CHD4

Helicase-chromodomæne af DNA-bindende protein 4

PDB er vist i 1mm2 som eksempel.

Tilgængelige strukturer

Ortholog søgning: PDBe , RCSB

Liste over PDB-id'er
1MM2 , 1MM3 , 2EE1 , 2L5U , 2L75

Identifikatorer

Symbol

CHD4 ; CHD-4; Mi-2b; Mi2-BETA

Eksterne ID'er

OMIM: 603277 MGI : 1344380 HomoloGene : 68175 GeneCards : CHD4 Gen

EF-nummer

3.6.4.12

Gen-ontologi
Fungere	• RNA-polymerase II-kernepromotor proksimal region sekvensspecifik DNA-binding • RNA-polymerase II distal enhancer-sekvensspecifik DNA-binding • RNA-polymerase II-undertrykkende transkriptionsfaktorbinding • DNA-binding • ATP-afhængig DNA-helicaseaktivitet • proteinbinding • ATP-binding • mikrotubulusbinding • zinkionbinding • nukleosomal DNA-binding
celle komponent	• nuklear kromatin • kerne • nukleoplasma • cytoplasma • centrosom • membran • NuRD-kompleks • proteinkompleks
biologisk proces	• Katabolisk ATP-proces • transkription, DNA-templeret • regulering af transkription fra RNA polymerase II promotor • DNA duplex afvikling • ATP-afhængig kromatin remodeling • spindelsamling
Kilder: Amigo / QuickGO

RNA-ekspressionsprofil

Mere information

ortologer

Udsigt

Human

Mus

Entrez

RefSeq (mRNA)

RefSeq (protein)

Locus (UCSC)

Chr 12:
6,68 – 6,72 Mb

Chr 6:
125,1 – 125,13 Mb

Søg i PubMed

[en]

[2]

DNA-bindende protein 4 helicase chromodomæne er et enzym kodet i mennesker af CHD4 genet . [1] [2] [3]

Produktet af dette gen tilhører SNF2/RAD54 helicasefamilien . Det er en vigtig komponent i nukleosomal ombygning og deacetylasekomplekset og spiller en vigtig rolle i epigenetisk transkriptionel undertrykkelse . Patienter med dermatomyositis udvikler antistoffer mod dette protein. [3]

Interaktioner

CHD4 har vist sig at interagere med HDAC1 , [4] [5] [6] histondeacetylase 2 , [7] [8] [6] MTA2 , [4] SATB1 [9] og ATR . [otte]

