Et multiproteinkompleks (eller blot proteinkompleks ) er en gruppe af to eller flere forbundne polypeptidkæder. Forskellige polypeptidkæder kan have forskellige funktioner. Et multiproteinkompleks adskiller sig fra et multienzymatisk polypeptid ved, at i sidstnævnte er adskillige katalytiske domæner placeret i én polypeptidkæde [1] .
Proteinkomplekser er en form for kvaternær struktur . Proteiner , der udgør proteinkomplekser, er forbundet af ikke-kovalente protein-protein-interaktioner , og forskellige proteinkomplekser har varierende grader af stabilitet over tid. Disse komplekser er hjørnestenen i mange (hvis ikke de fleste) biologiske processer, og tilsammen danner de forskellige typer molekylære maskiner, der udfører en lang række biologiske funktioner. I stigende grad betragter forskere cellen som en komponent bestående af modulære supramolekylære komplekser, som hver især udfører en uafhængig, diskret biologisk funktion [2] .
På grund af nærhed kan interaktionshastigheden og selektiviteten af binding mellem enzymkomplekset og substraterne forbedres væsentligt, hvilket resulterer i højere cellulær effektivitet. Mange af de teknikker, der bruges til at dissekere celler og isolere proteiner, er i sagens natur ødelæggende for så store komplekser, og det er derfor ofte vanskeligt at bestemme de komponenter, der udgør et proteinkompleks. Et eksempel på proteinkomplekser er molekylære nedbrydningsproteasomer og de fleste RNA-polymeraser . I stabile komplekser gemmer sig store hydrofobe interaktioner mellem proteiner normalt på et overfladeareal på mere end 2500 kvadratangstrøm [ 3] .
Den molekylære struktur af proteinkomplekser kan bestemmes ved hjælp af eksperimentelle teknikker såsom røntgenkrystallografi , enkeltpartikelanalyse eller nuklear magnetisk resonans (NMR).