Enhancer
Den aktuelle version af siden er endnu ikke blevet gennemgået af erfarne bidragydere og kan afvige væsentligt fra den
version , der blev gennemgået den 12. juli 2019; checks kræver
3 redigeringer .
Enhancer ( engelsk enhancer - amplifier, enlarger) er et lille stykke DNA , som efter binding af transkriptionsfaktorer til det stimulerer transkription fra hovedpromotorerne af et gen eller en gruppe af gener. Enhancers er ikke nødvendigvis placeret i umiddelbar nærhed af de gener, hvis aktivitet de regulerer, og er ikke engang nødvendigvis placeret på det samme kromosom med dem. Enhancers kan være lokaliseret både i 5'- og 3'-positionen i forhold til skabelonkæden af det regulerede gen og i en hvilken som helst orientering dertil. Enhancers kan også findes inde i introns. Ikke desto mindre, for at forstærkeren kan virke, har den brug for fysisk kontakt med promotoren, hvilket udføres på grund af DNA-looping mellem forstærkeren og promotoren [1] . Forstærkerens molekylære virkningsmekanisme er, at den på grund af proteinkomplekset samlet på den tiltrækker RNA-polymerase II og transkriptionscofaktorer til promotorregionen.
Enhancers blev først opdaget i eukaryote systemer [2] [3] , men efterfølgende blev lignende eksempler på transkriptionel regulering opdaget i prokaryoter [4] .
Enhancer Properties
Enhancer-regioner af kromatin har følgende egenskaber [5] :
Baseret på disse egenskaber er omkring en million potentielle forstærkere blevet fundet i det menneskelige genom ved hjælp af high-throughput metoder [6] [7] .
Teorier
I øjeblikket er der to teorier, der forklarer mekanismen til at læse information fra forstærkeren:
- Enhanceosomer er baseret på meget koordineret handling og kan deaktiveres af en enkelt punktmutation , der fjerner eller flytter proteinbindingssteder .
- Fleksible systemer er mindre integrerende proteiner , der uafhængigt regulerer genekspression , og kun deres samlede aktivitet påvirker transkriptionen .
Noter
- ↑ Lee T.I. , Young RA Transkriptionel regulering og dens fejlregulering ved sygdom. (engelsk) // Cell. - 2013. - Bd. 152, nr. 6 . - P. 1237-1251. - doi : 10.1016/j.cell.2013.02.014 . — PMID 23498934 .
- ↑ Banerji J. , Rusconi S. , Schaffner W. Ekspression af et beta-globingen forstærkes af fjerntliggende SV40-DNA-sekvenser. (engelsk) // Cell. - 1981. - Bd. 27, nr. 2 Pt 1 . - S. 299-308. — PMID 6277502 .
- ↑ Moreau P. , Hen R. , Wasylyk B. , Everett R. , Gaub MP , Chambon P. SV40 72-basereparationsgentagelsen har en slående effekt på genekspression både i SV40 og andre kimære rekombinanter. (engelsk) // Nukleinsyreforskning. - 1981. - Bd. 9, nr. 22 . - P. 6047-6068. — PMID 6273820 .
- ↑ Xu H. , Hoover TR Transkriptionel regulering på afstand i bakterier. (engelsk) // Aktuel mening i mikrobiologi. - 2001. - Bd. 4, nr. 2 . - S. 138-144. — PMID 11282468 .
- ↑ Li W. , Notani D. , Rosenfeld MG Enhancers som ikke-kodende RNA-transkriptionsenheder: nyere indsigt og fremtidsperspektiver. (engelsk) // Naturanmeldelser. genetik. - 2016. - Bd. 17, nr. 4 . - S. 207-223. - doi : 10.1038/nrg.2016.4 . — PMID 26948815 .
- ↑ En integreret encyklopædi over DNA-elementer i det menneskelige genom. (engelsk) // Nature. - 2012. - Bd. 489, nr. 7414 . - S. 57-74. - doi : 10.1038/nature11247 . — PMID 22955616 .
- ↑ Thurman RE , Rynes E. , Humbert R. , Vierstra J. , Maurano MT , Haugen E. , Sheffield NC , Stergachis AB , Wang H. , Vernot B. , Garg K. , John S. , Sandstrom R. , Bates D. , Boatman L. , Canfield TK , Diegel M. , Dunn D. , Ebersol AK , Frum T. , Giste E. , Johnson AK , Johnson EM , Kutyavin T. , Lajoie B. , Lee BK , Lee K. , London D. , Lotakis D. , Neph S. , Neri F. , Nguyen ED , Qu H. , Reynolds AP , Roach V. , Safi A. , Sanchez ME , Sanyal A. , Shafer A. , Simon JM , Song L. . , Vong S. , Weaver M. , Yan Y. , Zhang Z. , Zhang Z. , Lenhard B. , Tewari M. , Dorschner MO , Hansen RS , Navas PA , Stamatoyannopoulos G. , Iyer VR , Lieb JD , Sunyaev SR , Akey JM , Sabo PJ , Kaul R. , Furey TS , Dekker J. , Crawford GE , Stamatoyannopoulos JA Det tilgængelige kromatinlandskab i det menneskelige genom. (engelsk) // Nature. - 2012. - Bd. 489, nr. 7414 . - S. 75-82. - doi : 10.1038/nature11232 . — PMID 22955617 .
Se også
- STARR-seq er en high-throughput metode til at identificere forstærkere i genomer.
Litteratur
- Wenbo Li, Dimple Notani & Michael G. Rosenfeld (2016). Forstærkere som ikke-kodende RNA-transkriptionsenheder: nyere indsigt og fremtidsperspektiver . Nature Review Genetics doi : 10.1038/nrg.2016.4
- Andersson, R. et al. (2014). Et atlas af aktive forstærkere på tværs af menneskelige celletyper og væv. Nature 507, 455–461 doi : 10.1038/nature12787 PMID 24670763
- Cheng, JH, Pan, DZ, Tsai, ZT & Tsai, HK (2015). Genom-dækkende analyse af enhancer-RNA i genregulering på tværs af 12 musevæv. sci. Rep. 5, 12648 doi : 10.1038/srep12648 PMC 4518263
Links
- HACNS1: Genforstærker i udviklingen af menneskelig tommelfinger
- Spilianakis CG, Lalioti MD, Town T., Lee GR, Flavell RA Interkromosomale associationer mellem alternativt udtrykte loci (engelsk) // Nature: journal. - 2005. - Bd. 435 , nr. 7042 . - s. 637-645 . - doi : 10.1038/nature03574 .
- Arnosti DN, Kulkarni MM Transkriptionelle forstærkere: Intelligente enhanceosomes eller fleksible billboards? (engelsk) // J. Cell. Biochem. : journal. - 2005. - Bd. 94 , nr. 5 . - S. 890-898 . - doi : 10.1002/jcb.20352 . Arkiveret fra originalen den 21. juli 2006.
- Leighton Core, André Martins, Charles Danko, Colin Waters, Adam Siepel og John Lis. Analyse af transkriptionsstartsteder fra begyndende RNA identificerer en samlet arkitektur af initieringsregioner ved pattedyrspromotorer og -forstærkere . Nature Genetics, november 2014 doi : 10.1038/ng.3142