SIMAP@home

Den aktuelle version af siden er endnu ikke blevet gennemgået af erfarne bidragydere og kan afvige væsentligt fra den version , der blev gennemgået den 1. juli 2014; checks kræver 5 redigeringer .
SIMAP
Type Distribueret computing
Operativ system Cross-platform software
Første udgave 26. april 2006
Hardware platform x86
nyeste version • simap (Windows): 5.10
• simap (Windows x64): 5.12
• simap (Linux): 5.11
• hmmer (Windows): 5.09
• hmmer (Linux): 5.09
Stat Færdiggjort
Internet side boincsimap.org/boincsimap/

SIMAP  står for " Similarity Matrix of Proteins ", er en frivillig computerdatabase med proteinligheder , der er frit tilgængelig til videnskabelige formål. SIMAP bruger FASTA -algoritmen til at forudsige protein-lighed, mens en anden applikation bruger en skjult Markov-model til at søge efter proteindomæner .

SIMAP er et fælles projekt mellem det tekniske universitet i München og det nationale forskningscenter for miljø og sundhed i Neuerberg .

I fjerde kvartal af 2010 flyttede projektet til universitetet i Wien .

Siden 2011 er SIMAP-data blevet brugt i STRING protein-protein-interaktionsdatabasen (siden version 9.0), i stedet for BLAST -data udført for tidligere versioner af STRING [1] [2] .

Projektet afgiver normalt opgaver i begyndelsen af ​​hver måned.

SIMAP-projektet lukkede i 2014 . Udviklere annoncerede SIMAP 2.

SIMAP 2

Projektet beregner lighed ved hjælp af Smith-Waterman-algoritmen [3] .


Noter

  1. ↑ STRING - Kendte og forudsagte protein-protein-interaktioner . Hentet 5. august 2011. Arkiveret fra originalen 23. juli 2010.
  2. ↑ Szklarczyk D, Franceschini A, Kuhn M, Simonovic M, Roth A, Minguez P, Doerks T, Stark M, Muller J, Bork P, Jensen LJ, von Mering C. STRING-databasen i 2011: funktionelle interaktionsnetværk af proteiner, globalt integreret og scoret.
  3. ↑ Beregning af sekvensjustering i SIMAP 2.0. Arkiveret fra originalen den 11. januar 2015.

Litteratur

Links