Konflikter på Den Hellige Gravs Kirkes territorium opstår, fordi dens lokaler, herunder altre og ærede helligdomme, ejes af:
Repræsentanter for hver af kirkesamfundene har deres egne specifikke kapeller i tempelkomplekset, og timer til bønner er fordelt mellem dem. Opdelingen af territoriet fandt sted i perioden fra det 16.-19. århundrede, og på grund af tilstedeværelsen af tvetydigheder fører det ofte til tvister og konflikter.
Russiske rejsende fra det 18. og 19. århundrede beskrev de kampe, der fandt sted. Repræsentanter for den russiske åndelige mission i Det Hellige Land, Porfiry Uspensky og Archimandrite Antonin (Kapustin) , beskriver i detaljer konflikter mellem bekendelser i deres bøger.
Disse konflikter var resultatet af tidligere dybe doktrinære og politiske uenigheder, som splittede den tidligere forenede kristne kirke i østlige og vestlige allerede i det 11. århundrede . I det 11. århundrede blev Jerusalem erobret af korsfarerne , og den århundreder gamle periode med monopolkontrol af den byzantinske kirke over de hellige steder sluttede. En latinsk patriark blev sendt fra Rom til Jerusalem, og østlige kristne blev fjernet fra alle nøglestillinger.
I lang tid fortsætter konflikten mellem etiopiske og koptiske præster, hvilket gør det umuligt at forstærke taget. I den forbindelse appellerede ærkebiskoppen for den etiopiske kirke i Jerusalem Matthias (Matthias) til det israelske indenrigsministerium med en anmodning om hjælp.
I 1977 placerede en græsk diakon en talerstol uden for den linje, der adskilte den armenske del af templet fra den græske. En hånd-til-hånd kamp begyndte. I 2008, under fejringen af Palmesøndag , udbrød et alvorligt slagsmål ved indgangen til templet, katolske franciskanermunke blev såret .
I det osmanniske rige blev beskyttelsen af orden i templet betroet tyrkiske soldater. I øjeblikket er ordenen bevogtet af det israelske politi . Siden 1109 har nøglerne til Den Hellige Gravs Kirke været opbevaret i den arabisk-muslimske familie Jaude, og retten til at låse op og låse dørene til templet med disse nøgler tilhører en anden muslimsk familie, Nuseiba. Disse rettigheder og selve nøglerne går i arv fra far til søn.