Nanopore sekventering

Den aktuelle version af siden er endnu ikke blevet gennemgået af erfarne bidragydere og kan afvige væsentligt fra den version , der blev gennemgået den 17. december 2020; checks kræver 7 redigeringer .

Nanopore-sekventering er  en familie af højeffektive tredjegenerations- DNA- eller RNA- sekventeringsmetoder [1] . Metoden er baseret på brug af protein-, faststof- eller andre porer med en diameter på flere nanometer , der er følsomme over for nukleinsyrer.

Nanopore-sekventering undgår trinene med PCR - amplifikation og kemisk mærkning af en DNA- eller RNA-prøve [2] . Dette er en væsentlig fordel i forhold til andre sekventeringsmetoder, der bruger mindst ét ​​af disse trin. Metodens muligheder omfatter relativt billig genotypning , høj mobilitet, hurtig analyse og realtidsvisning af resultater. Brugen af ​​metoden til hurtig påvisning af virale patogener [3] , bakteriel resistenssporing [4] , human [5] [6] og plante [7] genomsekventering , haplotyping [8] , ebolavirussporing [9] og andre felter er blevet beskrevet.

Historie

I 1989 blev skabelsen af ​​kanaler ( nanoporer ) i en kunstig fosfolipidmembran af alfa-toksin syntetiseret af Staphylococcus aureus demonstreret [10] [11] . I 1995 blev ideen om nanopore -sekventering først foreslået - bestemmelsen af ​​egenskaberne af en lineær polymer, når den trækkes gennem en pore i en membran. Når den passerer gennem en pore, interagerer polymeren med den på en bestemt måde, hvilket gør det muligt at bestemme dens egenskaber [12] . Et år senere, i 1996, dukkede det første værk op, der beskrev muligheden for at bruge nanoporer ( alfa-hæmolysin blev brugt som en nanopore ) til at karakterisere nukleinsyrer [13] .

I 1999-2000 blev det vist, at det ved brug af staphylococcus alpha-hemolysin som nanopore er muligt at skelne enkeltstrenget RNA fra enkeltstrenget DNA [14] [15] .

I 2001 blev der for første gang udført et arbejde, hvor tilstedeværelsen af ​​korte DNA -sekvenser blev bestemt ved hjælp af nanoporer [16] . Først i 2009 var det muligt at vise evnen til at skelne alle baser i DNA-sekvensen med nanoporer, hvilket er nødvendigt for at skabe sekventeringsmetoder [17] .

I 2012 demonstrerede Oxford Nanopore Technologies de første nanopore -sequencers : GridION og MinION [18] .

Samtidig blev den fundamentale mulighed for at bruge denne metode vist - bakteriofag phiX -genomet blev sekventeret med en længde på 5,4 tusinde basepar (bp) [19] .

Sådan virker det

Et nanoporesystem er et reaktionskammer opdelt i to dele af en membran indeholdende et hul på nanometerstørrelse, en nanopore. En spænding påføres dele af kammeret , som et resultat af, at de undersøgte molekyler passerer gennem poren i retning af det elektriske felt . Når et nukleinsyremolekyle passerer gennem en pore, påvirker individuelle nukleotider en eller anden målt parameter i systemet, hvilket gør det muligt at bestemme nukleotidsekvensen [2] . I en praktisk brugt version af nanopore-sekventering er kammeret fyldt med en elektrolytisk opløsning, og styrken af ​​strømmen af ​​ioner, der strømmer gennem poren under påvirkning af feltet, måles; når nukleotider passerer gennem poren, reducerer de tværsnittet, der er tilgængeligt for ioner, og strømmen falder [20] .

Nanopore sekventeringsmuligheder

Afhængigt af om de sekventerede nukleinsyremolekyler bevarer deres kemiske integritet, er der to muligheder - helstrengs-sekventering og exonuklease - sekventering [21] .

