Shine-Dalgarno sekvens

Shine-Dalgarno-sekvensen ( Eng.  Shine-Dalgarno-sekvens, Shine-Dalgarno-boks ) er et ribosombindingssted på et prokaryot mRNA - molekyle , sædvanligvis i en afstand på ca. 10 nukleotider til startkodonen . [1] Beskrevet af de australske videnskabsmænd John Shine og Lynn Dalgarno . [2] AUG

Konsensus er en sekvens af seks nukleotider AGGAGG; i tilfælde af E. coli er Shine-Dalgarno-sekvensen AGGAGGU. Den komplementære sekvens CCUCCU, kaldet anti-Shine-Dalgarno-sekvensen, er placeret i 3'-enden af ​​det 16S ribosomale RNA- molekyle . Den komplementære interaktion mellem Shine-Dalgarno- og anti-Shine-Dalgarno-sekvenserne tjener til at placere mRNA- startkodonet på P-stedet af ribosomet for at initiere proteinbiosyntese. [3]

Mutationer i Shine-Dalgarno-sekvensen reducerer translationseffektiviteten . Dette skyldes et fald i effektiviteten af ​​dannelsen af ​​det mRNA- 30S -ribosomale underenhedskompleks. Komplementære mutationer i anti-Shine-Dalgarno-sekvensen blev vist at genoprette translationseffektiviteten.

I det øjeblik, hvor Shine-Dalgarno- og anti-Shine-Dalgarno-sekvenskomplekset dannes, binder translationsinitieringsfaktorerne IF2-GTP, IF1, IF3 såvel som initiatoren formylmethionyl - tRNA ( fMet-tRNA ) til 30S-ribosomalen underenhed. Den 50S-ribosomale underenhed slutter sig derefter til det dannede præ-initieringskompleks. [fire]

Protein S1 fra ribosomer af gramnegative bakterier

I gramnegative bakterier er tilstedeværelsen af ​​en Shine-Dalgarno-sekvens ikke nødvendig for startkodongenkendelse . For eksempel er det blevet vist, at deletion af Shine-Dalgarno-sekvensen fra 16S rRNA ikke fører til initiering af translation på de forkerte steder. Desuden indeholder nogle prokaryote mRNA'er slet ikke Shine-Dalgarno-sekvensen. Tilsyneladende binder det ribosomale S1-protein til AUβ-rige sekvenser, der er 15-30 nukleotider væk fra startkodonet.

Se også

Noter

  1. ↑ Kapp LD, Lorsch JR Den molekylære mekanik af eukaryot translation // Annual Review of Biochemistry 73/2004, 657-704
  2. ↑ Shine J., Dalgarno L. Determinant for cistronspecificitet i bakterielle ribosomer // Nature. - 1975. - Bd. 254, nr. 5495 . — S. 34–8. - doi : 10.1038/254034a0 . — PMID 803646 .
  3. ↑ Noller HF Strukturen af ​​det bakterielle ribosom og nogle implikationer for translationel regulering // Translationel kontrol i biologi og medicin / Redigeret af N. Sonenberg, JWB Hershey og MB Mathews. Cold Spring Harbor, NY: Cold Spring Harbor Press, 2007. S. 41-58
  4. ↑ Benelli D., Londei P. Begynd ved begyndelsen: evolution of translational initiation // Research in Microbiology 160, 2009, 493-501

Litteratur

Links