Thermococcaceae

Den aktuelle version af siden er endnu ikke blevet gennemgået af erfarne bidragydere og kan afvige væsentligt fra den version , der blev gennemgået den 17. marts 2020; checks kræver 4 redigeringer .

Thermococcaceae
Thermococcus gammatolerans
videnskabelig klassifikation
Domæne:ArchaeaType:EuryarchaeotesKlasse:Thermococci Zillig og Reysenbach 2002Bestille:Thermococcales Zillig 1988Familie:Thermococcaceae
Internationalt videnskabeligt navn
Thermococcaceae Zillig 1988
type slægt
Thermococcus Zillig 1983
Systematik hos Wikispecies Billeder på Wikimedia Commons DET ER   951477 NCBI   2259 EOL   7929

Thermococcaceae  (lat.) ( Termococci ) er en familie afarchaea fra typen Euryarchaeota , den eneste iordenen Thermococcales og klassen Thermococci [1] [2] (synonym med Protoarchaea Cavalier-Smith 2002 [3] ). Familien omfatter 3 slægter, mere end 40 kendte arter, hvilket gør den til den mest talrige familie i archaea-domænet. Sandsynligvis er kun en lille del af arterne af denne klasse, der eksisterer i naturen, blevet undersøgt [4] .

Beskrivelse

De er karakteriseret ved en meget høj temperatur med optimal vækst (80 ° C over) ved en pH tæt på neutral (optimal for de fleste ligger i området 6-8) og saltholdighed tæt på havvands. De mest almindelige levesteder er hydrotermiske undervandsventiler. Repræsentanter for slægten Thermococcus er også blevet fundet i terrestriske hydrotermer i New Zealand. Der er i øjeblikket ingen oplysninger om termokokkers beboelse i aerobe og lavtemperaturøkosystemer og i miljøer med høj eller lav pH [4] .

Klassifikation

Fra juni 2017 inkluderer familien følgende taxa [1] [5] :

• Slægten Palaeococcus Takai et al. 2000 [6]
  • Palaeococcus ferrophilus Takai et al. 2000 ( type art )
  • Palaeococcus helgesonii Amend et al. 2006
  • Palaeococcus pacificus Zeng et al. 2013
• Slægten Pyrococcus Fiala og Stetter 1986 [7]
  • Pyrococcus abyssi Erauso et al. 1993 - fraværende fra LPSN
  • Pyrococcus endeavori - fraværende fra LPSN
  • Pyrococcus furiosus Fiala og Stetter 1986 (type art)
  • Pyrococcus glycovorans Barbier et al. 1999
  • Pyrococcus horikoshii González et al. 1999
  • Pyrococcus kukulkanii Callac et al. 2016
  • Pyrococcus woesei Zillig 1988
  • Pyrococcus yayanosii Birrien et al. 2011
• Slægten Thermococcus Zillig 1983 [8]
  • Thermococcus acidaminovorans Dirmeier et al. 2001
  • Thermococcus aegaeus corrig. Arab et al. 2000
  • Thermococcus aggregans Canganella et al. 1998
  • Thermococcus alcaliphilus Keller et al. 1997
  • Thermococcus atlanticus Cambon-Bonavita et al. 2004
  • Thermococcus barophilus Marteinsson et al. 1999
  • Thermococcus barossii Duffaud et al. 2005
  • Thermococcus celer Zillig 1983 (type art)
  • Thermococcus celericrescens Kuwabara et al. 2007
  • Thermococcus chitonophagus Huber og Stetter 1996
  • Thermococcus cleftensis Hensley et al. 2014
  • Thermococcus coalescens Kuwabara et al. 2005
  • Thermococcus eurythermalis Zhao et al. 2015
  • Thermococcus fumicolans Godfroy og Meunier 1996
  • Thermococcus gammatolerans Jolivet et al. 2003
  • Thermococcus gorgonarius Miroshnichenko et al. 1998
  • Thermococcus guaymasensis Canganella et al. 1998
  • Thermococcus hydrothermalis Godfroy et al. 1997
  • Thermococcus kodakarensis corrig. Atomi et al. 2005
  • Thermococcus litoralis Neuner et al. 2001
  • Thermococcus marinus - fraværende fra LPSN
  • Thermococcus mexicalis - fraværende fra LPSN
  • Thermococcus nautili Gorlas et al. 2014
  • Thermococcus onnurineus Bae et al. 2006 - fraværende fra LPSN
  • Thermococcus pacificus Miroshnichenko et al. 1998
  • Thermococcus paralvinellae Hensley et al. 2014
  • Thermococcus peptonophilus González et al. 1996
  • Thermococcus piezophilus Dalmasso et al. 2016 - ikke i LPSN
  • Thermococcus prieurii Gorlas et al. 2013
  • Thermococcus profundus Kobayashi og Horikoshi 1995
  • Thermococcus radiotolerans - fraværende fra LPSN
  • Thermococcus sibiricus Miroshnichenko et al. 2001
  • Thermococcus siculi Grote et al. 2000
  • Thermococcus stetteri Miroshnichenko 1990
  • Thermococcus thioreducens Pikuta et al. 2007
  • Thermococcus waimanguensis - fraværende fra LPSN
  • Thermococcus waiotapuensis González et al. 2001
  • Thermococcus zilligii Ronimus et al. 1999

