Contig

En contig (af engelsk.  contiguous ) er et sæt af overlappende DNA-segmenter, som tilsammen repræsenterer en DNA-konsensusregion [1] .

I opgaven med samling af genom er contigs lange strækninger af DNA (strenge af nukleotider ), der produceres under samlingsprocessen.

Sekvenser

Contig-sekventering er en kontinuerlig (ikke-sammenhængende) proces, der er et resultat af gensamling af små DNA-fragmenter produceret ved haglgeværmetoden . Betydningen af ​​"contig" stemmer overens med Roger Stadens oprindelige definition fra 1979. Bottom-up DNA-sekventeringsstrategien involverer opdeling af genomet i mange små fragmenter ("bund"), sekventering og samling af dem tilbage i centigs og i sidste ende hele genomet ("op"). Da de nuværende teknologier kun tillader direkte sekventering af relativt korte DNA-fragmenter (300-1000 nukleotider), skal genomisk DNA fragmenteres i små stykker før sekventering.

I dag er teknologien med "parret ende-sekventering" meget brugt, hvor længere, ensartet størrelse fragmenter af DNA sekventeres .

Noter

  1. Gregory, S. Contig-forsamlingen . Encyclopedia of Life Sciences, 2005