RNA-sekventering

Den aktuelle version af siden er endnu ikke blevet gennemgået af erfarne bidragydere og kan afvige væsentligt fra den version , der blev gennemgået den 22. oktober 2019; checks kræver 8 redigeringer .

RNA-sekventering ( RNA-sekventering ,  RNA-seq ) er en metode til at bestemme den primære struktur af RNA- molekyler , som er et meget følsomt og præcist værktøj til at studere transkriptomet . Dette kan omfatte både mRNA - sekventering og ikke-kodende RNA- sekventering . Moderne helgenomsekventering er baseret på direkte sekventering af cDNA -fragmenter [1] .

I modsætning til en anden storstilet transkriptomanalysemetode, ekspressionsmikroarrays , tillader RNA-sekventering opnåelse af data om allelspecifik genekspression , transkriptsplejsningsvarianter , post- og co-translationel RNA-redigering , enkeltnukleotidpolymorfismer og kimære gener . Derudover gør RNA-sekventering det muligt at opnå absolut kvantitativ information om repræsentationen af ​​forskellige transkripter i en prøve, i modsætning til de relative kvantitative data for mikroarrays [2] [3] .

Forbedringen af ​​RNA-sekventeringsteknologier sammen med udviklingen af ​​enkeltcellet RNA-sekventering ( enkeltcellet RNA-seq ) gør det muligt at studere ætiologien og patogenesen af ​​forskellige sygdomme mere detaljeret  [4] [5] .

Historie

En teknologiplatform til hurtig sekventering i stor skala blev skabt i 2005 af 454 Life Sciences [6] og Illumina (tidligere Solexa) [7] og blev først brugt til genomsekventering . Det første arbejde om transkriptom-sekventering dukkede op i 2008. Transskriptioner fra gær [8] , Arabidopsis [9] og mus [10] var blandt de første, der blev sekventeret .

I øjeblikket udføres RNA-sekventering hovedsageligt ved hjælp af tre instrumentelle platforme til storskala-sekventering: Illumina, 454 Life Sciences og SOLiD [11] .

I 2019 var det muligt at sekventere RNA fra hud, brusk, lever og skeletmuskler på en 14.300 år gammel Tumat-hvalp (ulv eller hund) [12] .

Metoder

Grundlæggende principper for RNA-sekventering

De fleste RNA-sekventeringseksperimenter udføres på udstyr designet til DNA-sekventering. I denne henseende er et nødvendigt trin for RNA-sekventering oprettelsen af ​​et cDNA -bibliotek opnået fra det samlede RNA, der undersøges. Hvert cDNA fra et sådant bibliotek er et DNA-fragment af forskellig størrelse, flankeret på begge kanter med specielle adaptere . Adaptere er nødvendige til efterfølgende prøveamplifikation og sekventering. Metoder til at skabe cDNA-biblioteker varierer afhængigt af slutmålet for undersøgelsen og typen af ​​RNA, der undersøges (RNA kan variere i størrelse, sekvens , strukturelle træk og koncentration). Før oprettelse af et cDNA-bibliotek, der er egnet til et bestemt eksperiment, er det nødvendigt at besvare følgende spørgsmål: 1) hvilke RNA-molekyler, der er af interesse; 2) hvordan man opnår cDNA af den ønskede størrelse; 3) hvad er den bedste måde at vedhæfte adaptersekvenser til kanterne af cDNA til amplifikation og sekventering [13] .

Oprettelse af et bibliotek af poly(A)-transskriptioner

Sekventering af polyadenyleret RNA finder bred anvendelse i RNA-sekventering. I eukaryoter indeholder de fleste proteinkodende RNA'er ( mRNA'er ) og lange ikke-kodende RNA'er (RNA'er længere end 200 basepar (bp)) poly-(A)-haler. Tilstedeværelsen af ​​en poly-(A)-hale gør det teknisk nemt at berige fremstillingen af ​​totalt RNA med poly-(A)-holdigt RNA (1-5% af det totale cellulære RNA). Udvælgelse af poly-A-holdige RNA'er kan udføres ved hjælp af magnetiske eller celluloseperler belagt med primere indeholdende oligo-dT-regioner [13] . Hjemmesiden "The Protocol Online" [14] giver en liste over flere protokoller relateret til mRNA-isolering.

Fjernelse af ribosomalt RNA

Ikke-polyadenylerede RNA'er, såsom prokaryot mRNA, formalinfikserede mRNA-fragmenter og eukaryote poly-(A)-halefrie transkripter studeres ofte. Den største vanskelighed ved at sekventere sådanne RNA'er er behovet for at oprense totalt RNA fra ribosomalt RNA (rRNA), som dominerer i prøven (for eksempel i aktivt delende pattedyrsceller kan mængden af ​​rRNA fra total RNA nå op til 80 % [ 15] ) [13] . Der er flere måder at eliminere rRNA på:

  1. Den første tilgang er baseret på sekvensspecifikke prober, der kan hybridiseres til rRNA. Uønskede rRNA'er eller deres cDNA hybridiseres med biotinyleret DNA eller med prober indeholdende "låste" nukleinsyrer ( eng.  låst nukleinsyre, LNA ) og oprenses derefter på streptavidinkugler . I en anden metode ( probe-directed degradation (PDD )  [16] ) mærkes rRNA'er med antisense oligo-DNA-primere og behandles med RNase H. I den tredje metode er alt cDNA opnået fra både rRNA og andre RNA'er cirkulære molekyler, og hybridiseres derefter med prøver indeholdende rRNA.Hybridiserede sekvenser spaltes ved efterfølgende behandling med en duplex-specifik nuklease ( engelsk duplex-specific nuclease, DSN ), som har en specificitet for dobbeltstrenget DNA. Sidstnævnte metode har begrænsninger på grund af behovet for en stor mængde RNA [17] . 
  2. En anden tilgang til at slippe af med rRNA er baseret på brugen af ​​specifikke NSR-primere ( eng.  not-so-random (NSR) primere ), som kun binder til RNA-molekylerne af interesse under revers transkription for at opnå cDNA. Denne metode, markedsført under navnet Ovation af NuGEN, bruger hexamere eller heptamere primere, hvis sekvenser ikke er til stede i rRNA. En af de mest slående fordele ved denne metode er den gode ydeevne af NSR-primere på delvist nedbrudt RNA såvel som på kvantitativt små prøver. Meget ofte bruges denne tilgang i studiet af prokaryote transkriptomer, da oprettelsen af ​​et poly-(A)-holdigt RNA-bibliotek i dette tilfælde er umuligt på grund af manglen på RNA-polyadenylering i prokaryoter [13] .
  3. Den tredje gruppe omfatter metoder, der bruger nogle funktioner i rRNA til dens efterfølgende fjernelse. Den første metode, kendt som CoT-hybridisering, er således baseret på termisk denaturering, annealing og selektiv nedbrydning ved anvendelse af en duplex-specifik nuklease. Dobbeltstrengede cDNA'er fremstillet med RNA, der er fremherskende i prøven, vil blive selektivt nedbrudt på grund af hurtigere annealingskinetik sammenlignet med andet RNA, som er meget mindre i prøven. Den anden metode er baseret på brugen af ​​TEX -enzymet [18] ( terminator 5'-phosphate exonuclease ), som genkender RNA-molekyler med fosfat i 5'-enden , ligesom dem af rRNA og tRNA [19] . 
Fragmentering

Efter proceduren til at skabe et bibliotek af poly-(A)-transkripter eller proceduren til fjernelse af rRNA, fragmenteres RNA-prøver (normalt laves alle RNA-prøver i samme størrelse før revers transkription). Dette skyldes delvist de begrænsede muligheder for sekventeringsplatforme. For eksempel giver Illumina dig mulighed for at sekvensere prøver op til 1500 bp. Alternativt kan du ikke fragmentere RNA'et, men først lave cDNA fra det, og derefter fragmentere det allerede opnåede cDNA [13] .

Adaptere og kredsløbsrouting

I standardprotokoller til at skabe biblioteker til RNA-sekventering ligeres DNA-adaptere til cDNA af den ønskede størrelse før amplifikation og sekventering. På trods af sin enkelhed mister denne tilgang information om, hvilken af ​​DNA-strengene, der svarer til sense-strengen af ​​RNA. Dette er især kritisk i forskning til søgning og identifikation af antisense og nye typer RNA. I denne forbindelse er der udviklet adskillige metoder, der gør det muligt at afsløre retningen af ​​kæden af ​​RNA-molekyler i det tilsvarende cDNA-bibliotek [13] .

  1. Den første fremgangsmåde involverer at fæstne forskellige adaptere direkte til 5'-enden og til 3'-enden af ​​RNA'et. Denne metode blev oprindeligt skabt til miRNA- sekventering . Først fjernes fosfatgruppen fra det fragmenterede RNA fra 3'-enden, og tværtimod føjes den til 5'-enden. Denne procedure efterfølges af sekventiel ligering af den 5'-adenylerede 3'-adapter med T4 RNA-ligase II og vedhæftning af 5'-adapteren med T4 RNA-ligase I. udfører revers transkriptionsproceduren, information om hvilken af ​​deres cDNA-kæder der svarer til den oprindelige RNA-sekvens vil blive bevaret) [20] .
  2. Den anden fremgangsmåde er baseret på inkorporeringen af ​​dUTP i den anden cDNA-streng. Den mærkede streng kan nedbrydes umiddelbart før amplifikation med uracil-DNA-glycosylase  , et enzym, der spalter uracil fra DNA indeholdende dUTP. Det menes, at denne metode er den mest effektive af alle [13] .
  3. Den tredje tilgang omfatter flere metoder. I en af ​​dem udskiftes skabelonen efter annealing med den en tilfældig hexamer-primer indeholdende en tag (kort, op til 20 bp, unik sekvens) [21] . I en anden metode ( åndedrætsadapterretningsbestemt sekventering, BrAD-seq ) introduceres  en sekvens med et tag på tidspunktet for midlertidig adskillelse af DNA-strenge [22] .
Amplifikation og molekylær mærkning

Før cDNA sekventeres, skal det amplificeres ved PCR . Molekylære markører kan injiceres umiddelbart før PCR. Denne procedure er især relevant, hvis der i begyndelsen er lidt RNA i prøven, som for eksempel i tilfælde af enkeltcellet RNA-sekventering [13] .

RNA-sekventering til specielle formål

Måling af genekspressionsprofilering ved hjælp af tag-baserede metoder

DGE-sekventering (fra engelsk  digital gene expression ), eller Tag-seq er en dyb sekventeringsmetode afledt af SAGE (fra engelsk  Serial Analysis of Gene Expression ). Som i SAGE involverer metoden at fæstne mRNA'et bag poly-A-halen til perler belagt med oligo-dT-primere; syntese af den første og anden streng cDNA på perler; spaltning af dobbeltstrenget cDNA med en hyppigt spaltende restriktionsendonuklease . Den resterende 3'-ende, som er fastgjort til perlerne, ligeres til dens adapter placeret ved 5'-enden. Adapteren har et genkendelsessted for en specifik restriktionsendonuklease TE (fra engelsk  tagging enzyme ). TE spalter cDNA'et for at danne et 21 bp kort mærke, som derefter ligeres til den næste adapter ved 3'-enden. cDNA amplificeres ved PCR og sekventeres. Da kun den korte tag af hele transkriptet sekventeres, er DGE-sekventering en mere økonomisk mulighed end standard RNA-sekventering. DGE-sekventering bevarer information om, hvilken af ​​cDNA-strengene, der svarer til det originale RNA. Denne metode er også udbredt, når fuldlængde-genomet eller transkriptomet af en organisme ikke er tilgængelig for fuldlængdejustering med -læsninger opnået under sekventering [13] [23] .