Helstrengs-sekventering

I denne metode spaltes nukleinsyrekæder ikke. Overførslen af ​​hele DNA- og RNA-molekyler gennem poren kan udføres på følgende måder:

Exonuklease-sekventering

I denne metode skæres nukleinsyrekæden i enkelte nukleotider af en exonuklease placeret i umiddelbar nærhed af poren. Under påvirkning af feltet kommer negativt ladede nukleotider uafhængigt ind i poren, hvor baser bestemmes [21] .

Typer af nanoporer

Proteinnanoporer og syntetiske faststofnanoporer bruges til sekventering [21] .

Protein nanoporer

Alfa-hæmolysin

Staphylococcus aureus alpha-hæmolysin  er en vandopløselig monomer , der spontant danner en heptamer i membranen . Det transmembrane domæne består af en stilk og et porehoved. Porehovedet indeholder et hulrum på ca. 4,5 nm i diameter . Ved krydset mellem tønden og hovedet er der en indsnævring af kanalen med en bredde på 1,5 nm. Porestænglen består af 14 antiparallelle beta-strenge, der danner en gennemgående kanal på ca. 2 nm bred. Ved neutral pH er mange aminosyrerester i poren ladede (for eksempel den positivt ladede lysinrest K147 og den negativt ladede glutamatrest E111). I en 1 M KCl opløsning opretholdes et potentiale på 120 mV på poren (fra stilken til hovedet), hvilket forårsager en strøm på 120 pA [22] . Der er tre nukleotidgenkendelsessteder i stammen , hvilket i teorien gør det muligt for mere end ét sted at genkende et enkelt nukleotid (hvilket øger læsenøjagtigheden) [ 23] .

MSPA

Porin A Mycobacterium smegmatis  ( Eng.  Mycobacterium smegmatis porin A, MspA ) er en nanopore med en diameter på 1,2 nm. Det har strukturelle træk (poreform og diameter), der forbedrer signal-til-støj-forholdet i DNA-sekventering sammenlignet med alfa-hæmolysin [24] . Men MspA har også en væsentlig ulempe: den negativt ladede kerne interfererer med fremrykningen af ​​enkeltstrenget DNA inde i poren. Til sekventering i det originale protein blev tre negativt ladede aspartatrester derfor erstattet med neutrale asparaginrester [25] .

Motor-DNA-pakkeprotein fra bakteriofag phi29

DNA-pakningsmotorproteinet fra bakteriofagen phi29 er involveret i pakningen af ​​DNA ind i kapsiden af ​​vira, såvel som i frigivelsen af ​​DNA fra capsidet ved infektion. Den vigtigste forskel fra de førnævnte proteiner er, at den med en større kanaldiameter (fra 3,6 nm til 6 nm) er i stand til at passere dobbeltstrenget DNA. På grund af sin natur integreres phi29 motorproteinet, i modsætning til andre porer, ikke i membranen i sin oprindelige form, men dette problem løses ved at modificere proteinet [26] . Andre modifikationer tillader proteinet at springe enkeltstrenget DNA eller enkeltstrenget RNA over [27] .

Fast-state nanoporer

Ud over protein-nanoporer anvendes også ikke-biologiske faststof-nanoporer. Til analyse af nukleinsyrer anvendes nanoporer i substrater lavet af silicium , siliciumnitrid og polyethylenimin [27] . Porer brændes normalt ud af ion- eller elektronstråler, hvilket gør det nemt at variere deres størrelse [28] . Separat er det værd at fremhæve materialer, der danner meget tynde "2D" porer: grafen , molybdændisulfid og andre [27] . Grafen har også en ekstrem lille tykkelse, hvilket bidrager til en stigning i den rumlige opløsning langs DNA, og samtidig styrke, kemisk inerthed og elektrisk ledningsevne . Disse egenskaber letter brugen af ​​disse materialer i nanopore-sekventering [28] .

