| Sortase A | |
|---|---|
| Identifikatorer | |
| Kode KF | 3.4.22.70 |
| Enzymdatabaser | |
| IntEnz | IntEnz visning |
| BRENDA | BRENDA indgang |
| ExPASy | NiceZyme udsigt |
| MetaCyc | metabolisk vej |
| KEGG | KEGG indgang |
| PRIAM | profil |
| FBF strukturer | RCSB PDB PDBe PDBj PDBsum |
| Søg | |
| PMC | artikler |
| PubMed | artikler |
| NCBI | NCBI proteiner |
Sortase A (EC 3.4.22.70, SrtA , SrtA protein , SrtA sortase ) er et enzym . [1] [2] [3] Dette enzym katalyserer følgende kemiske reaktion
Enzymet katalyserer cellevægssorteringsreaktionen , hvor et sorteringssignaloverfladeprotein indeholdende LPXTG-motivet spaltes mellem Thr- og Gly-rester.Dette enzym tilhører C60 - peptidasefamilien .
Sortase A har en ottestrenget β-tøndefold med en hydrofob spalte dannet af β7-β8 kæder. Dette mellemrum er omgivet af sløjfer β3-β4, β2-β3, β6-β7 og β7-β8. Den katalytiske cysteinrest ligger i dette hul og accepterer den efterfølgende binding af det nukleofile middel. β3-β4-løkken indeholder et calciumbindingssted, der binder calcium gennem koordinering med en rest i β6-β7-løkken. Denne binding sænker bevægelsen af β6-β7-løkken, hvilket tillader sortase-substratet at binde og øge dets aktivitet otte gange. [fire]
Sortase A bruges i vid udstrækning som et in vitro-værktøj til post-translationel modifikation af proteiner ved N- og C-terminalen med en vedhæftet markør. Disse mærker inkluderer biotin, fluoroforer, tværbindere og multifunktionelle prober. [5]
I begge tilfælde er et molekyle designet til at indeholde LPXTG-motivet i den ene ende, og det andet molekyle er designet til at indeholde (Gly) n-motivet i den anden ende. Efter spaltning af LPXTG-motivet danner Sortase et thioestermellemprodukt med det konstruerede molekyle. Dette mellemprodukt opløses derefter ved nukleofilt angreb fra det (Gly) n-holdige molekyle for at danne en fusion af to molekyler med et LPXT (Gly)n mellemliggende motiv.
For at opnå N-terminal mærkning af proteinet blev LPXTG-motivet designet, som er placeret i C-terminalen af mærket. Proteinet er konstrueret med N-terminalen (Gly)n. For at nå C-terminalen af det samme protein designes LPXTG-motivet, som er placeret i C-terminalen af proteinet. (Gly)n-molekylet er designet til at indeholde et mærke ved dets C-terminale ende.
Endelig kan både N- og C-enderne af proteiner mærkes med sortaser med forskellige substratspecificiteter. For eksempel genkender og spalter Sortase A fra Streptococcus pyogenes LPXTA-motivet og accepterer Ala-baserede nukleofiler. Denne SrtA genkender og spalter også LPXTG-motivet med mindre effektivitet. Men Staph. A. Sortase A genkender ikke LPXTA-substrater og er derfor ortogonal til LPXTA-sekvenser.
Derudover er Sortase A også blevet brugt til stykkevis at skabe proteiner, proteindomæner og peptider. [6]