SNRNP200

Lille nuklear ribonukleoprotein 200kDa (U5)

PDB -gengivelse baseret på 2q0z.

Tilgængelige strukturer

Ortholog søgning: PDBe , RCSB

Liste over PDB-id'er
2Q0Z , 4F91 , 4F92 , 4F93 , 4KIT

Identifikatorer

Symbol

SNRNP200 ; ASCC3L1; BRR2; HELIC2; RP33; U5-200KD

Eksterne ID'er

OMIM: 601664 MGI : 2444401 HomoloGene : 5859 GeneCards : SNRNP200 Gen

EF-nummer

3.6.4.13

Gen-ontologi
Fungere	• ATP-afhængig RNA-helicaseaktivitet • proteinbinding • ATP-binding • ATP-afhængig helicaseaktivitet • identisk proteinbinding • poly(A) RNA-binding
celle komponent	• kerne • nukleoplasma • spliceosomal kompleks • U5 snRNP • nukleolus • membran • katalytisk trin 2 spliceosom
biologisk proces	• cis-samling af prækatalytisk spliceosom • mRNA splejsning, via spliceosom • osteoblast differentiering • ATP katabolisk proces • RNA splejsning • genekspression
Kilder: Amigo / QuickGO

ortologer

Udsigt

Human

Mus

Entrez

RefSeq (mRNA)

RefSeq (protein)

Locus (UCSC)

Chr 2:
96,94 – 96,97 Mb

Chr 2:
127,21 - 127,24 Mb

Søg i PubMed

[en]

[2]

Lille nuklear ribonukleoprotein helicase 200 kDa (U5) er et enzym kodet i den menneskelige krop af SNRNP200 genet [ 1] [2] [3] [4] [5] .

Splejsning af præ-m- RNA'et katalyseres af spliceosomet , et kompleks af specialiserede RNA- og proteinunderenheder , der fjerner introner fra præ-m- RNA - segmentet . Spliceosomet er sammensat af små RNA -kerneproteiner (snRNP'er) U1, U2, U4 , U5 og U6 sammen med omkring 80 konserverede proteiner . snRNP U5 indeholder ni specifikke proteiner . Dette gen koder for et af de snRNP-specifikke U5- proteiner , som formodentlig tilhører DEXH-boksen i helicase -RNA- familien . Det er hovedkomponenten i U4/U6-U5 snRNP og menes at katalysere den ATP - afhængige afvikling af U4/U6 RNA . Mutationer i dette gen forårsager autosomal dominant retinitis pigmentosa type 33. Alternative varianter af splejsning af transkripter , der koder for forskellige isoformer , er blevet fundet, men den fulde karakter af disse varianter har været usikker [5] .

Noter

↑ Nagase T., Ishikawa K., Suyama M., Kikuno R., Miyajima N., Tanaka A., Kotani H., Nomura N., Ohara O. Forudsigelse af de kodende sekvenser af uidentificerede humane gener. XI. De komplette sekvenser af 100 nye cDNA-kloner fra hjernen, som koder for store proteiner in vitro // DNA Res : journal. - 1999. - April ( bind 5 , nr. 5 ). - S. 277-286 . - doi : 10.1093/dnares/5.5.277 . — PMID 9872452 .
↑ Lauber J., Fabrizio P., Teigelkamp S., Lane WS, Hartmann E., Luhrmann R. Det HeLa 200 kDa U5 snRNP-specifikke protein og dets homolog i Saccharomyces cerevisiae er medlemmer af DEXH-box-proteinfamilien af formodet RNA helicases (engelsk) // EMBO J : journal. - 1996. - Oktober ( bind 15 , nr. 15 ). - S. 4001-4015 . — PMID 8670905 .
↑ Achsel T., Ahrens K., Brahms H., Teigelkamp S., Luhrmann R. Det menneskelige U5-220kD-protein (hPrp8) danner et stabilt RNA-frit kompleks med flere U5-specifikke proteiner, herunder en RNA-afvikling, en homolog af ribosomal forlængelsesfaktor EF-2 og et nyt WD-40-protein // Mol Cell Biol : journal. - 1998. - November ( bind 18 , nr. 11 ). - P. 6756-6766 . — PMID 9774689 .
↑ Laggerbauer B., Achsel T., Luhrmann R. Det humane U5-200kD DEXH-box-protein afvikler U4/U6 RNA-dupliceringer in vitro // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal . - 1998. - Maj ( bind 95 , nr. 8 ). - P. 4188-4192 . - doi : 10.1073/pnas.95.8.4188 . — PMID 9539711 .
↑ 1 2 Entrez-gen: ASCC3L1-aktiverende signalkointegrator 1 kompleks underenhed 3-lignende 1 . (ubestemt)