Grafen

Da grafen er en tynd og ion-tæt struktur, er det et godt nanopore-baseret sekventeringsmateriale. Det blev således demonstreret, at grafen-nanoporer kan bruges som en elektrode til måling af strømmen, der strømmer gennem nanoporer mellem to kamre, der indeholder ioniske opløsninger [28] .

Fluorescensdetektion

I 2010 blev der udviklet en solid state nanosekvenseringsmetode baseret på fluorescerende signaldetektion . Først omdannes det ønskede DNA til DNA, hvor hver oprindelige base svarer til en kort sekvens. Fluorescerende prober ( molekylære beacons ) hybridiserer til disse korte sekvenser , hvor enden af ​​en probe slukker fluorescensen af ​​fluoroforen i begyndelsen af ​​den anden probe. Samtidig er der kun brug for to typer prober for at kode fire baser: hver base (mere præcist, den korte sekvens, der svarer til den) svarer til to fluorescerende signaler (00, 01, 10 eller 11, hvor 0 svarer til en farve og 1 til en anden). Når det passerer gennem poren, afvikles det resulterende dobbeltstrengede DNA, proben adskilles, og følgelig begynder fluoroforen på den næste probe at lyse [29] [30] .

Fordelene ved metoden omfatter signalets nøjagtighed – kameraerne registrerer signalet meget mere præcist end andre tilgængelige teknikker. Metoden kræver dog forbehandling af prøven: omdannelsen af ​​hvert nukleotid til ca. 12 nukleotider (hvilket også forlænger selve DNA'et) [29] .

Sammenligning af faststof- og biologiske nanoporer

Fast-state nanoporer er blottet for nogle af ulemperne ved biologiske nanoporer: følsomhed over for pH , temperatur , elektrolytkoncentrationer , mekanisk stress osv. Derudover er de mere stabile, holder længere, det er meget nemmere at opnå en række forskellige former . og størrelser af sådanne porer, og produktionsteknologien ligner produktionen af ​​halvledere , hvilket i høj grad letter processen med at opnå sådanne porer og gør det potentielt muligt at kombinere med andre nanoenheder. Fordelene ved biologiske nanoporer omfatter muligheden for kemisk eller genetisk modifikation, kemisk specificitet for DNA eller RNA og en relativt lav passagehastighed af DNA eller RNA gennem poren [28] [31] .

Andre nanoporer

For at opnå nanoporer kan DNA-origami- teknologi bruges . Denne mulighed blev først demonstreret i 2012, da en struktur svarende til alfa-hæmolysin blev opnået ved hjælp af DNA-origami. Den resulterende struktur blev spontant inkorporeret i membraner [27] .

I 2010 blev det vist, at enkeltvæggede kulstofnanorør også kan være indlejret i membraner og tillade DNA at passere igennem [27] .

Fra 2020 har faststofnanoporer ikke den kemiske specificitet af proteiner; derfor undersøges muligheden for at integrere proteinnanoporer i faststofsubstrater aktivt [28] .

En anden lovende retning er brugen af ​​solid-state nanoporer med sensorer (kapacitive sensorer, tunnel elektroniske og andre detektorer) [28] .

Fordele og ulemper

Sammenlignet med eksisterende sekventeringsmetoder har brugen af ​​denne sekventeringsmetode fordele [2] , såsom lave omkostninger og brugervenlighed (på grund af fraværet af behovet for prøveforberedelse og brug af reagenser), høj følsomhed (op til sekventering). uden DNA-amplifikation fra blod og spyt ), høj læselængde (op til titusindvis af baser), høj mobilitet, hurtig analyse og visning af resultater i realtid [2] .

