DDX5

Box helicase DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) 5

Tilgængelige strukturer

Ortholog søgning: PDBe , RCSB

Liste over PDB-id'er
3FE2 , 4A4D

Identifikatorer

Symbol

DDX5 ; G17P1; HLR1; HUMP68; s68

Eksterne ID'er

OMIM: 180630 MGI : 105037 HomoloGene : 6797 GeneCards : DDX5 Gene

EF-nummer

3.6.4.13

Gen-ontologi
Fungere	• transkription coactivator aktivitet • RNA-helicaseaktivitet • ATP-afhængig RNA-helicaseaktivitet • proteinbinding • calmodulinbinding • ATP-binding • enzymbinding • østrogenreceptorbinding • præ-mRNA-binding • poly(A) RNA-binding • calciumafhængig proteinbinding • androgenreceptorbinding
celle komponent	• kerne • nukleolus • membran • ribonukleoproteinkompleks • ekstracellulært vesikulært exosom • katalytisk trin 2 spliceosom
biologisk proces	• negativ regulering af transkription fra RNA-polymerase II-promotor • regulering af alternativ mRNA-splejsning, via spliceosom • mRNA-splejsning, via spliceosom • in utero embryonal udvikling • ATP katabolisk proces • transkription, DNA-templeret • døgnrytme • cellevækst • positiv regulering af intracellulær østrogenreceptor signalvej • positiv regulering af DNA skadesrespons, signaltransduktion ved p53-klassemediator • regulering af viral genomreplikation • regulering af osteoblastdifferentiering • positiv regulering af transkription fra RNA-polymerase II-promotor • regulering af androgenreceptorsignaleringsvej • iboende apoptotisk signalvej ved p53-klassemediator • regulering af skeletmuskelcelledifferentiering
Kilder: Amigo / QuickGO

RNA-ekspressionsprofil

Mere information

ortologer

Udsigt

Human

Mus

Entrez

RefSeq (mRNA)

RefSeq (protein)

Locus (UCSC)

Chr 17:
62,5 – 62,5 Mb

Chr 11:
106,78 – 106,79 Mb

Søg i PubMed

[en]

[2]

Den formodede ATP-afhængige DDX5 RNA helicase , også kendt som DEAD 5 box protein eller p68 RNA helicase, er et enzym kodet i mennesker af DDX5 genet [1] .

Funktion

Box DEAD - proteiner , karakteriseret ved et konserveret Asp-Glu-Ala-Asp (DEAD)-motiv, er formodentlig RNA- helikaser . De er involveret i mange cellulære processer såsom sekundære RNA-strukturændringer, translationsinitiering, nuklear og mitokondriel splejsning , ribosom- og spliceosomsamling . Baseret på deres distributionsmønstre menes nogle medlemmer af denne familie at være involveret i embryogenese , spermatogenese og cellevækst og -deling. Dette gen koder for DEAD box-proteinet, som er en RNA-afhængig ATPase , såvel som et proliferationsassocieret nukleart antigen, der specifikt reagerer på tumorantigenet abevirus 40. Dette gen består af 13 exoner , der er flere splejsningsvarianter indeholdende intronsekvenser , men disse transkriptioner blev ikke fundet [1] .

Interaktioner

DDX5 har vist sig at interagere med:

AKAP8 , [2]
DDX17 (s. 72), [3]
DHX9 (helicase RNA), [4]
ESR1 , [5] [6]
Fibrillarin , [7]
HDAC1 , [8]
NCOA1 , [9]
NCOA2 , [9]
NCOA3 , [9]
s53 , [10]
CTCF . [elleve]