3'-ende sekventering omfatter en række forskellige metoder, hvoraf de fleste er blevet specifikt designet til at søge efter alternative splejsnings- og polyadenyleringssteder i eukaryoter [13] .

Direkte RNA-sekventering

Da revers transkription af RNA ved hjælp af revers transkriptase giver et stort antal fejl og artefakter, der kan interferere med den korrekte kvalitative og kvantitative analyse af transkripter [24] , begyndte Helicos at udvikle en teknologi til monomolekylær direkte RNA-sekventering ( DRSTM ) .  Denne metode involverer sekventering af RNA på en massivt parallel måde uden cDNA-generering, ligering, amplifikation og andre procedurer, der kan ændre prøven [25] .

Problemer

Hovedproblemet ved RNA-seq-teknologi er, at det i starten er ukendt, hvilket transkript der svarer til det læste fragment. Det er især vanskeligt at løse dette problem i tilfælde af at studere transkriptomet af højere eukaryoter med hyppig alternativ splejsning og tilstedeværelsen af ​​et stort antal paraloger i genomet . Der er to tilgange til at rekonstruere transkripter fra læste fragmenter: genomkortlægning af individuelle læste fragmenter [26] eller de novo transkriptstrukturrekonstruktion efterfulgt af fuldlængde transkriptkortlægning til genomet [ 27] .

Ansøgning

Genekspressionsprofilering

RNA-sekventering er ved at blive den vigtigste metode til at bestemme, hvilke gener og på hvilket niveau der udtrykkes i en celle. Ved hjælp af RNA-sekventering er det muligt at bestemme forskelle i genekspression på forskellige stadier af udviklingen af ​​en organisme [28] eller i forskellige væv [29] . For eksempel er der udviklet en metode til in situ lokalisering af RNA-transkriptsekvenser ved brug af fluorescerende sekventering ( Fluorescent in  situ Sequencing, FISSEQ ), som gør det muligt at studere cellefænotypen og reguleringen af ​​genaktivitet direkte i en biologisk prøve (på vævssnit) [30] [30] . Det er også muligt at bestemme transkriptionen af ​​hvilke gener, der ændrer sig under udviklingen af ​​sygdomme og kræft [31] . I forbindelse med reduktionen af ​​omkostningerne ved den nye generation af sekventeringsmetoder blev det muligt at bestemme genekspression i enhver person til diagnosticering af sygdomme. Sammen med RNA-sekventering er cap-analyse af genekspression også meget brugt til at måle genekspressionsprofilen [32] .

Bestemmelse af alternative splejsningssteder og identifikation af enkeltnukleotidpolymorfismer

RNA-sekventering er den mest bekvemme måde at bestemme stederne for alternativ splejsning , såvel som det kvantitative forhold mellem forskellige alternative former for transkriptet [33] [34] . Andre metoder tillader ikke kortlægning af alternative splejsningssteder i hele genomet. Ud over bestemmelsen af ​​genekspression kan bestemmelsen af ​​forholdet mellem alternative former for transkripter udføres på forskellige stadier af udviklingen af ​​organismen eller i forskellige væv.

RNA-sekventering gør det muligt at skelne transkripter med en forskel i et nukleotid; derfor kan det bruges både til at identificere udtrykte enkeltnukleotidpolymorfier i gener og til at studere RNA-redigeringsprocessen [35] [36] .

Undersøgelse af RNA-redigering

RNA-redigering er processen med post- eller co-transkriptionel modifikation af ribonukleotider i et RNA-molekyle. I de fleste tilfælde resulterer RNA-redigering i erstatning af adenosin med inosin [36] ; Disse ændringer katalyseres af proteiner fra ADAR- familien . Efterfølgende genkendes inosin af cellulært maskineri (for eksempel ribosomet) som guanosin , hvilket fører til forskelle mellem informationen kodet i genomet og dens fortolkning [37] .

Hovedmetoden til at detektere de foretagne ændringer er at sammenligne nukleotidsekvenserne af genomisk DNA og de tilsvarende RNA-regioner [38] .

En vigtig forudsigelse for påvisningen af ​​RNA-redigeringssteder er tilstedeværelsen af ​​evolutionært konserverede nukleotidsekvenser i redigeringsstedets miljø [39] .

På grund af betydelige fremskridt i udviklingen af ​​masse-parallelle sekventeringsmetoder er det blevet teknisk muligt at udføre sekventering af hele transkriptomet af den undersøgte organisme for at identificere begivenheder forbundet med RNA-redigering. Men på grund af genetisk diversitet betyder tilstedeværelsen af ​​forskelle i en bestemt position mellem RNA-sekvensen og referencegenomet ikke tilstedeværelsen af ​​et redigeringssted på denne position, da identifikation af RNA-redigeringssteder indebærer sekventering af både genomiske DNA og cDNA isoleret fra den samme organisme. Det er også nødvendigt at tage højde for, at niveauerne af RNA-redigering er forskellige i forskellige kropsvæv [40] .

For at forenkle proceduren for identifikation af RNA-redigeringssteder, forsøges der at udvikle softwarepakker, der kun bruger transkriptomiske data og ikke kræver genomisk DNA-sekventering. En mulig løsning er softwaren GIREMI [41] ( Genome-uafhængig identifikation af RNA-redigering ved gensidig information ) ,  som er i stand til at detektere RNA-redigeringssteder ved kun at bruge transkriptionssekvenser [42] .

