En DNA- probe er et mærket DNA- fragment , der anvendes til hybridisering med en specifik region af DNA-molekylet. Giver dig mulighed for at identificere komplementære nukleotidsekvenser .
Proben kan mærkes med kromoforer ( fluorescerende mærkning), radioaktive isotoper eller grupper, der tillader detektion under en efterfølgende enzymatisk reaktion (f.eks. biotinmærkning ). [en]
DNA-prober kan anvendes til heterogen påvisning af målnukleinsyrer, hvor målet eller proben er bundet til en fast fase eller gelbærer. Denne type påvisning omfatter Southern blot , Northern blot , dot blot, DNA-mikroarray og fluorescens in situ hybridisering . Efter hybridisering er fundet sted, vaskes ubundne overskydende probemolekyler væk. Mærket indført i DNA-proben gør det muligt at bestemme de områder, hvor bindingen af DNA-proben og målet har fundet sted [1] .
DNA-prober bruges også til at detektere målnukleinsyrer homogent uden at fjerne overskydende mængder af probe. I dette tilfælde bør vellykket hybridisering ledsages af en påviselig ændring i visse egenskaber af proben. En af fordelene ved påvisning i et homogent system er, at det er muligt at følge hybridiseringen af nukleinsyrer i realtid, selv i en levende celle, hvis det er nødvendigt . DNA-prober i homogen fase bruges i real-time polymerasekædereaktion . [en]
DNA ved en temperatur på 94-100 o C dissocierer i 2 kæder (denaturerer), da de komplementære bindinger mellem baserne ødelægges. Denne proces er reversibel: ved en temperatur på 65 ° C genoprettes strukturen af DNA-dobbelthelixen, den såkaldte renaturering sker. Hvis der er sket renaturering, der involverer strengene af målnukleinsyresekvensen og DNA-proben, sker dannelsen af et såkaldt "hybrid"-molekyle ( hybridisering ). Hybridiseringsprocesser forekommer mellem en hvilken som helst enkelt kæde, hvis de er komplementære: DNA-DNA, RNA -RNA, DNA-RNA. På basis af hybridisering udføres analyse ved hjælp af DNA-chips : analytiske (detekterende) DNA-prober hybridiserer med specifikke nukleinsyresekvenser og detekterer dem således i prøverne, der undersøges. Fluorescensmærkede prober bruges til real-time PCR , som gør det muligt at detektere mængden af DNA i testprøven. Fluorescerende prober bruges også, når der udføres fluorescens in situ hybridisering (FISH - Fluorescence in situ hybridization) - en cytogenetisk metode, der bruges til at detektere og bestemme positionen af en specifik DNA-sekvens på kromosomer eller i interfasekerner . Inden for nanoteknologi bruges DNA-sonder til at skabe en ny generation af detektionssystemer ( DNA-nanochips ).