Histon deacetylase 3

Histon deacetylase 3
Tilgængelige strukturer
FBF Ortholog søgning: PDBe , RCSB
Identifikatorer
SymbolHDAC3  ; HD3; RPD3; RPD3-2
Eksterne ID'erOMIM:  605166 MGI :  1343091 Homologen :  48250 IUPHAR : ChEMBL : 1829 GeneCards : HDAC3-gen
EF-nummer3.5.1.98
RNA-ekspressionsprofil
Mere information
ortologer
UdsigtHumanMus
Entrez884115183
EnsembleENSG00000171720ENSMUSG00000024454
UniProtO15379Q3UM33
RefSeq (mRNA)NM_003883NM_010411
RefSeq (protein)NP_003874NP_034541
Locus (UCSC)Chr 5:
141 – 141,02 Mb		Chr 18:
37,94 – 37,95 Mb
Søg i PubMed[en][2]

Histon deacetylase 3 ( Histon  deacetylase 3 ) er et enzym kodet i mennesker af HDAC3 genet [1] [2] .

Funktion

Histoner spiller en afgørende rolle i reguleringen af ​​transkription , cellecyklus og udviklingsprocesser. Acetylering/deacetylering af histoner ændrer kromosomernes struktur og påvirker transkriptionsfaktorers adgang til DNA . Proteinet kodet af dette gen tilhører histondeacetylase/acuc/APHA-familien. Det har funktionaliteten af ​​en histondeacetylase og undertrykker transkription, når det er bundet til en promotor . Det kan være involveret i reguleringen af ​​transkription ved binding til transskriptionsfaktoren zinkfinger YY1 . Dette protein kan også negativt regulere p53 -funktionen og dermed modulere cellevækst og apoptose . Dette gen betragtes som et potentielt tumorsuppressorgen [3] .

Dette enzym er involveret i koordineringen af ​​synantropisk bakteriel-afhængig intestinal homeostase , når det udtrykkes i intestinale epitelceller.

Alternative funktioner

Histon-deacetylaser kan reguleres af endogene faktorer, biologisk aktive komponenter, syntetiske inhibitorer og bakterielt afledte signaler. Undersøgelser i mus med en sikker deletion af HDAC3 i tarmepitelceller (IEC) viste dereguleret IEC-genekspression. I disse deletioner af mutante mus blev der observeret tab af Paneth-celler , svækkelse af IEC-funktionen og ændringer i sammensætningen af ​​intestinale kommensale bakterier. Det faktum, at disse negative virkninger ikke blev observeret i sterile mus, indikerer, at virkningerne af deletionen kun ses i nærværelse af tarmmikrobiel kolonisering. Men de negative virkninger af HDAC3-deletioner skyldes ikke tilstedeværelsen af ​​en ændret mikrobiota, fordi kolonier af normale sterile mus med ændret mikroflora ikke viste de negative virkninger set i deletionsmutanter.

Selvom den nøjagtige mekanisme og specifikationer af signalerne ikke er godt forstået, er det klart, at HDAC3 interagerer med de modtagne signaler fra kommensale bakterier i tarmmikrofloraen . Disse interaktioner er ansvarlige for at kalibrere epitelcellernes reaktioner med hensyn til behovet for at etablere normale relationer mellem værts- og kommensale celler, samt at opretholde intestinal homeostase [4] [5] [6] [7] .

Modelorganismer

Modelorganismer blev brugt til at studere funktionerne af HDAC3. En foreløbig afstamning af knockout-mus kaldet Hdac3 tm1a(EUCOMM)Wtsi [8] [9] blev etableret under International Knockout Mice Consortium -programmet , et high-throughput mutageneseprojekt til at generere og udbrede dyresygdomsmodeller til interesserede videnskabsmænd [ 10] [11] [12] .

Mænd og hunner gennemgik standardiseret fænotypisk screening for at bestemme konsekvenserne af deletionen [13] [14] .

Seksogtyve test blev udført på mutante mus, og to signifikante abnormiteter blev observeret [13] . Ingen homozygote mutante embryoner blev identificeret under graviditeten, og i separate undersøgelser overlevede ingen af ​​dem til slutningen af ​​amningen. Resten af ​​testene blev udført på heterozygote mutante voksne mus; ingen signifikante abnormiteter blev observeret hos disse dyr [13] .

