Acidobakterier

Den aktuelle version af siden er endnu ikke blevet gennemgået af erfarne bidragydere og kan afvige væsentligt fra den version , der blev gennemgået den 2. august 2019; checks kræver 6 redigeringer .
acidobakterier

Medlem af slægten Acidobacterium
videnskabelig klassifikation
Domæne:bakterieType:acidobakterier
Internationalt videnskabeligt navn
Acidobacteria Thrash and Coates 2012

Acidobakterier  (lat.) - en type bakterier . Repræsentanter for typen er udbredte og har et mangfoldigt stofskifte , især mange af dem findes i jorden . Det lykkedes dog kun få repræsentanter at dyrke [1] [2] [3] .

Den første repræsentant for typen, Acidobacterium capsulatum , blev beskrevet i 1991 [4] . Acidobakterier blev dog først isoleret som en selvstændig type i 2012 [5] .

Beskrivelse

Acidobakterier er fysiologisk forskellige og kan findes i en lang række levesteder: jord (inklusive jord forurenet med metaller ), varme kilder , oceaner, huler [6] . Mange repræsentanter for Acidobakterier er acidofiler , herunder den først beskrevne art, Acidobacterium capsulatum [7] . Nyligt beskrevne arter af Acidobacteria -typen : Holophaga foetida [8] , Geothrix fermentans [9] , Acanthopleuribacter pedis [10] og Bryobacter aggregatus [11] er ekstremt talrige i jordbund, så de kan spille en vigtig rolle i mange økosystemer [12] . Imidlertid er de fleste repræsentanter for Acidobakterier praktisk talt umulige at dyrke, så deres fysiologi og økologi er dårligt forstået [2] . DNA fra to uklassificerede bakterier i Acidobacteria phylum blev fundet i DNA-ekstraktionssæt, som kunne skævvride de metagenomiske og mikrobiotiske sammensætningsdata [13] .

Fylogeni

Følgende fylogenetiske træ repræsenterer fylogenien af ​​acidobakterier ifølge listen over prokaryote navne med stående i nomenklaturen (LPSN) [14] [15] . Det fylogenetiske træ blev konstrueret ud fra 16S rRNA-sekvenser leveret af The All-Species Living Tree Project [16] .

Noter:
♠ Stammer opført i NCBI , men ikke i LSPN.

