Ther : journal. - 2005. - Bd. 12 , nr. 3 . - S. 217-227 . - doi : 10.1038/sj.cgt.7700791 . — PMID 15550938 .
  144. ↑ Li C., Parker A., ​​​​Menocal E., Xiang S., Borodyansky L., Fruehauf J.  Levering af RNA-interferens  // Cellecyklus : journal. - 2006. - Bd. 5 , nr. 18 . - S. 2103-2109 . — PMID 16940756 .
  145. ↑ Takeshita F., Ochiya T. Therapeutic potential of RNA interference against cancer  //  Cancer Sci : journal. - 2006. - Bd. 97 , nr. 8 . - S. 689-696 . - doi : 10.1111/j.1349-7006.2006.00234.x . — PMID 16863503 .
  146. ↑ Tong A., Zhang Y., Nemunaitis J. Small interfering RNA for experimental cancer therapy  (engelsk)  // Current Opinion in Molecular Therapeutics  : journal. - 2005. - Bd. 7 , nr. 2 . - S. 114-124 . — PMID 15844618 .
  147. ↑ Grimm D., Streetz K., Jopling C., Storm T., Pandey K., Davis C., Marion P., Salazar F., Kay M. Dødelighed hos mus på grund af overmætning af cellulært mikroRNA/kort hårnåle RNA-baner  (engelsk)  // Nature  : journal. - 2006. - Bd. 441 , nr. 7092 . - s. 537-541 . - doi : 10.1038/nature04791 . — PMID 16724069 .
  148. ↑ Så C. Wong, Jason J. Klein, Holly L. Hamilton et al. og David L. Lewis (2012) Co-injektion af en målrettet, reversibelt maskeret endosomolytisk polymer forbedrer dramatisk effektiviteten af ​​kolesterolkonjugerede små interfererende RNA'er in vivo. Nucleic Acid Therapeutics., 22(6): 380-390. doi:10.1089/nat.2012.0389
  149. ↑ Berkhout, B; ter Brake, O. RNAi Genterapi til at kontrollere HIV-1-infektion // RNA-interferens og vira : Aktuelle innovationer og fremtidige tendenser  . – Caister Academic Press, 2010. - ISBN 978-1-904455-56-1 .
  150. ↑ Sunilkumar G., Campbell L., Puckhaber L., Stipanovic R., Rathore K. Engineering bomuldsfrø til brug i human ernæring ved vævsspecifik reduktion af giftig gossypol   // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal. - 2006. - Bd. 103 , nr. 48 . - P. 18054-18059 . - doi : 10.1073/pnas.0605389103 . — PMID 17110445 .
  151. ↑ Siritunga D., Sayre R. Generering af cyanogenfri transgen kassava  (neopr.)  // Planta. - 2003. - T. 217 , nr. 3 . - S. 367-373 . - doi : 10.1007/s00425-003-1005-8 . — PMID 14520563 .
  152. ↑ Le L., Lorenz Y., Scheurer S., Fötisch K., Enrique E., Bartra J., Biemelt S., Vieths S., Sonnewald U. Design af tomatfrugter med reduceret allergenicitet ved dsRNAi-medieret hæmning af ns -LTP (Lyc e 3) ekspression  (engelsk)  // Plant Biotechnol J : journal. - 2006. - Bd. 4 , nr. 2 . - S. 231-242 . - doi : 10.1111/j.1467-7652.2005.00175.x . — PMID 17177799 .
  153. ↑ Gavilano L., Coleman N., Burnley L., Bowman M., Kalengamaliro N., Hayes A., Bush L., Siminszky B. Genteknologi af Nicotiana tabacum for reduceret nornikotinindhold  // J Agric  Food : journal. - 2006. - Bd. 54 , nr. 24 . - P. 9071-9078 . - doi : 10.1021/jf0610458 . — PMID 17117792 .
  154. ↑ Allen R., Millgate A., Chitty J., Thisleton J., Miller J., Fist A., Gerlach W., Larkin P. RNAi-medieret erstatning af morfin med det ikke-narkotiske alkaloid reticulin i opiumsvalmue   // Nature Biotechnology  : journal. - Nature Publishing Group , 2004. - Vol. 22 , nr. 12 . - S. 1559-1566 . - doi : 10.1038/nbt1033 . — PMID 15543134 .
  155. ↑ Zadeh A., Foster G. Transgen resistens mod  tobaksringpletvirus (neopr.)  // Acta Virol. - 2004. - T. 48 , nr. 3 . - S. 145-152 . — PMID 15595207 .
  156. ↑ Niggeweg R., Michael A., Martin C. Ingeniøranlæg med øgede niveauer af antioxidanten chlorogene syrer  // Nature Biotechnology  : journal  . - Nature Publishing Group , 2004. - Vol. 22 , nr. 6 . - S. 746-754 . - doi : 10.1038/nbt966 . — PMID 15107863 .
  157. ↑ Sanders R., Hiatt W. Tomattransgenstruktur og lyddæmpning  // Nature Biotechnology  : journal  . - Nature Publishing Group , 2005. - Vol. 23 , nr. 3 . - S. 287-289 . - doi : 10.1038/nbt0305-287b . — PMID 15765076 .
  158. ↑ Chiang C., Wang J., Jan F., Yeh S., Gonsalves D. Sammenlignende reaktioner af rekombinante papaya ringpletvirus med kimæriske pelsproteingener (CP) og vildtypevirus på CP-transgen   papaya / Journal of General Virologi : journal. — Mikrobiologisk Selskab, 2001. - Vol. 82 , nr. Pt 11 . - P. 2827-2836 . — PMID 11602796 .
  159. ↑ Abdurakhmonov IY, Buriev ZT, Saha S, Jenkins JN, Abdukarimov A, Pepper AE. 2014. Bomuld PHYA1 RNAi forbedrer væsentlig fiberkvalitet og agronomiske egenskaber af bomuld (Gossypium hirsutum L). Nature Communications 4:3062; DOI:10. 1038/ncomms4062

Litteratur

Links

  Gå til Wikidata-elementet  Ordbøger og encyklopædier
I bibliografiske kataloger