Clustal

Den aktuelle version af siden er endnu ikke blevet gennemgået af erfarne bidragydere og kan afvige væsentligt fra den version , der blev gennemgået den 2. juli 2019; checks kræver 4 redigeringer .
Clustal Omega
Type bioinformatik
Forfatter Desmond G. Higgins [d]
Udvikler Des Higgins, Fabian Sievers, David Dineen og Andreas Wilm (Conway Institute, UCD )
Skrevet i C++
Operativ system UNIX , Linux , Mac , Windows
nyeste version 1.2.2 (1.07.2016)
Licens GNU GPL 2
Internet side clustal.org/omega/
ClustalW/ClustalX
Type bioinformatik
Forfatter Desmond G. Higgins [d]
Udvikler Gibson T. ( EMBL ), Thompson J. ( CNRS ), Higgins D. ( UCD )
Skrevet i C++
Operativ system UNIX , Linux , Mac , Windows
nyeste version 2.1 (17/11/2010)
Licens GNU GPL 2
Internet side clustertal.org

Clustal ( Cluster al ignment ) er  et af de mest udbredte computerprogrammer til multiple alignment af nukleotid- og aminosyresekvenser [1 ] .

Clustal bruger en parvis progressiv tilpasningsmetode .

Programmet præsenteres i tre versioner:

Selvom ClustalW og ClustalX ikke var de første multi-alignment-værktøjer, er de blevet meget brugt på grund af deres brede tilgængelighed til personlige computere og deres intuitive brugergrænseflade.

Clustal Omega

Alle moderne versioner af Clustal er baseret på Clustal Omega ( ClustalΩ) . Clustal Omega har leveret et nyt system til scoring af nukleotidsekvenser: For det første justerer programmet de mest lignende sekvenser, gradvist bevæger sig til de mindst ens, hvorved der skabes en global tilpasning. For at udføre global justering i dette program skal du have mindst tre sekvenser, for parret justering kan du bruge EMBOSS eller LALIGN [5] .

Algoritme

Først beregner ClustalΩ en omtrentlig afstandsmatrix ved hjælp af en af ​​to metoder:

  • en hurtig metode, der tæller matchningen af ​​par af aminosyrerester eller korte nukleotidfragmenter (2-4 baser);
  • klassisk algoritme til parvis alignment af sekvenser med affine gap straf.

Derefter , ved at slutte sig til naboer , bygges et styretræ, som det globale linjeføringsnetværk vil blive bygget på. Træet er rodfæstet ved hjælp af middelpunktsmetoden [6] .

Selvom andre programmer til multipel justering baseret på konsistensmetoden (Probcons, T-Coffee, Probalign og MAFFT) udkonkurrerer Clustal Omega i nøjagtighed, bruger de mere RAM og er langsommere end Clustal [7] .

Clustal 2 (ClustalW/ ClustalX)

ClustalX er en GUI-version af ClustalW. Der var ingen nye funktioner i denne opdatering, men de ældre versioner beskrevet ovenfor blev opdateret og forbedret.

ClustalX bruges til følgende funktioner [8] :

  • udføre multipel sekvensjustering;
  • se på tilpasningsresultaterne;
  • foretage rettelser om nødvendigt.

ClustalX er ligesom ClustalW kompileret til at starte op på alle operativsystemer: Linux, Mac OS X, Windows (både XP og Vista). Tidligere versioner er stadig tilgængelige til download på webstedet.

Noter

  1. ↑ Frédéric Dardel, Francois Kepès. Bioinformatik: Genomics og Post-Genomics. Wiley. 2006.s.54
  2. ↑ Larkin MA, Blackshields G., Brown NP, Chenna R., McGettigan PA, McWilliam H., Valentin F., Wallace IM, Wilm A., Lopez R., Thompson JD, Gibson TJ, Higgins DG ClustalW og ClustalX version 2  (neopr.)  // Bioinformatik. - 2007. - T. 23 , nr. 21 . - S. 2947-2948 . - doi : 10.1093/bioinformatik/btm404 . — PMID 17846036 .
  3. ↑ Thompson JD, Gibson TJ, Plewniak F., Jeanmougin F., Higgins DG CLUSTAL_X windows-grænsefladen: fleksible strategier for multipel sekvensjustering hjulpet af kvalitetsanalyseværktøjer  //  Nucleic Acids Research : journal. - 1997. - Bd. 25 , nr. 24 . - P. 4876-4882 . doi : 10.1093 / nar/25.24.4876 . — PMID 9396791 .
  4. ↑ Sievers F., Wilm A., Dineen DG, Gibson TJ, Karplus K., Li W., Lopez R., McWilliam H., Remmert M., Söding J., Thompson JD, Higgins DG Hurtig, skalerbar generation af høj -kvalitets protein multiple sekvensjusteringer ved hjælp af Clustal Omega  (engelsk)  // Mol Syst Biol 7 : journal. - 2011. - Bd. 7 , nr. 539 . - doi : 10.1038/msb.2011.75 .
  5. ↑ LALIGN . Hentet 7. juni 2021. Arkiveret fra originalen 24. maj 2021.
  6. ↑ Grigory Mavropulo-Stolyarenko, Alexander Tulub, Vasily Stefanov. Bioinformatik. Lærebog for akademiske bachelorstudier . — Liter, 2021-04-01. — 253 s. - ISBN 978-5-04-028650-8 . Arkiveret 7. juni 2021 på Wayback Machine
  7. ↑ Fabiano Sviatopolk-Mirsky Pais, Patrícia de Cássia Ruy, Guilherme Oliveira, Roney Santos Coimbra. Vurdering af effektiviteten af ​​multiple sekvensjusteringsprogrammer  // Algorithms for Molecular Biology: AMB. — 2014-03-06. - T. 9 . - S. 4 . — ISSN 1748-7188 . - doi : 10.1186/1748-7188-9-4 . Arkiveret fra originalen den 20. maj 2014.
  8. ↑  Clustal X  _ . Evolution og genomik . Hentet 6. juni 2021. Arkiveret fra originalen 7. juni 2021.

Links