Noter

↑ 1 2 Entrez-gen: DDX5 DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) bokspolypeptid 5 . (ubestemt)
↑ Akileswaran L., Taraska JW, Sayer JA, Gettemy JM, Coghlan VM A-kinase-forankringsprotein AKAP95 er målrettet til den nukleare matrix og associerer med p68 RNA helicase // J. Biol. Chem. : journal. - 2001. - Maj ( bind 276 , nr. 20 ). - P. 17448-17454 . - doi : 10.1074/jbc.M101171200 . — PMID 11279182 .
↑ Ogilvie VC, Wilson BJ, Nicol SM, Morrice NA, Saunders LR, Barber GN, Fuller-Pace FV De højt beslægtede DEAD box RNA helicaser p68 og p72 eksisterer som heterodimerer i celler // Nucleic Acids Res . : journal. - 2003. - Marts ( bind 31 , nr. 5 ). - S. 1470-1480 . - doi : 10.1093/nar/gkg236 . — PMID 12595555 .
↑ Wilson BJ, Giguère V. Identifikation af nye pathway-partnere for p68- og p72-RNA-helikaser gennem Oncomine-metaanalyse // BMC Genomics : journal. - 2007. - Bd. 8 . - S. 419 . - doi : 10.1186/1471-2164-8-419 . — PMID 18005418 .
↑ Endoh H., Maruyama K., Masuhiro Y., Kobayashi Y., Goto M., Tai H., Yanagisawa J., Metzger D., Hashimoto S., Kato S. Oprensning og identifikation af p68 RNA-helicase, der fungerer som en Transcriptional Coactivator Specifik for aktiveringsfunktion 1 af human østrogenreceptor α (engelsk) // Mol. celle. Biol. : journal. - 1999. - August ( bind 19 , nr. 8 ). - P. 5363-5372 . — PMID 10409727 .
↑ Rossow KL, Janknecht R. Synergisme mellem p68 RNA helicase og de transkriptionelle coaktivatorer CBP og p300 // Onkogen : journal. - 2003. - Januar ( bind 22 , nr. 1 ). - S. 151-156 . - doi : 10.1038/sj.onc.1206067 . — PMID 12527917 .
↑ Nicol SM, Causevic M., Prescott AR, Fuller-Pace FV Den nukleare DEAD box RNA helicase p68 interagerer med det nukleolære protein fibrillarin og kolokaliserer specifikt i spirende nukleoler under telofase // Exp . Cell Res. : journal. - 2000. - Juni ( bind 257 , nr. 2 ). - S. 272-280 . - doi : 10.1006/excr.2000.4886 . — PMID 10837141 .
↑ Wilson BJ, Bates GJ, Nicol SM, Gregory DJ, Perkins ND, Fuller-Pace FV P68 og p72 DEAD box RNA helicaserne interagerer med HDAC1 og undertrykker transkription på en promotorspecifik måde // BMC Mol. Biol. : journal. - 2004. - August ( bind 5 ). — S. 11 . - doi : 10.1186/1471-2199-5-11 . — PMID 15298701 .
↑ 1 2 3 Watanabe M., Yanagisawa J., Kitagawa H., Takeyama K., Ogawa S., Arao Y., Suzawa M., Kobayashi Y., Yano T., Yoshikawa H., Masuhiro Y., Kato S. En underfamilie af RNA-bindende DEAD-box-proteiner fungerer som en østrogenreceptor α-coaktivator gennem det N-terminale aktiveringsdomæne (AF-1) med en RNA-coactivator, SRA // EMBO J. : journal. - 2001. - Marts ( bind 20 , nr. 6 ). - S. 1341-1352 . - doi : 10.1093/emboj/20.6.1341 . — PMID 11250900 .
↑ Bates GJ, Nicol SM, Wilson BJ, Jacobs AM, Bourdon JC, Wardrop J., Gregory DJ, Lane DP, Perkins ND, Fuller-Pace FV The DEAD box protein p68: a new transcriptional coactivator of p53 tumor suppressor.) // EMBO J. : journal. - 2005. - Februar ( bind 24 , nr. 3 ). - S. 543-553 . - doi : 10.1038/sj.emboj.7600550 . — PMID 15660129 .
↑ Yao H., Brick K., Evrard Y., Xiao T., Camerini-Otero RD, Felsenfeld G. Mediation of CTCF transcriptional isolation by DEAD-box RNA-binding protein p68 and steroid receptor RNA activator SRA // Genes Dev : tidsskrift. - 2010. - Bd. 24 , nr. 22 . - P. 2543-2555 . - doi : 10.1101/gad.1967810 . — PMID 20966046 .