Noter

↑ Seelig HP, Moosbrugger I., Ehrfeld H., Fink T., Renz M., Genth E. Det store dermatomyositis-specifikke Mi-2 autoantigen er en formodet helicase involveret i transkriptionel aktivering // Arthritis Rheum : journal. - 1995. - November ( bind 38 , nr. 10 ). - S. 1389-1399 . - doi : 10.1002/art.1780381006 . — PMID 7575689 .
↑ Seelig HP, Renz M., Targoff IN, Ge Q., Frank MB To former for det vigtigste antigene protein i det dermatomyositis-specifikke Mi-2 autoantigen // Arthritis Rheum : journal. - 1996. - November ( bind 39 , nr. 10 ). - S. 1769-1771 . - doi : 10.1002/art.1780391029 . — PMID 8843877 .
↑ 1 2 Entrez-gen: CHD4 chromodomæne helicase DNA-bindende protein 4 . (ubestemt)
↑ 1 2 Yao, Ya-Li; Yang Wen Ming. De metastase-associerede proteiner 1 og 2 danner distinkte proteinkomplekser med histon-deacetylase-aktivitet // J. Biol. Chem. : journal. - USA, 2003. - Oktober ( vol. 278 , nr. 43 ). - P. 42560-42568 . — ISSN 0021-9258 . - doi : 10.1074/jbc.M302955200 . — PMID 12920132 .
↑ Grozinger, CM; Hassig C.A.; Schreiber S L. Tre proteiner definerer en klasse af humane histon-deacetylaser relateret til gær Hda1p (engelsk) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. - USA, 1999. - April ( bind 96 , nr. 9 ). - P. 4868-4873 . — ISSN 0027-8424 . - doi : 10.1073/pnas.96.9.4868 . — PMID 10220385 .
↑ 12 Tong , JK; Hassig C.A.; Schnitzler GR; Kingston RE; Schreiber S L. Chromatin-deacetylering af et ATP-afhængigt nukleosomomdannelseskompleks (engelsk) // Nature : journal. - ENGLAND, 1998. - Oktober ( vol. 395 , nr. 6705 ). - P. 917-921 . — ISSN 0028-0836 . - doi : 10.1038/27699 . — PMID 9804427 .
↑ Hakimi, Mohamed-Ali; Dong Yuanshu; Lane William S; Speicher David W; Shiekhattar Ramin. Et kandidat-X-bundet mental retarderingsgen er en komponent i en ny familie af histon-deacetylase-holdige komplekser // J. Biol. Chem. : journal. - USA, 2003. - Februar ( vol. 278 , nr. 9 ). - P. 7234-7239 . — ISSN 0021-9258 . - doi : 10.1074/jbc.M208992200 . — PMID 12493763 .
↑ 12 Schmidt, D.R .; Schreiber S L. Molekylær association mellem ATR og to komponenter i nukleosomomdannelses- og deacetyleringskomplekset, HDAC2 og CHD4 // Biochemistry: journal. - USA, 1999. - November ( vol. 38 , nr. 44 ). - P. 14711-14717 . — ISSN 0006-2960 . - doi : 10.1021/bi991614n . — PMID 10545197 .
↑ Yasui, Dag; Miyano Masaru, Cai Shutao, Varga-Weisz Patrick, Kohwi-Shigematsu Terumi. SATB1 er rettet mod kromatin-ombygning for at regulere gener over lange afstande // Nature : journal. - England, 2002. - Oktober ( vol. 419 , nr. 6907 ). - S. 641-645 . — ISSN 0028-0836 . - doi : 10.1038/nature01084 . — PMID 12374985 .