Noter

  1. ↑ Barns SM , Cain EC , Sommerville L. , Kuske CR Acidobacteria phylum sekvenser i uran-kontaminerede underjordiske sedimenter udvider i høj grad den kendte mangfoldighed inden for phylum.  (engelsk)  // Applied And Environmental Microbiology. - 2007. - Maj ( bd. 73 , nr. 9 ). - s. 3113-3116 . - doi : 10.1128/AEM.02012-06 . — PMID 17337544 .
  2. ↑ 1 2 Quaiser A. , ​​Ochsenreiter T. , Lanz C. , Schuster SC , Treusch AH , Eck J. , Schleper C. Acidobakterier danner en sammenhængende, men meget forskelligartet gruppe inden for bakteriedomænet: bevis fra miljøgenomik.  (engelsk)  // Molecular Microbiology. - 2003. - Oktober ( bind 50 , nr. 2 ). - S. 563-575 . — PMID 14617179 .
  3. ↑ Rappé MS , Giovannoni SJ Det ukulturerede mikrobielle flertal.  (engelsk)  // Årlig gennemgang af mikrobiologi. - 2003. - Bd. 57 . - S. 369-394 . - doi : 10.1146/annurev.micro.57.030502.090759 . — PMID 14527284 .
  4. ↑ Kishimoto Noriaki , Kosako Yoshimasa , Tano Tatsuo. Acidobacterium capsulatum gen. nov., sp. nov.: En acidofil kemoorganotrofisk bakterie indeholdende menaquinon fra surt mineralmiljø  (engelsk)  // Current Microbiology. - 1991. - Januar ( bind 22 , nr. 1 ). - S. 1-7 . — ISSN 0343-8651 . - doi : 10.1007/BF02106205 .
  5. ↑ Liste over nye navne og nye kombinationer tidligere effektivt, men ikke gyldigt, offentliggjort - Valideringsliste nr. 143  (engelsk)  // INTERNATIONALT JOURNAL OF SYSTEMATIC AND EVOLUTIONARY MICROBIOLOGY. - 2012. - 1. april ( bind 62 , nr. Pt 4 ). - S. 1016-1016 . — ISSN 1466-5026 . - doi : 10.1099/ijs.0.68147-0 .
  6. ↑ Thrash J. Cameron , Coates John D. Acidobacteria phyl. nov.  (engelsk)  // Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria. - 2015. - 14. september. - S. 1-5 . — ISBN 9781118960608 . - doi : 10.1002/9781118960608.pbm00001 .
  7. ↑ Kuske CR , Barns SM , Busch JD Forskellige udyrkede bakteriegrupper fra jord i det tørre sydvestlige USA, som er til stede i mange geografiske områder.  (engelsk)  // Applied And Environmental Microbiology. - 1997. - September ( bind 63 , nr. 9 ). - P. 3614-3621 . — PMID 9293013 .
  8. ↑ Liesack W. , Bak F. , Kreft JU , Stackebrandt E. Holophaga foetida gen. nov., sp. nov., en ny, homoacetogen bakterie, der nedbryder methoxylerede aromatiske forbindelser.  (engelsk)  // Archives Of Microbiology. - 1994. - Bd. 162 , nr. 1-2 . - S. 85-90 . — PMID 8085918 .
  9. ↑ Coates JD , Ellis DJ , Gaw CV , Lovley DR Geothrix fermentans gen. nov., sp. nov., en ny Fe(III)-reducerende bakterie fra en kulbrinteforurenet grundvandsmagasin.  (engelsk)  // International Journal Of Systematic Bacteriology. - 1999. - Oktober ( bind 49 Pt 4 ). - S. 1615-1622 . - doi : 10.1099/00207713-49-4-1615 . — PMID 10555343 .
  10. ↑ Fukunaga Y. , Kurahashi M. , Yanagi K. , Yokota A. , Harayama S. Acanthopleuribacter pedis gen. nov., sp. nov., en marin bakterie isoleret fra en chiton, og beskrivelse af Acanthopleuribacteraceae fam. nov., Acanthopleuribacterales ord. nov., Holophagaceae fam. nov., Holophagales ord. nov. og Holophagae classis nov. i phylum 'Acidobacteria'.  (engelsk)  // International Journal Of Systematic And Evolutionary Microbiology. - 2008. - November ( bind 58 , nr. Pt 11 ). - P. 2597-2601 . - doi : 10.1099/ijs.0.65589-0 . — PMID 18984699 .
  11. ↑ Kulichevskaya IS , Suzina NE , Liesack W. , Dedysh SN Bryobacter aggregatus gen. nov., sp. nov., en tørvebeboende, aerob kemo-organotrof fra underafdeling 3 af Acidobakterierne.  (engelsk)  // International Journal Of Systematic And Evolutionary Microbiology. - 2010. - Februar ( bind 60 , nr. Pt 2 ). - S. 301-306 . - doi : 10.1099/ijs.0.013250-0 . — PMID 19651730 .
  12. ↑ Eichorst SA , Breznak JA , Schmidt TM Isolering og karakterisering af jordbakterier, der definerer Terriglobus gen. nov., i phylum Acidobacteria.  (engelsk)  // Applied And Environmental Microbiology. - 2007. - April ( bd. 73 , nr. 8 ). - P. 2708-2717 . - doi : 10.1128/AEM.02140-06 . — PMID 17293520 .
  13. ↑ Salter SJ , Cox MJ , Turek EM , Calus ST , Cookson WO , Moffatt MF , Turner P. , Parkhill J. , Loman NJ , Walker AW Reagens- og laboratoriekontamination kan have en kritisk indvirkning på sekvensbaserede mikrobiomanalyser.  (engelsk)  // BMC Biology. - 2014. - 12. november ( bind 12 ). - S. 87-87 . doi : 10.1186 / s12915-014-0087-z . — PMID 25387460 .
  14. ↑ JP Euzeby. Acidobakterier (utilgængeligt link) . Hentet 9. september 2016. Arkiveret fra originalen 27. januar 2013. 
  15. ↑ Sayers. NCBI Taksonomi Browser . Nationalt Center for Bioteknologisk Information. Hentet 9. september 2016. Arkiveret fra originalen 25. februar 2018.
  16. ↑ 16S rRNA-baseret LTP-frigivelse 123 (fuldt træ) (downlink) . Silva Comprehensive Ribosomal RNA Database. Hentet 9. september 2016. Arkiveret fra originalen 7. juni 2019.