Confounding er en faktor , der truer intern validitet , bestående i, at den afhængige variabel normalt er påvirket af forskellige irrelevante stimuli , som det er fundamentalt umuligt at slippe af med. Forskerens opgave er at bestemme graden af indflydelse af disse stimuli på den afhængige variabel for at være sikker på effekten på den af en ændring i den uafhængige variabel af interesse for forsøgslederen .
Når man studerer indflydelsen fra forskellige dele af hjernen på dyrs adfærd , kan selve det faktum at gennemgå en operation for at fjerne den tilsvarende del ændre forsøgsdyrets adfærd (for eksempel Gaffan-eksperimentet ).