RNA-sekventering af cancertranskriptomer

RNA-sekventering er i øjeblikket meget brugt til at studere funktionerne i cancercelle- transkriptomet , herunder fremkomsten af ​​kimære transkripter [43] og alternative splejsningsprodukter, der er specifikke for cancerceller [ 44] .

Påvisning af hybridgener

Genhybridisering opstår på grund af forskellige strukturelle modifikationer i genomet og kan være forbundet med cancer [45] . Evnen til at analysere hele transkriptomet af en prøve ved hjælp af RNA-sekventering gør denne metode attraktiv til at søge efter sådanne hyppige transformationer under kræftcelletransformation [43] .

ENCODE og modENCODE

RNA-sekventering er en af ​​de vigtigste forskningsmetoder, der udføres inden for rammerne af ENCODE- og modENCODE-projekterne, der sigter mod at skabe en database med elementer fra det menneskelige genom [46] og de vigtigste modelobjekter for molekylærbiologi [47] [48] .

Noter

  1. ↑ Haas Brian J , Zody Michael C. Advancing RNA-Seq analysis  //  Nature Biotechnology. - 2010. - Maj ( bind 28 , nr. 5 ). - S. 421-423 . — ISSN 1087-0156 . - doi : 10.1038/nbt0510-421 .
  2. ↑ Marioni JC , Mason CE , Mane SM , Stephens M. , Gilad Y. RNA-seq: En vurdering af teknisk reproducerbarhed og sammenligning med genekspressionsarrays  //  Genome Research. - 2008. - 30. juli ( bind 18 , nr. 9 ). - S. 1509-1517 . — ISSN 1088-9051 . - doi : 10.1101/gr.079558.108 .
  3. ↑ Nookaew Intawat , Papini Marta , Pornputtapong Natapol , Scalcinati Gionata , Fagerberg Linn , Uhlén Matthias , Nielsen Jens. En omfattende sammenligning af RNA-Seq-baseret transkriptomanalyse fra aflæsninger til differentiel genekspression og krydssammenligning med mikroarrays: et casestudie i Saccharomyces cerevisiae  //  Nucleic Acids Research. - 2012. - 8. september ( bind 40 , nr. 20 ). - S. 10084-10097 . — ISSN 1362-4962 . - doi : 10.1093/nar/gks804 .
  4. ↑ Li Dong , Tian Lifeng , Hakonarson Hakon. Forøgelse af diagnostisk udbytte ved RNA-sekventering i sjældne sygdomme – omgå hindringer for fortolkning af introniske eller splejsningsændrende varianter  //  Annals of Translational Medicine. - 2018. - April ( bind 6 , nr. 7 ). - S. 126-126 . — ISSN 2305-5839 . - doi : 10.21037/atm.2018.01.14 .
  5. ↑ Shalek Alex K. , Benson Mikael. Enkeltcelleanalyser for at skræddersy behandlinger  (engelsk)  // Science Translational Medicine. - 2017. - 20. september ( bind 9 , nr. 408 ). —P.eaan4730 . _ — ISSN 1946-6234 . - doi : 10.1126/scitranslmed.aan4730 .
  6. ↑ Margulies Marcel , Egholm Michael , Altman William E. , Attiya Said , Bader Joel S. , Bemben Lisa A. , Berka Jan , Braverman Michael S. , Chen Yi-Ju , Chen Zhoutao , Dewell Scott B. , Du Lei , Fierro Joseph M. , Gomes Xavier V. , Godwin Brian C. , He Wen , Helgesen Scott , Ho Chun He , Irzyk Gerard P. , Jando Szilveszter C. , Alenquer Maria LI , Jarvie Thomas P. , Jirage Kshama B. , Kim Jong -Bum , Knight James R. , Lanza Janna R. , Leamon John H. , Lefkowitz Steven M. , Lei Ming , Li Jing , Lohman Kenton L. , Lu Hong , Makhijani Vinod B. , McDade Keith E. , McKenna Michael P . , Myers Eugene W. , Nickerson Elizabeth , Nobile John R. , Plant Ramona , Puc Bernard P. , Ronan Michael T. , Roth George T. , Sarkis Gary J. , Simons Jan Fredrik , Simpson John W. , Srinivasan Maithreyan , Tartaro Karrie R. , Tomasz Alexander , Vogt Kari A. , Volkmer Greg A. , Wang Shally H. , Wang Yong , Weiner Michael P. , Yu Pengguang , Begley Richard F. , Rothberg Jonathan M. Genome-sekventering i mikrofabrikat klassificerede picolitre-reaktorer med høj densitet   // Nature . - 2005. - 31. juli ( bd. 437 , nr. 7057 ). - S. 376-380 . — ISSN 0028-0836 . - doi : 10.1038/nature03959 .
  7. ↑ Bennett Simon T , Barnes Colin , Cox Anthony , Davies Lisa , Brown Clive. Mod det menneskelige genom på 1000 $   // Farmakogenomik . - 2005. - Juli ( bind 6 , nr. 4 ). - s. 373-382 . — ISSN 1462-2416 . - doi : 10.1517/14622416.6.4.373 .
