| UGENE | |
|---|---|
| Type | Bioinformatik program |
| Udvikler | Unipro |
| Skrevet i | C++ , Qt |
| Operativ system | Cross-platform software |
| Interface sprog | russisk , engelsk |
| nyeste version | 43 (21. august 2022) |
| Læsbare filformater | Proteindatabank |
| Licens | GPL |
| Internet side | ugene.net |
UGENE er gratis bioinformatiksoftware . _ [en]
UGENE kan køre på en personlig computer , der kører Windows , Mac OS X eller Linux .
UGENE giver en grafisk grænseflade til at arbejde med sekvenser, annoteringer, flere justeringer , fylogenetiske træer , sekventeringsdata ( NGS ) og mere. Data kan lagres både lokalt (på en personlig computer) og i et delt lager (i en laboratoriedatabase).
UGENE inkluderer snesevis af populære bioinformatiske algoritmer og værktøjer, såvel som dens egen udvikling til at arbejde med disse data i sammenhæng med genomik , evolutionær biologi , virologi og andre discipliner. Der er også en grafisk grænseflade til alle værktøjer , hvilket gør det nemmere for biologer uden programmeringserfaring at analysere disse data.
UGENE giver mulighed for at streame analysere store mængder data ved hjælp af "Computational Circuit Designer". Beregningskredsløbet i dette tilfælde er sammensat af forskellige blokke: datalæsning, anvendelse af indbyggede algoritmer/værktøjer, dataoptagelse. Om nødvendigt kan blokke af vilkårlige kommandolinjeværktøjer, scriptblokke osv. tilføjes til skemaet Designeren har færdige eksempler på skemaer (til annotering af sekvenser, konvertering af formater, analyse af sekventeringsdata og andet).
Ud over GUI'en giver UGENE en kommandolinjegrænseflade . Især kan et beregningsskema, der er kompileret i designeren, også startes fra kommandolinjen.
For at sikre maksimal computerydeevne bruger UGENE kraften fra multi-core CPU'er og GPU'er til at optimere visse computeropgaver.
Nedenfor er produktets hovedfunktioner:
Sekvenseditoren ("Sekvensvisning") giver dig mulighed for at vise, analysere og redigere nukleotid- eller aminosyresekvenser . For forskellige typer data understøttes yderligere visualiseringsmuligheder i sekvensredigeringsvinduet:
Multiple Alignment Editor (“Alignment Editor”) giver dig mulighed for at arbejde med flere nukleotider eller aminosyrer - justere dem, redigere manuelt, analysere, gemme konsensus, bygge fylogenetiske træer osv.
Phylogenetic Tree Viewer giver dig mulighed for at vise og redigere fylogenetiske træer. Det er muligt at synkronisere træet og den multiple justering, som det er bygget på.
Beregningsskemadesigneren giver dig mulighed for at oprette og køre beregningsskemaer med flere trin. Et karakteristisk træk ved UGENE-beregningsskemadesigneren er, at skemaerne udføres på brugerens lokale computer, hvilket eliminerer omkostningerne ved at uploade data til serveren.
Hvert kredsløb består af beregningselementer. Designeren indeholder elementer til de fleste af algoritmerne integreret i UGENE. Det er også muligt at lave dine egne elementer, f.eks. baseret på et vilkårligt program startet fra kommandolinjen. Beregningsskemaet kan gemmes til senere genbrug eller til overførsel til en anden bruger.
Det oprettede beregningsskema kan startes ved hjælp af en grafisk brugergrænseflade eller en kommandolinjegrænseflade . Den grafiske grænseflade giver funktioner til overvågning af udførelsen af kredsløbet: visning af resultater, lagring af parametre, visning af fejl osv.
Det indbyggede bibliotek indeholder færdige skemaer til konvertering, filtrering og annotering af data. I samarbejde med NIH NIAID blev skemaer udviklet til at analysere NGS-data (søg efter mutationer, ChIP-seq , RNA-seq ).
Assembly Browser begyndte i 2010 som en deltagelse i 2011 Illumina iDEA Challenge . Assembly Browser giver dig mulighed for at visualisere og udforske store (op til hundreder af millioner af korte læsninger) hele genom - sekventeringsdata . Understøttede formater: ACE, SAM og dens binære version BAM. For at se data i UGENE skal inputfilen konverteres til UGENEs oprindelige format. Denne tilgang har både fordele og ulemper. Ulemperne er konverteringstiden, som kan være væsentlig for store filer, og størrelsen på databaserne. På den anden side giver konvertering dig mulighed for bekvemt at se hele samlingen, navigere gennem samlingen og hurtigt springe til tæt dækkede områder.
Projektet udvikles af Unipro, med hovedkontor i Akademgorodok, Novosibirsk . Hver iteration varer cirka 1 til 2 måneder, hvorefter den næste version udgives. Mellemliggende builds er også tilgængelige for brugere .
De funktioner, der vil blive inkluderet i fremtidige versioner, er i høj grad bestemt af brugernes anmodninger.
I 2010 blev UGENE [3] anerkendt som "Bedste gratis projekt i Rusland - 2010" i kategorien "Gruppeprojekt" i konkurrencen i magasinet Linux Format .
Også i 2010 tog UGENE tredjepladsen i den "all-russiske årlige konkurrence af projekter inden for højtydende computing (High Performance Computing)" , støttet af Rosnano og Intel -selskaber .
I 2008 blev UGENEs HMMER Algorithm Optimization Project tildelt førstepladsen i PowerXCell 8i Processor Software Development Competition (utilgængeligt link) afholdt af T-Platforms .