Endonukleaser er proteiner fra gruppen af nukleaser , der spalter phosphodiesterbindinger i midten af polynukleotidkæden . Restriktionsendonukleaser , eller restriktionsendonukleaser , spalter DNA på specifikke steder (kaldet restriktionssteder), de klassificeres i tre typer (I, II og III) baseret på deres virkningsmekanisme. Disse proteiner bruges ofte i genteknologi til at skabe rekombinant DNA, som derefter introduceres i bakterie-, plante- eller dyreceller.
Som et resultat af den enzymatiske nedbrydning af endonukleaser sker fuldstændig opløsning af kromatin i de karyolytiske kerner.
Nicase ( notching endonuclease ) er et enzym, der kun skærer én streng af dobbeltstrenget DNA ved visse nukleotidsekvenser (genkendelsessteder) kaldet restriktionsstedet . Resultatet er hakket i stedet for skåret DNA. Nicases, sammen med DNA-polymerase 1 , bruges til at erstatte nogle af nukleotiderne i DNA-sekvensen med deres analoger mærket med en fluorescerende eller radioaktiv markør , som derefter tillader dette DNA at blive brugt som en probe til fluorescerende in situ hybridisering , blotting , og en række andre molekylærbiologiske metoder.