Monofyl ( anden græsk μόνος - "en", og φυλή - "familieklan") - oprindelsen af alle repræsentanter for taxonen fra én fælles forfader [1] , når denne taxon omfatter alle efterkommere af den tilsvarende fælles forfader . I modsætning til parafili , hvor kun en del af efterkommerne af den sidste fælles forfader tilskrives en given taxon, og polyfili , når forskellige grupper, der tilhører en given taxon, har en forskellig oprindelse (de er efterkommere af to eller flere ikke-relaterede grupper). Ifølge moderne begreber kaldes en monofyletisk gruppe i biologisk systematik en gruppe, der omfatter alle kendte efterkommere af en hypotetisk nærmeste forfader, der kun er fælles for medlemmer af denne gruppe og for ingen andre. Nogle gange kaldes monofyli i betydningen af den accepterede definition holofili (se nedenfor).
Ideelt set bør hele systemet af levende organismer bestå af monofyletiske grupper alene, da meningsfulde generaliseringer kun kan formuleres i forhold til sådanne grupper, og rimelige ekstrapolationer kun er mulige inden for deres grænser . Faktisk viser mange grupper sig at være ikke-monofyletiske ( parafyletiske eller polyfyletiske ). Systematiske videnskabsmænd er konstant engageret i revisionen af systemet af levende organismer for at finde ikke-monofyletiske grupper og opløse dem. Hvis polyfyletiske grupper begyndte at blive betragtet som uacceptable allerede i begyndelsen af det 20. århundrede, så blev problemet med parafili indset meget senere. Parafyletiske grupper blev forvekslet med monofyletiske grupper i lang tid, da forskellen mellem dem ikke syntes signifikant før den udbredte brug af kladistisk analyse i 1970'erne.
En parafyletisk gruppe kan opnås ved at udelukke en monofyletisk undergruppe fra en monofyletisk gruppe. For eksempel, hvis fugle udelukkes fra den monofyletiske gruppe af krybdyr (skraveret med blåt i illustrationen) og tildelt en separat klasse, så vil Reptilia -gruppen i denne form vise sig at være parafyletisk, da den ikke vil omfatte alle efterkommere af den nærmeste fælles forfader til de undergrupper, der indgår i den (skildpadder, skællende krybdyr og krokodiller). Det betyder, at en gruppe af krybdyr (uden fugle) ikke kan karakteriseres positivt af synapomorfier . Fællestræk ved fugleløse krybdyr vil være fraværet af de karakteristiske træk ved fugle, mens de har nogle grundlæggende ligheder med fugle, der er arvet fra den fælles forfader til gruppen som helhed. Det resterende princip for dannelsen af parafyletiske grupper er endnu mere mærkbart i eksemplet med hvirvelløse dyr . I det væsentlige er hvirvelløse dyr ethvert andet dyr end dem med rygrad. Som det er klart, er indholdet af sådanne restdefinitioner (baseret på fraværet af karakteristiske træk) ekstremt lavt.
I nogle systematiske skoler (den såkaldte traditionelle taksonomi eller evolutionær taksonomi ) betragtes parafyletiske grupper som en af varianterne af monofyletiske. Specielt for dette blev udtrykket "holofili" opfundet. Ifølge evolutionære taksonomer er monophyly (taksonets oprindelse fra en fælles forfader) opdelt i holofili (når taksonen omfatter en fælles forfader og alle dens efterkommere) og paraphyly (når taxonen inkluderer en fælles forfader og nogle, men ikke alle dens efterkommere ) ). Men på grund af svækkelsen af den evolutionære taksonomis positioner i det akademiske miljø er udtrykket "holofili" praktisk talt faldet ud af brug i den internationale litteratur. Samtidig er dette udtryk stadig ret udbredt i Rusland, hvor udbredelsen af kladistisk analyse er langsom.