Orientering er orienteringen af en enkeltstrenget struktur i et nukleinsyremolekyle [ 1] .
Navnet på carbonatomer i nukleotider (baseret på nummereringen af carbonatomer i pentosesukkermolekylet) giver anledning til to ender - 5' og 3' (udtales som fem-takts og tretakts , engelsk fem prime ende, tre prime ende ende ).
De relative positioner af strukturelle analoger af nukleinsyrekæder, gener , transkriptionsfaktorer , polymeraser , er sædvanligvis navngivet efter positionen mod eller væk fra henholdsvis 5'- og 3'-enderne. Syntese af nukleinsyrer er kun mulig in vivo i retningen fra 5' til 3', da DNA- og RNA-polymeraser kun binder nye nukleotidrester til 3' -hydroxylgruppen (-OH) ved hjælp af en phosphodiesterbinding . Typisk udføres registreringen af DNA- og RNA- nukleotidsekvenser i retningen fra 5' til 3' [2] .