Ascalaph Designer

Ascalaph Designer  er et molekylært modelleringsprogram til generelle formål. Det giver et grafisk miljø for Firefly , CP2K og MDynaMix [1] [2] kvante og klassisk mekanik konsolprogrammer og har kapacitet til molekylær modelbygning, konformationel optimering og molekylær dynamik. Firefly/PC GAMESS [3] [4] [5] giver en bred vifte af kvantekemiske metoder.

Nøglefunktioner

• Opbygning af en molekylær model ( polymerer , nanostrukturer, proteiner , nukleinsyrer )
• Tving felter AMBER/OPLS
• Konformationsoptimering
• Molekylær dynamik
• kvantekemi
• Fleksibel SPC-vandmodel [6]

Omfang

• Nukleinsyrer [7]
• Egern
• Modellering af lipidmembraner [8]
• Polyelektrolytter [9]
• Ioniske væsker [10] [11]
• Termodynamiske egenskaber af væsker [12]
• Udvikling af molekylære mekaniske kraftfelter [13]

Noter

1. ↑ APLyubartsev, A.Laaksonen. MDynaMix - En skalerbar bærbar parallel MD-simuleringspakke til vilkårlige molekylære blandinger   // Computer Physics Communications : journal. - 2000. - Vol. 128 . - S. 565-589 .
2. ↑ APLyubartsev, A.Laaksonen. Parallel molekylær dynamik simuleringer af biomolekylære systemer // Applied Parallel Computing Large Scale Scientific and Industrial Problems  (engelsk) . - Heidelberg: Springer Berlin , 1998. - Vol. 1541. - S. 296-303. — (Forelæsningsnotater i datalogi). — ISBN 978-3-540-65414-8 . - doi : 10.1007/BFb0095310 .
3. ↑ Computational Chemistry , David Young, Wiley-Interscience, 2001. Appendiks AA2.3 pg 334, GAMESS
4. ↑ M. W. Schmidt et al. General Atomic and Molecular Electronic Structure System  (engelsk)  // J. Comput. Chem. : journal. - 1993. - Bd. 14 . - S. 1347-1363 . - doi : 10.1002/jcc.540141112 .
5. ↑ MS Gordon og MW Schmidt, Advances in electronic structure theory: GAMESS et årti senere , i Theory and Applications of Computational Chemistry, de første 40 år , CE Dykstra, G. Frenking. KS Lim og GE Scusaria, Elsevier, Amsterdam, 2005.
6. ↑ Toukan K og Rahman A. Molekylær-dynamik undersøgelse af atomare bevægelser i vand  // Fysisk gennemgang B  : tidsskrift  . - 1985. - Bd. 31 . - S. 2643-2648 .
7. ↑ Y. Cheng, N. Korolev og L. Nordenskiöld. Ligheder og forskelle i interaktion mellem K + og Na + med kondenseret ordnet DNA. En computersimuleringsundersøgelse af molekylær dynamik  //  Nucleic Acids Research : journal. - 2006. - Bd. 34 . - s. 686-696 .
8. ↑ C.-J. Högberg, AMNikitin og A.P. Lyubartsev. Ændring af CHARMM kraftfeltet for DMPC lipid dobbeltlag  //  Journal of Computational Chemistry : journal. - 2008. - Bd. 29 . - P. 2359-2369 .
9. ↑ A. Vishnyakov og A.V. Neimark. Specifikt for solvatisering af sulfonerede polyelektrolytter i vand, dimethylmethylphosphonat og deres blanding: En molekylær simuleringsundersøgelse  (engelsk)  // Journal of Chemical Physics  : tidsskrift. - 2008. - Bd. 128 . — S. 164902 .
10. ↑ G. Raabe og J. Köhler. Termodynamiske og strukturelle egenskaber af imidazoliumbaserede ioniske væsker fra molekylær simulering  (engelsk)  // Journal of Chemical Physics  : tidsskrift. - 2008. - Bd. 128 . — S. 154509 .
11. ↑ X. Wu, Z. Liu, S. Huang og W. Wang. Molekylær dynamik simulering af stuetemperatur ionisk væskeblanding af [bmim][BF 4 ] og acetonitril ved et raffineret kraftfelt   // Phys . Chem. Chem. Phys. : journal. - 2005. - Bd. 7 . - P. 2771-2779 .
12. ↑ T. Kuznetsova og B. Kvamme. Termodynamiske egenskaber og grænsefladespænding af et model vand-kuldioxid-system  (engelsk)  // Phys. Chem. Chem. Phys. : journal. - 2002. - Bd. 4 . - S. 937-941 .
13. ↑ A. M. Nikitin og A. P. Lyubartsev. En ny seks-site acetonitril model til simuleringer af flydende acetonitril og dets vandige blanding  //  J. Comp. Chem. : journal. - 2007. - Bd. 28 . - S. 2020-2026 .

Links

• Hjemmeside