| grundlæggende helix-loop-helix-struktur af det DNA-bindende domæne. | |
|---|---|
| det grundlæggende strukturelle motiv af helix-loop-helix nuklear translokator AHR (ARNT). To α-helixer (blå) interagerer med en kort løkke (rød) [1] . | |
| Identifikatorer | |
| Symbol | bHLH |
| Pfam | PF00010 |
| Interpro | IPR001092 |
| SMART | SM00353 |
| PROSITE | PDOC00038 |
| SCOP | 1mdy |
| SUPERFAMILIE | 1mdy |
| CDD | cd00083 |
| Tilgængelige proteinstrukturer | |
| Pfam | strukturer |
| FBF | RCSB FBF ; PDBe ; PDBj |
| PDBsum | 3D model |
| Mediefiler på Wikimedia Commons | |
Den grundlæggende helix-loop-helix struktur (fra engelsk basic helix-loop-helix , forkortelse bHLH ) er det grundlæggende strukturelle motiv til stede i mange proteiner, der tilhører superfamilien af dimeriserende transkriptionsfaktorer [2] [3] [4] [ 5] . Disse proteiner kaldes bHLH-proteiner. Dette protein strukturelle motiv bør ikke forveksles med et andet lignende protein strukturelt motiv, det såkaldte helix-turn-helix motiv.
Motivet er karakteriseret ved tilstedeværelsen af to α-helixer forbundet med en løkke. Generelt er transkriptionsfaktorer, der inkluderer dette domæne, dimere, hver med en enkelt helix indeholdende basiske aminosyrerester, der letter bindingen af DNA-molekyler [6] . I motivet er den ene helix mindre, og på grund af løkkens fleksibilitet tillader den dimerisering ved foldning og pakning mod en anden helix. Den store helix indeholder normalt DNA-bindingssteder. bHLH-proteiner binder normalt til en konsensussekvens kaldet E-boksen, CANNTG [7] . Den kanoniske sekvens af E-boksen er CACGTG (palindromisk), dog binder nogle bHLH-transkriptionsfaktorer, især fra bHLH-PAS-familien, til beslægtede ikke-palindromiske sekvenser, der ligner E-boksen. bHLH TF'er kan homodimerisere eller heterodimerisere med andre bHLH TF'er og danne en lang række dimerer, hver med specifikke funktioner [8] .
Eksempler på transkriptionsfaktorer, der indeholder bHLH:
bHLH-transkriptionsfaktorer er ofte vigtige i udvikling eller cellulær aktivitet. BMAL1/Clock er det vigtigste transkriptionskompleks i cirkadiske molekylære oscillatorer. Andre gener såsom c-Myc og HIF-1 er blevet forbundet med kræft på grund af deres indflydelse på cellevækst og stofskifte.
Da mange bHLH-transkriptionsfaktorer er heterodimere [8] , er deres aktivitet ofte stærkt reguleret af subunit-dimerisering. Ekspressionen eller tilgængeligheden af en underenhed styres ofte, mens den anden underenhed udtrykkes konstitutivt. Mange af de kendte regulatoriske proteiner, såsom det fra Drosophila extramacrochaetae , har en helix-loop-helix-struktur, men mangler en baseregion, hvilket gør dem ude af stand til at binde sig til DNA alene . De er imidlertid i stand til at danne heterodimerer med proteiner, der har bHLH-strukturen og dermed deaktivere deres evne som transkriptionsfaktorer [9] .
AHR ; AHRR ; ARNT ; ARNT2 ; ARNTL ; ARNTL2 ; ASCL1 ; ASCL2 ; ASCL3 ; ASCL4 ; ATOH1 ; ATOH7 ; ATOH8 ; BHLHB2 ; BHLHB3 ; BHLHB4 ; BHLHB5 ; BHLHB8 ; UR ; EPAS1 ; FERD3L ; FIGLA ; HÅND1 ; HÅND2 ; HES1 ; HES2 ; HES3 ; HES4 ; HES5 ; HES6 ; HES7 ; HEY1 ; HEY2 ; HIF1A ; ID1 ; ID2 ; ID3 ; ID4 ; KIAA2018 ; LYL1 ; MASH1 ; MATH2 ; MAX ; MESP1 ; MESP2 ; MIST1 ; MITF ; MLX ; MLXIP ; MLXIPL ; MNT ; M.S.C .; MSGN1 ; MXD1 ; MXD3 ; MXD4 ; MXI1 ; MYC ; MYCL1 ; MYCL2 ; MYCN ; MYF5 ; MYF6 ; MYOD1 ; MYOG ; NCOA1 ; NCOA3 ; NEUROD1 ; NEUROD2 ; NEUROD4 ; NEUROD6 ; NEUROG1 ; NEUROG2 ; NEUROG3 ; NHLH1 ; NHLH2 ; NPAS1 ; NPAS2 ; NPAS3 ; NPAS4 ; OAF1 ; OLIG1 ; OLIG2 ; OLIG3 ; PTF1A ; SCL ; SCXB ; SIM1 ; SIM2 ; SOHLH1 ; SOHLH2 ; SREBF1 ; SREBF2 ; TAL1 ; TAL2 ; TCF12 ; TCF15 ; TCF21 ; TCF3 ; TCF4 ; TCFL5 ; TFAP4 ; TFE3 ; TFEB ; TFEC ; TWIST1 ; TWIST2 ; USF1 ; USF2 ;