Kristendommen på Madagaskar spredte sig ret langsomt. For det første fordi det er et af de få lande i verden, hvor størstedelen af befolkningen er trofaste tilhængere af stammereligioner. Selv blandt de konverterede kan man se spor af den stærke indflydelse fra gamle stammetro. Og det andet distributionsproblem er isoleringen af bosættelser, på grund af hvilket missionærer ikke ofte kan besøge landsbyer, og lokale beboere ofte vender tilbage til deres stammereligion.
Som i mange afrikanske stater bragte græske handelsmænd ortodoksi hertil. "I 1953 blev en ortodoks kirke bygget af græske kolonister i hovedstaden Antananarivo . Efter militærkuppet i 1972 blev præsten ligesom andre udlændinge deporteret fra landet.”
Begyndelsen til ortodoksi blandt lokalbefolkningen her blev lagt i 1994 af Hieromonk Nektary (Kellis) , som ankom fra Australien . Fem år senere var der over 12 tusind ortodokse og dem, der forberedte sig til dåb på øen.
I byen Antananarivo , landets hovedstad, blev der bygget en katedral til ære for optagelsen af den allerhelligste Theotokos, med den var stiftsadministrationen og et børnehjem til flere hundrede børn placeret.
Den 26. marts 1995, på korsets søndag i hovedstadens Assumption Cathedral, ordinerede Metropolitan Chrysostomos i Zimbabwe diakon John Rikotondrazafi til presbyter. Dette er den første madagaskiske præst . Han blev ordineret til diakon i Harare , Zimbabwes hovedstad . Forinden studerede han det liturgiske charter i tre måneder.
En anden lokal beboer, Jean Christos Tsakanias, blev sendt for at studere på et seminar i byen Nairobi ( Kenya ).
I 1995 var der allerede 63 ortodokse sogne, syv skoler og tolv lokale præster på øen. Den ortodokse kirke modtog officiel anerkendelse fra Madagaskars regering.
Med patriarken Peter VII 's velsignelse valgte den hellige synode i Alexandria-kirken den 23. september 1997 Fader Nectarios til Madagaskars første biskop. Madagaskar blev et uafhængigt bispedømme, før det var en del af Zimbabwes metropol.
Senere blev der bygget et medicinsk ambulatorium på et stykke jord doneret af den græske konsul. Her planlagde Vladyka Nektary at bygge et tempel, et seminarium, et kloster og en øjenklinik.
Biskop Nectarios tonsurede også den første madagaskiske nonne med navnet Christodoulos.
Ortodoksi adopteres oftest af fattige mennesker. I landsbyer og landsbyer bor folk i hytter lavet af palmegrene, deres kapeller og templer er lavet af samme materiale. Lokale præster tjener disse templer og kapeller spredt i landskabet.
Der er meget arbejde i missionen, der er ikke nok hænder og mennesker. Den ortodokse mission er den fattigste i materiel henseende. Men samtidig forsøger hun at deltage i programmer, der skal hjælpe de nødstedte.
Vladyka Nectarios døde i et flystyrt sammen med patriark Peter VII den 11. september 2004. De var på vej til Athos -bjerget i en græsk luftvåbens helikopter.
I 2019 er der to ortodokse bispedømmer, der opererer på Madagaskars territorium: Madagaskars metropol og Touliars bispedømme . [en]