Litteratur

Denslow SA, Wade PA Det humane Mi-2 / NuRD-kompleks og genregulering // Onkogen. - 2007. - Bd. 26 , nr. 37 . - P. 5433-5438 . - doi : 10.1038/sj.onc.1210611 . — PMID 17694084 .
Ge Q., Nilasena DS, O'Brien CA, et al. Molekylær analyse af en større antigen region af 240-kD proteinet af Mi-2 autoantigen // J. Clin. Investere. : journal. - 1995. - Bd. 96 , nr. 4 . - S. 1730-1737 . - doi : 10.1172/JCI118218 . — PMID 7560064 .
Woodage T., Basrai MA, Baxevanis AD, et al. Karakterisering af CHD-familien af proteiner (engelsk) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. - 1997. - Bd. 94 , nr. 21 . - P. 11472-11477 . - doi : 10.1073/pnas.94.21.11472 . — PMID 9326634 .
Zhang Y., LeRoy G., Seelig HP, et al. Det dermatomyositis-specifikke autoantigen Mi2 er en komponent af et kompleks, der indeholder histon-deacetylase og nukleosomomdannelsesaktiviteter (engelsk) // Cell : journal. - Cell Press , 1998. - Vol. 95 , nr. 2 . - S. 279-289 . - doi : 10.1016/S0092-8674(00)81758-4 . — PMID 9790534 .
Tong JK, Hassig CA, Schnitzler GR, et al. Chromatindeacetylering af et ATP-afhængigt nukleosomomdannelseskompleks (engelsk) // Nature : journal. - 1998. - Bd. 395 , nr. 6705 . - P. 917-921 . - doi : 10.1038/27699 . — PMID 9804427 .
Zhang Y., Ng HH, Erdjument-Bromage H., et al. Analyse af NuRD-underenhederne afslører et histon-deacetylase-kernekompleks og en forbindelse med DNA-methylering // Genes Dev . : journal. - 1999. - Bd. 13 , nr. 15 . - S. 1924-1935 . - doi : 10.1101/gad.13.15.1924 . — PMID 10444591 .
Schmidt DR, Schreiber SL Molekylær sammenhæng mellem ATR og to komponenter af nukleosomomdannelses- og deacetyleringskomplekset, HDAC2 og CHD4 (engelsk) // Biochemistry: journal. - 1999. - Bd. 38 , nr. 44 . - P. 14711-14717 . - doi : 10.1021/bi991614n . — PMID 10545197 .
Humphrey GW, Wang Y., Russanova VR, et al. Stabile histon-deacetylase-komplekser kendetegnet ved tilstedeværelsen af SANT-domæneproteiner CoREST/kiaa0071 og Mta-L1 // J. Biol. Chem. : journal. - 2001. - Bd. 276 , nr. 9 . - P. 6817-6824 . - doi : 10.1074/jbc.M007372200 . — PMID 11102443 .
Andersen JS, Lyon CE, Fox AH, et al. Direkte proteomisk analyse af den menneskelige nucleolus (engelsk) // Curr. Biol. : journal. - 2002. - Bd. 12 , nr. 1 . - S. 1-11 . - doi : 10.1016/S0960-9822(01)00650-9 . — PMID 11790298 .
Koipally J., Georgopoulos K. En molekylær dissektion af undertrykkelseskredsløbet i Ikaros // J. Biol. Chem. : journal. - 2002. - Bd. 277 , nr. 31 . - P. 27697-27705 . - doi : 10.1074/jbc.M201694200 . — PMID 12015313 .
Saito M., Ishikawa F. Det mCpG-bindende domæne af human MBD3 binder ikke til mCpG, men interagerer med NuRD/Mi2-komponenter HDAC1 og MTA2 // J. Biol. Chem. : journal. - 2002. - Bd. 277 , nr. 38 . - P. 35434-35439 . - doi : 10.1074/jbc.M203455200 . — PMID 12124384 .
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. Generering og indledende analyse af mere end 15.000 fuldlængde humane og muse cDNA-sekvenser // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal . - 2003. - Bd. 99 , nr. 26 . - P. 16899-16903 . - doi : 10.1073/pnas.242603899 . — PMID 12477932 .
Hakimi MA, Dong Y., Lane WS, et al. Et kandidat-X-bundet mental retarderingsgen er en komponent i en ny familie af histon-deacetylase-holdige komplekser // J. Biol. Chem. : journal. - 2003. - Bd. 278 , nr. 9 . - P. 7234-7239 . - doi : 10.1074/jbc.M208992200 . — PMID 12493763 .
Kwan AH, Gell DA, Verger A., et al. Konstruktion af et proteinstillads fra en PHD-finger (neopr.) // Struktur. - 2004. - T. 11 , nr. 7 . - S. 803-813 . - doi : 10.1016/S0969-2126(03)00122-9 . — PMID 12842043 .
Shimono Y., Murakami H., Kawai K., et al. Mi-2 beta associerer med BRG1 og RET fingerprotein i de forskellige regioner med transskriptionelle aktiverende og undertrykkende evner // J. Biol. Chem. : journal. - 2004. - Bd. 278 , nr. 51 . - P. 51638-51645 . - doi : 10.1074/jbc.M309198200 . — PMID 14530259 .
Ota T., Suzuki Y., Nishikawa T., et al. Komplet sekventering og karakterisering af 21.243 fuldlængde humane cDNA'er // Nat . Genet. : journal. - 2004. - Bd. 36 , nr. 1 . - S. 40-5 . - doi : 10.1038/ng1285 . — PMID 14702039 .
Williams CJ, Naito T., Arco PG, et al. Kromatin-remodeleren Mi-2beta er påkrævet til CD4-ekspression og T-celleudvikling // Immunity : journal. - Cell Press , 2004. - Vol. 20 , nej. 6 . - s. 719-733 . - doi : 10.1016/j.immuni.2004.05.005 . — PMID 15189737 .
Lehner B., Sanderson CM En proteininteraktionsramme for human mRNA-nedbrydning // Genome Res . : journal. - 2004. - Bd. 14 , nr. 7 . - S. 1315-1323 . - doi : 10.1101/gr.2122004 . — PMID 15231747 .