Interaktioner

HDAC3 har vist sig at interagere med:

Se også

Noter

  1. ↑ Emiliani S., Fischle W., Van Lint C., Al-Abed Y., Verdin E. Karakterisering af en human RPD3-ortolog, HDAC3   // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal. - 1998. - April ( bind 95 , nr. 6 ). - S. 2795-2800 . - doi : 10.1073/pnas.95.6.2795 . — PMID 9501169 .
  2. ↑ Dangond F., Hafler DA, Tong JK, Randall J., Kojima R., Utku N., Gullans SR  Differential display kloning af en ny human histon deacetylase (HDAC3) cDNA fra PHA-aktiverede immunceller  // Biochem Biophys Res Commun : journal. - 1998. - Marts ( bd. 242 , nr. 3 ). - S. 648-652 . - doi : 10.1006/bbrc.1997.8033 . — PMID 9464271 .
  3. ↑ Entrez-gen: HDAC3-histondeacetylase 3 .
  4. ↑ Donohoe DR, Bultman SJ Metaboloepigenetik: indbyrdes forhold mellem energimetabolisme og epigenetisk kontrol af genekspression  //  J. Cell. physiol. : journal. - 2012. - Bd. 227 , nr. 9 . - s. 3169-3177 . - doi : 10.1002/jcp.24054 . — PMID 22261928 .
  5. ↑ Haberland M., Montgomery RL, Olson EN Histon-deacetylasernes mange roller i udvikling og fysiologi: implikationer for sygdom og terapi   // Nat . Rev. Genet.  : journal. - 2009. - Bd. 10 , nej. 1 . - S. 32-42 . - doi : 10.1038/nrg2485 . — PMID 19065135 .
  6. ↑ Kim GW, Gocevski G., Wu CJ, Yang XJ Diætmæssig , metabolisk og potentielt miljømæssig modulering af lysinacetyleringsmaskineriet  //  Int J Cell Biol : journal. - 2010. - Bd. 2010 . — S. 632739 . - doi : 10.1155/2010/632739 . — PMID 20976254 .
  7. ↑ Dashwood RH, Ho E. Kosthistondeacetylaseinhibitorer: fra celler til mus til mennesker   // Semin . Kræft biol. : journal. - 2007. - Bd. 17 , nr. 5 . - S. 363-369 . - doi : 10.1016/j.semcancer.2007.04.001 . — PMID 17555985 .
  8. ↑ International Knockout Mouse Consortium (link ikke tilgængeligt) . Hentet 25. maj 2015. Arkiveret fra originalen 20. marts 2012. 
  9. ↑ Mouse Genome Informatics . Hentet 25. maj 2015. Arkiveret fra originalen 24. september 2015.
  10. ↑ Skarnes WC, Rosen B., West AP, Koutsourakis M., Bushell W., Iyer V., Mujica AO, Thomas M., Harrow J., Cox T., Jackson D., Severin J., Biggs P., Fu J., Nefedov M., de Jong PJ, Stewart AF, Bradley A. En betinget knockout-ressource til den genomomfattende undersøgelse af  musegenfunktion //  Nature: journal. - 2011. - Bd. 474 , nr. 7351 . - s. 337-342 . - doi : 10.1038/nature10163 . — PMID 21677750 .
  11. ↑ Dolgin E. Mouse bibliotek indstillet til at blive knockout   // Nature . - 2011. - Juni ( bd. 474 , nr. 7351 ). - S. 262-263 . - doi : 10.1038/474262a . — PMID 21677718 .
  12. ↑ Collins FS, Rossant J., Wurst W. En mus af alle grunde   // Cell . - Cell Press , 2007. - Januar ( vol. 128 , nr. 1 ). - S. 9-13 . - doi : 10.1016/j.cell.2006.12.018 . — PMID 17218247 .
  13. ↑ 1 2 3 Gerdin AK The Sanger Mouse Genetics Program: High throughput karakterisering af knockout mus  //  Acta Ophthalmologica : journal. - 2010. - Bd. 88 , nr. S248 . - doi : 10.1111/j.1755-3768.2010.4142.x .
