Kristendommen i Kirgisistan opstod i middelalderen, men senere blev den stort set fortrængt af islam, som især tog til i første halvdel af 1800-tallet. Med inddragelsen af det nuværende Kirgisistan i Rusland begyndte kristne doktriner - ortodoksi, katolicisme og lutheranisme aktivt at sprede sig på dets territorium. Dette blev lettet af en betydelig migration af kristne fra det centrale Rusland både til de nyindvundne byer og til landskabet og en stor del af den russiske befolkning. I den sovjetiske periode blev kristendommen i Kirgisistan, såvel som i USSR som helhed, forfulgt: mange kirker blev lukket, og gejstligheden blev undertrykt. Siden slutningen af 1980'erne er åbningen af kirker begyndt igen, forfølgelsen af troende er ophørt, men antallet af kristne har været faldende i de senere år, hovedsageligt på grund af masseudvandringen af russisktalende til Rusland.
Arkæologiske og kroniske data viser, at kristendommens historie i Kirgisistan kan spores tilbage til middelalderen. Mahmud Kashgari , citerer et personligt vidnesbyrd om, at der i det sydøstlige Deshti-Kipchak (Store Steppe), Uzgen-kongeriget og Uighur Khaganate , eksisterede og blomstrede samfund med et center i Sogd (Samarkand). Ifølge Kashgari, "boede Sogdak-folket i Isfijab og Taraz, i Kashgar og Uzgend op til Quba (Kuva), som bekendte sig til Masih (Jesus Kristus) og talte to sprog: Sogdian og Turkic).
Kristendommens moderne historie begynder med Kirgisistans indtog i Rusland i det 19. århundrede . I 1828 beordrede den hellige synode metropoliten i Tobolsk at sende missionærer til den kirgisiske steppe, men generalguvernør I.A. Velyaminov nægtede at samarbejde, og missionen blev ikke sendt [1] . Først i 1881 blev en særlig antimuslimsk mission for kirghizerne åbnet, og Altai-præsten Filaret (Sinkovsky) blev dens første leder [2] . I 1893 havde missionen oversat hele evangeliet til kirgisisk [3] . Kirghizerne, der konverterede til ortodoksi, modtog jord - for eksempel i 1885, steppe-generalguvernøren G.A. Kolpakovsky gav dem 600 acres nær landsbyen Bukon [4] . Det årlige antal kirgisere, der konverterede til ortodoksi, var lille - for eksempel blev 23 personer i 1889 døbt [3] . Missionen var aktivt engageret i uddannelse: I 1899 studerede 207 drenge og 65 piger i 9 skoler på missionen [5] . I 1899 havde missionen 9 lejre og 28 mennesker i staten (og ikke kun på det nuværende Kirgisistans territorium): Central ( Semipalatinsk , Bukonsky, Dolonsky, Bolshe-Narymsky, Shulbinsky og Chernoyarsky, samt tre i Akmola-regionen (Tatarsky, Aleksandrovsky og Akbasarsky) [5] . I 1899 blev tre hedninger og 63 muslimer døbt af missionen [5] . Ortodokse kirker blev også bygget ved militære bosættelser for at tjene de åndelige behov hos den russisktalende befolkning, som også massivt flyttede til landet.Tyske bosættere bragte katolicismen med sig til Kirgisistan , såvel som lutheranismen ( evangelisk-lutherske kirke i den kirgisiske republik ).
I den sovjetiske periode blev mange kirker lukket. I 1921 blev arbejdet i Kirgisisk Spirituel Mission [4] stoppet . I løbet af de sovjetiske år dukkede også samfund af Jehovas Vidner [6] , baptister , pinsevenner og adventister [7] op her . På trods af nogle lempelser under Perestrojka- perioden i 1991 var der kun 20 ortodokse kirker i hele republikken [8] .
Moderne ortodokse i Kirgisistan er forenet i bisjkek bispedømmet i den russisk-ortodokse kirke , som har 46 sogne, 25 kirker, 6 dekanater og 1 kloster. I selve Bishkek er der et tempel for den hellige Lige-til-apostlene Prins Vladimir [9] . I begyndelsen af 2010'erne var der også 2 Old Believer kirker og 4 katolske samfund i republikken [8] . Union of Evangelical Christian Baptists of Kirgisistan har 2.800 medlemmer, som er forenet omkring 50 kirker [10] . Også i Kirgisistan har der siden 1991 været en officielt registreret kirke af det fulde evangelium (protestantisk retning) - Jesu Kristi Kirke. Det har tusindvis af sognebørn. Hun tager sig af flere børnehjem og velgørende organisationer.