Cyanofager er vira, der inficerer cyanobakterier . Navnet er afledt af begrebet fag , som henviser til en virus, der inficerer bakterier . På grund af cyanobakteriers vigtige rolle som primære producenter af organisk stof i verdenshavene , er studiet af deres økologi vigtig for at forstå det globale kulstofkredsløb . Cyanofager spiller en vigtig rolle i cyanobakteriesamfundet, da de meget ofte bærer gener for proteiner, der er ansvarlige for fotosyntese ( terminal oxidase ), resistens over for fosformangel eller små regulatoriske underenheder af fotosystem et eller to . På trods af dette kan den genetiske mangfoldighed af cyanofager opdeles i veldefinerede grupper af lignende isolater, hvilket er ukarakteristisk for bakteriofager generelt [1] . Sådanne grupper kan findes stabilt på samme sted i et årti eller mere, som det blev vist i 1999-2013 med vira, der inficerede Synechococcus spp. i New Englands kystfarvande [2] .