Ulemperne omfatter sådanne egenskaber som den lave kvalitet af læsninger sammenlignet med kortlæste sekventeringsteknologier (denne situation ændrer sig dog til det bedre med fremkomsten af ​​nye algoritmer), tabet af funktionelle egenskaber af biologiske porer over tid (porer fungerer pålideligt kun i et vist tidsrum). kører) og miljøfaktorers indflydelse på hastigheden af ​​aflæsning af sekvensen og følgelig på dens kvalitet (et motorprotein kan kun arbejde med en tilstrækkelig hastighed i et bestemt pH-område, mens det ikke arbejder hurtigt nok uden for rækkevidden) [32] .

Kommerciel brug

Oxford Nanopore Technologies

I februar 2012 på AGBT-konferencen i Florida præsenterede Oxford Nanopore Technologies prototyper af to platforme til high-throughput-sekventering af lange fragmenter baseret på helstrenget nanopore-sekventering: GridION og MinION. Som en demonstration blev PhiX-bakteriofaggenomet på 5386 bp sekventeret. [19] For 2020 frigiver virksomheden flere enheder. Alle tillader dataanalyse i realtid [33]

Minion

MinION er en engangscelle-sequencer i lille størrelse designet til hjemmebrug med en målpris på omkring $900. Sequenceren har et USB 3.0-stik til tilslutning til en computer. Indeholder 512 nanoporer med lignende egenskaber [2] . Cellen giver dig mulighed for at sekvensere op til 30 millioner bp. DNA (på omkring to dage kan 10-20 millioner bp DNA digitaliseres) [34] . I 2019 begyndte virksomheden at udgive Flongle, en adapter til MinION eller GridION, der giver dig mulighed for at arbejde med mindre produktive (~1 Gb, 126 nanoporer i stedet for 512), men meget billigere ($90) celler [35] .

GridION

GridION er en enhed designet til hele genomsekventering (i det væsentlige en MinION med øget gennemstrømning). Prototypen havde 2000 individuelle nanoporer, hver i stand til at modtage læsninger på op til 5100 bp i længden. med en hastighed på 150 millioner bp/t i 6 timer [2] . GridION Mk1 koster $49.955 og indeholder 5 uafhængige celler. Ved hjælp af det kan op til 150 millioner bp sekventeres i ét eksperiment. DNA [36] .

Promethion

Virksomhedens højest ydende sequencer tillader sekventering af flere billioner bp i et enkelt eksperiment. DNA. PromethION 24 indeholder 24 celler og er i stand til at digitalisere 3,8 billioner bp på tre dage. DNA, PromethION 48 indeholder 48 celler og er i stand til at digitalisere 7,6 billioner bp på tre dage. DNA. Sekvensercellerne indeholder 3000 nanoporer [37] . En datastrøm fra et sådant antal nanoporer kan ikke analyseres af en konventionel computer, så en supercomputer er påkrævet for at bruge denne sequencer (men hvis du kun kører én celle, så kan en konventionel computer klare det) [37] [38] .

Andre udviklinger

Virksomheden planlægger at frigive yderligere to enheder: SmidgION, en sequencer, der forbinder til en smartphone, og Plongle, en sequencer, der indeholder 96 uafhængige, men lav-throughput celler, og derfor er designet til hyppig sekventering af store mængder kort DNA [39] .

Efterbehandling af Oxford Nanopore-data

Efter brug af Oxford Nanopore-produkter er outputtet rådata i FAST5-format. FAST5-formatet, der bruges af Oxford Nanopore, er en variant af HDF5 -standarden med en hierarkisk intern struktur designet til at lagre DNA-sekvensrelaterede metadata og hændelser (aggregerede samlede aktuelle målinger), der er forbehandlet af en fungerende enhed. Behandlingsresultater vises i realtid i MinKNOW grafiske grænseflade, og data optages i FASTQ eller .fast5 [40] filformat . Dernæst skal du udføre nukleotidgenkendelse ( engelsk  base calling ). Denne proces vil behandle rå FAST5-formatdata til FASTQ-format (i MinKNOW kan denne proces startes, mens læsninger læses). Du kan også bruge programmer som poreTools [41] , Guppy [42] [43] .