  8. ↑ Nagalakshmi U. , Wang Z. , Waern K. , Shou C. , Raha D. , Gerstein M. , Snyder M. The Transcriptional Landscape of the Yeast Genome Defined by RNA Sequencing   // Science . - 2008. - 6. juni ( bd. 320 , nr. 5881 ). - S. 1344-1349 . — ISSN 0036-8075 . - doi : 10.1126/science.1158441 .
  9. ↑ Lister Ryan , O'Malley Ronan C. , Tonti-Filippini Julian , Gregory Brian D. , Berry Charles C. , Millar A. Harvey , Ecker Joseph R. Highly Integrated Single-Base Resolution Maps of the Epigenome in Arabidopsis  . )  / / Celle. - 2008. - Maj ( bd. 133 , nr. 3 ). - S. 523-536 . — ISSN 0092-8674 . - doi : 10.1016/j.cell.2008.03.029 .
  10. ↑ Mortazavi Ali , Williams Brian A , McCue Kenneth , Schaeffer Lorian , Wold Barbara. Kortlægning og kvantificering af pattedyrs transkriptomer ved RNA-Seq  //  Nature Methods. - 2008. - 30. maj ( bind 5 , nr. 7 ). - s. 621-628 . — ISSN 1548-7091 . - doi : 10.1038/nmeth.1226 .
  11. ↑ Metzker Michael L. Sekvenseringsteknologier - den næste generation  //  Nature Reviews Genetics. - 2009. - 8. december ( bind 11 , nr. 1 ). - S. 31-46 . — ISSN 1471-0056 . - doi : 10.1038/nrg2626 .
  12. ↑ Oliver Smith, Glenn Dunshea, Mikkel-Holger S. Sinding, Sergey Fedorov, Mietje Germonpre, Hervé Bocherens, MTP Gilbert . Gammelt RNA fra sen pleistocæn permafrost og historiske hunde viser vævsspecifik transkriptomoverlevelse Arkiveret 3. august 2019 på Wayback Machine 30. juli 2019
  13. ↑ 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 Hrdlickova Radmila , Toloue Masoud , Tian Bin. RNA-Seq metoder til transkriptomanalyse  //  Wiley Interdisciplinary Reviews: RNA. - 2016. - 19. maj ( bind 8 , nr. 1 ). —P.e1364 . _ — ISSN 1757-7004 . - doi : 10.1002/wrna.1364 .
  14. ↑ Ekstraktions-/mRNA-isolationsprotokoller . www.protocol-online.org . Hentet 6. maj 2019. Arkiveret fra originalen 24. september 2015.
  15. ↑ Uzman A. Molecular Cell Biology (4. udgave) Harvey Lodish, Arnold Berk, S. Lawrence Zipursky, Paul Matsudaira, David Baltimore og James Darnell; Freeman & Co., New York, NY, 2000, 1084 s., listepris 102,25 USD, ISBN 0-7167-3136-3  //  Biochemistry and Molecular Biology Education. - 2001. - Bd. 29 , nr. 3 . - S. 126-128 . — ISSN 1470-8175 . - doi : 10.1016/S1470-8175(01)00023-6 .
  16. ↑ Archer Stuart K. , Shirokikh Nikolay E. , Preiss Thomas. Probe-Directed Degradation (PDD) til fleksibel fjernelse af uønskede cDNA-sekvenser fra RNA-Seq-biblioteker  //  Current Protocols in Human Genetics. - 2015. - 1. april. - P. 11.15.1-11.15.36 . — ISBN 9780471142904 . - doi : 10.1002/0471142905.hg1115s85 .
  17. ↑ Archer Stuart K , Shirokikh Nikolay E , Preiss Thomas. Selektiv og fleksibel udtømning af problematiske sekvenser fra RNA-seq-biblioteker på cDNA-stadiet  //  BMC Genomics. - 2014. - Bd. 15 , nr. 1 . — S. 401 . — ISSN 1471-2164 . - doi : 10.1186/1471-2164-15-401 .
  18. ↑ TEX-enzym . Hentet 3. maj 2019. Arkiveret fra originalen 3. maj 2019.
  19. ↑ Sharma Cynthia M. , Hoffmann Steve , Darfeuille Fabien , Reignier Jérémy , Findeiß Sven , Sittka Alexandra , Chabas Sandrine , Reiche Kristin , Hackermüller Jörg , Reinhardt Richard , Stadler Peter F. , Vogel Jörg. Det primære transkriptom af det store humane patogen Helicobacter pylori   // Nature . - 2010. - 17. februar ( bd. 464 , nr. 7286 ). - S. 250-255 . — ISSN 0028-0836 . - doi : 10.1038/nature08756 .
  20. ↑ Hafner Markus , Landgraf Pablo , Ludwig Janos , Rice Amanda , Ojo Tolulope , Lin Carolina , Holoch Daniel , Lim Cindy , Tuschl Thomas. Identifikation af mikroRNA'er og andre små regulatoriske RNA'er ved hjælp af cDNA-bibliotekssekventering   // Metoder . - 2008. - Januar ( bind 44 , nr. 1 ). - S. 3-12 . — ISSN 1046-2023 . - doi : 10.1016/j.ymeth.2007.09.009 .
  21. ↑ Langevin Stanley A. , Bent Zachary W. , Solberg Owen D. , Curtis Deanna J. , Lane Pamela D. , Williams Kelly P. , Schoeniger Joseph S. , Sinha Anupama , Lane Todd W. , Branda Steven S. Peregrine  ( engelsk)  // RNA Biology. - 2013. - April ( bind 10 , nr. 4 ). - S. 502-515 . — ISSN 1547-6286 . - doi : 10.4161/rna.24284 .
