Open biomedical ontologies (OBO, engelsk Open Biomedical Ontologies , tidligere brugt betegnelsen engelsk Open Biological Ontologies - Open Biological Ontologies ) er et initiativ fra det videnskabelige samfund til at udvikle et samlet begrebsapparat inden for forskellige grene af biologi og medicin .
Kernen i det biomedicinske ontologibibliotek er OBO Foundry [1] , et samarbejdseksperiment, der involverer en gruppe ontologiudviklere , som var enige om et sæt principper, der opsummerer bedste praksis for ontologiudvikling. Disse principper har til formål at fremme interoperabiliteten af ontologier inden for de bredere rammer af biomedicinske ontologier, samt at sikre en gradvis stigning i kvalitet og formel stringens i den videre udvikling af ontologier.
Ontologiopslagstjenesten [2] er en spin-off af PRIDE-projektet, der kræver en centraliseret grænseflade til ontologiske forespørgsler og søgeordssøgninger. Selvom mange ontologier er tilgængelige i onlinetjenester, har hver af disse tjenester sit eget forespørgsels- og outputgrænsefladeformat. Ontology Lookup Service giver en webservicegrænseflade til forespørgsel efter flere ontologier fra et enkelt sted med et samlet dataoutputformat.
Målet med Gene Ontology Consortium er at skabe en base af termer, der kan anvendes på alle organismer, forudsat at viden om gener og proteins rolle i celler konstant ophobes og ændres. Genontologi understøtter tre strukturerede netværk af termer til at beskrive genetiske produkters egenskaber.
Sequencing Ontologies [3] er en del af Gene Ontology-projektet, som har til formål at udvikle en ontologi egnet til at beskrive biologiske sekvenser. Dette er resultatet af et samarbejde mellem en række genetiske forskningscentre såsom WormBase, Berkeley Drosophila Genome Project, FlyBase, Mouse Genome Informatics-gruppen og Sanger Institute.
Generic Model Organism Database (GMOD) er resultatet af en kollaborativ kropsdatabasemodellering af WormBase, FlyBase, MGI, SGD, Gramene, Rat Genome Database, EcoCyc og TAIR for at udvikle genanvendelige komponenter til at skabe nye biomedicinske databaser.
SOFG [4] er en hjemmeside og kommunikationsplatform til at samle biologer, bioinformatikere og dataloger for at udvikle og bruge standarder og ontologier med fokus på at beskrive højteknologiske eksperimenter inden for genomik.
Functional Genomics Data ( FGED ) samfundet er en international organisation af biologer, dataloger og analytikere, der har til formål at fremme udvekslingen af data genereret fra funktionelle genomiske eksperimenter.
Ontology for Biomedical Investigations (OBI) er en åben ressource, der samler ontologier til beskrivelse af biologisk og klinisk forskning. OBI tilbyder studieformater, protokoller, dataformater og anvendte materialer. Projektet er udviklet inden for rammerne af OBO-støberiet og overholder således alle dets principper, især ortogonal dækning (det vil sige en klar skelnen mellem de anvendte ontologier) og brugen af almindelige formelle sprog. Det almindelige formelle sprog i OBI er Web Ontology Language (OWL).
Planteontologikonsortiet [5] er fokuseret på skabelse, udvikling og udveksling af data inden for ontologier, der beskriver planter og levende strukturer i vækst-/udviklingsstadiet. Projektet letter forespørgselsdrevet dataindsamling fra multidimensionelle databaser, hvilket letter den konsekvente brug af disse ontologier til at beskrive væv, gener, proteiner og fænotyper i organismers vækststadie.
Phenoscape er et projekt for at skabe en database over fænotypen for arten Osteriophysi (en stor gruppe benfisk). Dataene er udledt ved hjælp af beskrivelser, der kombinerer termer fra Ontology of Anatomy, Taxonomic Ontology og kvalitative termer fra PATO-ontologien af fænotypekvaliteter [6] . En række andre OBO-ontologier anvendes også. Anatomiens ontologi blev udviklet baseret på ontologierne fra Zebrafish Information Network. [7]
Takket være fællesskabets indsats er der udviklet en fælles displaystandard, der tillader datakonvertering fra OBO-formatet til OWL uden væsentlige tab. [otte]