Den anden periode i udviklingen af biogeografi er karakteriseret ved udviklingen af socio-økonomiske relationer, som førte til en aktiv søgen efter søveje til Indien , hvilket resulterede i de store geografiske opdagelser. Dette var en betydelig fremdrift i studiet af naturen, både i økumenen og i de nyopdagede lande. Botaniske og zoologiske haver begyndte aktivt at genopbygge med nye arter af organismer og blev til sidst til rigtige videnskabelige centre. Her blev der ikke kun udført omhyggelige systematiske observationer af levende organismer og deres akklimatisering, men også en aktiv udveksling af prøver. Fra begyndelsen af det 16. århundrede akkumuleret faktamateriale om botanik og zoologi , som skulle generaliseres og systematiseres på et nyt teoretisk grundlag.
Planteverdenens første system fra den tid var den italienske botaniker A. Cesalpinos system , udgivet i 1583 under titlen Sixteen Books on Plants in Florence . Han kendte mere end 1000 plantearter, hvoraf 840 blomstrede. På trods af dette systems kunstighed stolede det for første gang på planters objektive egenskaber, og ved hjælp af dette var det muligt at bestemme visse familiebånd mellem planter.
Systematiseringen af det indsamlede materiale krævede korte klare beskrivelser og navne på planter og dyr. En særlig fortjeneste ved dannelsen af sådanne beskrivelser tilhører K. Baugin , der karakteriserede mere end 6000 plantearter i 15-20 ord. Navnet bestod af to dele. Således blev grundlagt arten og generisk[ hvad? ] , altså et dobbeltnavn.
Den engelske naturforsker D. Ray forklarede definitionerne af en art og foreslog, at arter er meget konstante, men kan ændre sig. D. Rey var den første til at opdele blomstrende planter i mono- og tokimbladede.
Den svenske videnskabsmand K. Liney er ved at færdiggøre skabelsen af kunstige systemer til klassificering af levende organismer. I 1735 udgav han værket The System of Nature, som spillede en utrolig vigtig rolle i udviklingen af hele den biologiske videnskab. Videnskabsmanden beskrev og systematiserede omkring 4,2 tusinde zoologiske og 10 tusinde botaniske arter, introducerede fire taksonomiske inddelinger (klasse - orden - slægt - arter), og etablerede endelig den binære nomenklatur i navnene på levende organismer, introducerede omkring tusind nye termer og begreber, der videnskaben bruger stadig.
Takket være K. Linnaeus ' værker lykkedes det en betydelig foranstaltning at bringe tingene i orden i det enorme floristiske og faunamateriale, for at bestemme hovedårsagerne til mangfoldighed og distributionsmønstre samt måder at bosætte levende væsener på i forskellige regioner i jorden efter naturlige forhold. Botanisk geografi på det tidspunkt var langt foran zoologisk geografi, da planter er lettere at studere. I de dage blev både planter og dyr undersøgt af de samme forskere. Opdelingen af videnskabsmænd i profiler skete i første halvdel af det 19. århundrede.
På dette stadium var udviklingen af biogeografi fuldstændig domineret af det bibelske verdensbillede. Et forsøg på at kombinere det med sit eget verdensbillede blev udført af K. Liney. Han troede, at alle levende væsener blev skabt af en højere magt på bjerget på en tropisk ø. Tropiske arter opstod ved foden af bjerget, tempererede breddegrader i den midterste del og polære breddegrader nær toppen. Derefter trak havet sig tilbage, øen forenede sig med landet, og alle skabninger slog sig ned fra de steder, hvor det var beregnet til dem af en højere magt. Denne hypotese afspejler forskernes forståelse af naturlig zonalitet og højdezonering.
I 15 år blev det vestlige Sibiriens territorium udforsket af Yu. Krizhanich , som i 1661 - 1676 . serveret et link der. Han fremlagde resultaterne af sin forskning i værket History of Siberia , som først blev offentliggjort i 1890. Forfatteren konkluderer, at der er 3 zoner ( klimaer ) - tundra, taiga og steppe med deres karakteristiske træk (klima, vegetation og dyreliv) .
Den franske naturforsker Georges-Louis Buffon , forfatter til det 36 bind store værk Natural History , regnes for en af Charles Darwins forgængere. Hans arbejde er viet ikke kun til beskrivelser af dyr og planter, deres udbredelse og forhold til miljøet, men også til ideerne om arternes variabilitet. Han mente, at organismer, der har fælles forfædre, ændrer sig efter en langvarig påvirkning af det naturlige miljø. Husdyr ændres ligesom dyrkede planter ved målrettet udvælgelse.
Det betyder, at den 2. periode i historien om udviklingen af biogeografi er karakteriseret ved en utrolig stor mængde materiale indsamlet i forskellige dele og regioner af verden. Dens systematisering på grundlag af tegn, der er karakteristiske for levende organismer, og teoretisk generalisering blev kombineret med absolutiseringen af det bibelske verdensbillede .