Dernæst skal du rydde op i de modtagne sekvenser for at slippe af med data med for meget støj. Til denne opgave bruges for eksempel programmet NanoFilt [44] [45] . Når dataene er blevet renset, kan de resulterende data derefter bruges til efterfølgende dataindsamling og analyse [43] .

Noter

  1. ↑ Niedringhaus Thomas P. , Milanova Denitsa , Kerby Matthew B. , Snyder Michael P. , Barron Annelise E. Landscape of Next-Generation Sequencing Technologies  //  Analytical Chemistry. - 2011. - 15. juni ( bd. 83 , nr. 12 ). - P. 4327-4341 . — ISSN 0003-2700 . - doi : 10.1021/ac2010857 .
  2. ↑ 1 2 3 4 5 6 Maitra RD , Kim J. , Dunbar WB Nylige fremskridt inden for nanopore-sekventering.  (engelsk)  // Elektroforese. - 2012. - December ( bind 33 , nr. 23 ). - P. 3418-3428 . - doi : 10.1002/elps.201200272 . — PMID 23138639 .
  3. ↑ Greninger Alexander L. , Naccache Samia N. , Federman Scot , Yu Guixia , Mbala Placide , Bres Vanessa , Stryke Doug , Bouquet Jerome , Somasekar Sneha , Linnen Jeffrey M. , Dodd Roger , Mulembakani Prime , Schneider Bradley S. , Mu Tamfum Jean-Jacques , Stramer Susan L. , Chiu Charles Y. Hurtig metagenomisk identifikation af virale patogener i kliniske prøver ved real-time nanopore sekventeringsanalyse  //  Genome Medicine. - 2015. - 29. september ( bind 7 , nr. 1 ). - ISSN 1756-994X . - doi : 10.1186/s13073-015-0220-9 .
  4. ↑ Cao Minh Duc , Ganesamoorthy Devika , Elliott Alysha G. , Zhang Huihui , Cooper Matthew A. , Coin Lachlan JM Streamingalgoritmer til identifikation af patogener og antibiotikaresistenspotentiale fra MinIONTM-sekventering i realtid   // GigaScience . - 2016. - 26. juli ( bind 5 , nr. 1 ). — ISSN 2047-217X . - doi : 10.1186/s13742-016-0137-2 .
  5. ↑ nanopore-wgs-consortium/NA12878 . - 01-03-2020. Arkiveret fra originalen den 8. marts 2021.
  6. ↑ Human Genome on a MinION  . Oxford Nanopore Technologies (20. oktober 2016). Hentet 12. marts 2020. Arkiveret fra originalen 6. oktober 2020.
  7. ↑ Solanum pennellii (iht. LA5240) - PlabiPD . www.plabipd.de. Hentet 12. marts 2020. Arkiveret fra originalen 28. januar 2020.
  8. ↑ Ammar Ron , Paton Tara A. , Torti Dax , Shlien Adam , Bader Gary D. Langlæst nanopore-sekventering til påvisning af HLA- og CYP2D6-varianter og haplotyper   // F1000Research . - 2015. - 20. maj ( bind 4 ). — S. 17 . — ISSN 2046-1402 . - doi : 10.12688/f1000research.6037.2 .
  9. ↑ Nick Loman. Hvordan en lille rygsæk til hurtig genomisk sekventering hjælper med at bekæmpe ebola  . Konverteringen. Hentet 12. marts 2020. Arkiveret fra originalen 22. februar 2020.
  10. ↑ O. V. Krasilnikov . Proteinkanaler i lipid-dobbeltlaget. Resumé af afhandlingen til doktorgraden i biologiske videnskaber: 03.00.02. Moskva statsuniversitet. M .: 1989, 30 s.
  11. ↑ K. G. Rodriguez, L. Yuldasheva. Nano-tæller for "nano-får" // Videnskab og liv . - 2021. - Nr. 3 . - S. 68 .
