Faustovirus

Faustovirus

Faustovirus virion rekonstruktion ved hjælp af kryoelektronmikroskopi
videnskabelig klassifikation
Gruppe:Virus [2]Rige:incertae sedis [1]Udsigt:Faustovirus
Internationalt videnskabeligt navn
Faustovirus
Baltimore-gruppen
I: dsDNA-vira

Faustovirus  (latinsk) er en kæmpe virus , der morfologisk og genetisk er tæt på to andre kæmpe vira , Pacmanvirus og Kaumoebavirus , samt vira af Asfarviridae familien . Faustovirus blev isoleret i 2015 fra protisten Vermamoeba vermiformis [3] .

Fra november 2018 er Faustovirus- slægten ikke registreret i databasen International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) [4] .

Beskrivelse

Faustovirus har icosaedriske virioner omkring 200 nm i størrelse [3] . I 2016 blev Faustovirus- virioner undersøgt i detaljer ved hjælp af kryoelektronmikroskopi . Hovedkapsidproteinet ( MCP ) i den ydre  skal af denne virus danner trimere , som hver monomer består af to jelly roll strukturelle motiver placeret efter hinanden . Et gelérullemotiv indeholder 8 betaark . En lignende organisation af kapsidens hovedprotein findes i mange vira. Capsomeren er repræsenteret af MCP -hexameren og er omkring 75 Å i diameter . I modsætning til de fleste andre gigantiske vira har Faustovirus også et andet, indre lag af capsid, også dannet af proteinhexamerer [5] .

Genom

Faustovirus- genomet er repræsenteret af et cirkulært dobbeltstrenget DNA- molekyle på 466265 basepar (bp). GC-sammensætningen af ​​genomet er 36%. Der er 451 proteinkodende gener i genomet , længden af ​​deres produkter er i området fra 47 til 2980 aminosyrerester (a.a.). Ingen tRNA -kodende gener er blevet identificeret i Faustovirus- genomet . Kun 31 % af Faustovirus- proteinerne fandt homologer i databaserne . De fleste Faustovirus- proteiner er homologe med Asfarviridae- proteiner ; der er også proteiner relateret til proteiner fra virus af familierne Phycodnaviridae , Mimiviridae , Marseilleviridae og Ascoviridae . Nogle proteiner er relateret til bakteriofagproteiner , desuden har en række proteiner kun slægtninge blandt cellulære organismer: eukaryoter , bakterier og archaea . I generne, der koder for capsidproteinerne, er mange introner blevet identificeret [5] , herunder 6 selvsplejsende gruppe I-introner - et meget atypisk tilfælde for vira [3] .

Livscyklus

Infektion af Vermamoeba vermiformis- celler begynder med fagocytose af virale partikler af protisten. 2-4 timer efter infektion påvises virioner inde i fagosomer , hvoraf nogle endda kan være lokaliseret nær cellekernen , selvom der ikke blev fundet interaktion mellem viruspartikler og kernen. Dernæst frigiver fagosomer deres indhold i værtscellens cytoplasma : virussens indre membran smelter sammen med fagosomets membran , og virionindholdet kommer ud, svarende til hvad der sker i mimivirus . Derefter ophører nogle af virionerne med at være synlige. Frigivelsen af ​​Faustovirus- proteiner og DNA i cellen sker 4-6 timer efter infektion. Mærkeligt nok gennemgår kernen i værtscellen parallelt en vis reorganisering, nemlig at den mister sin sfæriske form. 8-10 timer efter infektion runder cellen op og mister kontakten med substratet, og i cytoplasmaet bliver virusfabrikken tydeligt synlig , som indeholder nydannede viruspartikler og omgivet af mitokondrier . Nogle celler har kun tomme capsider i deres virale fabrikker. 12-14 timer efter infektion optager virusfabrikken næsten al den ledige plads i cellen, og efter 18-20 timer lyseres de fleste celler, og nye virioner frigives [3] .

Fylogeni og relationer

Ifølge det fylogenetiske træ bygget på basis af DNA-polymerase B - familiens gensekvens danner , Kaumoebavirus , Faustovirus og Asfarviridae en monofyletisk klade . Tilsyneladende havde disse vira en fælles forfader . Sekvensen af ​​locuset , der koder for hovedkapsidproteinet, bringer Pacmanvirus tættere på Asfarviridae , men virionets arkitektur er tættere på Faustovirus [6] .  

Noter

  1. ↑ Taxonet er ikke anerkendt af International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV).
  2. ↑ Taxonomy of Viruses  på webstedet International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) .
  3. ↑ 1 2 3 4 Reteno DG , Benamar S. , Khalil JB , Andreani J. , Armstrong N. , Klose T. , Rossmann M. , Colson P. , Raoult D. , La Scola B. Faustovirus, en asfarvirus-relateret ny afstamning af gigantiske vira, der inficerer amøber.  (engelsk)  // Journal Of Virology. - 2015. - Juli ( bd. 89 , nr. 13 ). - P. 6585-6594 . - doi : 10.1128/JVI.00115-15 . — PMID 25878099 .
  4. ↑ Søg Faustovirus i ICTV-database (downlink) . Hentet 11. november 2018. Arkiveret fra originalen 4. oktober 2013. 
  5. ↑ 1 2 Klose T. , Reteno DG , Benamar S. , Hollerbach A. , Colson P. , La Scola B. , Rossmann MG Structure of faustovirus, a large dsDNA virus.  (engelsk)  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States Of America. - 2016. - 31. maj ( bd. 113 , nr. 22 ). - P. 6206-6211 . - doi : 10.1073/pnas.1523999113 . — PMID 27185929 .
  6. ↑ Andreani J. , Khalil JYB , Sevvana M. , Benamar S. , Di Pinto F. , Bitam I. , Colson P. , Klose T. , Rossmann MG , Raoult D. , La Scola B. Pacmanvirus, a New Giant Icosahedral Virus i krydsfeltet mellem Asfarviridae og Faustovirus.  (engelsk)  // Journal Of Virology. - 2017. - 15. juli ( bd. 91 , nr. 14 ). - doi : 10.1128/JVI.00212-17 . — PMID 28446673 .