  14. ↑ van der Weyden L., White JK, Adams DJ, Logan DW Musgenetikværktøjssættet: afslørende funktion og mekanisme. (engelsk)  // Genome Biol : journal. - 2011. - Bd. 12 , nr. 6 . — S. 224 . - doi : 10.1186/gb-2011-12-6-224 . — PMID 21722353 .
  15. ↑ Hoogeveen AT, Rossetti S., Stoyanova V., Schonkeren J., Fenaroli A., Schiaffonati L., van Unen L., Sacchi N. Den transkriptionelle corepressor MTG16a indeholder en ny nukleolær målretningssekvens forstyrret i t (16; 21) -positive myeloide maligniteter  (engelsk)  // Onkogen : journal. - 2002. - September ( bind 21 , nr. 43 ). - P. 6703-6712 . - doi : 10.1038/sj.onc.1205882 . — PMID 12242670 .
  16. ↑ Amann JM, Nip J., Strom DK, Lutterbach B., Harada H., Lenny N., Downing JR, Meyers S., Hiebert SW ETO, et mål for t(8;21) ved akut leukæmi, får tydelige kontakter med multiple histondeacetylaser og binder mSin3A gennem dets oligomeriseringsdomæne   // Mol . celle. Biol. : journal. - 2001. - Oktober ( bind 21 , nr. 19 ). - P. 6470-6483 . - doi : 10.1128/MCB.21.19.6470-6483.2001 . — PMID 11533236 .
  17. ↑ Petre-Draviam CE, Williams EB, Burd CJ, Gladden A., Moghadam H., Meller J., Diehl JA, Knudsen KE Et centralt domæne af cyclin D1 medierer nuklear receptor  corepressoraktivitet //  Onkogen : journal. - 2005. - Januar ( bind 24 , nr. 3 ). - S. 431-444 . - doi : 10.1038/sj.onc.1208200 . — PMID 15558026 .
  18. ↑ Lin HM, Zhao L., Cheng SY Cyclin D1 er en ligand-uafhængig co-repressor for thyreoideahormonreceptorer  //  J. Biol. Chem.  : journal. - 2002. - August ( bind 277 , nr. 32 ). - P. 28733-28741 . - doi : 10.1074/jbc.M203380200 . — PMID 12048199 .
  19. ↑ Watamoto K., Towatari M., Ozawa Y., Miyata Y., Okamoto M., Abe A., Naoe T., Saito H. Ændret interaktion mellem HDAC5 og GATA-1 under MEL-   celledifferentiering // Onkogen : journal. - 2003. - December ( bind 22 , nr. 57 ). - P. 9176-9184 . - doi : 10.1038/sj.onc.1206902 . — PMID 14668799 .
  20. ↑ Ozawa Y., Towatari M., Tsuzuki S., Hayakawa F., Maeda T., Miyata Y., Tanimoto M., Saito H. Histondeacetylase 3 associerer med og undertrykker transkriptionsfaktoren GATA-   2 // Blood : journal. — American Society of Hematology, 2001. - Oktober ( bind 98 , nr. 7 ). - S. 2116-2123 . - doi : 10.1182/blod.V98.7.2116 . — PMID 11567998 .
  21. ↑ 1 2 3 4 Zhang J., Kalkum M., Chait BT, Roeder RG N-CoR-HDAC3 nuklear receptor-corepressorkomplekset hæmmer JNK-vejen gennem den integrerede underenhed GPS2   // Mol . celle : journal. - 2002. - Marts ( bind 9 , nr. 3 ). - s. 611-623 . - doi : 10.1016/S1097-2765(02)00468-9 . — PMID 11931768 .
  22. ↑ Wen YD, Cress WD, Roy AL, Seto E. Histon deacetylase 3 binder til og regulerer den multifunktionelle transkriptionsfaktor TFII-I  //  J. Biol. Chem.  : journal. - 2003. - Januar ( bind 278 , nr. 3 ). - S. 1841-1847 . - doi : 10.1074/jbc.M206528200 . — PMID 12393887 .