Litteratur

Iggo RD, Jamieson DJ, MacNeill SA, et al. p68 RNA-helicase: identifikation af en nukleolær form og kloning af beslægtede gener indeholdende en konserveret intron i gær // Mol . celle. Biol. : journal. - 1991. - Bd. 11 , nr. 3 . - S. 1326-1333 . — PMID 1996094 .
Hloch P., Schiedner G., Stahl H. Komplet cDNA-sekvens af det humane p68-protein // Nucleic Acids Res . : journal. - 1990. - Bd. 18 , nr. 10 . — S. 3045 . doi : 10.1093 / nar/18.10.3045 . — PMID 2349099 .
Ford MJ, Anton IA, Lane DP Nuklear protein med sekvenshomologi til translationsinitieringsfaktor eIF-4A (engelsk) // Nature: journal. - 1988. - Bd. 332 , nr. 6166 . - s. 736-738 . - doi : 10.1038/332736a0 . — PMID 2451786 .
Iggo R., Gough A., Xu W., et al. Kromosomkortlægning af det humane gen, der koder for det 68-kDa nukleare antigen (p68) ved hjælp af polymerasekædereaktionen // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. - 1989. - Bd. 86 , nr. 16 . - P. 6211-6214 . - doi : 10.1073/pnas.86.16.6211 . — PMID 2762324 .
Buelt MK, Glidden BJ, Storm DR Regulering af p68 RNA helicase ved calmodulin og proteinkinase C // J. Biol. Chem. : journal. - 1994. - Bd. 269 , nr. 47 . - P. 29367-29370 . — PMID 7525583 .
Brody LC, Abel KJ, Castilla LH, et al. Konstruktion af et transkriptionskort omkring BRCA1-locuset af humant kromosom 17 // Genomics : journal. - Academic Press , 1995. - Vol. 25 , nr. 1 . - S. 238-247 . - doi : 10.1016/0888-7543(95)80131-5 . — PMID 7774924 .
Endoh H., Maruyama K., Masuhiro Y., et al. Oprensning og identifikation af p68 RNA-helicase, der virker som en transkriptionel coaktivator, der er specifik for aktiveringsfunktionen 1 af human østrogenreceptor a // mol . celle. Biol. : journal. - 1999. - Bd. 19 , nr. 8 . - P. 5363-5372 . — PMID 10409727 .
Rössler OG, Hloch P., Schütz N., et al. Struktur og ekspression af det humane p68 RNA helicasegen // Nucleic Acids Res . : journal. - 2000. - Vol. 28 , nr. 4 . - S. 932-939 . doi : 10.1093 / nar/28.4.932 . — PMID 10648785 .
Nicol SM, Causevic M., Prescott AR, Fuller-Pace FV Den nukleare DEAD box RNA helicase p68 interagerer med det nukleolære protein fibrillarin og kolokaliserer specifikt i begyndende nucleoli under telofase // Exp . Cell Res. : journal. - 2000. - Vol. 257 , nr. 2 . - S. 272-280 . - doi : 10.1006/excr.2000.4886 . — PMID 10837141 .
Watanabe M., Yanagisawa J., Kitagawa H., et al. En underfamilie af RNA-bindende DEAD-box-proteiner fungerer som en østrogenreceptor α-coaktivator gennem det N-terminale aktiveringsdomæne (AF-1) med en RNA-coactivator, SRA // EMBO J. : journal. - 2001. - Bd. 20 , nej. 6 . - S. 1341-1352 . - doi : 10.1093/emboj/20.6.1341 . — PMID 11250900 .
Akileswaran L., Taraska JW, Sayer JA, et al. A-kinase-forankrende protein AKAP95 er målrettet til den nukleare matrix og associerer med p68 RNA helicase // J. Biol. Chem. : journal. - 2001. - Bd. 276 , nr. 20 . - P. 17448-17454 . - doi : 10.1074/jbc.M101171200 . — PMID 11279182 .
Andersen JS, Lyon CE, Fox AH, et al. Direkte proteomisk analyse af den menneskelige nucleolus (engelsk) // Curr. Biol. : journal. - 2002. - Bd. 12 , nr. 1 . - S. 1-11 . - doi : 10.1016/S0960-9822(01)00650-9 . — PMID 11790298 .
Jurica MS, Licklider LJ, Gygi SR, et al. Oprensning og karakterisering af native spliceosomer egnet til tredimensionel strukturanalyse // RNA : journal. - 2002. - Bd. 8 , nr. 4 . - S. 426-439 . - doi : 10.1017/S1355838202021088 . — PMID 11991638 .
Liu ZR p68 RNA Helicase er en essentiel menneskelig splejsningsfaktor, der virker på U1 snRNA-5′ splejsningsstedet duplex // Mol . celle. Biol. : journal. - 2002. - Bd. 22 , nr. 15 . - P. 5443-5450 . - doi : 10.1128/MCB.22.15.5443-5450.2002 . — PMID 12101238 .
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. Generering og indledende analyse af mere end 15.000 fuldlængde humane og muse cDNA-sekvenser // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal . - 2003. - Bd. 99 , nr. 26 . - P. 16899-16903 . - doi : 10.1073/pnas.242603899 . — PMID 12477932 .
Rossow KL, Janknecht R. Synergisme mellem p68 RNA helicase og de transkriptionelle coaktivatorer CBP og p300 // Onkogen : journal. - 2003. - Bd. 22 , nr. 1 . - S. 151-156 . - doi : 10.1038/sj.onc.1206067 . — PMID 12527917 .
Guil S., Gattoni R., Carrascal M., et al. Roller af hnRNP A1, SR-proteiner og p68-helicase i cH-ras alternativ splejsningsregulering // Mol . celle. Biol. : journal. - 2003. - Bd. 23 , nr. 8 . - S. 2927-2941 . - doi : 10.1128/MCB.23.8.2927-2941.2003 . — PMID 12665590 .
Fujita T., Kobayashi Y., Wada O., et al. Fuld aktivering af østrogenreceptor alfa-aktiveringsfunktion-1 inducerer proliferation af brystkræftceller // J. Biol. Chem. : journal. - 2003. - Bd. 278 , nr. 29 . - P. 26704-26714 . - doi : 10.1074/jbc.M301031200 . — PMID 12738788 .
Ota T., Suzuki Y., Nishikawa T., et al. Komplet sekventering og karakterisering af 21.243 fuldlængde humane cDNA'er // Nat . Genet. : journal. - 2004. - Bd. 36 , nr. 1 . - S. 40-5 . - doi : 10.1038/ng1285 . — PMID 14702039 .