Kaumoebavirus

Kaumoebavirus
videnskabelig klassifikation
Gruppe:Virus [2]Rige:incertae sedis [1]Udsigt:Kaumoebavirus
Internationalt videnskabeligt navn
Kaumoebavirus
Baltimore-gruppen
I: dsDNA-vira

Kaumoebavirus  (lat.) er en kæmpe virus , der er morfologisk og genetisk tæt på en anden kæmpe virus , Faustovirus , samt vira af Asfarviridae familien . Den har en icosahedral capsid på omkring 250 nm i størrelse , og dens genom er repræsenteret af et DNA- molekyle bestående af omkring 350 tusinde basepar (bp) og indeholdende 465 forudsagte proteinkodende gener [3] .

Virussen blev beskrevet i 2016 i dyrkningen af ​​amøboide - protisten Vermamoeba vermiformis fra en spildevandsprøve fra det sydlige Saudi-Arabien [3] .

Fra november 2018 er slægten Kaumoebavirus ikke registreret i databasen International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) [4] .

Beskrivelse

Som nævnt ovenfor har Kaumoebavirus en icosahedral capsid på ca. 250 nm i størrelse. Dens genom er repræsenteret af et cirkulært DNA-molekyle indeholdende ca. 351.731 bp. Der er ingen gentagne sekvenser i genomet med undtagelse af en lang inverteret tandem-gentagelse med en længde på 1407 bp. GC-sammensætningen af ​​genomet er 43,7%. Ifølge bioinformatisk analyse indeholder Kaumoebavirus- genomet 465 gener, der koder for proteiner med en længde på fra 113 til 6209 aminosyrerester (a.a.). Ingen tRNA - gener er blevet identificeret i dets genom. Med hensyn til homologi er 74 (59%) Kaumoebavirus- proteiner tættest på andre virale proteiner, 19 (15%) til bakterielle proteiner , 31 (25%) til eukaryote proteiner og to (2%) til arkæale proteiner . Ligesom Faustovirus splejser Kaumoebavirus under mRNA - modning [ 3] .

Livscyklus

På et tidligt stadium af infektionen (2 timer efter penetrering i cellen af ​​protisten Vermamoeba vermiformis ) observeres fagocytiske vakuoler indeholdende Kaumoebavirus- virioner i cellens cytoplasma . Tre timer senere dannede de allerede klynger af 2-4 virale partikler inde i vakuolerne. 4 timer efter penetrering kommer viralt DNA ind i cytoplasmaet, og i de næste to timer kan virale fabrikker observeres nær cellekernen , hvor virusgenomer replikerer og virioner samles. Fra 8 til 16 timer efter infektion påvises nydannede Kaumoebavirus -viruspartikler i virusfabrikken . Under Kaumoebavirus- replikation ændres cellekernens morfologi ikke. Til sidst sker cellelyse , og virionerne frigives. Den samlede livscyklus for Kaumoebavirus er 16 til 20 timer, svarende til Faustovirus [3] .

Fylogeni og relationer

Blandt virale proteiner er proteiner fra vira af Megavirales- ordenen , især en anden kæmpe virus, Faustovirus , såvel som proteiner fra Asfarviridae-familien , der er tættest på Kaumoebavirus- proteiner . Andre slægtninge til Kaumoebavirus omfatter medlemmer af familierne Mimiviridae , Phycodnaviridae , Poxviridae , Baculoviridae , samt kæmpe vira af slægten Marseillevirus . Fra et evolutionært synspunkt indtager Kaumoebavirus en mellemposition mellem Faustovirus og Asfarviridae [3] .

I 2018 blev resultaterne af en analyse offentliggjort, der yderligere bekræftede det tætte forhold mellem Kaumoebavirus og Faustovirus og Asfarviridae . Undersøgelsen testede, om de sekvenser, der er karakteristiske for tidligere identificerede Asfarviridae- promotorer , er karakteristiske for de gigantiske vira Kaumoebavirus og Faustovirus . Tidligere blev det vist, at medlemmer af Asfarviridae- familien er karakteriseret ved tilstedeværelsen af ​​A / T - rige sekvenser i promotorer. Det viste sig, at promotorerne af Kaumoebavirus og Faustovirus er domineret af AT-rige TATTT- og TATATA-motiver, hvilket yderligere bringer dem tættere på Asfarviridae [5] .

Ifølge det fylogenetiske træ bygget på basis af DNA-polymerase B - familiens gensekvens danner , Kaumoebavirus , Faustovirus og Asfarviridae en monofyletisk klade . Tilsyneladende havde disse vira en fælles forfader [6] .

Noter

  1. ↑ Taxonet er ikke anerkendt af International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV).
  2. ↑ Taxonomy of Viruses  på webstedet International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) .
  3. ↑ 1 2 3 4 5 Bajrai LH , Benamar S. , Azhar EI , Robert C. , Levasseur A. , ​​Raoult D. , La Scola B. Kaumoebavirus, a New Virus That Cluster with Faustoviruses and Asfarviridae.  (engelsk)  // Vira. - 2016. - 28. oktober ( bind 8 , nr. 11 ). - doi : 10.3390/v8110278 . — PMID 27801826 .
  4. ↑ Søg Kaumoebavirus i ICTV-database (downlink) . Hentet 11. november 2018. Arkiveret fra originalen 4. oktober 2013. 
  5. ↑ Oliveira GP , de Aquino ILM , Luiz APMF , Abrahão JS Putative Promoter Motiv Analyser styrker de evolutionære relationer blandt Faustovirus, Kaumoebavirus og Asfarvirus.  (engelsk)  // Frontiers In Microbiology. - 2018. - Bd. 9 . - S. 1041-1041 . - doi : 10.3389/fmicb.2018.01041 . — PMID 29875752 .
  6. ↑ Andreani J. , Khalil JYB , Sevvana M. , Benamar S. , Di Pinto F. , Bitam I. , Colson P. , Klose T. , Rossmann MG , Raoult D. , La Scola B. Pacmanvirus, a New Giant Icosahedral Virus i krydsfeltet mellem Asfarviridae og Faustovirus.  (engelsk)  // Journal Of Virology. - 2017. - 15. juli ( bd. 91 , nr. 14 ). - doi : 10.1128/JVI.00212-17 . — PMID 28446673 .