  22. ↑ Townsley Brad T. , Covington Michael F. , Ichihashi Yasunori , Zumstein Kristina , Sinha Neelima R. BrAD -seq: Breath Adapter Retningsbestemt sekventering: en strømlinet , ultrasimpel og hurtig biblioteksforberedelsesprotokol til strengspecifik mRNA-bibliotekskonstruktion   // Grænser i plantevidenskab. - 2015. - 22. maj ( bind 6 ). — ISSN 1664-462X . - doi : 10.3389/fpls.2015.00366 .
  23. ↑ Chen En-Qiang , Bai Lang , Gong Dao-Yin , Tang Hong. Anvendelse af digital genekspressionsprofilering til at identificere potentielle patogene og terapeutiske mål for fulminant leversvigt  //  Journal of Translational Medicine. - 2015. - Bd. 13 , nr. 1 . — S. 22 . — ISSN 1479-5876 . - doi : 10.1186/s12967-015-0380-9 .
  24. ↑ Liu Donglin , Graber JoelH. [1]  (engelsk)  // BMC Bioinformatics. - 2006. - Bd. 7 , nr. 1 . — S. 77 . — ISSN 1471-2105 . - doi : 10.1186/1471-2105-7-77 .
  25. ↑ Ozsolak Fatih , Platt Adam R. , Jones Dan R. , Reifenberger Jeffrey G. , Sass Lauryn E. , McInerney Peter , Thompson John F. , Bowers Jayson , Jarosz Mirna , Milos Patrice M.  Direkte sekventeringRNA-  - 2009. - 23. september ( bd. 461 , nr. 7265 ). - S. 814-818 . — ISSN 0028-0836 . - doi : 10.1038/nature08390 .
  26. ↑ Trapnell Cole , Williams Brian A , Pertea Geo , Mortazavi Ali , Kwan Gordon , van Baren Marijke J , Salzberg Steven L , Wold Barbara J , Pachter Lior. Transkriptsamling og kvantificering med RNA-Seq afslører uannoterede transkripter og isoformskift under celledifferentiering  //  Nature Biotechnology. - 2010. - Maj ( bind 28 , nr. 5 ). - S. 511-515 . — ISSN 1087-0156 . - doi : 10.1038/nbt.1621 .
  27. ↑ Birol I. , Jackman SD , ​​Nielsen CB , Qian JQ , Varhol R. , Stazyk G. , Morin RD , Zhao Y. , Hirst M. , Schein JE , Horsman DE , Connors JM , Gascoyne RD , Marra MA , Jones SJM De novo transkriptomsamling med ABySS  //  Bioinformatik. - 2009. - 15. juni ( bind 25 , nr. 21 ). - P. 2872-2877 . — ISSN 1367-4803 . - doi : 10.1093/bioinformatics/btp367 .
  28. ↑ Graveley Brenton R. , Brooks Angela N. , Carlson Joseph W. , Duff Michael O. , Landolin Jane M. , Yang Li , Artieri Carlo G. , van Baren Marijke J. , Boley Nathan , Booth Benjamin W. , Brown James B. , Cherbas Lucy , Davis Carrie A. , Dobin Alex , Li Renhua , Lin Wei , Malone John H. , Mattiuzzo Nicolas R. , Miller David , Sturgill David , Tuch Brian B. , Zaleski Chris , Zhang Dayu , Blanchette Marco , Dudoit Sandrine , Eads Brian , Green Richard E. , Hammonds Ann , Jiang Lichun , Kapranov Phil , Langton Laura , Perrimon Norbert , Sandler Jeremy E. , Wan Kenneth H. , Willingham Aarron , Zhang Yu , Zou Yi , Andrews Justen , Bickel Peter J. , Brenner Steven E. , Brent Michael R. , Cherbas Peter , Gingeras Thomas R. , Hoskins Roger A. , ​​Kaufman Thomas C. , Oliver Brian , Celniker Susan E.  The //developmental transcriptome of Drosophila melanogaster  - 2010. - 22. december ( bd. 471 , nr. 7339 ). - S. 473-479 . — ISSN 0028-0836 . - doi : 10.1038/nature09715 .
  29. ↑ Xie Linglin , Weichel Brent , Ohm Joyce , Zhang Ke. En integrativ analyse af DNA-methylering og RNA-Seq-data for menneskeligt hjerte, nyre og lever  //  BMC Systems Biology. - 2011. - Bd. 5 , nr. Suppli 3 . — P.S4 . — ISSN 1752-0509 . - doi : 10.1186/1752-0509-5-S3-S4 .
  30. ↑ 12 Lee JH , Daugharthy ER , Scheiman J. , Kalhor R. , Yang JL , Ferrante TC , Terry R. , Jeanty SSF , Li C. , Amamoto R. , Peters DT , Turczyk BM , Marblestone AH , Inverso SA , Bernard A. , Mali P. , Rios X. , Aach J. , Church GM Highly Multiplexed Subcellular RNA Sequencing in Situ  // Videnskab . - 2014. - 27. februar ( bd. 343 , nr. 6177 ). - S. 1360-1363 . — ISSN 0036-8075 . - doi : 10.1126/science.1250212 .  
  31. ↑ Jakhesara Subhash J. , Koringa Prakash G. , Bhatt Vaibhav D. , Shah Tejas M. , Vangipuram Shankar , Shah Siddharth , Joshi Chaitanya G. RNA-Seq afslører differentielt udtrykte isoformer og nye splejsningsvarianter i buccal muco-cancer   . - 2013. - Marts ( bd. 516 , nr. 1 ). - S. 24-32 . — ISSN 0378-1119 . - doi : 10.1016/j.gene.2012.11.079 .
  32. ↑ Adiconis Xian , Haber Adam L. , Simmons Sean K. , Levy Moonshine Ami , Ji Zhe , Busby Michele A. , Shi Xi , Jacques Justin , Lancaster Madeline A. , Pan Jen Q. , Regev Aviv , Levin Joshua Z. Omfattende komparativ analyse af 5'-ende RNA-sekventeringsmetoder  //  Nature Methods. - 2018. - 4. juni ( bind 15 , nr. 7 ). - S. 505-511 . — ISSN 1548-7091 . - doi : 10.1038/s41592-018-0014-2 .
