En molekylær graf er en forbundet urettet graf , der er i en-til-en overensstemmelse med strukturformlen for en kemisk forbindelse på en sådan måde, at grafens toppunkter svarer til molekylets atomer , og kanterne på grafen svarer til til de kemiske bindinger mellem disse atomer. Begrebet "molekylær graf" er grundlæggende for computerkemi og kemoinformatik . Ligesom en strukturel formel er en molekylær graf en model af et molekyle, og ligesom enhver model afspejler den ikke alle prototypens egenskaber. I modsætning til strukturformlen, hvor det altid er angivet, hvilket kemisk grundstof et givent atom tilhører, kan molekylegrafens toppunkter være umærkede – i dette tilfælde vil molekylærgrafen kun afspejle strukturen, men ikke molekylets sammensætning. På samme måde kan kanterne af en molekylær graf være umærkede, i hvilket tilfælde der ikke vil blive skelnet mellem enkelt- og multiple kemiske bindinger. I nogle tilfælde kan der bruges en molekylær graf, der kun afspejler kulstofskelettet af et organisk sammensat molekyle. Dette abstraktionsniveau er praktisk til beregningsmæssig løsning af en lang række kemiske problemer.
En naturlig forlængelse af den molekylære graf er reaktionsgrafen , hvis kanter svarer til dannelse, brydning og omorganisering af bindinger mellem atomer.
"Vi understreger, at det var i teorien om R. Bader [1] , at den empiriske idé om additivitet først blev underbygget, det var denne teori, der gjorde det muligt at give en streng fysisk mening til en række begreber i det klassiske teori om kemisk struktur , især "valensens primtal" (bindingsvej) og den strukturelle kemiske formel (molekylær graf)." [2]
| Molekylær visualisering | |||||
|---|---|---|---|---|---|
| Kemiske formler |
| ||||
| Molekylære modeller |
| ||||
| Andet | |||||
| Strukturkemi | |
|---|---|
| kemisk binding | |
| Struktur display | |
| Elektroniske egenskaber | |
| Stereokemi | |