Hjælpepigmenter er lysabsorberende forbindelser af fotosyntetiske organismer , der arbejder i kombination med klorofyl a , og udfører en lys-høstende eller lysafskærmende funktion. Disse omfatter forskellige former for klorofyl, såsom klorofyl b i grønalger og lyshøstantenner fra højere planter, eller klorofyl c eller d i andre alger. Derudover er der mange andre hjælpepigmenter såsom carotenoider eller phycobiliproteiner , der også absorberer lys og overfører dets energi til fotosystemets hovedpigment. Nogle af disse tilbehørspigmenter, især carotenoider, tjener til at absorbere og sprede overskydende lysenergi og er antioxidanter .
Klorofyler og pigmenter forbundet med fotosystemer har forskellige absorptionsspektre , fordi spektrene af forskellige klorofyler modificeres af deres lokale proteinmiljø, eller fordi tilbehørspigmenter har betydelige strukturelle forskelle. Som et resultat, under naturlige forhold , er det kombinerede absorptionsspektrum for alle pigmenter bredere end absorptionsspektret for hver af dem separat. Dette gør det muligt for planter og alger at absorbere et større udvalg af synlig og infrarød stråling. De fleste fotosyntetiske organismer absorberer ikke grønt lys, så under en baldakin af blade i en skov eller under et lag planktonrigt vand er grønt lys fremherskende. Denne spektrale effekt kaldes det "grønne vindue". Nogle organismer, såsom cyanobakterier og røde alger , indeholder tilbehørspigmenter kaldet phycobiliproteiner , som gør dem i stand til at absorbere grønt lys, der trænger dybt ind i deres habitat.
I akvatiske økosystemer er den største indflydelse på spektret absorptionen af vand sammen med det organiske stof, der er opløst i det. Dette bestemmer de vigtigste økologiske nicher for fototrofiske organismer. Seks skuldre (absorptionshenfald) i vands absorptionsspektrum ved bølgelængder mellem 400 og 1100 nm svarer til mindst tyve forskellige arter af fototrofe bakterier. En anden effekt skyldes vands generelle tendens til at absorbere lavfrekvent lys, mens organiske stoffer absorberer højfrekvent lys. Det er grunden til, at det åbne hav ser blåt ud og er rigt på gulfarvede fototrofe arter som Prochlorococcus , der indeholder divinyl-chlorophyll a og b . Synechococcus er farvet rød af phycoerythrin og tilpasset kystforhold, mens phycocyanin tillader disse cyanobakterier at trives i mørkere farvande [1] .