LINJER
LINJER ( Lang interspersed nuclear element , Long Dispersed Repeats [1] ) er lange (adskillige tusinde basepar [ 2] ) DNA-sekvenser i det eukaryote genom , som er retrotransposoner , der ikke indeholder lange terminale gentagelser .
Den første beskrivelse af LINE-sekvensen, omkring 6400 basepar lang, blev offentliggjort i 1980. [3]
Bygning
I 3'-enden indeholder LINE'er enten en poly( A )-hale, en adenin-rig sekvens eller tandem-gentagelsessekvenser. LINJER indeholder en eller to åbne læserammer [4] .
Der er 5 superfamilier af LINJER [4] :
- R2 . De indeholder én åben læseramme, der koder for en revers transkriptase og en endonuklease . Det menes, at dette er den ældste familie af retroposoner, der ikke indeholder lange terminale gentagelser .
- R.T.E. _ De indeholder også en åben læseramme, der koder for apurin-apurimidinendonuklease og revers transkriptase.
Tre andre superfamilier indeholder to åbne læserammer. Produktet af det første (ORF1), hvoraf det koder for et protein, der i egenskaber ligner produktet af gag -genet fra retrovira.
- jockey . Den anden åbne læseramme (ORF2) koder for apurin-apurimidinendonuklease og revers transkriptase.
- L1 . ORF2 koder de samme elementer som Jockey -superfamilien . Linjerne i denne superfamilie er de bedst undersøgte og mest udbredte i pattedyrsgenomet. Således indeholder det menneskelige genom mere end 500 tusinde kopier af LINE-1 retroposoner , hvilket er omkring 17% af genomet.
- I. _ ORF2 koder udover apurin-apurimidinendonuklease og revers transkriptase også for RNase H.
Se også
Noter
- ↑ Singer MF SINEs og LINEs: stærkt gentagne korte og lange indskudte sekvenser i pattedyrs genomer. (engelsk) // Cell. - 1982. - Bd. 28, nr. 3 . - S. 433-434. — PMID 6280868 .
- ↑ Antonio Lima de Faria. Ros for kromosomets "dumhed": tilståelse af det genstridige molekyle. — Moskva: Binom. Videnlaboratoriet, 2012. - S. 275. - 312 s. - ISBN 978-5-9963-0974-0 .
- ↑ Adams, JW , Kaufman, RE , Kretschmer, PJ , Harrison, M. , Nienhuis, AW En familie af lange gentaget DNA-sekvenser, hvoraf en kopi er ved siden af det humane beta-globingen // Nucleic Acids Research: Journal. - 1980. - V. 8 , nr. 24 . - S. 6113 . doi : 10.1093 / nar/8.24.6113 .
- ↑ 1 2 López-Flores I., Garrido-Ramos MA Det gentagne DNA-indhold i eukaryote genomer // Garrido-Ramos MA Genome Dynamics. - 2012. - T. 7 . - S. 1-28 . — ISBN 978-3-318-02149-3 . - doi : 10.1159/isbn.978-3-318-02150-9 .