Den tredje periode med udvikling af biogeografi er karakteriseret ved enorme videnskabelige erhvervelser inden for naturhistorie. En dyb bevidsthed om floristisk-faunistiske og palæontologiske data passer ikke længere ind i det bibelske verdensbillede om verdens skabelse. Nye palæontologiske fund vidnede om, at forbedringen af levende væsener fra de ældste til de moderne geologiske lag, hvor de blev opdaget. Fraværet af nogle led i denne kæde blev grundlaget for fremkomsten af et kompromis mellem katastrofeteoriens religiøse og videnskabelige verdenssyn. Det er baseret på det faktum, at skaberen i hvert geologisk epos skaber en organisk verden, der er speciel for det, som efter en vis tid ødelægger det for synder. Derefter begynder en ny skabelseshandling, og de døde skabninger erstattes af nye - forbedrede. Under eksistensen af liv på Jorden blev dette gentaget flere gange.
Teorien om katastrofer er blevet dannet over flere årtier, men den franske zoolog og palæontolog J. Cuvier betragtes som dens forfatter. I denne periode fortsatte udviklingen af biologi og geografi under indflydelse af teorien om katastrofer, som tilhængerne af J. Cuvier bragte til absurditetspunktet. Over tid, da de manglende led i livets træ blev fundet, var der ingen grund til at forklare evolutionsteorien for den organiske verden.
Den tredje periode er kendt for den tyske videnskabsmand O. Humboldts værker. I 1799 - 1804 . han udforskede sammen med franskmanden E. Bonpland Mellem- og Sydamerikas natur. Resultatet af denne ekspedition var det 30 bind store værk Journey to the Equal Regions of the New World . 16 bind, som er viet til studiet af planter og dyr på dette subkontinent. Systematiseringen af hans eget og det materiale, som hans forgængere indsamlede, gjorde det muligt at forstå det generelle billede af udbredelsen af levende organismer på sletterne og bjergsystemerne. A. Humboldt bestemte afhængigheden af fordelingen af forskellige vegetationstyper af naturlige forhold og frem for alt klima. Han forklarede ideen om spredningen af breddegradszonalitet afhængigt af de tilsvarende isotermer, lagde grundlaget for læren om oprindelsescentrene for dyrkede planter, som i det 20. århundrede. fortsatte med at udvikle den russiske videnskabsmand N. Vavilov . Humboldt lagde grundlaget for læren om plantegrupperinger - phytocenoser , som blev dannet i efterfølgende perioder, samt læren om plantelivsformer.
Blandt de regionale værker i denne periode kan vi nævne 4-bindsværket af C. Ledebour Flora fra Rusland, som beskriver mere end 6,5 tusind arter af karplanter, herunder 400 nye arter. Blandt værkerne i den historiske retning er det værd at bemærke de schweiziske videnskabsmænd O. (far) og A. Dekandolev. Faderen foreslog en sammenlignende morfologi (homologi) af planter og udarbejdede et 7-binds værk Indgang i planterigets naturlige system , som blev videreført af hans søn - 8-17 bind.
Den økologiske retning i biogeografi blev udviklet af professor ved Moskva Universitet K. Rul'e , som anses for at være en af grundlæggerne af økologi og evolutionær palæontologi. Hans studerende M. Severtsov skrev den 1. økologiske monografi Periodiske fænomener i livet for dyr, fugle og krybdyr i Voronezh-provinsen, hvori han forklarede indflydelsen af fysiske og geografiske forhold på processerne med migration, reproduktion, bosættelse osv., sporing af sammenhængen mellem dyreverdenen og skov-steppelandskaberne. Princippet om aktualisme og historicisme gjorde det muligt at forklare ideer om miljøfaktorers indflydelse på forandringen i levende organismer. Denne videnskabsmand betragtes som forfatteren til den første holistiske undervisning om dyreliv. Samtidig med G. Treviranus introducerede han begrebet biologi i videnskabelig brug . J. Lamarcks værker spillede en positiv rolle i det faktum, at teorien om katastrofer begyndte at miste sin betydning.
Det betyder, at den 3. periode i biogeografiens udviklingshistorie er kendetegnet ved at lægge grundlaget for udviklingen af videnskabens hovedområder, indførelsen og afkræftelsen af teorien om katastrofer og forberedelsen af grundlaget for at forklare den evolutionære teori om udviklingen af liv på Jorden.