  33. ↑ Wang Weichen , Qin Zhiyi , Feng Zhixing , Wang Xi , Zhang Xuegong. Identifikation af differentielt splejsede gener fra to grupper af RNA-seq prøver   // Gen. - 2013. - April ( bd. 518 , nr. 1 ). - S. 164-170 . — ISSN 0378-1119 . - doi : 10.1016/j.gene.2012.11.045 .
  34. ↑ Liu Qi , Chen Chong , Shen Enjian , Zhao Fangqing , Sun Zhongsheng , Wu Jinyu. Detektion, annotering og visualisering af alternativ splejsning fra RNA-Seq-data med SplicingViewer   // Genomics . - 2012. - Marts ( bd. 99 , nr. 3 ). - S. 178-182 . — ISSN 0888-7543 . - doi : 10.1016/j.ygeno.2011.12.003 .
  35. ↑ Park E. , Williams B. , Wold BJ , Mortazavi A. RNA-redigering i human ENCODE RNA-seq-data  //  Genome Research. - 2012. - 1. september ( bind 22 , nr. 9 ). - S. 1626-1633 . — ISSN 1088-9051 . - doi : 10.1101/gr.134957.111 .
  36. ↑ 1 2 Peng Zhiyu , Cheng Yanbing , Tan Bertrand Chin-Ming , Kang Lin , Tian Zhijian , Zhu Yuankun , Zhang Wenwei , Liang Yu , Hu Xueda , Tan Xuemei , Guo Jing , Dong Zirui , Liang Li Yan , Wang Juno . Omfattende analyse af RNA-Seq-data afslører omfattende RNA-redigering i et humant transkriptom  //  Nature Biotechnology. - 2012. - 12. februar ( bind 30 , nr. 3 ). - S. 253-260 . — ISSN 1087-0156 . - doi : 10.1038/nbt.2122 .
  37. ↑ Pullirsch Dieter , Jantsch Michael F. Proteomdiversifikation ved adenosin til inosin RNA-redigering  //  RNA Biology. - 2010. - Marts ( bind 7 , nr. 2 ). - S. 205-212 . — ISSN 1547-6286 . doi : 10.4161 / rna.7.2.11286 .
  38. ↑ Bahn JH , Lee J.-H. , Li G. , Greer C. , Peng G. , Xiao X. Nøjagtig identifikation af A-til-I RNA-redigering hos mennesker ved transkriptom-sekventering  //  Genome Research. - 2011. - 29. september ( bind 22 , nr. 1 ). - S. 142-150 . — ISSN 1088-9051 . - doi : 10.1101/gr.124107.111 .
  39. ↑ Clutterbuck DR , Leroy A. , O'Connell MA , Semple CAM En bioinformatisk skærm for nye AI RNA-redigeringssteder afslører omkodningsredigering i BC10   // Bioinformatics . - 2005. - 29. marts ( bind 21 , nr. 11 ). - S. 2590-2595 . — ISSN 1367-4803 . - doi : 10.1093/bioinformatik/bti411 .
  40. ↑ Eisenberg Eli , Li Jin Billy , Levanon Erez Y. Sekvensbaseret identifikation af RNA-redigeringssteder  //  RNA Biology. - 2010. - Marts ( bind 7 , nr. 2 ). - S. 248-252 . — ISSN 1547-6286 . doi : 10.4161 / rna.7.2.11565 .
  41. ↑ GIREMI-program . Hentet 30. april 2015. Arkiveret fra originalen 4. marts 2016.
  42. ↑ Zhang Qing , Xiao Xinshu. Genomsekvens-uafhængig identifikation af RNA-redigeringssteder  //  Nature Methods. - 2015. - 2. marts ( bind 12 , nr. 4 ). - S. 347-350 . — ISSN 1548-7091 . - doi : 10.1038/nmeth.3314 .
  43. ↑ 1 2 Maher Christopher A. , ​​Kumar-Sinha Chandan , Cao Xuhong , Kalyana-Sundaram Shanker , Han Bo , Jing Xiaojun , Sam Lee , Barrette Terrence , Palanisamy Nallasivam , Transkriptom-gensekvensering Arul M.Chinnaiyan  // Naturen. - 2009. - 11. januar ( bd. 458 , nr. 7234 ). - S. 97-101 . — ISSN 0028-0836 . - doi : 10.1038/nature07638 .
  44. ↑ Feng Huijuan , Qin Zhiyi , Zhang Xuegong. Muligheder og metoder til at studere alternativ splejsning i cancer med RNA-Seq  //  Cancer Letters. - 2013. - November ( bind 340 , nr. 2 ). - S. 179-191 . — ISSN 0304-3835 . - doi : 10.1016/j.canlet.2012.11.010 .
  45. ↑ Teixeira Manuel R. Recurrent Fusion Oncogeners in Carcinomas  //  Critical Reviews™ in Oncogenesis. - 2006. - Bd. 12 , nr. 3-4 . - S. 257-271 . — ISSN 0893-9675 . - doi : 10.1615/CritRevOncog.v12.i3-4.40 .
  46. ↑ ENCODE-projektkonsortiet. En integreret encyklopædi over DNA-elementer i det menneskelige genom   // Nature . - 2012. - September ( bind 489 , nr. 7414 ). - S. 57-74 . — ISSN 0028-0836 . - doi : 10.1038/nature11247 .