Litteratur

Nakajima D., Okazaki N., Yamakawa H., et al. Konstruktion af ekspressionsklare cDNA-kloner til KIAA-gener: manuel kuration af 330 KIAA cDNA-kloner // DNA Res . : journal. - 2003. - Bd. 9 , nr. 3 . - S. 99-106 . - doi : 10.1093/dnares/9.3.99 . — PMID 12168954 .
Laggerbauer B., Lauber J., Lührmann R. Identifikation af en RNA-afhængig ATPase-aktivitet i pattedyr U5 snRNP'er // Nucleic Acids Res . : journal. - 1996. - Bd. 24 , nr. 5 . - S. 868-875 . doi : 10.1093 / nar/24.5.868 . — PMID 8600454 .
Meister G., Hannus S., Plöttner O., et al. SMNrp er en essentiel præ-mRNA-splejsningsfaktor, der kræves til dannelsen af det modne spliceosom // EMBO J. : journal. - 2001. - Bd. 20 , nej. 9 . - S. 2304-2314 . - doi : 10.1093/emboj/20.9.2304 . — PMID 11331595 .
Andersen JS, Lyon CE, Fox AH, et al. Direkte proteomisk analyse af den menneskelige nucleolus (engelsk) // Curr. Biol. : journal. - 2002. - Bd. 12 , nr. 1 . - S. 1-11 . - doi : 10.1016/S0960-9822(01)00650-9 . — PMID 11790298 .
Jurica MS, Licklider LJ, Gygi SR, et al. Oprensning og karakterisering af native spliceosomer egnet til tredimensionel strukturanalyse // RNA : journal. - 2002. - Bd. 8 , nr. 4 . - S. 426-439 . - doi : 10.1017/S1355838202021088 . — PMID 11991638 .
Peng R., Dye BT, Perez I., et al. PSF og p54nrb binder en konserveret stamme i U5 snRNA (udefineret) // RNA. - 2002. - T. 8 , nr. 10 . - S. 1334-1347 . - doi : 10.1017/S1355838202022070 . — PMID 12403470 .
Nakayama M., Kikuno R., Ohara O. Protein-Protein-interaktioner mellem store proteiner: To-hybrid screening ved hjælp af et funktionelt klassificeret bibliotek bestående af lange cDNA'er // Genome Res . : journal. - 2003. - Bd. 12 , nr. 11 . - S. 1773-1784 . - doi : 10.1101/gr.406902 . — PMID 12421765 .
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. Generering og indledende analyse af mere end 15.000 fuldlængde humane og muse cDNA-sekvenser // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal . - 2003. - Bd. 99 , nr. 26 . - P. 16899-16903 . - doi : 10.1073/pnas.242603899 . — PMID 12477932 .
Ota T., Suzuki Y., Nishikawa T., et al. Komplet sekventering og karakterisering af 21.243 fuldlængde humane cDNA'er // Nat . Genet. : journal. - 2004. - Bd. 36 , nr. 1 . - S. 40-5 . - doi : 10.1038/ng1285 . — PMID 14702039 .
Will CL, Schneider C., Hossbach M., et al. Det humane 18S U11/U12 snRNP indeholder et sæt nye proteiner, der ikke findes i det U2-afhængige spliceosom // RNA: journal. - 2004. - Bd. 10 , nej. 6 . - P. 929-941 . - doi : 10.1261/rna.7320604 . — PMID 15146077 .
Vertegaal AC, Ogg SC, Jaffray E., et al. En proteomisk undersøgelse af SUMO-2-målproteiner (engelsk) // J. Biol. Chem. : journal. - 2004. - Bd. 279 , nr. 32 . - P. 33791-33798 . - doi : 10.1074/jbc.M404201200 . — PMID 15175327 .
Beausoleil SA, Jedrychowski M., Schwartz D., et al. Storstilet karakterisering af HeLa celle nukleare phosphoproteiner (engelsk) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. - 2004. - Bd. 101 , nr. 33 . - S. 12130-12135 . - doi : 10.1073/pnas.0404720101 . — PMID 15302935 .
Jin J., Smith F.D., Stark C., et al. Proteomisk, funktionel og domænebaseret analyse af in vivo 14-3-3-bindende proteiner involveret i cytoskeletregulering og cellulær organisation // Curr . Biol. : journal. - 2004. - Bd. 14 , nr. 16 . - S. 1436-1450 . - doi : 10.1016/j.cub.2004.07.051 . — PMID 15324660 .
Gerhard DS, Wagner L., Feingold EA, et al. Status, kvalitet og udvidelse af NIH fuldlængde cDNA-projektet: Mammalian Gene Collection (MGC ) // Genome Res. : journal. - 2004. - Bd. 14 , nr. 10B . - S. 2121-2127 . - doi : 10.1101/gr.2596504 . — PMID 15489334 .
Andersen JS, Lam YW, Leung AK, et al. Nukleolær proteomdynamik (engelsk) // Nature. - 2005. - Bd. 433 , nr. 7021 . - S. 77-83 . - doi : 10.1038/nature03207 . — PMID 15635413 .