  23. ↑ Tussié-Luna MI, Bayarsaihan D., Seto E., Ruddle FH, Roy AL Fysiske og funktionelle interaktioner mellem histon-deacetylase 3 med TFII-I-familieproteiner og PIASxbeta  //  Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal. - 2002. - Oktober ( bind 99 , nr. 20 ). - P. 12807-12812 . - doi : 10.1073/pnas.192464499 . — PMID 12239342 .
  24. ↑ 1 2 3 Fischle W., Dequiedt F., Fillion M., Hendzel MJ, Voelter W., Verdin E. Human HDAC7-histondeacetylaseaktivitet er forbundet med HDAC3 in vivo  //  J. Biol. Chem.  : journal. - 2001. - September ( bind 276 , nr. 38 ). - P. 35826-35835 . - doi : 10.1074/jbc.M104935200 . — PMID 11466315 .
  25. ↑ 1 2 Grozinger CM, Hassig CA, Schreiber SL Tre proteiner definerer en klasse af humane histon-deacetylaser relateret til gær Hda1p  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal  . - 1999. - April ( bd. 96 , nr. 9 ). - P. 4868-4873 . - doi : 10.1073/pnas.96.9.4868 . — PMID 10220385 .
  26. ↑ 1 2 3 4 Fischle W., Dequiedt F., Hendzel MJ, Guenther MG, Lazar MA, Voelter W., Verdin E. Enzymatisk aktivitet forbundet med klasse II HDAC'er er afhængig af et multiproteinkompleks indeholdende HDAC3 og SMRT/N-CoR  (engelsk)  // Mol. celle : journal. - 2002. - Januar ( bind 9 , nr. 1 ). - S. 45-57 . - doi : 10.1016/S1097-2765(01)00429-4 . — PMID 11804585 .
  27. ↑ 1 2 Grozinger CM, Schreiber SL Regulering af histon-deacetylase 4 og 5 og transkriptionel aktivitet ved 14-3-3-afhængig cellulær lokalisering  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal  . - 2000. - Juli ( bind 97 , nr. 14 ). - P. 7835-7840 . - doi : 10.1073/pnas.140199597 . — PMID 10869435 .
  28. ↑ Petrie K., Guidez F., Howell L., Healy L., Waxman S., Greaves M., Zelent A. Histon-deacetylase 9-genet koder for flere proteinisoformer  //  J. Biol. Chem.  : journal. - 2003. - Maj ( bd. 278 , nr. 18 ). - P. 16059-16072 . - doi : 10.1074/jbc.M212935200 . — PMID 12590135 .
  29. ↑ Zhou X., Richon VM, Rifkind RA, Marks PA Identifikation af en transkriptionel repressor relateret til det ikke-katalytiske domæne af histon-deacetylaser 4 og 5  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  :  journal . - 2000. - Februar ( bind 97 , nr. 3 ). - S. 1056-1061 . - doi : 10.1073/pnas.97.3.1056 . — PMID 10655483 .
  30. ↑ Baek SH, Ohgi KA, Rose DW, Koo EH, Glass CK, Rosenfeld MG Udveksling af N-CoR corepressor og Tip60 coactivator komplekser forbinder genekspression af NF-kappaB og beta-amyloid precursor protein  // Cell  :  journal . - Cell Press , 2002. - Juli ( vol. 110 , nr. 1 ). - S. 55-67 . - doi : 10.1016/S0092-8674(02)00809-7 . — PMID 12150997 .
  31. ↑ Mahlknecht U., Will J., Varin A., Hoelzer D., Herbein G. Histon-deacetylase 3, en klasse I-histondeacetylase, undertrykker MAPK11-medieret aktiverende transkriptionsfaktor-2-aktivering og undertrykker TNF-   genekspression // J. Immunol . : journal. - 2004. - September ( bind 173 , nr. 6 ). - S. 3979-3990 . - doi : 10.4049/jimmunol.173.6.3979 . — PMID 15356147 .
