Replikon

Et replikon er et molekyle eller et afsnit af DNA eller RNA , der replikeres fra et enkelt replikationsorigin .

Replikonhypotesen som en replikationsenhed blev først fremsat af F. Jacob , S. Brenner og F. Cousin i 1964. Ifølge den klassiske formulering af denne hypotese er hvert (prokaryot) kromosom en replikationsenhed, der styres af to elementer: en cis-regulatorisk element- replikator og en trans-regulatorisk element- initiator , som kodes af kromosomet og stimulerer replikation, når den er bundet. til replikatoren [1] .

Efterfølgende forskning har vist, at denne replikonhypotese godt beskriver replikationen af ​​bakterielle kromosomer, plasmider af bakterier, archaea og eukaryoter , såvel som vira og bakteriofager . Det blev fundet, at positionen for replikationsstartstedet, det vil sige de DNA-segmenter, hvorfra replikationen begynder, falder sammen med positionen af ​​replikatorer etableret ved genetiske metoder [2] .

Bakterier

De fleste bakterielle replikoner er cirkulære DNA-molekyler. For eksempel er de fleste bakterielle kromosomer og plasmider , såvel som DNA'et fra mange bakteriofager , cirkulære molekyler med et enkelt replikationsorigin [3] [4] .

Bakterier kan have mange replikoner: flere kromosomer, plasmider osv. Sådanne bakterier omfatter den lilla bakterie Rhodobacter sphaeroides , Vibrio cholerae [5] og Burkholderia multivorans . Deres "sekundære" eller "tertiære" kromosomer er molekyler, der er en blanding af et ægte kromosom og plasmider . Sådanne blandede kromosomer kaldes nogle gange chromider . Forskellige arter af slægten Azospirillum har 7 replikoner, især Azospirillum lipoferum har 1 bakteriel kromosom, 5 chromider og 1 plasmid [6] . Store plasmider af gramnegative bakterier kan indeholde flere replikoner [7] .

Archaea

Da de arkæiske ringkromosomer strukturelt ligner bakteriers, blev det oprindeligt antaget, at de i de fleste tilfælde repræsenterer et enkelt replikon. Kromosomet af den først undersøgte arkæon, Pyrococcus abyssi, havde faktisk et enkelt replikationsorigin. Senere blev det fundet, at kromosomerne af mindst to repræsentanter for slægten Sulfolobus , S. solfataricus og S. acidocaldarius , hver indeholder tre replikationsstartsteder og består af henholdsvis tre replikoner [8] .

Eukaryoter

Hvert eukaryot kromosom indeholder mange replikoner. Den gennemsnitlige størrelse af en sådan replikon er lille sammenlignet med en prokaryot: omkring 40.000 basepar i gær og frugtfluen , og omkring 100.000 basepar i andre dyr . Størrelsen af ​​individuelle replikoner i genomet kan variere mere end 10 gange. Som regel dannes der to replikationsgafler ved hvert replikationsstartpunkt, det vil sige , at der udføres tovejsreplikation. I modsætning til bakterielle replikoner har eukaryote replikoner formentlig ikke replikationstermineringssteder. Det er mere sandsynligt, at replikationsgafler fortsætter deres bevægelse, indtil de møder en gaffel, der bevæger sig mod [3] .

Ifølge tilgængelige data replikerer eukaryote replikoner ikke samtidigt, men i en bestemt tidsmæssig sekvens. Det er kendt, at replikoner lokaliseret nær aktive gener har tendens til at replikere først, og replikoner i heterochromatin -regionen  er de sidste. Der er grund til at tro, at reguleringen af ​​replikonaktivitet er af regional karakter, det vil sige, at grupper af replikoner placeret tæt på hinanden aktiveres sammen [3] .

Mitokondrier , som optræder i eukaryote celler, bruger ensrettet replikation med to replikationsstartsteder.

Se også

Noter

  1. Zzaman S., Abhyankar MM, Bastia D. Rekonstitution af F-faktor DNA-replikation in vitro med udtømte proteiner  // J Biol Chem. - 2004. - Bd. 279, nr. 17 . - P. 1740410. - PMID 14973139 .
  2. Hyrien O., Rappailles A., Guilbaud G., Baker A., ​​​​Chen CL, Goldar A., ​​​​Petryk N., Kahli M., Ma E., d'Aubenton-Carafa Y., Audit B. ., Thermes C., Arneodo A. Fra simple bakterielle og arkæale replikoner til replikation N/U-domæner // J Mol Biol. - 2013. - Bd. 425, nr. 23 . - S. 4673-89. - doi : 10.1016/j.jmb.2013.09.021 . — PMID 24095859 .
  3. 1 2 3 Jocelyn Krebs. Kapitel 11. Replikonet // Lewins GENER X . - Jones & Bartlett Learning, 2011. - ISBN 0763766321 .
  4. Mott ML, Berger JM DNA-replikationsinitiering: mekanismer og regulering i bakterier // Nat Rev Microbiol. - 2007. - Bd. 5, nr. 5 . - S. 343-54. — PMID 17435790 .
  5. Tagomori K., Iida T., Honda T. Sammenligning af genomstrukturer af vibrioer, bakterier med to kromosomer  // Journal of Bacteriology. — American Society for Microbiology, 2002. - Vol. 184, nr. 16 . - S. 4351-8. — PMID 12142404 .
  6. Wisniewski-Dyé F., Borziak K., Khalsa-Moyers G., Alexandre G., Sukharnikov LO, Wuichet K., Hurst GB, McDonald WH, Robertson JS, Barbe V., Calteau A., Rouy Z., Mangenot S., Prigent-Combaret C., Normand P., Boyer M., Siguier P., Dessaux Y., Elmerich C., Condemine G., Krishnen G., Kennedy I., Paterson AH, González V., Mavingui P. ., Zhulin IB Azospirillum-genomer afslører overgang af bakterier fra akvatiske til terrestriske miljøer  // PLoS Genet. - 2011. - Bd. 7, nr. 12 . — P. e1002430. - doi : 10.1371/journal.pgen.1002430 . — PMID 22216014 .
  7. Thomas, Christopher M. Horisontal genpool : Bakterielle plasmider og genspredning  . - 1. - CRC Press , 2000. - ISBN 9057024624 .
  8. Barry ER, Bell SD DNA-replikation i archaea  // Microbiol Mol Biol Rev. - 2006. - Bd. 70. - Udstedelse. 4 . - S. 876-87. — PMID 17158702 .