Farmakofor (fra andre græske φάρμακον "lægemiddel" og φορός "bærer") er et sæt rumlige og elektroniske funktioner, der er nødvendige for at sikre optimale supramolekylære interaktioner med et specifikt biologisk mål , som kan forårsage (eller blokere) dets biologiske respons [1] ] . Farmakoformodellen gør det muligt at forklare, hvorfor strukturelt heterogene ligander interagerer med de samme receptorsteder.
Farmakoforegenskaber (elementer) forstås normalt som farmakoforcentre og deres indbyrdes arrangement i rummet, der er nødvendige for manifestationen af denne type biologisk aktivitet. Typiske farmakoforcentre i dette tilfælde er hydrofobe områder, aromatiske ringe , hydrogenbindingsdonorer og -acceptorer , anioniske og kationiske centre. For en mere detaljeret beskrivelse af farmakoforen anvendes ofte hydrofobe og udelukkede volumener, såvel som de tilladte intervaller for den rumlige orientering af hydrogenbindingsvektorer og aromatiske ringplaner .
Den første farmakofor blev konstrueret af Monty Kier i 1967 [2] , og selve udtrykket blev foreslået af ham i 1971 [3] [4] . Ofte tilskrives dette udtryk fejlagtigt til Paul Ehrlich , men hverken i den almindeligt udbudte kilde [5] eller i hans andre værker er dette begreb nævnt eller brugt [4] .
Farmakoforsøgning bruges i vid udstrækning i den virtuelle screening af biblioteker af kemiske forbindelser, især i situationer, hvor strukturen af det biologiske mål er ukendt, eller selve målet ikke er defineret. Farmakoforsøgning søger efter en overensstemmelse mellem beskrivelsen af farmakoforen og egenskaberne af molekyler fra databasen, som er i acceptable konformationer .