  12. ↑ Karakterisering af individuelle polymermolekyler baseret på monomer-grænseflade-interaktioner  . Hentet 12. marts 2020. Arkiveret fra originalen 4. september 2021.
  13. ↑ Kasianowicz JJ , Brandin E. , Branton D. , Deamer DW Karakterisering af individuelle polynukleotidmolekyler ved hjælp af en membrankanal  //  Proceedings of the National Academy of Sciences. - 1996. - 26. november ( bind 93 , nr. 24 ). - P. 13770-13773 . — ISSN 0027-8424 . - doi : 10.1073/pnas.93.24.13770 .
  14. ↑ Akeson M. , Branton D. , Kasianowicz JJ , Brandin E. , Deamer DW Mikrosekund tidsskaladiskrimination blandt polycytidylsyre, polyadenylsyre og polyuridylsyre som homopolymerer eller som segmenter inden for enkelte RNA-molekyler.  (engelsk)  // Biophysical Journal. - 1999. - December ( bd. 77 , nr. 6 ). - s. 3227-3233 . - doi : 10.1016/S0006-3495(99)77153-5 . — PMID 10585944 .
  15. ↑ Meller A. , ​​Nivon L. , Brandin E. , Golovchenko J. , Branton D. Hurtig nanopore-diskrimination mellem enkelte polynukleotidmolekyler.  (engelsk)  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States Of America. - 2000. - 1. februar ( bd. 97 , nr. 3 ). - S. 1079-1084 . - doi : 10.1073/pnas.97.3.1079 . — PMID 10655487 .
  16. ↑ Howorka Stefan , Cheley Stephen , Bayley Hagan. Sekvensspecifik påvisning af individuelle DNA-strenge ved hjælp af manipulerede nanoporer  //  Nature Biotechnology. - 2001. - Juli ( bind 19 , nr. 7 ). - s. 636-639 . — ISSN 1087-0156 . - doi : 10.1038/90236 .
  17. ↑ Stoddart D. , Heron AJ , Mikhailova E. , Maglia G. , Bayley H. Enkeltnukleotid-diskrimination i immobiliserede DNA-oligonukleotider med en biologisk nanopore  //  Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2009. - 20. april ( bind 106 , nr. 19 ). - P. 7702-7707 . — ISSN 0027-8424 . - doi : 10.1073/pnas.0901054106 .
  18. ↑ Oxford Nanopore introducerer DNA 'streng-sekventering' på high-throughput GridION-platformen og præsenterer MinION, en sequencer på størrelse med en USB-memory  stick . Oxford Nanopore Technologies (17. februar 2012). Hentet 12. marts 2020. Arkiveret fra originalen 19. januar 2021.
  19. ↑ 1 2 Eisenstein Michael. Oxford Nanopore-meddelelse sætter gang i sekventeringssektoren  //  Nature Biotechnology. - 2012. - April ( bind 30 , nr. 4 ). - S. 295-296 . — ISSN 1087-0156 . - doi : 10.1038/nbt0412-295 .
  20. ↑ Stephanie J. Heerema, Cees Dekker. Grafen nanoenheder til DNA-sekventering  //  Nature Nanotechnology. - 2016-02. — Bd. 11 , iss. 2 . — S. 127–136 . — ISSN 1748-3395 1748-3387, 1748-3395 . - doi : 10.1038/nnano.2015.307 . Arkiveret 17. november 2020.
  21. ↑ 1 2 3 4 5 6 Wanunu Meni. Nanopores: En rejse mod DNA-sekventering  //  Physics of Life Reviews. - 2012. - Juni ( bind 9 , nr. 2 ). - S. 125-158 . — ISSN 1571-0645 . - doi : 10.1016/j.plrev.2012.05.010 .