  47. ↑ Gerstein MB , Lu ZJ , Van Nostrand EL , Cheng C. , Arshinoff BI , Liu T. , Yip KY , Robilotto R. , Rechtsteiner A. , ​​Ikegami K. , Alves P. , Chateigner A. , ​​Perry M. , Morris M. , Auerbach RK , Feng X. , Leng J. , Vielle A. , Niu W. , Rhrissorrakrai K. , Agarwal A. , Alexander RP , Barber G. , Brdlik CM , Brennan J. , Brouillet JJ , Carr A. , Cheung M.-S. , Clawson H. , Contrino S. , Dannenberg LO , Dernburg AF , Desai A. , Dick L. , Dose AC , Du J. , Egelhofer T. , Ercan S. , Euskirchen G. , Ewing B. , Feingold EA , Gassmann R. , Good PJ , Green P. , Gullier F. , Gutwein M. , Guyer MS , Habegger L. , Han T. , Henikoff JG , Henz SR , Hinrichs A. , Holster H. , Hyman T. , Iniguez AL , Janette J. , Jensen M. , Kato M. , Kent WJ , Kephart E. , Khivansara V. , Khurana E. , Kim JK , Kolasinska-Zwierz P. , Lai EC , Latorre I. , Leahey A. , Lewis S. , Lloyd P. , Lochovsky L. , Lowdon RF , Lubling Y. , Lyne R. , MacCoss M. , Mackowiak SD , Mangone M. , McKay S. , Mecenas D. , Merrihew G. , Miller DM , Muroyama A. Murray JI , Ooi S.-L. , Pham H. , Phippen T. , Preston EA , Rajewsky N. , Ratsch G. , Rosenbaum H. , Rozowsky J. , Rutherford K. , Ruzanov P. , Sarov M. , Sasidharan R. , Sboner A. , ​​Scheid P. . , Segal E. , Shin H. , Shou C. , Slack FJ , Slightam C. , Smith R. , Spencer WC , Stinson EO , Taing S. , Takasaki T. , Vafeados D. , Voronina K. , Wang G. , Washington NL , Whittle CM , Wu B. , Yan K.-K. , Zeller G. , Zha Z. , Zhong M. , Zhou X. , Ahringer J. , Strome S. , Gunsalus KC , Micklem G. , Liu XS , Reinke V. , Kim SK , Hillier LW , Henikoff S. , Piano F. , Snyder M. , Stein L. , Lieb JD , Waterston RH , modENCODE Consortium. Integrativ analyse af Caenorhabditis elegans genomet af modENCODE Project   // Science . - 2010. - 22. december ( bd. 330 , nr. 6012 ). - P. 1775-1787 . — ISSN 0036-8075 . - doi : 10.1126/science.1196914 .
  48. ↑ The modENCODE Consortium , Roy S. , Ernst J. , Kharchenko PV , Kheradpour P. , Negre N. , Eaton ML , Landolin JM , Bristow CA , Ma L. , Lin MF , Washietl S. , Arshinoff BI , Ay F. , Meyer PE , Robine N. , Washington NL , Di Stefano L. , Berezikov E. , Brown CD , Candeias R. , Carlson JW , Carr A. , ​​Jungreis I. , Marbach D. , Sealfon R. , Tolstorukov MY , Will S. , Alekseyenko AA , Artieri C. , Booth BW , Brooks AN , Dai Q. , ​​Davis CA , Duff MO , Feng X. , Gorchakov AA , Gu T. , Henikoff JG , Kapranov P. , Li R. , MacAlpine HK , Malone J. , Minoda A. , Nordman J. , Okamura K. , Perry M. , Powell SK , Riddle NC , Sakai A. , Samsonova A. , Sandler JE , Schwartz YB , Sher N. , Spokony R. , Sturgill D. , van Baren M. , Wan KH , Yang L. , Yu C. , Feingold E. , Good P. , Guyer M. , Lowdon R. , Ahmad K. , Andrews J. , Berger B. , Brenner SE , Brent MR , Cherbas L. , Elgin SCR , Gingeras TR , Grossman R. , Hoskins RA , Kaufman TC , Kent W. , Kuroda MI , Orr-Weaver T. , Perrimon N. , Pirrotta V. , Posakony JW , Ren B. , Russell S. , Cherbas P. , Graveley BR , Lewis S. , Micklem G. , Oliver B. , Park PJ , Celniker SE , Henikoff S. , Karpen GH , Lai EC , MacAlpine DM , Stein LD , White KP , Kellis M. , Acevedo D. , Auburn R. , Barber G. , Bellen HJ , Bishop EP , Bryson TD , Chateigner A. , ​​Chen J. , Clawson H. , Comstock CLG , Contrino S. . , DeNapoli LC , Ding Q. , Dobin A. , Domanus MH , Drenkow J. , Dudoit S. , Dumais J. , Eng T. , Fagegaltier D. , Gadel SE , Ghosh S. , Guillier F. , Hanley D. , Hannon GJ , Hansen KD , Heinz E. , Hinrichs AS , Hirst M. , Jha S. , Jiang L. , Jung YL , Kashevsky H. , Kennedy CD , Kephart ET , Langton L. , Lee O.-K. , Li S. , Li Z. , Lin W. , Linder-Basso D. , Lloyd P. , Lyne R. , Marchetti SE , Marra M. , Mattiuzzo NR , McKay S. , Meyer F. , Miller D. , Miller SW , Moore RA , Morrison CA , Prinz JA , Rooks M. , Moore R. , Rutherford KM , Ruzanov P. , Scheftner DA , Senderowicz L. , Shah PK , Shanower G. , Smith R. , Stinson EO , Suchy S. , Tenney AE , Tian F. , Venken KJT , Wang H. , White R. , Wilkening J. , Willingham AT , Zaleski C. , Zha Z. , Zhang D. , Zhao Y. , Zieba J. Identifikation af funktionelle elementer og Regulatory Circuits af Drosophila modENCODE   // Science . - 2010. - 22. december ( bd. 330 , nr. 6012 ). - P. 1787-1797 . — ISSN 0036-8075 . - doi : 10.1126/science.1198374 .

Litteratur