  32. ↑ 1 2 3 Yoon HG, Chan DW, Reynolds AB, Qin J., Wong J. N-CoR medierer DNA-methyleringsafhængig repression gennem et methyl CpG-bindende protein Kaiso   // Mol . celle : journal. - 2003. - September ( bind 12 , nr. 3 ). - s. 723-734 . - doi : 10.1016/j.molcel.2003.08.008 . — PMID 14527417 .
  33. ↑ 1 2 Yoon HG, Chan DW, Huang ZQ, Li J., Fondell JD, Qin J., Wong J. Oprensning og funktionel karakterisering af det humane N-CoR-kompleks: rollerne af HDAC3, TBL1 og  TBLR1  // EMBO J . : journal. - 2003. - Marts ( bind 22 , nr. 6 ). - S. 1336-1346 . - doi : 10.1093/emboj/cdg120 . — PMID 12628926 .
  34. ↑ 1 2 Li J., Wang J., Wang J., Nawaz Z., Liu JM, Qin J., Wong J. Begge corepressorproteiner SMRT og N-CoR findes i store proteinkomplekser indeholdende   HDAC3 // EMBO J. : journal. - 2000. - August ( bind 19 , nr. 16 ). - P. 4342-4350 . - doi : 10.1093/emboj/19.16.4342 . — PMID 10944117 .
  35. ↑ 1 2 Underhill C., Qutob MS, Yee SP, Torchia J. Et  J.//nyt nuklear receptor-corepressorkompleks, N-CoR, indeholder komponenter af pattedyrs SWI/SNF-komplekset og corepressoren KAP-1 Chem.  : journal. - 2000. - December ( bind 275 , nr. 51 ). - P. 40463-40470 . - doi : 10.1074/jbc.M007864200 . — PMID 11013263 .
  36. ↑ 1 2 Guenther MG, Lane WS, Fischle W., Verdin E., Lazar MA, Shiekhattar R. Et kerne-SMRT-corepressorkompleks indeholdende HDAC3 og TBL1, et WD40-gentagelsesprotein knyttet til døvhed  // Genes Dev  .  : journal. - 2000. - Maj ( bind 14 , nr. 9 ). - S. 1048-1057 . — PMID 10809664 .
  37. ↑ 1 2 Guenther MG, Yu J., Kao GD, Yen TJ, Lazar MA Samling af SMRT-histon deacetylase 3-repressionskomplekset kræver TCP-1-ringkomplekset  // Genes Dev  .  : journal. - 2002. - December ( bind 16 , nr. 24 ). - S. 3130-3135 . - doi : 10.1101/gad.1037502 . — PMID 12502735 .
  38. ↑ 1 2 Franco PJ, Li G., Wei LN Interaktion mellem nuklear receptor zinkfinger DNA-bindende domæner med histon deacetylase   // Mol . celle. Endokrinol. : journal. - 2003. - August ( bind 206 , nr. 1-2 ). - S. 1-12 . - doi : 10.1016/S0303-7207(03)00254-5 . — PMID 12943985 .
  39. ↑ Shi Y., Hon M., Evans RM Den peroxisomproliferator-aktiverede receptor delta, en integrator af transkriptionel undertrykkelse og nuklear receptorsignalering  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal  . - 2002. - Marts ( bind 99 , nr. 5 ). - S. 2613-2618 . - doi : 10.1073/pnas.052707099 . — PMID 11867749 .
  40. ↑ Wu WS, Vallian S., Seto E., Yang WM, Edmondson D., Roth S., Chang KS Vækstundertrykkeren PML undertrykker transkription ved funktionelt og fysisk at interagere med histon-deacetylaser   // Mol . celle. Biol. : journal. - 2001. - April ( bind 21 , nr. 7 ). - P. 2259-2268 . - doi : 10.1128/MCB.21.7.2259-2268.2001 . — PMID 11259576 .
  41. ↑ Nicolas E., Ait-Si-Ali S., Trouche D. Histon-deacetylase HDAC3 målretter RbAp48 mod retinoblastomproteinet  // Nucleic Acids Res  . : journal. - 2001. - August ( bind 29 , nr. 15 ). - s. 3131-3136 . doi : 10.1093 / nar/29.15.3131 . — PMID 11470869 .
