SECIS element

SECIS-element (fra engelsk  se leno c ysteine ​​i nsertion s equence - selenocysteine ​​insertion sequence ) er en RNA- region omkring 60 nukleotider lang , der danner en hårnålelignende struktur [1] . Dette strukturelle motiv (sæt af nukleotider) får UGA- stopkodonet til at kode for selenocystein. Derfor er SECIS-elementet et væsentligt element i mRNA'er, der koder for selenoproteiner ( proteiner, der indeholder en eller flere rester af den selenholdige aminosyre selenocystein).

I bakterier er SECIS-elementet placeret næsten umiddelbart efter UGA- kodonet , det påvirker. I archaea og eukaryoter er det placeret i den 3 ' utranslaterede region ( 3' UTR ) af mRNA, og et SECIS-element kan få flere UGA-kodoner til at kode for selenocystein. I en arkæisk slægt, Methanococcus , er SECIS-elementet placeret i den 5 ' uoversatte region ( 5' UTR ) .  

SECIS-elementet kan skelnes ved dets karakteristiske nukleotidsekvens, det vil sige, at visse nukleotider optager strengt definerede steder i det, såvel som en karakteristisk sekundær struktur. Den sekundære struktur skyldes dannelsen af ​​hydrogenbindinger mellem komplementære nitrogenholdige baser , hvilket resulterer i en hårnålelignende struktur. Eukaryot SECIS indeholder ikke-kanoniske AG-par, som er sjældne i naturen, men ekstremt vigtige for den normale funktion af SECIS. Selvom SECIS i eukaryoter, archaea og bakterier har en karakteristisk hårnåleform, er de ikke kompatible med hinanden, det vil sige, at nukleotidarrangementet, der er karakteristisk for eukaryot SECIS, ikke er det for archaeal SECIS.

Adskillige computerprogrammer er blevet skabt til at søge efter SECIS-elementet i genomet, deres arbejde er baseret på søgningen efter specifikke sekvenser og sekundære strukturelementer. Disse programmer er blevet brugt til at søge efter nye selenoproteiner [2] .

SECIS-elementet er blevet fundet i en lang række organismer fra alle tre livsdomæner , såvel som deres vira [2] [3] [4] [5] [6] [7] [8] .

Noter

1. ↑ Walczak, R; Westhof E., Carbon P., Krol A. Et nyt RNA-strukturelt motiv i selenocystein-indsættelseselementet i eukaryote selenoprotein-mRNA'er  //  RNA: journal. - 1996. - Bd. 2 , nr. 4 . - s. 367-379 . — PMID 8634917 .
2. ↑ 1 2 Lambert, A; Lescure A., Gautheret D. En undersøgelse af metazoaniske selenocysteininsertionssekvenser  (engelsk)  // Biochimie : journal. - 2002. - Bd. 84 , nr. 9 . - S. 953-959 . - doi : 10.1016/S0300-9084(02)01441-4 . — PMID 12458087 .
3. ↑ Bland H., Lobanov AV, Gladyshev VN SECIS-elementer i de kodende regioner af selenoprotein-transkripter er funktionelle i højere eukaryoter  // Nucleic Acids Res  . : journal. - 2007. - Bd. 35 , nr. 2 . - S. 414-423 . doi : 10.1093 / nar/gkl1060 . — PMID 17169995 .
4. ↑ Cassago A., Rodrigues EM, Prieto EL, et al. Identifikation af Leishmania-selenoproteiner og SECIS-element  (engelsk)  // Mol. Biochem. parasitol. : journal. - 2006. - Bd. 149 , nr. 2 . - S. 128-134 . - doi : 10.1016/j.molbiopara.2006.05.002 . — PMID 16766053 .
5. ↑ Mourier T., Pain A., Barrell B., Griffiths-Jones S. Et selenocystein-tRNA- og SECIS-element i Plasmodium falciparum  (neopr.)  // RNA. - 2005. - T. 11 , nr. 2 . - S. 119-122 . - doi : 10.1261/rna.7185605 . — PMID 15659354 .
6. ↑ G. V. Kryukov, S. Castellano, S. V. Novoselov, A. V. Lobanov, O. Zehtab, R. Guigó og V. N. Gladyshev. Karakterisering af pattedyrselenoproteomer  (engelsk)  // Videnskab. - 2003. - Bd. 300 , nr. 5624 . - S. 1439-1443 . - doi : 10.1126/science.1083516 . — PMID 12775843 .
7. ↑ Gregory V. Kryukov og Vadim N. Gladyshev.  Det prokaryote selenoproteom  // EMBO Rep : journal. - 2004. - Bd. 5 , nr. 5 . - s. 538-543 . - doi : 10.1038/sj.embor.7400126 . — PMID 15105824 .
8. ↑ Alain Krol. Evolutionært forskellige RNA-motiver og RNA-proteinkomplekser for at opnå  selenoproteinsyntese //  Biochimie : journal. - 2002. - Bd. 84 , nr. 8 . - s. 765-774 . - doi : 10.1016/S0300-9084(02)01405-0 . — PMID 12457564 .