Oxyanion hul

Et oxyanionhul  er en lomme i det aktive sted af et enzym , der stabiliserer den negative ladning af overgangstilstanden på deprotoneret oxygen eller alkoxid [1] . Lommen består normalt af rygradamider eller positivt ladede rester. Stabilisering af overgangstilstanden reducerer den aktiveringsenergi, der kræves til reaktionen og fremmer således katalyse [2] . For eksempel indeholder proteaser såsom chymotrypsin et oxyanionhul for at stabilisere det tetraedriske anionmellemprodukt, der dannes under proteolyse , og beskytte substratets negativt ladede oxygen mod vandmolekyler [3] . Derudover kan et oxyanionhul tillade indsættelse eller placering af et substrat, der vil lide af sterisk hindring , hvis det ikke optager det passende hul (såsom BPG i hæmoglobin ). Enzymer, der katalyserer flertrinsreaktioner, kan have flere oxyanionhuller, der stabiliserer forskellige overgangstilstande i reaktionen [4] .

Se også

Noter

  1. ↑ Jeremy M. Berg. biokemi . — 5. udg. - New York: WH Freeman, 2002. - 1 bind (diverse sider) s. — ISBN 0-7167-3051-0 , 978-0-7167-3051-4, 0-7167-4954-8, 978-0-7167-4954-7, 0-7167-4684-0, 978-0- 7167-4684-3, 0-7167-4955-6, 978-0-7167-4955-4. Arkiveret 27. oktober 2007 på Wayback Machine
  2. ↑ Simon, Luis (19. marts 2010). "Enzymkatalyse af hydrogenbindinger: Balancen mellem overgangstilstandsbinding og substratbinding i oxyanionhuller." Journal of Organic Chemistry . 75 (6): 1831-1840. DOI : 10.1021/jo901503d . ISSN  0022-3263 . PMID20039621  . _
  3. ↑ Menard, Robert (1992). "Oxyanion-hul-interaktioner i serin- og cysteinproteaser." Biologisk kemi Hoppe-Seyler . 373 (2): 393-400. DOI : 10.1515/bchm3.1992.373.2.393 . PMID  1387535 .
  4. ↑ Kursula, Petri (1. december 2002). "Den katalytiske cyklus af biosyntetisk thiolase: En konformationel rejse for en acetylgruppe gennem fire bindingsmåder og to oxyanionhuller". biokemi . 41 (52): 15543-15556. DOI : 10.1021/bi0266232 . ISSN  0006-2960 . PMID  12501183 .

Litteratur

Albert Lehninger . Principper for biokemi . — 5. - Macmillan, 2008. - S. 207. - ISBN 9780716771081 . Arkiveret31. maj 2021 påWayback Machine

 Enzymer
Aktivitet
Regulering
Klassifikation
Typer