  42. ↑ Fischle W., Verdin E., Greene WC Varighed af nuklear NF-kappaB-virkning reguleret af reversibel acetylering  //  Science : journal. - 2001. - August ( bind 293 , nr. 5535 ). - S. 1653-1657 . - doi : 10.1126/science.1062374 . — PMID 11533489 .
  43. ↑ Fajas L., Egler V., Reiter R., Hansen J., Kristiansen K., Debril MB, Miard S., Auwerx J. The retinoblastom-histone deacetylase 3 complex inhibits PPARgamma and adipocyte differentiation  (Eng.)  // Dev . . celle : journal. - 2002. - December ( bind 3 , nr. 6 ). - S. 903-910 . - doi : 10.1016/S1534-5807(02)00360-X . — PMID 12479814 .
  44. ↑ Lai A., Lee JM, Yang WM, DeCaprio JA, Kaelin WG, Seto E., Branton PE RBP1 rekrutterer både histon-deacetylase-afhængige og -uafhængige undertrykkelsesaktiviteter til retinoblastomfamilieproteiner   // Mol . celle. Biol. : journal. - 1999. - Oktober ( bind 19 , nr. 10 ). - P. 6632-6641 . — PMID 10490602 .
  45. ↑ Schroeder TM, Kahler RA, Li X., Westendorf JJ Histondeacetylase 3 interagerer med runx2 for at undertrykke osteocalcinpromotoren og regulere osteoblastdifferentiering  //  J. Biol. Chem.  : journal. - 2004. - Oktober ( bind 279 , nr. 40 ). - S. 41998-42007 . - doi : 10.1074/jbc.M403702200 . — PMID 15292260 .
  46. ↑ Vaute O., Nicolas E., Vandel L., Trouche D. Funktionel og fysisk interaktion mellem histonmethyltransferasen Suv39H1 og histondeacetylaser  // Nucleic Acids Res  . : journal. - 2002. - Januar ( bind 30 , nr. 2 ). - S. 475-481 . doi : 10.1093 / nar/30.2.475 . — PMID 11788710 .
  47. ↑ Li G., Franco PJ, Wei LN Identifikation af histondeacetylase-3-domæner, der interagerer med den forældreløse nukleare receptor TR2   // Biochem . Biofys. Res. commun. : journal. - 2003. - Oktober ( bind 310 , nr. 2 ). - S. 384-390 . - doi : 10.1016/j.bbrc.2003.08.145 . — PMID 14521922 .
  48. ↑ Franco PJ, Farooqui M., Seto E., Wei LN Den forældreløse nukleare receptor TR2 interagerer direkte med både klasse I og klasse II histon deacetylaser   // Mol . Endokrinol. : journal. - 2001. - August ( bind 15 , nr. 8 ). - S. 1318-1328 . - doi : 10.1210/mend.15.8.0682 . — PMID 11463856 .
  49. ↑ Tan F., Lu L., Cai Y., Wang J., Xie Y., Wang L., Gong Y., Xu BE, Wu J., Luo Y., Qiang B., Yuan J., Sun X. ., Peng X. Proteomisk analyse af ubiquitinerede proteiner i normal hepatocytcellelinje Chang-leverceller  (engelsk)  // Proteomics : journal. - 2008. - Juli ( bd. 8 , nr. 14 ). - S. 2885-2896 . - doi : 10.1002/pmic.200700887 . — PMID 18655026 .
  50. ↑ Yang WM, Yao YL, Sun JM, Davie JR, Seto E. Isolering og karakterisering af cDNA'er svarende til et yderligere medlem af den humane histon-deacetylase-genfamilie  //  J. Biol. Chem.  : journal. - 1997. - Oktober ( bind 272 , nr. 44 ). - S. 28001-28007 . doi : 10.1074 / jbc.272.44.28001 . — PMID 9346952 .
  51. ↑ Yao YL, Yang WM, Seto E. Regulering af transkriptionsfaktor YY1 ved acetylering og deacetylering   // Mol . celle. Biol. : journal. - 2001. - September ( bind 21 , nr. 17 ). - P. 5979-5991 . - doi : 10.1128/MCB.21.17.5979-5991.2001 . — PMID 11486036 .

Litteratur

Links