  22. ↑ Nakane Jonathan J , Akeson Mark , Marziali Andre. Nanopore-sensorer til nukleinsyreanalyse  (engelsk)  // Journal of Physics: Condensed Matter. - 2003. - 1. august ( bind 15 , nr. 32 ). - P.R1365-R1393 . — ISSN 0953-8984 . - doi : 10.1088/0953-8984/15/32/203 .
  23. ↑ Stoddart David , Maglia Giovanni , Mikhailova Ellina , Heron Andrew J. , Bayley Hagan. Flere basegenkendelsessteder i en biologisk nanopore: To hoveder er bedre end ét  //  Angewandte Chemie International Edition. - 2009. - 11. december ( bind 49 , nr. 3 ). - S. 556-559 . — ISSN 1433-7851 . - doi : 10.1002/anie.200905483 .
  24. ↑ Manrao Elizabeth A. , Derrington Ian M. , Pavlenok Mikhail , Niederweis Michael , Gundlach Jens H. Nucleotide Discrimination with DNA Immobilized in the MspA Nanopore  //  PLoS ONE. - 2011. - 4. oktober ( bind 6 , nr. 10 ). — P. e25723 . — ISSN 1932-6203 . - doi : 10.1371/journal.pone.0025723 .
  25. ↑ Butler TZ , Pavlenok M. , Derrington IM , Niederweis M. , Gundlach JH Single-molecule DNA-detektion med en konstrueret MspA-protein nanopore  //  Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2008. - 19. december ( bind 105 , nr. 52 ). - P. 20647-20652 . — ISSN 0027-8424 . - doi : 10.1073/pnas.0807514106 .
  26. ↑ Wendell David , Jing Peng , Geng Jia , Subramaniam Varuni , Lee Tae Jin , Montemagno Carlo , Guo Peixuan. Translokation af dobbeltstrenget DNA gennem membrantilpassede phi29 motorprotein nanoporer   // Nature Nanotechnology . - 2009. - 27. september ( bind 4 , nr. 11 ). - s. 765-772 . — ISSN 1748-3387 . - doi : 10.1038/nnano.2009.259 .
  27. ↑ 1 2 3 4 5 Guo Bing-Yuan , Zeng Tao , Wu Hai-Chen. Nylige fremskridt inden for DNA-sekventering via nanopore-baserede teknologier  //  Science Bulletin. - 2015. - Februar ( bind 60 , nr. 3 ). - S. 287-295 . — ISSN 2095-9273 . - doi : 10.1007/s11434-014-0707-6 .
  28. ↑ 1 2 3 4 5 6 Typer af  nanoporer . Oxford Nanopore Technologies. Hentet 12. marts 2020. Arkiveret fra originalen 21. januar 2020.
  29. ↑ 1 2 McNally Ben , Singer Alon , Yu Zhiliang , Sun Yingjie , Weng Zhiping , Meller Amit. Optisk genkendelse af konverterede DNA-nukleotider til enkeltmolekyle-DNA-sekventering ved hjælp af Nanopore-arrays  //  Nano-bogstaver. - 2010. - 9. juni ( bind 10 , nr. 6 ). - P. 2237-2244 . — ISSN 1530-6984 . - doi : 10.1021/nl1012147 .
  30. ↑ Soni Gautam V. , Singer Alon , Yu Zhiliang , Sun Yingjie , McNally Ben , Meller Amit. Synkron optisk og elektrisk detektion af biomolekyler, der passerer gennem faststofnanoporer  //  Gennemgang af videnskabelige instrumenter. - 2010. - Januar ( bind 81 , nr. 1 ). — P. 014301 . — ISSN 0034-6748 . - doi : 10.1063/1.3277116 .
  31. ↑ Liu Zewen , Wang Yifan , Deng Tao , Chen Qi. Solid-State Nanopore-Based DNA Sequencing Technology  (engelsk)  // Journal of Nanomaterials. - 2016. - Bd. 2016 . - S. 1-13 . — ISSN 1687-4110 . - doi : 10.1155/2016/5284786 .
