Thomas Jeffersons religiøse synspunkter var ganske forskellige fra den almindeligt accepterede kristendom på hans æra. Af de lære, der står ham nærmest, kan man fremhæve deisme , rationalisme og unitarisme [1] . Jefferson delte og sympatiserede generelt med det moralske aspekt af kristendommen, idet han mente, at denne doktrin er den mest imponerende etiske kodeks, der er tilgængelig for menneskeheden. Jefferson var dog af den opfattelse, at Kristi oprindelige budskab efterfølgende blev fordrejet af hans disciple [2] .
I sin første tiltrædelsestale bemærkede Jefferson vigtigheden af at "anerkende og tilbede det øverste forsyn", og i sin anden opfordrede han til at søge "hams gunst hos ham, i hvis hænder vi er, og som førte vores forfædre, det gamle folk i Israel." Men sammen med James Madison førte Jefferson en lang og vellykket kampagne for at stoppe offentlig finansiering til kirker i Virginia . Jefferson kom også med konceptet om en "adskillelsesmur mellem stat og kirke" i et brev fra 1802 til baptister i Connecticut . Under valgkampen i 1800 blev Jefferson angrebet af kritikere, der hævdede, at han var uegnet til præsidentposten på grund af sine holdninger til religion.
I kolonitiden var Jefferson et sognebarn i Church of England - den eneste, der modtog statsstøtte og finansiering. Før revolutionen fungerede sogne som lokale regeringer, og Jefferson havde en sekulær administrativ stilling i sit lokale sogn.
Efter den amerikanske revolution blev Church of England i Amerika omorganiseret til den episkopale kirke . Ifølge hustruen til en af Jeffersons venner deltog han i den første vinter af hans præsidentperiode regelmæssigt i gudstjenester i en lille episkopal kirke af respekt for ånden i fælles tilbedelse. Inden for et år efter sin indsættelse begyndte Jefferson at deltage i gudstjenester i Repræsentanternes Hus (hvilket han ikke gjorde, da han var vicepræsident ), hvor repræsentanter for forskellige kristne trosretninger prædikede [3] .
I sine faldende år nægtede Jefferson at fungere som gudfar for babyer, fordi han ikke accepterede treenighedslæren . På trods af beviser på, at han deltog i gudstjenester, er der ingen pålidelige beviser for, at han blev salvet eller modtog nadver .
I 1760, i en alder af sytten, kom Jefferson ind på College of William and Mary , hvor han studerede matematik, metafysik og filosofi i to år under professor William Small, som også introducerede den kommende præsident til skolen for britisk empiri (som f.eks. John Locke , Francis Bacon og Isaac Newton ). Biografer af Jefferson bemærker, at filosofien om deisme påvirkede ham i løbet af hans college år.
Sætninger som " Naturens Gud ", som Jefferson inkluderede i Uafhængighedserklæringen , er karakteristiske for deisme, men ikke eksklusive. Derudover passede denne tilgang ind i det antikke romerske paradigme om at tænke på naturret , som påvirkede Jefferson gennem Cicero .
De fleste deister afviste den kristne tro på mirakler og dogmet om treenigheden. På trods af at Jefferson hele sit liv havde den største respekt for de moralske aspekter af den kristne doktrin, troede han ikke på de mirakler, der er beskrevet i Bibelen , og heller ikke på Jesu Kristi guddom. I et brev dateret 1788 bemærker han, at han ikke accepterede treenighedsbegrebet fra en meget tidlig alder.