28S rRNA

Den aktuelle version af siden er endnu ikke blevet gennemgået af erfarne bidragydere og kan afvige væsentligt fra den version , der blev gennemgået den 9. juni 2021; checks kræver 4 redigeringer .

28S ribosomalt RNA er det strukturelle ribosomale RNA (rRNA) i den store underenhed af eukaryote cytoplasmatiske ribosomer og dermed en af ​​hovedkomponenterne i alle eukaryote celler. Det er 25S i planter og 28S i pattedyr, deraf navnet 25S-28S rRNA [1] .

Kombineret med 5,8S rRNA på 5'-siden er det en eukaryotisk nuklear homolog af prokaryot 23S og mitokondrielt 16S ribosomalt RNA [2] [3] [4] .

Brug i fylogeni

De gener, der koder for 28S rRNA, kaldes 28S rDNA. Sekvenssammenligning af disse gener bruges nogle gange i molekylær analyse til at konstruere fylogenetiske træer , såsom i protozoer , [5] svampe , [6] insekter , [7] tardigrader , [8] og hvirveldyr [9] [10] .

Sammensætning

28S rRNA er normalt 4000-5000 nt langt [11] .

I nogle eukaryoter er 28S rRNA'et i ribosomet opdelt i to dele, hvilket kan [11] forekomme både før og efter samling af ribosomet. Sidstnævnte er angivet ved den overfladiske placering af incisionsstedet i et af undersøgelserne [11] [12] . Fænomenet kaldes "skjult brud" (skjult brud) [11] .

Databaser

Adskillige databaser giver justeringer og annoteringer af LSU rRNA-sekvenser til sammenligningsformål :

Noter

  1. ↑ Lodish, Harvey F. Molekylær cellebiologi  / Harvey F. Lodish, James E. Darnell. - Scientific American Books, 1995-01-01. - ISBN 978-0-7167-2380-6 .
  2. ↑ Eperon, IC (1980-07-31). "Særpræget sekvens af humane mitokondrielle ribosomale RNA-gener". natur _ _ ]. 286 (5772): 460-467. DOI : 10.1038/286460a0 . PMID  6157106 .
  3. ↑ Doris, Stephen M. (oktober 2015). "Universelle og domænespecifikke sekvenser i 23S-28S ribosomalt RNA identificeret ved beregningsfylogenetik." RNA . 21 (10): 1719-1730. DOI : 10.1261/rna.051144.115 .
  4. ↑ Lafontaine, DLJ (2001). "Ribosomernes funktion og syntese". Naturanmeldelser Molekylær cellebiologi . 2 (7): 514-520. DOI : 10.1038/35080045 . PMID  11433365 .
  5. ↑ Baroin, A. (1988-05-01). "Delvis fylogeni af de encellede eukaryoter baseret på hurtig sekventering af en del af 28S ribosomalt RNA". Proceedings of the National Academy of Sciences ]. 85 (10): 3474-3478. DOI : 10.1073/pnas.85.10.3474 . ISSN 0027-8424 . PMID 3368456 .  
  6. ↑ James, Timothy Y. (2006). "Rekonstruering af den tidlige udvikling af svampe ved hjælp af en seks-gen fylogeni". natur . 443 (7113): 818-822. DOI : 10.1038/nature05110 . PMID  17051209 .
  7. ↑ Whiting, Michael F. (1997-03-01). "Strepsiptera-problemet: fylogeni af holometaboløse insektordener udledt fra 18S og 28S ribosomale DNA-sekvenser og morfologi." Systematisk biologi _ ]. 46 (1): 1-68. DOI : 10.1093/sysbio/46.1.1 . ISSN  1063-5157 . PMID  11975347 .
  8. ↑ Jørgensen, Aslak (2010-03-01). "Molekylær fylogeni af Arthrotardigrada (Tardigrada)". Molekylær fylogenetik og evolution . 54 (3): 1006-1015. DOI : 10.1016/j.impev.2009.10.006 . PMID  19822216 .
  9. ↑ Le, Hoc Lanh Vân (1993-03-01). "En 28S rRNA-baseret fylogeni af gnathostomerne: Første trin i analysen af ​​konflikt og kongruens med morfologisk baserede cladogrammer." Molekylær fylogenetik og evolution . 2 (1): 31-51. DOI : 10.1006/mpev.1993.1005 . PMID  8081546 .
  10. ↑ Mallatt, Jon (december 1998). "28S og 18S rDNA-sekvenser understøtter monofylien af ​​lampretter og hagfishes" . Molekylærbiologi og evolution . 15 (12): 1706-1718. doi : 10.1093/oxfordjournals.molbev.a025897 . PMID  9866205 .
  11. ↑ 1 2 3 4 Natsidis, Paschalis (december 2019). "Beregningsmæssig opdagelse af skjulte brud i 28S ribosomale RNA'er på tværs af eukaryoter og konsekvenser for RNA-integritetsnumre." videnskabelige rapporter . 9 (1):19477. doi : 10.1038 /s41598-019-55573-1 .
  12. ↑ Ben-Shem, A. et al. Strukturen af ​​det eukaryote ribosom ved 3,0 Å opløsning. Videnskab. 334, 1524-1529 (2011).
  13. ↑ Ribosomal Database Project . RDP Release 11, Update 5 (30. september 2016). Hentet 31. december 2016. Arkiveret fra originalen 19. august 2020.
  14. ↑ Olsen, GJ (1992-05-11). "The Ribosomal Database Project". Nukleinsyreforskning . 20 (suppl): 2199-2200. DOI : 10.1093/nar/20.suppl.2199 . ISSN  0305-1048 . PMID  1598241 .
  15. ↑ Cole, James R. (2014-01-01). "Ribosomal Database Project: data og værktøjer til high throughput rRNA-analyse." Nukleinsyreforskning . 42 (D1): D633-D642. doi : 10.1093/nar/ gkt1244 . ISSN 0305-1048 . PMID24288368 . _  
  16. ↑ Quast, C. (2013-01-01). "SILVA ribosomale RNA-gendatabaseprojektet: forbedret databehandling og webbaserede værktøjer." Nukleinsyreforskning . 41 (D1): D590-D596. doi : 10.1093/nar/ gks1219 . ISSN 0305-1048 . PMID 23193283 .