Protonotar ( græsk : Προτονοταριϊ ) er den højeste domstols første eller chefsekretær; i patriarkatet i Konstantinopel, den anden person efter patriarken . I middelalderen var protonotaren ansvarlig for patriarkatets kontorarbejde , på foranledning af patriarken, udarbejdede tekster til dekreter rettet til patriarkalske dignitærer og andre myndigheder, rapporterede sager til patriarken, kontrollerede to gange om året aktiviteterne i advokater, der handlede på vegne af kirken, og personer, hvis krav blev behandlet ved kirkedomstolene, kontrollerede ægtheden og lovligheden af kirkelige dokumenter.
Pavelige eller apostoliske protonotarier danner et kollegium (protonotariat) af 12 fremtrædende åndelige dignitarier, som er ansvarlige for kirkens højtidelige handlinger, inkl. procedurer for kanonisering af helgener, testamenter fra kardinaler . Protonotariatet ledsager paven på ture uden for Vatikanet .