  32. ↑ Zewen Liu, Yifan Wang, Tao Deng, Qi Chen. Solid-State Nanopore-Based DNA Sequencing Technology  (engelsk)  // Journal of Nanomaterials. - 2016. - Bd. 2016 . — S. 1–13 . — ISSN 1687-4129 1687-4110, 1687-4129 . - doi : 10.1155/2016/5284786 . Arkiveret fra originalen den 2. april 2019.
  33. ↑ Produkter  . _ Oxford Nanopore Technologies. Hentet 14. maj 2020. Arkiveret fra originalen 13. maj 2020.
  34. ↑ MinION  . _ Oxford Nanopore Technologies. Hentet 13. april 2020. Arkiveret fra originalen 14. april 2020.
  35. ↑ Flongleadapter  . _ Oxford Nanopore Technologies. Hentet 13. april 2020. Arkiveret fra originalen 13. maj 2020.
  36. ↑ GridION  Mk1 . Oxford Nanopore Technologies. Hentet 13. april 2020. Arkiveret fra originalen 13. maj 2020.
  37. ↑ 1 2 PromethION  . _ Oxford Nanopore Technologies. Hentet 13. april 2020. Arkiveret fra originalen 13. maj 2020.
  38. ↑ Arne De Roeck, Wouter De Coster, Liene Bossaerts, Rita Cacace, Tim De Pooter. NanoSatellite: nøjagtig karakterisering af udvidet tandem-gentagelseslængde og sekvens gennem langlæst sekvensering af hele genomet på PromethION  //  Genome Biology. – 2019-12. — Bd. 20 , iss. 1 . — S. 239 . — ISSN 1474-760X . - doi : 10.1186/s13059-019-1856-3 . Arkiveret 4. maj 2020.
  39. ↑ Produkter  . _ Oxford Nanopore Technologies. Hentet 13. april 2020. Arkiveret fra originalen 8. april 2020.
  40. ↑ Camilla LC Ip, Matthew Loose, John R. Tyson, Mariateresa de Cesare, Bonnie L. Brown. MinION Analysis and Reference Consortium: Fase 1 datafrigivelse og analyse  (engelsk)  // F1000Research. — 2015-10-15. — Bd. 4 . — S. 1075 . — ISSN 2046-1402 . - doi : 10.12688/f1000research.7201.1 . Arkiveret fra originalen den 14. februar 2020.
  41. ↑ arq5x/  poretools . GitHub. Hentet 14. maj 2020. Arkiveret fra originalen 19. september 2020.
  42. ↑ nanoporetech/pyguppyclient . - 2020-05-07. Arkiveret fra originalen den 28. december 2020.
  43. ↑ 1 2 Goldstein Sarah , Beka Lidia , Graf Joerg , Klassen Jonathan L. Evaluering af strategier til samling af forskellige bakterielle genomer ved hjælp af MinION langlæst sekventering  //  BMC Genomics. - 2019. - 9. januar ( bind 20 , nr. 1 ). — ISSN 1471-2164 . - doi : 10.1186/s12864-018-5381-7 .
  44. ↑ Wouter De Coster. NanoFilt: Filtrering og trimning af Oxford Nanopore Sequencing-data . Arkiveret 14. oktober 2020.
  45. ↑ Stein Maria , Brinks Erik , Rathje Jana , Cho Gyu-Sung , Franz Charles MAP Complete Genome Sequence of Tetracycline-Resistant Serratia liquefaciens S1, Isolated from Mixed Greens, Actained Using Illumina MiSeq and Oxford Nanopore MinION Sequencing  resource  announcement. - 2020. - 7. maj ( bind 9 , nr. 19 ). — ISSN 2576-098X . - doi : 10.1128/MRA.00156-20 .

Litteratur

Program ( https://github.com/skovaka/UNCALLED )

  Gå til Wikidata-elementet  Ordbøger og encyklopædier