Palaeococcus   P. ferrophilus Takai et al. 2000 (type sp.)     P. helgesonii Amend et al. 2006         ? Thermococcus litoralis Neuner et al. 2001     ? Thermococcus marinus ♠ Jolivet et al. 2004     ? Thermococcus mexicalis ♠ Antoine 1996     ? Thermococcus nautilus ♠ Soler et al. 2007     ? Thermococcus onnurineus ♠ Bae et al. 2006     ? Thermococcus radiotolerans ♠ Jolivet et al. 2004     ? Thermococcus waimanguensis ♠ Goetz & Morgan 1999       Thermococcus aegaeus Arab et al. 2000       Thermococcus alcaliphilus Keller et al. 1997     Thermococcus sibiricus Miroshnichenko et al. 2001           Thermococcus aggregans Canganella et al. 1998       Thermococcus barophilus Marteinsson et al. 1999       Pyrokok   ? P. abyssi ♠ Erauso et al. 1993     ? P. woesei ♦ Zillig 1988     ? P. yayanosii Birrien et al. 2011       Thermococcus chitonophagus Huber og Stetter 1996     P. glycovorans Barbier et al. 1999         P. furiosus Fiala og Stetter 1986 (type sp.)     P. horikoshii González et al. 1999         Termokokker   T. gorgonarius Miroshnichenko et al. 1998     T. guaymasensis Canganella et al. 1998           T. fumicolans Godfroy og Meunier 1996     T. gammatolerans Jolivet et al. 2003         T. stetteri Miroshnichenko 1990       T. kodakarensis Atomi et al. 2005     T. peptonophilus González et al. 1996               T. profundus Kobayashi og Horikoshi 1995       T. acidaminovorans Dirmeier et al. 2001       T. pacificus Miroshnichenko et al. 1998       T. waiotapuensis González et al. 2001     T. zilligii Ronimus et al. 1999                 T. atlanticus Cambon-Bonavita et al. 2004       T. celericrescens Kuwabara et al. 2007     T. siculi Grote et al. 2000           T. coalescens Kuwabara et al. 2005     T. thioreducens Pikuta et al. 2007       T. hydrothermalis Godfroy et al. 1997     T. celer Zillig 1983 (type sp.)     T. barossii Duffaud et al. 2005

Noter

1. ↑ 1 2 Klassifikation af domæner og phyla - Hierarkisk klassifikation af prokaryoter (bakterier) : Version 2.0  : [ eng. ]  // LPSN. - 2016. - 2. oktober.
2. ↑ Taksonomibrowser : Thermococci  : [ eng. ]  // NCBI.  (Få adgang: 23. juli 2017) .
3. ↑ Klasse Protoarchaea  : [ eng. ]  // LPSN.  (Få adgang: 23. juli 2017) .
4. ↑ 1 2 Slobodkina G. B. Molekylær påvisning af repræsentanter for hypertermofile archaea og karakterisering af archaeal termostabil DNA-polymerase Arkiveret 9. maj 2012.  : afhandling ... kandidat for biologiske videnskaber: 03.00.07. - M. , 2005. - 118 s. : syg. — RSL OD.
5. ↑ Taksonomibrowser: Thermococcaceae  : [ eng. ]  // NCBI.  (Få adgang: 23. juli 2017) .
6. ↑ Slægt Palaeococcus  : [ eng. ]  // LPSN.  (Få adgang: 23. juli 2017) .
7. ↑ Slægt Pyrococcus  : [ eng. ]  // LPSN.  (Få adgang: 23. juli 2017) .
8. ↑ Slægten Thermococcus  : [ eng. ]  // LPSN.  (Få adgang: 23. juli 2017) .

