SMART (database)

SMART
Indhold
Beskrivelse Bioinformatik ressource til identifikation af proteindomæner.
organismer Alle
Kontaktpersoner
Forskningscenter European Molecular Biology Laboratory
Laboratorium EMBL
Original udgivelse PMID 18978020
Tilgængelighed
Internet side smart.embl-heidelberg.de
Andet
Licens Gratis for akademikere, men ikke kommercielle brugere
Version 7
Kuration Ja

SMART (Simple Modular Architecture Research Tool) er en database, der bruges til identifikation og analyse af proteindomæner i proteinsekvenser [1] [2] . SMART bruger en algoritme baseret på anvendelsen af ​​Hidden Markov Models til flere alignments for at detektere domæner i proteinsekvenser . Fra januar 2012 indeholdt SMART 1009 domænemodeller [3] . SMART-data blev brugt til at oprette den konserverede domænedatabase ( CDD , Conserved Domain Database) og præsenteres også som en del af InterPro- databasen . [fire]

Databasen er organiseret af European Molecular Biology Laboratory i Heidelberg .

Se også

Links

Noter

  1. ↑ Schultz J., Milpetz F., Bork P., Ponting CP SMART, et simpelt modulært arkitekturforskningsværktøj: identifikation af signaldomæner   // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal. - 1998. - Maj ( bind 95 , nr. 11 ). - P. 5857-5864 . - doi : 10.1073/pnas.95.11.5857 . — PMID 9600884 .
  2. ↑ Letunic I., Doerks T., Bork P. SMART 6: nylige opdateringer og nye udviklinger  // Nucleic Acids Res  . : journal. - 2009. - Januar ( bind 37 , nr. Databaseudgave ). - P.D229-32 . doi : 10.1093 / nar/gkn808 . — PMID 18978020 .
  3. ↑ Letunic I., Doerks T., Bork P. SMART 7: nylige opdateringer til proteindomænets annoteringsressource  // Nucleic Acids Res  . : journal. - 2012. - Januar ( bind 40 , nr. Databaseudgave ). - P.D302-5 . doi : 10.1093 / nar/gkr931 . — PMID 22053084 .
  4. ↑ Mulder NJ, Apweiler R., Attwood TK, et al. InterPro: en integreret dokumentationsressource for proteinfamilier, domæner og funktionelle steder   // Kort . Bioinformatik: tidsskrift. - 2002. - September ( bind 3 , nr. 3 ). - S. 225-235 . - doi : 10.1093/bib/3.3.225 . — PMID 12230031 .