Manitobas historie er en integreret del af Canadas historie . Navnet på provinsen er forbundet med gletsjersøen af samme navn , som, oversat fra de lokale cree-indianeres sprog, betyder " manitou spirit road ".
I det 17. århundrede begyndte europæiske pelshandlere ( Pierre-Esprit Radisson ) at trænge ind her. En af de første bosættelser i 1684 var York Factory (franskmændene kaldte det Fort-Bourbon ) på den vestlige kyst af Hudson Bay. Churchill blev grundlagt 4 år senere . I 1783 grundlagde franske bosættere byen Fort Rouge. Blandingen af disse bosættere med indianerne fødte den canadiske Métis ( Francomanitobe ).
I 1844 ankom nonner fra Montreal til det, der nu er provinshovedstaden og etablerede Mission Saint-Boniface . I Red River-området blev der i begyndelsen af det 19. århundrede dannet en uafhængig republik af canadiske mestiser, som jagede bøfler. Efter dannelsen af Canada opstod der planer om at inkludere Manitoba i dets sammensætning, men de canadiske mestiser krævede, at deres rettigheder blev bevaret. Et oprør brød ud ved den røde flod , ledet af Louis Riel .
I 1870 sluttede Manitoba sig til Canada som den 5. provins. En hård kamp udspillede sig i regionen mellem de franske canadiere og anglo-canadierne.
I 1891 begyndte ukrainere fra Østrig-Ungarn at ankomme til provinsen, som dannede en indflydelsesrig diaspora.
I 1919 fandt Winnipeg generalstrejke sted i provinshovedstaden.