Litteratur

• Cavalier-Smith T. Den neomuranske oprindelse af arkæbakterier, den negibakterielle rod af det universelle træ og bakteriel megaklassificering  (engelsk)  // Int. J. Syst. Evol. mikrobiol. : journal. - 2002. - Bd. 52 , nr. Pt 1 . - S. 7-76 . — PMID 11837318 .  (utilgængeligt link)
• Woese CR, Kandler O., Wheelis ML Mod et naturligt system af organismer: forslag til domænerne Archaea, Bacteria, and Eucarya  (engelsk)  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal. - 1990. - Bd. 87 , nr. 12 . - P. 4576-4579 . - doi : 10.1073/pnas.87.12.4576 . - . — PMID 2112744 .
• Zillig W., Reysenbach AL Klasse IV (sic) [V]. Termokokker klasse. nov. // Bergey's Manual of Systematic Bacteriology Volume 1: The Archaea and the deeply branching and phototrophic Bacteria  (engelsk) / DR Boone og RW Castenholz, red. — 2. - New York: Springer Verlag , 2001. - S. 169. - ISBN 978-0387987712 .
• Atomi H., Fukui T., Kanai T., Morikawa M. og Imanaka T. 2004. Beskrivelse af Thermococcus kodakaraensis sp. nov., en velundersøgt hypertermofil arkæon, der tidligere blev gendannet som Pyrococcus sp. KOD1 . Archaea 1 : 263-267.
• Fukuda W., Ismail YS, Fukui T., Atomi H. og Imanaka T. 2005. Karakterisering af et arkæalt æbleenzym fra den hypertermofile arkæon Thermococcus kodakaraensis KOD1 . Archaea 1 : 293-301.
• Fukui T., Atomi H., Kanai T., Matsumi R., Fujiwara S. og Imanaka T. 2005. Komplet genomsekvens af den hypertermofile arkæon Thermococcus kodakaraensis KOD1 og sammenligning med Pyrococcus-genomer . Genome Research 15 : 352-363.
• Jolivet E., L'Haridon S., Corre E., Forterre P., Prieur D. 2003. Thermococcus gammatolerans sp. nov., en hypertermofil arkæon fra en hydrotermisk dybhavsventil, der modstår ioniserende stråling . International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 53 : 847-851.
• Miroshnichenko ML, Gongadze GM, Rainey FA, ​​Kostyukova AS, Lysenko AM, Chernyh NA og Bonch-Osmolovskaya EA 1998. Thermococcus gorgonarius sp. nov. og Thermococcus pacificus sp. nov.: heterotrofe ekstremt termofile arkæer fra New Zealands undersøiske varmeventiler . International Journal of Systematic Bacteriology 48 : 23-29.

Links

• Referencer om hypertermofile arkæer .

Arkæisk klassificering
Euryarchaeota	Arkæoglobi Hadesarchaea halobakterier methanobakterier Methanokokker Methanomikrobi Methanonatronarchaeia Methanopyri Theionarchaea Termokokker Termoplasmata
TACK	Aigarchaeota Bathyarchaeota Crenarchaeota Geoarchaeota Korarchaeota Thaumarchaeota Verstraetearchaeota
Asgård	Heimdallarchaeota Lokiarchaeota Odinarchaeota Thorarchaeota
DPANN	Aenigmarchaeota Diapherotrites Micraarchaeota Nanoarchaeota Nanohaloarchaeota Pacearchaeota Parvarchaeota Undinarchaeota Woesearchaeota
Se også: Prokaryoter Neomura