Skt. Magdalenas kirke ( Est. Ruhnu Püha Magdaleena kirik ) ligger på den estiske ø Ruhnu .
Det er kendt, at kirken er den ældste træbygning, der er bevaret på Estlands territorium . Opførelsen af kirken begyndte den 22. november 1643 .
Historiska museet i Stockholm rummer en samling glasmalerier fra Ruhnu stavkirke, som er de ældste og mest værdifulde historiske glaskunstværker i Estland. Blandt dem er også 6 glasmalerier fra 1600-tallet.
Da indbyggerne på øen med sovjetmagtens indtog flygtede til Sverige i 1944 , så tog de udover alle slags kirkeredskaber også disse glasmalerier med.
Kirken drives af EELC .