Verrucomicrobia

Verrucomicrobia
videnskabelig klassifikation
Domæne:bakterieType:Verrucomicrobia
Internationalt videnskabeligt navn
Verrucomicrobia Hedlund 1997 [1]

Verrucomicrobia ( lat. , fra lat.  verruca - tuberkel) - en type bakterier , som hovedsageligt omfatter ukultiverede former. Ifølge metagenomiske data er de ekstremt udbredte i naturen. De udgør fra 1 til 10 % af jordens mikrobiota og er derfor af stor økologisk betydning [2] .

Beskrivelse

Repræsentanter for Verrucomicrobia er gram-negative bakterier , hvoraf mange har proteser (tuberkler) på overfladen, som typen har fået sit navn til. Celler er stavformede, ægformede, enkelte eller i par, spindelformede. Prosthecobacter har en unik løgformet bule i den ene ende af cellen. Efter ernæringstype er Verrucomicrobia kemoorganoheterotrofer og fermenterer en række sukkerarter [3] . Nogle repræsentanter er i stand til at oxidere metan ved ekstremt lave pH-værdier [4] [5] .

Blandt Verrucomicrobia er anaerober , fakultative anaerober og aerober ; Repræsentanterne for phylum vokser bedst ved en temperatur på 25 °C og en pH-værdi på 4 til 7. Ud over jordbund findes de i ferskvandsforekomster af vand, pelagisk jord og den menneskelige mave-tarmkanal [3] .

Systematik

Ifølge fylogenetisk analyse er de nærmeste slægtninge til Verrumicrobia repræsentanter for phylum Chlamydiae [6] . I 2008 blev genomet af et af medlemmerne af phylum, Methylacidiphilum infernorum sekventeret og offentliggjort . Hans analyse indikerede et muligt forhold mellem Verrumicrobia og Proteobacteria [7] .

Fylogeni

Nedenfor er et fylogenetisk træ af Verrumicrobia konstrueret ud fra 16S rRNA-sekvenser som en del af The All-Species Living Tree -projektet .

Klassifikation

Fra december 2017 omfatter phylum følgende taxa til og med slægten [8] :

Noter

  1. ↑ Hedlund BP , Gosink JJ , Staley JT Verrucomicrobia div. nov., en ny opdeling af bakterierne indeholdende tre nye arter af Prosthecobacter.  (engelsk)  // Antonie Van Leeuwenhoek. - 1997. - Juli ( bd. 72 , nr. 1 ). - S. 29-38 . — PMID 9296261 .
  2. ↑ Pinevich, 2006 , s. 127-128.
  3. ↑ 1 2 Pinevich, 2006 , s. 128.
  4. ↑ Pol Arjan, Heijmans Klaas, Harhangi Harry R., Tedesco Dario, Jetten Mike SM, Op Den Camp Huub JM Methanotrophy below pH 1 by a new Verrucomicrobia species // Nature. - 2007. - Bd. 450.-s. 874-878. — ISSN 0028-0836 . - doi : 10.1038/nature06222 .
  5. ↑ Dunfield PF , Yuryev A. , Senin P. , Smirnova AV , Stott MB , Hou S. , Ly B. , Saw JH , Zhou Z. , Ren Y. , Wang J. , Mountain BW , Crowe MA , Weatherby TM , Bodelier PL , Liesack W. , Feng L. , Wang L. , Alam M. Methanoxidation af en ekstremt acidofil bakterie af phylum Verrucomicrobia.  (engelsk)  // Nature. - 2007. - Bd. 450, -nr. 7171 . - s. 879-882. - doi : 10.1038/nature06411 . — PMID 18004300 .
  6. ↑ Griffiths E. , Gupta RS Phylogeny og delte konserverede inserts i proteiner giver bevis for, at Verrucomicrobia er de nærmeste kendte fritlevende slægtninge til klamydiae.  (engelsk)  // Mikrobiologi (Reading, England). - 2007. - August ( bind 153 , nr. Pt 8 ). - P. 2648-2654 . - doi : 10.1099/mic.0.2007/009118-0 . — PMID 17660429 .
  7. ↑ Hou S. , Makarova KS , Saw JH , Senin P. , Ly BV , Zhou Z. , Ren Y. , Wang J. , Galperin MY , Omelchenko MV , Wolf YI , Yutin N. , Koonin EV , Stott MB , Mountain BW , Crowe MA , Smirnova AV , Dunfield PF , Feng L. , Wang L. , Alam M. Fuldstændig genomsekvens af det ekstremt acidofile metanotrofe-isolat V4, Methylacidiphilum infernorum, en repræsentant for den bakterielle phylum Verrucomicrobia.  (engelsk)  // Biology Direct. - 2008. - 1. juli ( bind 3 ). - S. 26-26 . - doi : 10.1186/1745-6150-3-26 . — PMID 18593465 .
  8. ↑ Klassifikation af domæner og phyla - Hierarkisk klassifikation af prokaryoter (bakterier) : Version 2.0  : [ eng. ]  // LPSN. - 2016. - 2. oktober.

Litteratur